นี่คือคำสั่ง fuzztrane ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
fuzztran - ค้นหารูปแบบในลำดับโปรตีน (แปลแล้ว)
เรื่องย่อ
ฟัซทราน -ลำดับ ภาคต่อ - รูปแบบ Belt hold [- กรอบ รายการ] [-ตาราง รายการ] -outfile รายงาน
ฟัซทราน -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
ฟัซทราน เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
- รูปแบบ Belt hold
ใช้รหัสตัวอักษรเดียวมาตรฐาน IUPAC สำหรับกรดอะมิโน สัญลักษณ์ 'x' คือ
ใช้สำหรับตำแหน่งที่รับกรดอะมิโน ความคลุมเครือแสดงโดย
แสดงรายการกรดอะมิโนที่ยอมรับได้สำหรับตำแหน่งที่กำหนด ระหว่างวงเล็บเหลี่ยม '[
]'. ตัวอย่างเช่น: [ALT] ย่อมาจาก Ala หรือ Leu หรือ Thr ความคลุมเครือยังระบุด้วย
รายการระหว่างวงเล็บปีกกาคู่หนึ่ง '{ }' กรดอะมิโนที่ไม่ได้รับการยอมรับ
ในตำแหน่ง gven ตัวอย่างเช่น {AM} ย่อมาจากกรดอะมิโนใดๆ ยกเว้น Ala และ Met
แต่ละองค์ประกอบในรูปแบบจะแยกจากเพื่อนบ้านด้วย '-' (ตัวเลือกใน
fuzztran) การทำซ้ำองค์ประกอบของรูปแบบสามารถระบุได้โดยทำตามนั้น
องค์ประกอบที่มีค่าตัวเลขหรือช่วงตัวเลขระหว่างวงเล็บ ตัวอย่าง:
x(3) สอดคล้องกับ xxx, x(2,4) สอดคล้องกับ xx หรือ xxx หรือ xxxx เมื่อ
รูปแบบถูกจำกัดไว้ที่ปลาย N หรือ C ของลำดับ รูปแบบนั้น
เริ่มต้นด้วยสัญลักษณ์ '<' หรือลงท้ายด้วยสัญลักษณ์ '>' ตามลำดับ ช่วงเวลาสิ้นสุด
รูปแบบ. (ตัวเลือกใน fuzztran) ตัวอย่างเช่น [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)ค
เพิ่มเติม ส่วน
- กรอบ รายการ
ค่าเริ่มต้น: 1
-ตาราง รายการ
เอาท์พุต ส่วน
-outfile รายงาน
ใช้ fuzztrane ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
