นี่คือคำสั่ง fastacmd ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
fastacmd - ดึงลำดับ FASTA จากฐานข้อมูล BLAST
เรื่องย่อ
รวดเร็ว [-] [-D N] [-I] [-L เริ่มหยุด] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d สตริ] [-i สตริ]
[-l N] [-o ชื่อไฟล์] [-p พิมพ์] [-s สตริ] [-t]
DESCRIPTION
รวดเร็ว ดึงลำดับที่จัดรูปแบบ FASTA จาก a ระเบิด(1) ฐานข้อมูลที่จัดรูปแบบโดยใช้
`-o' ตัวเลือก. ตัวอย่าง รวดเร็ว การโทรจะเป็น
fastacmd -d nr -s p38398
OPTIONS
สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง
- พิมพ์ข้อความการใช้งาน
-D N ดัมพ์ฐานข้อมูลทั้งหมดในรูปแบบบางรูปแบบ:
1 ฟาสต้า
2 รายการ GI
3 Accession. รายการรุ่น
-I พิมพ์ข้อมูลฐานข้อมูลเท่านั้น (แทนที่ตัวเลือกอื่นๆ ทั้งหมด)
-L เริ่มต้น,หยุด
ช่วงของลำดับที่จะแยก (0 ที่จุดเริ่มต้นคือจุดเริ่มต้นของลำดับ 0 ในการหยุดคือจุดสิ้นสุด
ของลำดับ ค่าเริ่มต้นคือลำดับทั้งหมด)
-P N ดึงข้อมูลลำดับด้วยโปรตีน Identification Group (PIG) N.
-S N Strand on subsequence (เฉพาะนิวคลีโอไทด์):
1 ตัวบน (ค่าเริ่มต้น)
2 ด้านล่าง
-T พิมพ์ข้อมูลการจัดหมวดหมู่สำหรับลำดับที่ร้องขอ
-a ดึงการภาคยานุวัติที่ซ้ำกัน
-c ใช้ ^A (\001) เป็นตัวคั่น defline ที่ไม่ซ้ำซ้อน
-d Str ฐานข้อมูล (ค่าเริ่มต้นคือ nr)
-i Str อินพุตไฟล์ที่มี GIs/accessions/loci สำหรับการดึงแบตช์
-l N ความยาวบรรทัดสำหรับลำดับ (ค่าเริ่มต้น = 80)
-o ชื่อไฟล์
ไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น = stdout)
-p ชนิด
ประเภทของไฟล์:
G เดา (ค่าเริ่มต้น): มองหาโปรตีน ตามด้วยนิวคลีโอไทด์
ที โปรตีน
เอฟนิวคลีโอไทด์
-s Str สตริงการค้นหาที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค GIs, ภาคยานุวัติ, loci หรือสตริง fullSeq-id อาจ
ถูกนำมาใช้ เช่น, 555, AC147927, 'gnl | dbname | แท็ก'
-t บรรทัดคำจำกัดความควรมี GI เป้าหมายเท่านั้น
EXIT สถานภาพ
0 สำเร็จลุล่วงไปด้วยดี
1 เกิดข้อผิดพลาด (นอกเหนือจากที่ด้านล่าง)
2 ไม่พบฐานข้อมูล BLAST
3 การค้นหา (ข้อมูลภาคยานุวัติ GI หรืออนุกรมวิธาน) ล้มเหลว
4 ไม่พบฐานข้อมูลอนุกรมวิธาน
ใช้ fastacmd ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net