นี่คือคำสั่ง dwgsim ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
dwgsim: - โปรแกรมจำลองการอ่านสั้น ๆ
เรื่องย่อ
dwgsim [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
DWGSIM เป็นโปรแกรมจำลองการอ่านสั้นๆ ซึ่งจำลองการอ่านจากแพลตฟอร์มการจัดลำดับสมัยใหม่
OPTIONS
-e ลอย
ต่ออัตราความผิดพลาดพื้นฐาน/สี/การไหลของการอ่านครั้งแรก [จาก 0.020 ถึง 0.020 คูณ 0.000]
-E ลอย
ต่ออัตราความผิดพลาดพื้นฐาน/สี/การไหลของการอ่านครั้งที่สอง [จาก 0.020 ถึง 0.020 คูณ 0.000]
-i ใช้ระยะภายในแทนระยะภายนอกสำหรับคู่ [เท็จ]
-d INT ระยะห่างระหว่างปลายทั้งสองสำหรับคู่ [500]
-s INT ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของระยะทางสำหรับคู่ [50.000]
-N INT จำนวนคู่อ่าน (-1 ปิดการใช้งาน) [-1]
-C ลอย
ค่าเฉลี่ยความครอบคลุมของตำแหน่งที่มีอยู่ (-1 เพื่อปิดการใช้งาน) [100.00]
-1 ความยาว INT ของการอ่านครั้งแรก [70]
-2 ความยาว INT ของการอ่านครั้งที่สอง [70]
-r ลอย
อัตราการกลายพันธุ์ [0.0010]
-F ลอย
ความถี่ของการกลายพันธุ์ที่กำหนดเพื่อจำลองการกลายพันธุ์ของโซมาติกที่มีความถี่ต่ำ [0.5000] NB:
ความถี่ F หมายถึงสายแรกของการกลายพันธุ์ ดังนั้นการกลายพันธุ์บน
เกลียวที่สองเกิดขึ้นด้วยความถี่ 1-F
-R ลอย
เศษส่วนของการกลายพันธุ์ที่เป็นอินเดล [0.10]
-X ลอย
ความน่าจะเป็นที่อินเดลถูกขยาย [0.30]
-I INT ดัชนีความยาวขั้นต่ำ [1]
-y ลอย
ความน่าจะเป็นของการอ่าน DNA แบบสุ่ม [0.05]
-n จำนวนสูงสุดของ INT ที่อนุญาตในการอ่านที่กำหนด [0]
-c INT สร้างการอ่านสำหรับ [0]: 0: Illumina 1: SOLiD 2: Ion Torrent
-S INT สร้างการอ่าน [0]: 0: ค่าเริ่มต้น (สายตรงข้ามสำหรับ Illumina สายเดียวกันสำหรับ
SOLiD/Ion Torrent) 1: เกลียวเดียวกัน (คู่คู่ครอง) 2: เกลียวตรงข้าม (ปลายคู่)
-f STRING
ลำดับการไหลของข้อมูล Ion Torrent [(null)]
-B ใช้อัตราข้อผิดพลาดต่อฐานสำหรับข้อมูล Ion Torrent [เท็จ]
-H โหมดเดี่ยว [เท็จ]
-z INT สุ่มเมล็ด (-1 ใช้เวลาปัจจุบัน) [-1]
-M สร้างไฟล์การกลายพันธุ์เท่านั้น [False]
-m ไฟล์
ไฟล์ mutations txt เพื่อสร้างใหม่ [ไม่ได้ใช้]
-b ไฟล์
ชุดไฟล์เหมือนเตียงของการกลายพันธุ์ของผู้สมัคร [(null)]
-v ไฟล์
ชุดไฟล์ vcf ของการกลายพันธุ์ของผู้สมัคร (ใช้แท็ก pl สำหรับ strand) [(null)]
-x ไฟล์
เตียงของภูมิภาคที่จะครอบคลุม [ไม่ได้ใช้]
-P STRING
คำนำหน้าการอ่านเพื่อนำหน้าชื่อที่อ่านแต่ละชื่อ [ไม่ใช้]
-q STRING
คุณภาพฐานคงที่ที่จะใช้ (ตัวอักษรเดียว) [ไม่ได้ใช้]
-Q ลอย
ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของคะแนนคุณภาพพื้นฐาน [2.00]
-s INT ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของระยะทางสำหรับคู่ [50.000]
-h พิมพ์ข้อความนี้
หมายเหตุ: สำหรับการอ่านคู่คู่ของ SOLiD และ BFAST การอ่านครั้งแรกคือ F3 และการอ่านครั้งที่สองคือ R3 สำหรับ
คู่คู่ SOLiD อ่านและ BWA การอ่านในไฟล์แรกคือ R3 การอ่านที่มีคำอธิบายประกอบเป็น
การอ่านครั้งแรก ฯลฯ
หมายเหตุ: การแทรกที่รองรับที่ยาวที่สุดคือ 4294967295
ใช้ dwgsim ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
