นี่คือคำสั่ง fa2dna ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
fa2dna - จัดรูปแบบฐานข้อมูล fasta สำหรับใช้กับ ANFO
เรื่องย่อ
fa2dna [ ตัวเลือก | ไฟล์ ... ]
DESCRIPTION
fa2dna อ่านหนึ่งไฟล์ขึ้นไปในรูปแบบ fasta และฟอร์แมตใหม่เป็นฐานข้อมูลที่เหมาะสม
for อันโฟ(1). ไฟล์อินพุตสามารถมีได้มากกว่าหนึ่งลำดับ และแต่ละลำดับสามารถ
แตกออกเป็นหลายส่วนโดยยืด Ns รหัสความกำกวมของ IUPAC ทั้งหมดคือ
รองรับอย่างเต็มที่
OPTIONS
-V, - รุ่น
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันและออก
-o ไฟล์, --ไฟล์เอาต์พุต
เขียนเอาต์พุตไปที่ ไฟล์.ไฟล์ ควรลงท้ายด้วย .ดีเอ็นเอ, เพราะ อันโฟ และปลายน้ำบางส่วน
เครื่องมืออาจสะดุดกับส่วนขยายอื่น ค่าเริ่มต้นคือชื่อจีโนมด้วย
.ดีเอ็นเอ การขยาย.
-m N, --maxn N
ตั้งค่าจำนวนสูงสุดของ Nที่จะตีความว่าเป็นรหัสความกำกวมของ IUPAC ถึง N; ใด ๆ
การยืดที่ยาวขึ้นจะถูกตีความว่าเป็นการแยกส่วน ค่าเริ่มต้นคือ 2
-g ชื่อ, --ชื่อจีโนม
ตั้งชื่อจีโนมเป็น ชื่อ. ชื่อนี้ถูกเก็บไว้ในไฟล์เอาต์พุตและจะเป็น
ใช้โดย อันโฟ เพื่อระบุจีโนมที่ตรงกันในผลลัพธ์ จีโนมควรเป็น
คำนำหน้าของชื่อไฟล์เอาต์พุตเพื่อให้เครื่องมือดาวน์สตรีมสามารถค้นหาได้ ชื่อ
ควรสั้น แต่ไม่เหมือนใคร เช่น "hg18" หรือ "pt2" สำหรับมนุษย์หรือชิมแปนซี
จีโนมจะทำงานได้ดี
-d ข้อความ --description text
เพิ่ม ข้อความ เป็นคำอธิบายของข้อมูลเมตา นี่เป็นข้อมูลล้วนๆ
-v, --เวอร์โบส
ทำให้มีการพิมพ์ตัวระบุความคืบหน้า
ใช้ fa2dna ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net