gmod_gff3_preprocessor.plp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

$0 - เตรียมไฟล์ GFF3 สำหรับการโหลดจำนวนมากลงในฐานข้อมูล chado

เรื่องย่อ

% gmod_gff_preprocessor [ตัวเลือก] --gfffile

บรรทัดคำสั่ง OPTIONS

--gfffile ไฟล์ที่มี GFF3 (ตัวเลือกสามารถอ่านได้
จาก stdin)
--outfile ชื่อเคอร์เนลที่จะใช้สำหรับการตั้งชื่อไฟล์ผลลัพธ์
--splitfile แยกไฟล์ออกเป็นส่วน ๆ ที่จัดการได้มากขึ้นโดยให้
อาร์กิวเมนต์เพื่อควบคุมการแยก
--onlysplit แยกไฟล์แล้วออก (เช่น ไม่ต้องเรียงลำดับ)
--nosplit อย่าแยกไฟล์ (เช่น เรียงลำดับเท่านั้น)
--hasrefseq ตั้งค่านี้หากไฟล์มีลำดับอ้างอิง line
(จำเป็นเฉพาะในกรณีที่ไม่แยกไฟล์)
--dbprofile ระบุชื่อโปรไฟล์ gmod.conf (มิฉะนั้นให้ใช้ค่าเริ่มต้น)
--inheritance_tiers คุณคาดว่าจะได้รับมรดกกี่ระดับ tis file
ที่จะมี (ค่าเริ่มต้น: 3)

DESCRIPTION

splitfile -- เพียงแค่ตั้งค่าแฟล็กนี้เป็น 1 จะทำให้ไฟล์ถูกแบ่งโดยการอ้างอิง
ลำดับ. หากคุณระบุอาร์กิวเมนต์ที่เป็นทางเลือก จะมีการแยกอาร์กิวเมนต์เพิ่มเติมตาม
กฎเหล่านี้:

source=1 แยกไฟล์ตามค่าในคอลัมน์ต้นทาง
source=a,b,c วางบรรทัดที่มีแหล่งที่มาที่ตรงกัน (ผ่านนิพจน์ทั่วไป)
'a', 'b' หรือ 'c' ในไฟล์แยกกัน
type=a,b,c ใส่บรรทัดที่มีประเภทที่ตรงกับ 'a', 'b' หรือ 'c' ใน
แยกไฟล์

ตัวอย่างเช่น หากคุณต้องการให้ผลการวิเคราะห์ทั้งหมดอยู่ในไฟล์แยกต่างหาก คุณ
สามารถระบุ '--splitfile type=match' และ cDNA_match ทั้งหมด EST_match และ
คุณสมบัติ cross_genome_match จะแยกเป็นไฟล์แยกกัน (แยกกันตามลำดับการอ้างอิง)

inheritence_tiers -- จำนวนระดับของการสืบทอดที่ไฟล์นี้มี ตัวอย่างเช่น if
ไฟล์มียีน "central dogma" (ยีน/mRNA/ exon,polypeptide) จากนั้นจะมี 3 ขึ้น
รองรับถึง 4 แต่ยิ่งตัวเลขสูงเท่าไรก็ยิ่งทำงานช้าลงเท่านั้น ถ้าคุณไม่
รู้ว่า 3 เป็นการเดาที่สมเหตุสมผล

ฟาสต้า ลำดับ
หากไฟล์ GFF3 มีลำดับ FASTA ต่อท้าย ลำดับจะถูกวางใน a
แยกไฟล์ที่มีนามสกุล '.fasta' ไฟล์ fasta นี้สามารถโหลดแยกกันได้หลังจาก
ไฟล์ GFF3 แบบแยกและ/หรือเรียงลำดับถูกโหลดโดยใช้คำสั่ง:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

ใช้ gmod_gff3_preprocessor.plp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net