จิ้งจอก - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

fox - การกำหนดโครงสร้าง ab-initio จากข้อมูลการเลี้ยวเบน

เรื่องย่อ

จิ้งจอก [ตัวเลือก] [ไฟล์.xml]

DESCRIPTION

พื้นที่ จิ้งจอก (Free Objects for Crystallography) จัดทำโปรแกรมสำหรับ ab initio crystal
โซลูชันโครงสร้างจากข้อมูลการเลี้ยวเบน คุณสมบัติที่น่าสนใจที่สุดสำหรับ ab initio
การกำหนดโครงสร้างคือ:

* คำอธิบายที่หลากหลายของเนื้อหาคริสตัล

* การแก้ไขอัตโนมัติสำหรับตำแหน่งพิเศษและอะตอมที่ใช้ร่วมกันระหว่างรูปทรงหลายเหลี่ยม

* ความสามารถในการใช้รูปแบบผงหลายแบบพร้อมกัน

* อัลกอริธึมการเพิ่มประสิทธิภาพระดับโลกที่ชาญฉลาด

* อินเทอร์เฟซแบบกราฟิกพร้อมมุมมองโครงสร้างคริสตัล 3 มิติและการอัปเดตสดระหว่าง
กระบวนการเพิ่มประสิทธิภาพ

OPTIONS

โปรแกรมนี้จะดำเนินการโดยมีหรือไม่มีตัวเลือกบรรทัดคำสั่งหรือไฟล์อินพุต (file.xml)
มันเป็นไปตามไวยากรณ์บรรทัดคำสั่งปกติของ GNU โดยมีตัวเลือกแบบยาวขึ้นต้นด้วยขีดกลางสองตัว
(`-'). สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง สำหรับคำอธิบายทั้งหมด ดูที่จิ้งจอก
วิกิพีเดีย http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--ช่วยด้วย แสดงสรุปตัวเลือก

--loadfouriergrd แผนที่.grd
โหลดและแสดงแผนที่ฟูริเยร์ 'map.grd' พร้อมโครงสร้างคริสตัล (แรก)

--loadfourierdsn6 แผนที่.DN6
โหลดและแสดงแผนที่ฟูริเยร์ DSN6 พร้อมโครงสร้างผลึก (แรก)

--โนกุย
เรียกใช้โดยไม่มี GUI เปิดใช้งานการเพิ่มประสิทธิภาพโดยอัตโนมัติ --nogui อาจมาพร้อมกับ
ตัวเลือกต่อไปนี้:

-n 10000
ทดลองใช้งานได้สูงสุด 10000 ครั้ง (ค่าเริ่มต้น: 1000000)

--nbrun 5
ทำ 5 รัน สุ่มก่อนการวิ่งแต่ละครั้ง (ค่าเริ่มต้น: 1) ใช้ -1 เพื่อรันไปเรื่อย ๆ

-o ออก.xml
เอาต์พุตใน 'out.xml'

--สุ่ม
สุ่มการกำหนดค่าเริ่มต้น

--เงียบ
ผลิต (เกือบ) ไม่มีเอาต์พุตข้อความ

--ค่าใช้จ่ายขั้นสุดท้าย 0.15
เรียกใช้การเพิ่มประสิทธิภาพจนถึงต้นทุน < 0.15

--cif2รูปแบบ 1.5406 170 5000 .1
จำลองรูปแบบสำหรับอินพุตคริสตัล ความยาวคลื่น=1.5406 สูงถึง 170° ด้วยคะแนน 500 จุด
และความกว้างสูงสุด 0.1°

ตัวอย่าง

จิ้งจอก ซิลิคอน.xml
โหลดไฟล์ 'silicon.xml' และเปิด GUI

จิ้งจอก ไซเมทิดีน-ผง.xml --โนกุย --สุ่ม -n 1000000 -o best.xml
โหลดไฟล์ 'ktartrate.xml' สุ่ม จากนั้นทำการเพิ่มประสิทธิภาพ 1 ครั้งจากการทดลองใช้ 1 ล้านครั้ง
และบันทึกโครงสร้างที่ดีที่สุดใน 'best.xml'

จิ้งจอก ไซเมทิดีน-ผง.xml --โนกุย --สุ่ม -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
โหลดไฟล์ 'Cimetidine-powder.xml' จากนั้นให้รัน 10 ครั้ง (เริ่มจากการสุ่ม
โครงสร้าง) ของการทดลองใช้ 10 ล้านครั้ง (การรันแต่ละครั้งจะบันทึกไฟล์ xml หนึ่งไฟล์) และบันทึกสิ่งที่ดีที่สุด
โครงสร้างใน 'best.xml'

จิ้งจอก ไซเมทิดีน-ผง.xml --โนกุย --เงียบ --สุ่ม -n 10000000 --nbrun 10 --ค่าใช้จ่ายขั้นสุดท้าย
200000 -o best.xml
โหลดไฟล์ 'Cimetidine-powder.xml' จากนั้นทำการทดลอง 10 ล้านครั้งโดยไม่โต้ตอบ 10 ครั้ง
(การรันแต่ละครั้งจะบันทึกไฟล์ xml หนึ่งไฟล์) และบันทึกโครงสร้างที่ดีที่สุดใน 'best.xml' แต่ละ
เรียกใช้ การเพิ่มประสิทธิภาพจะหยุดลงหากต้นทุนต่ำกว่า 200000

ใช้ฟ็อกซ์ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net