flexbar - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

flexbar - การถอดบาร์โค้ดและอะแดปเตอร์ที่ยืดหยุ่นสำหรับแพลตฟอร์มการจัดลำดับ

เรื่องย่อ

ยืดหยุ่น -r อ่าน [-t เป้าหมาย] [-b บาร์โค้ด] [-a อะแดปเตอร์] [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

Flexbar ประมวลผลล่วงหน้าข้อมูลการจัดลำดับปริมาณงานสูงอย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เกิดการแยกตัวของสัญญาณ
บาร์โค้ดทำงานและลบลำดับของอะแดปเตอร์ นอกจากนี้คุณสมบัติการตัดแต่งและการกรองยังเป็น
ให้. Flexbar เพิ่มอัตราการทำแผนที่และปรับปรุงจีโนมและการถอดเสียง
แอสเซมบลี รองรับข้อมูลการจัดลำดับยุคหน้าในรูปแบบ fasta/q และ csfasta/q
จาก Illumina, Roche 454 และแพลตฟอร์ม SOLiD

เปลี่ยนชื่อพารามิเตอร์ใน Flexbar โปรดตรวจสอบสคริปต์ เดือนที่ผ่านมา ค่าเริ่มต้น
การตั้งค่าได้รับการปรับให้เหมาะสม ข้อบกพร่องหลายอย่างได้รับการแก้ไขและมีการปรับปรุงหลายอย่างเช่น
อินเทอร์เฟซบรรทัดคำสั่งที่ปรับปรุงใหม่ โหมดการตัดแต่งใหม่ รวมถึงเวลาและหน่วยความจำที่ลดลง
ความต้องการ

-h, --ช่วยด้วย

แสดงข้อความช่วยเหลือนี้

-w, --ขั้นสูง

พิมพ์หน้าจอวิธีใช้ตัวเลือกขั้นสูง

-i, --อ้าง

แสดงการอ้างอิงโปรแกรมสำหรับการอ้างอิง

ตัวเลือกพื้นฐาน:

-n, --กระทู้ NUM

จำนวนเธรดที่จะจ้าง ค่าเริ่มต้น: 1.

-t, --เป้า STR

คำนำหน้าสำหรับชื่อไฟล์เอาต์พุตหรือเส้นทาง ค่าเริ่มต้น: flexbar

-r, --อ่าน ไฟล์

ไฟล์ Fasta/q หรือ stdin (-) พร้อมการอ่านที่อาจมีบาร์โค้ด

-p, --อ่าน2 ไฟล์

รองรับไฟล์อินพุตที่สองของไฟล์อ่านคู่ gz และ bz2

-f, --รูปแบบ STR

รูปแบบคุณภาพ: sanger, solexa, i1.3, i1.5, i1.8 (illumina 1.8+)

-c, --สีพื้นที่

ป้อนข้อมูลในรูปแบบช่องว่างสี csfasta หรือ csfastq ในการปรับขนาด sanger

การตรวจจับบาร์โค้ด:

-b, --บาร์โค้ด ไฟล์

ไฟล์ Fasta ที่มีบาร์โค้ดสำหรับการแยกส่วนที่อาจประกอบด้วย N.

-br, --บาร์โค้ด-อ่าน ไฟล์

ไฟล์ Fasta/q ประกอบด้วยการอ่านบาร์โค้ดแยกต่างหากสำหรับการตรวจจับ

- เป็น, --บาร์โค้ด-trim-end STR

ประเภทของการตรวจจับ ดูโหมดการตัดแต่งส่วน ค่าเริ่มต้น: ใด ๆ

-โบ, --บาร์โค้ด-นาที-ทับซ้อนกัน NUM

การทับซ้อนขั้นต่ำของบาร์โค้ดและการอ่าน ค่าเริ่มต้น: ความยาวบาร์โค้ด

-จขกท, --บาร์โค้ดเกณฑ์ NUM

อนุญาตให้ไม่ตรงกันและช่องว่างต่อการทับซ้อนกัน 10 ฐาน ค่าเริ่มต้น: 1.0

-this, --บาร์โค้ด-unassigned

รวมการอ่านที่ไม่ได้มอบหมายในการสร้างเอาต์พุต

การถอดอะแดปเตอร์:

-a, --อะแดปเตอร์ ไฟล์

ไฟล์ Fasta พร้อมอะแดปเตอร์สำหรับการลบที่อาจมี N.

-เช่น, --อะแดปเตอร์-seq STR

ลำดับอะแด็ปเตอร์เดี่ยวเป็นทางเลือกแทนอแดปเตอร์

- เอะ, --adapter-ตัด-end STR

ประเภทของการลบ โปรดดูที่โหมดการตัดแต่งส่วน ค่าเริ่มต้น: ขวา

-ถึง, --adapter-นาที-ทับซ้อนกัน NUM

การทับซ้อนขั้นต่ำของอแด็ปเตอร์และลำดับการอ่าน ค่าเริ่มต้น: 1.

-ที่, --adapter-เกณฑ์ NUM

อนุญาตให้ไม่ตรงกันและช่องว่างต่อการทับซ้อนกัน 10 ฐาน ค่าเริ่มต้น: 3.0

การกรองและการตัดแต่ง:

-u, --max-uncall NUM

อนุญาตให้ใช้เบสที่ไม่ได้เรียก (N หรือ .) สำหรับการอ่านแต่ละครั้ง ค่าเริ่มต้น: 0

-x, --pre-trim-ซ้าย NUM

ตัดจำนวนฐานที่กำหนดเมื่อสิ้นสุดการอ่าน 5' ก่อนการตรวจจับ

-y, --ก่อนตัดแต่ง-ขวา NUM

ตัดจำนวนฐานที่ระบุบนปลาย 3' ก่อนการตรวจจับ

-q, --ก่อนตัดแต่ง-phred NUM

ทริม 3 ' สิ้นสุดจนกว่าจะถึงคุณภาพที่ระบุหรือสูงกว่า

-k, --หลังการตัดแต่งความยาว NUM

ตัดให้มีความยาวอ่านที่ระบุจากด้านท้าย 3' หลังจากนำออก

-m, --min-read-ความยาว NUM

ความยาวการอ่านขั้นต่ำที่จะคงอยู่หลังจากนำออก ค่าเริ่มต้น: 18.

การเลือกเอาต์พุต:

-o, --fasta-เอาท์พุท

ต้องการรูปแบบที่ไม่ใช่คุณภาพ fasta และ csfasta สำหรับเอาต์พุต

-z, --zip-เอาท์พุท STR

เปิดใช้งานการบีบอัดไฟล์เอาต์พุตโดยตรง หนึ่งใน GZ และ BZ2

-s, --single-อ่าน

เขียนการอ่านคู่เดียวสำหรับคู่ที่สั้นเกินไป

การบันทึกและการติดแท็ก:

-l, --log-ระดับ STR

พิมพ์การจัดตำแหน่งการอ่านที่เหมาะสมที่สุด หนึ่งในทั้งหมด MOD และ TAB

-g, --removal-แท็ก

การอ่านแท็กที่ต้องถอดอะแดปเตอร์หรือบาร์โค้ด

โหมดตัดปลาย:

ใดๆ: ด้านที่ยาวกว่าของการอ่านยังคงอยู่หลังจากลบคาบเกี่ยวกันออก ซ้าย: ด้านขวายังคงอยู่
หลังจากนำออก จัดตำแหน่ง <= อ่านสิ้นสุด ขวา: ส่วนด้านซ้ายยังคงอยู่หลังจากนำออก จัดตำแหน่ง >=
read start LEFT_TAIL: พิจารณา n ฐานของการอ่านในการจัดตำแหน่ง RIGHT_TAIL: use
เหลือเพียง n เบส โปรดดูตัวเลือกความยาวหาง

ตัวอย่าง

ยืดหยุ่น -r อ่าน.fq -f i1.8 -t เป้า -b บีอาร์ซี.ฟ้า -a adap.fa แถบยืดหยุ่น -r
reads.csfastq.gz -a adap.ฟ้า -ถึง 5 - เอะ LEFT -c

VERSION

เวอร์ชัน flexbar: 2.4 อัปเดตล่าสุด 29 กรกฎาคม 2013

ตัวเลือกขั้นสูง: flexbar -w

flexbar เวอร์ชัน 2.4

ใช้ flexbar ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net