ginsi - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mafft - โปรแกรมการจัดตำแหน่งหลายตัวสำหรับลำดับกรดอะมิโนหรือนิวคลีโอไทด์

เรื่องย่อ

มัฟฟ [ตัวเลือก] อินพุต [> เอาท์พุต]

ดังนั้น อินพุต [> เอาท์พุต]

จินซี อินพุต [> เอาท์พุต]

ไอน์ซี อินพุต [> เอาท์พุต]

Fftnsi อินพุต [> เอาท์พุต]

ffns อินพุต [> เอาท์พุต]

ไม่เป็นไร อินพุต [> เอาท์พุต]

ตอนนี้ อินพุต [> เอาท์พุต]

โปรไฟล์ mafft group1 group2 [> เอาท์พุต]

อินพุต, group1 และ group2 ต้องอยู่ในรูปแบบ FASTA

DESCRIPTION

มัฟฟ เป็นโปรแกรมการจัดตำแหน่งหลายลำดับสำหรับระบบปฏิบัติการที่เหมือนยูนิกซ์ ให้บริการ
หลากหลายวิธีการจัดตำแหน่ง

เน้นความแม่นยำ วิธีการ:
· L-INS-i (น่าจะแม่นยำที่สุด แนะนำสำหรับ <200 ลำดับ; การปรับแต่งซ้ำ)
วิธีการรวมข้อมูลการจัดตำแหน่งคู่ท้องถิ่น):

มัฟฟ --localpair --เพิ่มสูงสุด 1000 อินพุต [> เอาท์พุต]

ดังนั้น อินพุต [> เอาท์พุต]

· G-INS-i (เหมาะสำหรับลำดับที่มีความยาวใกล้เคียงกัน แนะนำสำหรับ <200 ลำดับ;
วิธีการปรับแต่งแบบวนซ้ำที่รวมข้อมูลการจัดตำแหน่งคู่ทั่วโลก):

มัฟฟ --โกลบอลแพร์ --เพิ่มสูงสุด 1000 อินพุต [> เอาท์พุต]

จินซี อินพุต [> เอาท์พุต]

· E-INS-i (เหมาะสำหรับลำดับที่มีบริเวณที่ไม่สามารถจัดตำแหน่งได้ขนาดใหญ่ แนะนำสำหรับ
<200 ลำดับ):

มัฟฟ --ตอน 0 --genafpair --เพิ่มสูงสุด 1000 อินพุต [> เอาท์พุต]

ไอน์ซี อินพุต [> เอาท์พุต]

สำหรับ E-INS-i นั้น --ตอน 0 ขอแนะนำให้ใช้ตัวเลือกเพื่อให้มีช่องว่างขนาดใหญ่

เน้นความเร็ว วิธีการ:
· FFT-NS-i (วิธีการปรับแต่งแบบวนซ้ำ สองรอบเท่านั้น):

มัฟฟ --รีทรี 2 --เพิ่มสูงสุด 2 อินพุต [> เอาท์พุต]

Fftnsi อินพุต [> เอาท์พุต]

· FFT-NS-i (วิธีการปรับแต่งแบบวนซ้ำ สูงสุด 1000 ครั้ง):

มัฟฟ --รีทรี 2 --เพิ่มสูงสุด 1000 อินพุต [> เอาท์พุต]

· FFT-NS-2 (เร็ว วิธีก้าวหน้า):

มัฟฟ --รีทรี 2 --เพิ่มสูงสุด 0 อินพุต [> เอาท์พุต]

ffns อินพุต [> เอาท์พุต]

· FFT-NS-1 (เร็วมาก แนะนำสำหรับ >2000 ลำดับ วิธีแบบโปรเกรสซีฟพร้อมคำหยาบ
ต้นไม้นำทาง):

มัฟฟ --รีทรี 1 --เพิ่มสูงสุด 0 อินพุต [> เอาท์พุต]

· NW-NS-i (วิธีการปรับแต่งแบบวนซ้ำโดยไม่มีการประมาณ FFT สองรอบเท่านั้น):

มัฟฟ --รีทรี 2 --เพิ่มสูงสุด 2 --นอฟท์ อินพุต [> เอาท์พุต]

ตอนนี้ อินพุต [> เอาท์พุต]

· NW-NS-2 (เร็ว วิธีแบบก้าวหน้าโดยไม่มีการประมาณ FFT):

มัฟฟ --รีทรี 2 --เพิ่มสูงสุด 0 --นอฟท์ อินพุต [> เอาท์พุต]

ไม่เป็นไร อินพุต [> เอาท์พุต]

· NW-NS-PartTree-1 (แนะนำสำหรับ ~10,000 ถึง ~50,000 ลำดับ; วิธีแบบก้าวหน้า
ด้วยอัลกอริธึม PartTree):

มัฟฟ --รีทรี 1 --เพิ่มสูงสุด 0 --นอฟท์ --พาร์ททรี อินพุต [> เอาท์พุต]

กลุ่มต่อกลุ่ม การจัดตำแหน่ง

โปรไฟล์ mafft group1 group2 [> เอาท์พุต]

หรือ:

มัฟฟ --เพิ่มสูงสุด 1000 --เมล็ด group1 --เมล็ด group2 /dev/null [> เอาท์พุต]

OPTIONS

ขั้นตอนวิธี
--อัตโนมัติ
เลือกกลยุทธ์ที่เหมาะสมโดยอัตโนมัติจาก L-INS-i, FFT-NS-i และ FFT-NS-2
ตามขนาดข้อมูล ค่าเริ่มต้น: ปิด (เสมอ FFT-NS-2)

---6merpair
ระยะทางคำนวณจากจำนวน 6mers ที่ใช้ร่วมกัน ค่าเริ่มต้น: on

--โกลบอลแพร์
การจัดตำแหน่งแบบคู่ทั้งหมดคำนวณด้วยอัลกอริธึม Needleman-Wunsch มากกว่า
แม่นยำ แต่ช้ากว่า ---6merpair เหมาะสำหรับชุดที่จัดตำแหน่งได้ทั่วโลก
ลำดับ ใช้ได้กับลำดับสูงสุด ~ 200 การรวมกันกับ --maxiterate 1000
ขอแนะนำ (G-INS-i) ค่าเริ่มต้น: ปิด (ใช้ระยะทาง 6mer)

--localpair
การจัดตำแหน่งแบบคู่ทั้งหมดคำนวณด้วยอัลกอริธึม Smith-Waterman แม่นยำยิ่งขึ้น
แต่ช้ากว่า ---6merpair เหมาะสำหรับชุดของลำดับที่จัดตำแหน่งได้ในเครื่อง
ใช้ได้กับลำดับสูงสุด ~ 200 รวมกับ --maxiterate 1000 is
แนะนำ (L-INS-i) ค่าเริ่มต้น: ปิด (ใช้ระยะทาง 6mer)

--genafpair
การจัดตำแหน่งแบบคู่ทั้งหมดจะคำนวณด้วยอัลกอริธึมท้องถิ่นด้วยค่าทั่วไป
ค่าช่องว่างความสัมพันธ์ (Altschul 1998) แม่นยำกว่า แต่ช้ากว่า ---6merpair เหมาะสม
เมื่อคาดว่าจะมีช่องว่างภายในขนาดใหญ่ ใช้ได้กับลำดับสูงสุด ~ 200 NS
แนะนำให้ใช้ร่วมกับ --maxiterate 1000 (E-INS-i) ค่าเริ่มต้น: ปิด (6mer
ใช้ระยะทาง)

--fastapair
การจัดตำแหน่งแบบคู่ทั้งหมดคำนวณด้วย FASTA (Pearson and Lipman 1988) FASTA คือ
ที่จำเป็น. ค่าเริ่มต้น: ปิด (ใช้ระยะทาง 6mer)

--น้ำหนัก จำนวน
ตัวคูณน้ำหนักสำหรับเงื่อนไขความสอดคล้องที่คำนวณจากการจัดตำแหน่งคู่ ถูกต้อง
เมื่ออย่างใดอย่างหนึ่งของ --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair หรือ --blastpair is
เลือก ค่าเริ่มต้น: 2.7

--รีทรี จำนวน
สร้างต้นไม้นำทาง จำนวน ครั้งในระยะก้าวหน้า ใช้ได้กับระยะทาง 6mer
ค่าเริ่มต้น: 2

--เพิ่มสูงสุด จำนวน
จำนวน รอบของการปรับแต่งแบบวนซ้ำจะดำเนินการ ค่าเริ่มต้น: 0

- ไม่
ใช้การประมาณ FFT ในการจัดตำแหน่งแบบกลุ่มต่อกลุ่ม ค่าเริ่มต้น: on

--นอฟท์
อย่าใช้การประมาณ FFT ในการจัดตำแหน่งแบบกลุ่มต่อกลุ่ม ค่าเริ่มต้น: ปิด

--โนสกอร์
คะแนนการจัดตำแหน่งจะไม่ถูกตรวจสอบในขั้นตอนการปรับแต่งซ้ำ ค่าเริ่มต้น: ปิด (score
ถูกตรวจสอบ)

--memsave
ใช้อัลกอริทึมของ Myers-Miller (1988) ค่าเริ่มต้น: เปิดโดยอัตโนมัติเมื่อ
ความยาวการจัดตำแหน่งเกิน 10,000 (aa/nt)

--พาร์ททรี
ใช้วิธีสร้างต้นไม้อย่างรวดเร็ว (PartTree, Katoh และ Toh 2007) ด้วยระยะทาง 6mer
อินพุตที่แนะนำสำหรับลำดับจำนวนมาก (> ~ 10,000) ค่าเริ่มต้น: ปิด

--dpparttree
อัลกอริทึม PartTree ใช้กับระยะทางตาม DP แม่นยำขึ้นเล็กน้อยและ
ช้ากว่า --parttree แนะนำสำหรับลำดับจำนวนมาก (> ~ 10,000) คือ
ป้อนข้อมูล. ค่าเริ่มต้น: ปิด

--ฟาสต์พาร์ททรี
อัลกอริทึม PartTree ใช้กับระยะทางตาม FASTA แม่นยำขึ้นเล็กน้อย
และช้ากว่า --parttree แนะนำสำหรับลำดับจำนวนมาก (> ~ 10,000)
เป็นข้อมูลเข้า ต้องใช้ FASTA ค่าเริ่มต้น: ปิด

--ขนาดชิ้นส่วน จำนวน
จำนวนพาร์ติชั่นในอัลกอริธึม PartTree ค่าเริ่มต้น: 50

--ขนาดกลุ่ม จำนวน
อย่าจัดตำแหน่งให้ใหญ่กว่า จำนวน ลำดับ ใช้ได้เฉพาะกับ --*parttree
ตัวเลือก. ค่าเริ่มต้น: จำนวนลำดับอินพุต

พารามิเตอร์
--สหกรณ์ จำนวน
บทลงโทษการเปิดช่องว่างที่การจัดตำแหน่งแบบกลุ่มต่อกลุ่ม ค่าเริ่มต้น: 1.53

--ตอน จำนวน
ค่าออฟเซ็ต ซึ่งทำงานเหมือนกับการปรับขยายช่องว่าง สำหรับการจัดตำแหน่งแบบกลุ่มต่อกลุ่ม
ค่าเริ่มต้น: 0.123

--ตัด จำนวน
ช่องว่างระหว่างจุดโทษที่ตำแหน่งคู่ท้องถิ่น ใช้ได้เมื่อ --localpair หรือ
เลือกตัวเลือก --genafpair ค่าเริ่มต้น: -2.00

--โรคเรื้อน จำนวน
ค่าออฟเซ็ตที่การจัดตำแหน่งคู่ท้องถิ่น ใช้ได้เมื่อ --localpair หรือ --genafpair
ได้เลือกตัวเลือก ค่าเริ่มต้น: 0.1

--lexp จำนวน
การลงโทษการขยายช่องว่างที่การจัดตำแหน่งคู่ท้องถิ่น ใช้ได้เมื่อ --localpair หรือ
เลือกตัวเลือก --genafpair ค่าเริ่มต้น: -0.1

--ตัด จำนวน
ช่องว่างเปิดบทลงโทษเพื่อข้ามการจัดตำแหน่ง ใช้ได้เมื่อตัวเลือก --genafpair เป็น
เลือก ค่าเริ่มต้น: -6.00

- ปิดใช้งาน จำนวน
การลงโทษการขยายช่องว่างเพื่อข้ามการจัดตำแหน่ง ใช้ได้เมื่อตัวเลือก --genafpair เป็น
เลือก ค่าเริ่มต้น: 0.00

--bl จำนวน
บลอสซัม จำนวน ใช้เมทริกซ์ (Henikoff และ Henikoff 1992) จำนวน=30, 45, 62 หรือ 80.
ค่าเริ่มต้น: 62

--jtt จำนวน
จขกท.แพม จำนวน (Jones et al. 1992) ใช้เมทริกซ์ จำนวน>0. ค่าเริ่มต้น: BLOSUM62

--TM จำนวน
เมมเบรน PAM จำนวน (Jones et al. 1994) ใช้เมทริกซ์ จำนวน>0. ค่าเริ่มต้น:
บลอสซัม62

--อามาทริกซ์ เมทริกซ์ไฟล์
ใช้เมทริกซ์การให้คะแนน AA ที่ผู้ใช้กำหนด รูปแบบของ เมทริกซ์ไฟล์ ก็เหมือนกับของ
ระเบิด. ละเว้นเมื่อมีการป้อนลำดับนิวคลีโอไทด์ ค่าเริ่มต้น: BLOSUM62

--fmodel
รวมข้อมูลองค์ประกอบ AA/nuc ลงในเมทริกซ์การให้คะแนน ค่าเริ่มต้น: ปิด

เอาท์พุต
--คลัสเตอร์
รูปแบบเอาต์พุต: รูปแบบคลัสเตอร์ ค่าเริ่มต้น: ปิด (รูปแบบ fasta)

--การป้อนข้อมูล
ลำดับเอาต์พุต: เหมือนกับอินพุต ค่าเริ่มต้น: on

--เรียงลำดับใหม่
ลำดับเอาต์พุต: จัดตำแหน่ง ค่าเริ่มต้น: ปิด (อินพุต)

--ทรีเอาท์
ต้นไม้นำทางถูกส่งออกไปยัง อินพุตไฟล์ .tree ค่าเริ่มต้น: ปิด

--เงียบ
ไม่แจ้งความคืบหน้า ค่าเริ่มต้น: ปิด

อินพุต
--nuc
สมมติว่าลำดับเป็นนิวคลีโอไทด์ ค่าเริ่มต้น: auto

--อะมิโน
สมมติว่าลำดับเป็นกรดอะมิโน ค่าเริ่มต้น: auto

--เมล็ด การจัดตำแหน่ง1 [--เมล็ด การจัดตำแหน่ง2 --เมล็ด การจัดตำแหน่ง3 ... ]
การจัดตำแหน่งเมล็ดพันธุ์ให้ใน การจัดตำแหน่ง_n (รูปแบบ fasta) สอดคล้องกับลำดับใน
อินพุต. การจัดตำแหน่งภายในทุกเมล็ดจะถูกเก็บรักษาไว้

ใช้ ginsi ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net