นี่คือคำสั่ง genome-music-bmr-calc-wig-covgp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator หรือ MAC OS online emulator
โครงการ:
ชื่อ
เพลงจีโนม bmr calc-wig-covg - นับฐานที่ครอบคลุมต่อยีนสำหรับแต่ละแทร็กกระดิกที่กำหนด
ไฟล์รูปแบบ
VERSION
เอกสารนี้อธิบายจีโนมเพลง bmr calc-wig-covg เวอร์ชัน 0.04 (2016-01-01 ที่
23:10:18)
เรื่องย่อ
จีโนม เพลง bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?
การใช้งานทั่วไป:
... เพลง bmr calc-wig-covg \
--wig-รายการ input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--อ้างอิงลำดับ input_dir/all_sequences.fa \
--roi-ไฟล์ input_dir/all_coding_exons.tsv
ที่จำเป็น อาร์กิวเมนต์
ไฟล์ roi ข้อความ
รายการ ROI ที่คั่นด้วยแท็บ [chr start stop gene_name] (ดูคำอธิบาย)
อ้างอิงลำดับ ข้อความ
เส้นทางไปยังลำดับอ้างอิงในรูปแบบ FASTA
รายการวิกผม ข้อความ
รายการไฟล์ WIG ที่คั่นด้วยแท็บ [sample_name wig_file] (ดูคำอธิบาย)
เอาท์พุท-dir ข้อความ
ไดเร็กทอรีที่จะเขียนไฟล์เอาต์พุตและไดเร็กทอรีย่อย
DESCRIPTION
สคริปต์นี้นับฐานที่มีความครอบคลุมเพียงพอใน ROI ของแต่ละยีนที่ได้รับ
เลื้อยไฟล์รูปแบบแทร็กและจัดหมวดหมู่เป็น - นับ AT, CG (ไม่ใช่ CpG) และ CpG
นอกจากนี้ยังรวมการนับฐานเหล่านี้ใน ROI ทั้งหมดของแต่ละยีนสำหรับแต่ละตัวอย่าง แต่
ฐานที่ครอบคลุมซึ่งอยู่ใน ROI ที่ทับซ้อนกันจะไม่ถูกนับมากกว่าหนึ่งครั้งต่อ
จำนวนรวมเหล่านี้
อาร์กิวเมนต์
--roi-ไฟล์
ภูมิภาคที่น่าสนใจ (ROI) ของแต่ละยีนมักจะเป็นภูมิภาคที่กำหนดเป้าหมายสำหรับ
การจัดลำดับหรือผสาน exon loci (จากการถอดเสียงหลายชุด) ของยีนด้วย 2-bp
สีข้าง (ทางแยกประกบ). สำหรับการนับฐานต่อยีน ฐานที่ทับซ้อนกันจะเป็น
นับทุกครั้งที่ปรากฏใน ROI ของยีนเดียวกัน เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหานี้ โปรด
รวม ROI ที่ทับซ้อนกันของยีนเดียวกันเข้าด้วยกัน mergeBed ของ BEDtools สามารถช่วยได้หากใช้
ต่อยีน
--reference-ลำดับ
ลำดับการอ้างอิงในรูปแบบ FASTA หากไม่พบดัชนีลำดับอ้างอิง
ถัดจากไฟล์นี้ (ไฟล์ .fai) จะถูกสร้างขึ้น
--wig-รายการ
ระบุไฟล์ที่มีชื่อตัวอย่างและตำแหน่งไฟล์รูปแบบแทร็กกระดิกสำหรับ
แต่ละ. ใช้รูปแบบที่คั่นด้วยแท็บ [sample_name wig_file] ต่อบรรทัด คอลัมน์เพิ่มเติม
เช่นเดียวกับข้อมูลทางคลินิกที่ได้รับอนุญาต แต่ละเลย sample_name ต้องเหมือนกับ the
ชื่อตัวอย่างเนื้องอกที่ใช้ในไฟล์ MAF (คอลัมน์ที่ 16 พร้อมส่วนหัว
Tumor_Sample_Barcode)
--output-ผบ
ระบุไดเร็กทอรีเอาต์พุตที่จะสร้าง/เขียนสิ่งต่อไปนี้: roi_covgs:
ไดเรกทอรีย่อยที่มีจำนวนฐานที่ครอบคลุมต่อ ROI สำหรับแต่ละตัวอย่าง ยีน_covgs:
ไดเรกทอรีย่อยที่มีจำนวนเบสที่ครอบคลุมต่อยีนสำหรับแต่ละตัวอย่าง รวม_covgs:
ไฟล์ที่มีการครอบคลุมที่ไม่ทับซ้อนกันโดยรวมต่อตัวอย่าง
ใช้ genome-music-bmr-calc-wig-covgp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
