นี่คือคำสั่ง ecoPCR ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
ecoPCR - ค้นหาลำดับและการผสมอนุกรมวิธานกับไพรเมอร์ที่กำหนด
เรื่องย่อ
อีโคพีซีอาร์ [ตัวเลือก] <นิวคลีโอไทด์ รูปแบบ>
DESCRIPTION
ecoPCR เป็นซอฟต์แวร์ PCR อิเล็กทรอนิกส์ที่พัฒนาโดย LECA และ Helix-Project ช่วยให้
ประเมินคุณภาพของไพรเมอร์บาร์โค้ด
OPTIONS
-a : ความเข้มข้นของเกลือเป็น M สำหรับการคำนวณ Tm (ค่าเริ่มต้น 0.05 M)
-c : พิจารณาว่าลำดับฐานข้อมูลเป็น [c]ircular
-d : [D]atabase : เพื่อให้ตรงกับรูปแบบที่ต้องการ, ฐานข้อมูล
จะต้องถูกจัดรูปแบบก่อนโดย รูปแบบอีโคพีซีอาร์(1) โปรแกรม รูปแบบอีโคพีซีอาร์(1) สร้าง
ไฟล์สามประเภท:
.sdx : มีลำดับ
.tdx : มีข้อมูลเกี่ยวกับอนุกรมวิธาน
.rdx : มีลำดับอนุกรมวิธาน
ecoPCR ต้องการไฟล์ทุกประเภท เป็นผลให้คุณต้องเขียนฐานข้อมูล Radical
โดยไม่มีการขยาย ตัวอย่างเช่น /ecoPCRDB/gbmam
-D : เก็บนิวคลีโอไทด์ตามจำนวนที่ระบุในแต่ละด้านของซิลิกา
ลำดับที่ขยาย (รวมถึงชิ้นส่วน DNA ที่ขยายแล้วบวกสองเป้าหมาย
ลำดับของไพรเมอร์)
-e : [E]rror : ข้อผิดพลาดสูงสุดที่อนุญาตโดย oligonucleotide (0 โดยค่าเริ่มต้น)
-h : [H]elp - พิมพ์ ช่วย
-i : [ฉัน] ละเว้นรหัสอนุกรมวิธานที่กำหนด
มีหมายเลขอนุกรมวิธานโดยใช้โปรแกรม ecofind ดูความช่วยเหลือในการพิมพ์ ecofind
-h เพื่อสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมได้ค่ะ
-k : [K]โหมดราชอาณาจักร : ตั้งค่าโหมดอาณาจักร
โหมด super kingdom โดยค่าเริ่มต้น
-l : ขั้นต่ำ [L]ength : กำหนดความยาวแอมพลิเคชั่นขั้นต่ำ
-L : สูงสุด [L]ength : กำหนดความยาวสูงสุดของแอมพลิเคชั่น
-m : วิธีแก้ไขเกลือสำหรับการคำนวณ Tm (SANTALUCIA : 1
หรือ OWCZARZY:2 ค่าเริ่มต้น=1)
-r : [R] จำกัดการค้นหาให้อยู่ใน taxonomic id ที่กำหนด
มีหมายเลขอนุกรมวิธานโดยใช้โปรแกรม ecofind ดูความช่วยเหลือในการพิมพ์ ecofind
-h เพื่อสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมได้ค่ะ
อาร์กิวเมนต์แรก : oligonucleotide สำหรับสายตรง
อาร์กิวเมนต์ที่สอง : oligonucleotide สำหรับ reverse strand
คำอธิบายผลตาราง :
คอลัมน์ 1 : หมายเลขภาคยานุวัติ
คอลัมน์ 2: ความยาวลำดับ
คอลัมน์ 3: รหัสอนุกรมวิธาน
คอลัมน์ 4 : อันดับ
คอลัมน์ 5 : รหัสอนุกรมวิธานของสปีชีส์
คอลัมน์ 6 : ชื่อวิทยาศาสตร์
คอลัมน์ 7 : genus อนุกรมวิธาน id
คอลัมน์ 8 : ชื่อสกุล
คอลัมน์ 9 : รหัสอนุกรมวิธานของครอบครัว
คอลัมน์ 10 : นามสกุล
คอลัมน์ที่ 11 : รหัสอนุกรมวิธานของอาณาจักรซุปเปอร์
คอลัมน์ 12 : ชื่ออาณาจักรสุดยอด
คอลัมน์ 13 : สาระ (ตรงหรือย้อนกลับ)
คอลัมน์ 14 : โอลิโกนิวคลีโอไทด์แรก
คอลัมน์ 15 : จำนวนข้อผิดพลาดสำหรับเกลียวแรก
คอลัมน์ที่ 16 : Tm สำหรับการผสมพันธุ์ของไพรเมอร์ 1 ที่ไซต์นี้
คอลัมน์ 17 : โอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่สอง
คอลัมน์ 18 : จำนวนข้อผิดพลาดสำหรับเกลียวที่สอง
คอลัมน์ที่ 19 : Tm สำหรับการผสมพันธุ์ของไพรเมอร์ 1 ที่ไซต์นี้
คอลัมน์ 20 : ขยายความยาว
คอลัมน์ 21 : ลำดับ
คอลัมน์ 22 : คำจำกัดความ
ใช้ ecoPCR ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
