feature_drawp - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

feature_draw.pl -- Render a Bio :: ไฟล์ฟีเจอร์กราฟิก

เรื่องย่อ

feature_draw.pl [ตัวเลือก] file.txt [file2.txt...] > rendering.png
feature_draw.pl [ตัวเลือก] file.txt [file2.txt...] | แสดง -

DESCRIPTION

สคริปต์ feature_draw.pl เป็นส่วนหน้าแบบบางรอบๆ โมดูล Bio::Graphics มัน
ยอมรับรายการไฟล์ที่มีลำดับ (โปรตีน, นิวคลีโอไทด์) คุณสมบัติพิกัดจาก
ไฟล์ที่แสดงอยู่บนบรรทัดคำสั่งหรืออินพุตมาตรฐาน แสดงผล และสร้าง a
ไฟล์ PNG บนเอาต์พุตมาตรฐาน

Options
สคริปต์นี้ใช้ตัวเลือกแบบยาวของ GNU นี้ช่วยให้คุณระบุความกว้างของภาพ
ตัวอย่างเช่น ด้วยรูปแบบทางเลือกใดๆ ต่อไปนี้:

--ความกว้าง=800
--กว้าง800
-กว้าง 800
-w800

--ความกว้าง
กำหนดความกว้างของภาพเป็นพิกเซล ค่าเริ่มต้นคือ 800 พิกเซล

--พิสัย
ซึ่งจะกำหนดช่วงของพื้นที่ที่แสดงเป็นคู่ฐานตั้งแต่ต้นจนจบ อันใดอันหนึ่ง
ยอมรับรูปแบบต่อไปนี้:

--ช่วง 1..1000
--ช่วง 1,1000
--ช่วง 1-1000

อนุญาตให้ใช้ช่วงเชิงลบ

ลักษณะ ไฟล์ รูปแบบ

สคริปต์นี้ยอมรับและประมวลผลคำอธิบายประกอบตามลำดับในรูปแบบที่คั่นด้วยแท็บอย่างง่ายหรือ
ในรูปแบบ GFF

รูปแบบไฟล์คุณลักษณะมีส่วนกำหนดค่าและส่วนข้อมูล การกำหนดค่า
ส่วนตั้งค่าขนาดและคุณสมบัติโดยรวมของภาพและส่วนข้อมูลให้
ข้อมูลคุณลักษณะเอง

องค์ประกอบ Section
หากไม่ได้ระบุไว้ สคริปต์นี้จะสร้างส่วนการกำหนดค่าเริ่มต้นที่เหมาะสมสำหรับ
คุณ ดังนั้นคุณไม่จำเป็นต้องจัดเตรียมส่วนการกำหนดค่าเพื่อให้ได้ภาพที่เหมาะสม
อย่างไรก็ตาม ในการปรับลักษณะที่ปรากฏของภาพ คุณอาจต้องปรับแต่ง
การกำหนดค่า นี่คือข้อความที่ตัดตอนมาจากส่วนการกำหนดค่า:

#ไฟล์ตัวอย่าง
[ทั่วไป]
ฐาน = -1000..21000
ส่วนสูง = 12

[EST]
สัญลักษณ์ = เซ็กเมนต์
bgcolor= สีเหลือง
ตัวเชื่อมต่อ = ประ
ส่วนสูง = 5

[เอฟยีนส์]
สัญลักษณ์ = การถอดเสียง 2
bgcolor = สีเขียว
คำอธิบาย = 1

ส่วนการกำหนดค่าแบ่งออกเป็นชุดของส่วนต่างๆ โดยแต่ละส่วนจะมีเครื่องหมาย a
[ชื่อส่วน]. ส่วน [ทั่วไป] ระบุตัวเลือกส่วนกลางสำหรับรูปภาพทั้งหมด
ส่วนอื่นๆ ใช้กับคุณลักษณะบางประเภท ในตัวอย่างข้างต้น การกำหนดค่า
ในส่วน [EST] ใช้กับคุณลักษณะที่มีป้ายกำกับเป็น EST ในขณะที่การกำหนดค่าใน
ส่วน [FGENES] ใช้กับคุณสมบัติที่ระบุว่าเป็นการคาดคะเนจากยีน FGENES
โปรแกรมทำนาย

ภายในแต่ละส่วนจะมีชุดของชื่อ=คู่ค่า โดยที่ชื่อคือชื่อของ an
ตัวเลือกในการตั้งค่า คุณสามารถใส่ช่องว่างรอบเครื่องหมาย = เพื่อให้อ่านง่ายขึ้น หรือแม้แต่
ใช้โคลอน (:) ถ้าคุณต้องการ รู้จักชื่อตัวเลือกต่อไปนี้:

ตัวเลือกค่าตัวอย่าง
------ ----- --------

ฐาน ต่ำสุด & สูงสุดของช่วงลำดับ (bp) 1200..60000
ความกว้าง ความกว้างของภาพ (พิกเซล) 600
ความสูง ความสูงของแต่ละองค์ประกอบกราฟิก (พิกเซล) 10
รูปแบบสัญลักษณ์ขององค์ประกอบกราฟิกแต่ละรายการ (ดูด้านล่าง) การถอดเสียง
fgcolor สีพื้นหน้าของแต่ละองค์ประกอบ สีเหลือง
bgcolor สีพื้นหลังของแต่ละองค์ประกอบ สีน้ำเงิน
linewidth ความกว้างของเส้น 3
ป้าย พิมพ์ชื่อคุณสมบัติ 1
คำอธิบาย จะพิมพ์คำอธิบายของคุณสมบัติหรือไม่ 0
ไม่อนุญาตให้กระแทกองค์ประกอบ 1
ขีด พิมพ์เครื่องหมายถูกบนลูกศร 1
ขั้วต่อ ประเภทของขั้วต่อ (ประ หมวกหรือของแข็ง) ประ

ตัวเลือก "ฐาน" และ "ความกว้าง" มีความเกี่ยวข้องเฉพาะในส่วน [ทั่วไป] พวกเขาคือ
แทนที่ด้วยตัวเลือกบรรทัดคำสั่งที่มีชื่อเหมือนกัน

ตัวเลือกที่เหลือสามารถอยู่ในส่วนใดก็ได้ แต่ถ้ามีอยู่ใน
ส่วน [ทั่วไป] จะตั้งค่าเริ่มต้นสำหรับส่วนอื่นๆ

สีคือชื่อสีภาษาอังกฤษหรือสีสไตล์เว็บ #RRGGBB (ดูหนังสือเกี่ยวกับ HTML
สำหรับคำอธิบาย) ค่า True/False คือ 1 สำหรับค่า True และ 0 สำหรับค่าเท็จ ช่วงตัวเลขสามารถ
แสดงในรูปแบบ start..end ด้วยจุดสองจุด หรือแสดงเป็น start-end ด้วยยัติภังค์

ตัวเลือก "สัญลักษณ์" จะควบคุมวิธีการแสดงคุณสมบัติ ร่ายมนตร์ต่อไปนี้คือ
ดำเนินการ:

ชื่อคำอธิบาย
-

กล่อง สี่เหลี่ยมผืนผ้าเต็มไปไม่มีทิศทาง
วงรี วงรี.
ลูกศร ลูกศร; สามารถเป็นทิศทางเดียวหรือ
แบบสองทิศทาง นอกจากนี้ยังสามารถแสดง
มาตราส่วนที่มีเครื่องหมายขีดหลักและรอง และ can
จะวางในแนวนอนหรือแนวตั้ง
เซ็กเมนต์ ชุดของสี่เหลี่ยมเติมที่เชื่อมต่อด้วยของแข็ง
เส้น ใช้สำหรับคุณสมบัติที่ถูกขัดจังหวะ เช่น
การจัดตำแหน่งช่องว่างและกลุ่ม exon
การถอดเสียง คล้ายกับส่วน แต่เส้นเชื่อมต่อคือ
รูปร่าง "หมวก" และทิศทางของ
การถอดความจะแสดงด้วยลูกศรขนาดเล็ก
transcript2 คล้ายกับการถอดเสียง แต่ทิศทางของ
การถอดความถูกระบุโดยส่วนเทอร์มินัล
ในรูปของลูกศร
ไพรเมอร์ ลูกศรชี้เข้าด้านในสองอันเชื่อมต่อกันด้วยเส้น ใช้สำหรับ STS

ตัวเลือกการกระแทกเป็นตัวเลือกที่สำคัญที่สุดในการควบคุมรูปลักษณ์ของภาพ ถ้าตั้งค่า
เป็นเท็จ (หมายเลข 0) จากนั้นคุณสมบัติจะทับซ้อนกัน หากตั้งค่าเป็นจริง (the
หมายเลข 1) จากนั้นคุณสมบัติจะเคลื่อนที่ในแนวตั้งเพื่อหลีกเลี่ยงการชนกัน หากไม่ระบุ
Bump จะเปิดขึ้นหากจำนวนของคุณสมบัติลำดับประเภทใดก็ตามที่ระบุมากกว่า 50

ข้อมูล Section
ส่วนข้อมูลสามารถติดตามหรือดำเนินการส่วนการกำหนดค่าได้ ทั้งสองส่วนสามารถ
ก็จะถูกผสมปนเปกัน ส่วนข้อมูลเป็นแท็บหรือไฟล์คั่นด้วยช่องว่างซึ่งคุณสามารถ
ส่งออกจากแอปพลิเคชันสเปรดชีตหรือไฟล์โปรแกรมประมวลผลคำ (อย่าลืมบันทึกเป็นข้อความ
เท่านั้น!)

นี่คือส่วนข้อมูลตัวอย่าง:

คอสมิด B0511 . 516-619 คอสมิด B0511 . 3185-3294 คอสมิด
B0511 . 10946-11208 คอสมิด B0511 . 13126-13511 คอสมิด
B0511 . 66-208 คอสมิด B0511 . 6354-6499 คอสมิด B0511
- 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 ปลาสวีเดน FGENESH "ยีน
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 โดเมนทรานส์เมมเบรน
FGENESH "ยีน 2" - 16626-17396,17451-17597 โดเมน Kinase และซูชิ

แต่ละบรรทัดของไฟล์มีห้าคอลัมน์ คอลัมน์คือ:

คอลัมน์ # คำอธิบาย
-

1 คุณสมบัติประเภท
2 คุณสมบัติชื่อ
เส้น 3
4 พิกัด
5 คำอธิบาย

ประเภทคุณสมบัติ
ประเภทคุณลักษณะควรสอดคล้องกับหนึ่งใน [ประเภทคุณลักษณะ] ส่วนหัวใน
ส่วนการกำหนดค่า หากไม่เป็นเช่นนั้น ตัวเลือก [ทั่วไป] จะถูกนำไปใช้กับ
คุณลักษณะเมื่อแสดงผล ชื่อคุณลักษณะคือชื่อสำหรับคุณลักษณะ ใช้ "." หรือ
"-" หากไม่เกี่ยวข้อง หากชื่อมีช่องว่าง ให้ใส่ single หรือ double
เครื่องหมายคำพูด ("") รอบชื่อ

เส้นใย
สาระบ่งชี้ว่าคุณลักษณะนั้นเปิดอยู่ มันเป็นหนึ่งใน "+" สำหรับการส่งต่อ
เกลียว "-" สำหรับเกลียวย้อนกลับ หรือ "." สำหรับคุณสมบัติที่ไม่ติดขัด

พิกัด
คอลัมน์พิกัดคือชุดของช่วงตั้งแต่หนึ่งช่วงขึ้นไปที่จุดสนใจนั้นครอบครอง
ช่วงเขียนโดยใช้ ".." ใน start..stop หรือขีดกลาง เช่น start-stop
สำหรับคุณสมบัติที่ประกอบด้วยหลายช่วง &em; เช่น ใบรับรองผลการเรียนที่
มี exons หลายตัว &em; คุณสามารถใส่ช่วงในบรรทัดเดียวกันโดยคั่นด้วย
เครื่องหมายจุลภาคหรือช่องว่าง หรือใส่ช่วงในแต่ละบรรทัดและใช้คุณลักษณะเดียวกัน
ชื่อและพิมพ์เพื่อจัดกลุ่ม ในตัวอย่างข้างต้น คุณลักษณะของ Cosmid B0511 ใช้เครื่องหมาย
สไตล์เส้นเดี่ยว ในขณะที่คุณสมบัติ FGENESH ใช้ทุกช่วงต่อหนึ่งบรรทัด
สไตล์

รายละเอียด
คอลัมน์สุดท้ายมีข้อความอธิบาย หากตั้งค่าตัวเลือกคำอธิบายเป็น
จริง ข้อความนี้จะถูกพิมพ์ไว้ใต้คุณสมบัติในการเรนเดอร์

สุดท้าย เป็นไปได้ที่จะจัดกลุ่มคุณลักษณะที่เกี่ยวข้องเข้าด้วยกัน ตัวอย่างคือ ESTs
yk53c10.5 และ yk53c10.3 ซึ่งสัมพันธ์กันโดยการอ่านจากปลายทั้งสองของโคลน
yk53c10. เมื่อต้องการระบุความสัมพันธ์นี้ ให้สร้างส่วนที่มีลักษณะดังนี้:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

กลุ่มจะถูกระบุด้วยบรรทัดที่มีเพียงสองคอลัมน์ที่มีคุณลักษณะ
ประเภทและชื่อเฉพาะสำหรับกลุ่ม ทำตามบรรทัดนี้ด้วยคุณสมบัติทั้งหมดที่สร้าง
กลุ่ม แต่ปล่อยให้คอลัมน์แรก (ประเภทคุณลักษณะ) ว่างไว้ กลุ่มจะถูกแสดงโดย
ขีดเส้นประระหว่างสมาชิกทุกคนในกลุ่ม คุณสามารถเปลี่ยนได้โดย
การระบุตัวเลือกตัวเชื่อมต่ออื่นในส่วนการกำหนดค่าสำหรับคุณสมบัตินี้
ชนิด

ใช้ feature_drawp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net