นี่คือคำสั่ง fasta2frag ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
fasta2frag - แยก a เดียว อดอาหาร ลำดับ เข้าไป หลาย ที่ซ้อนกัน เศษ
DESCRIPTION
โปรแกรมนี้เป็นส่วนหนึ่งของแพ็คเกจแอสเซมเบลอร์ของ MIRA จุดประสงค์ของ fasta2frag คือเพื่อ
แฟรกเมนต์เป็นลำดับย่อยที่ทับซ้อนกัน สามารถใช้สำหรับการจำลอง
ลำดับปืนลูกซอง สามารถสร้าง subsequences ได้ทั้งสองทิศทาง (/default) และ
ลำดับคู่ปลาย โปรดดูเอกสารด้านล่างสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม
ข้อมูลเกี่ยวกับ fasta2frag
เรื่องย่อ
fasta2frag แฟ้ม ออกจากไฟล์
OPTIONS
-l int ความยาวของชิ้นส่วน (ค่าเริ่มต้น = 3000)
-i int ส่วนเพิ่มของไซต์เริ่มต้นส่วนย่อย (ค่าเริ่มต้น = 2500)
-p int Paired end (ค่าเริ่มต้น = 0 ปิดอยู่ 1 เปิดอยู่)
-P int ในโหมด paired-end ให้ย้อนกลับการอ่านค่าใดค่าหนึ่ง (0 ปิดอยู่ ค่าเริ่มต้น = 1 เปิดอยู่)
-s การจัดลำดับ int Strobe (ค่าเริ่มต้น = 0 ปิดอยู่ 1 เปิดอยู่)
-q int คุณภาพเริ่มต้นเมื่อไม่มีข้อมูลคุณภาพ (ค่าเริ่มต้น=30)
-r int ย้อนกลับทุกส่วนที่ n (ค่าเริ่มต้น = 2)
-c int Circularise เศษเล็กเศษน้อยให้เป็นวงแหวน
(ค่าเริ่มต้น = 0 ปิดอยู่ 1 จะเปิดอยู่)
-ตัวแบ่งคุณสมบัติ
int หารค่าคุณภาพด้วยสิ่งนี้ (ค่าเริ่มต้น=1)
-ขั้นต่ำ
int แต่ให้อย่างน้อย qual (default=0)
-ใส่_ขนาด
int paired-end: ขนาดเม็ดมีด (ค่าเริ่มต้น = 3000)
-insert_stdev int
paired-end: standard dev (default=900) ใช้งานไม่ได้ในขณะนี้
-การตั้งชื่อคู่ เชือก
รูปแบบการตั้งชื่อสำหรับคู่ปลาย: sanger, 454 (ค่าเริ่มต้น) หรือsolexa
-มินมุต
นาที int จำนวนการกลายพันธุ์/ลำดับ ข้อผิดพลาด (def=0)
-maxmut
สูงสุด int จำนวนการกลายพันธุ์/ลำดับ ข้อผิดพลาด (def=0)
-สโตรบีน
จำนวน int ของฐานที่อ่านระหว่างไฟแฟลชบน
- แฟลชปิด
จำนวนฐานของ int ระหว่างการปิดไฟแฟลช
-สตาร์ทออฟเซ็ต
int เริ่มต้นที่ตำแหน่งออฟเซ็ต
-คำต่อท้ายชื่อ
ชื่อต่อท้ายสตริงด้วยสตริง
ใช้ fasta2frag ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
