gmx-check - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-check - ตรวจสอบและเปรียบเทียบไฟล์

เรื่องย่อ

ตรวจสอบ gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-S1 [<.tpr>]]
[-S2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.เท็กซ์>]] [-vdwfac ]
[- บอนโล ] [-บอนฮี ] [-[ไม่]rmsd] [-ตอล ]
[-แอบสทอล ] [-[ไม่]อับ] [- พลาสเตอร์ ]

DESCRIPTION

GMX ตรวจสอบ อ่านวิถี (.tng, .tr or .xtc) ไฟล์พลังงาน (.เอ็ด) หรือไฟล์ดัชนี
(.ndx) และพิมพ์ข้อมูลที่เป็นประโยชน์เกี่ยวกับพวกเขา

ตัวเลือกเสริม (Option) -c ตรวจสอบการมีอยู่ของพิกัด ความเร็ว และกล่องในไฟล์ เพื่อหาระยะใกล้
ผู้ติดต่อ (น้อยกว่า -vdwfac และไม่ผูกมัด กล่าวคือ ไม่อยู่ระหว่าง - บอนโล และ -บอนฮีทั้งหมด
เทียบกับผลรวมของรัศมี Van der Waals) และอะตอมที่อยู่นอกกรอบ (อาจ
เกิดขึ้นบ่อยและไม่มีปัญหา) หากมีความเร็ว อุณหภูมิโดยประมาณจะ
จะคำนวณจากพวกเขา

หากไฟล์ดัชนีได้รับเนื้อหาจะถูกสรุป

ถ้าทั้งวิถีและa .tpr ไฟล์จะได้รับ (กับ -S1) โปรแกรมจะตรวจสอบว่า
ความยาวพันธะที่กำหนดไว้ในไฟล์ tpr นั้นถูกต้องในวิถี ถ้าไม่ใช่คุณ
อาจมีไฟล์ที่ไม่ตรงกันเนื่องจากเช่น deshuffling หรือเนื่องจากปัญหากับไซต์เสมือน
ด้วยธงเหล่านี้ GMX ตรวจสอบ ให้ตรวจสอบปัญหาดังกล่าวอย่างรวดเร็ว

โปรแกรมสามารถเปรียบเทียบการรันอินพุทสองตัว (.tpr) ไฟล์เมื่อทั้ง -S1 และ -S2 มีจำหน่าย
ในทำนองเดียวกัน ไฟล์วิถีคู่สามารถเปรียบเทียบได้ (โดยใช้ปุ่ม -f2 ตัวเลือก) หรือคู่ของ
ไฟล์พลังงาน (โดยใช้ -e2 ตัวเลือก)

สำหรับการจำลองพลังงานฟรี โทโพโลยีสถานะ A และ B จากไฟล์อินพุตที่รันหนึ่งไฟล์สามารถเป็น
เทียบกับตัวเลือก -S1 และ -ab.

ในกรณีที่ -m ตั้งค่าสถานะไฟล์ LaTeX จะถูกเขียนประกอบด้วยโครงร่างคร่าวๆ
สำหรับส่วนวิธีการสำหรับกระดาษ

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (เลือกได้)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (เลือกได้)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-S1 [<.tpr>] (top1.tpr) (เลือกได้)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-S2 [<.tpr>] (top2.tpr) (เลือกได้)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (เลือกได้)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-e [<.edr>] (ener.edr) (เลือกได้)
ไฟล์พลังงาน

-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (เลือกได้)
ไฟล์พลังงาน

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-m [<.เท็กซ์>] (doc.เท็กซ์) (เลือกได้)
ไฟล์ LaTeX

ตัวเลือกอื่น:

-vdwfac (0.8)
เศษส่วนของผลรวมของรัศมี VdW ที่ใช้เป็นตัวตัดเตือน

- บอนโล (0.4)
นาที. เศษส่วน ของผลรวมของรัศมี VdW สำหรับอะตอมที่ถูกพันธะ

-บอนฮี (0.7)
แม็กซ์ เศษส่วน ของผลรวมของรัศมี VdW สำหรับอะตอมที่ถูกพันธะ

-[ไม่]rmsd (ไม่มี)
พิมพ์ RMSD สำหรับ x, v และ f

-ตอล (0.001)
ค่าเผื่อสัมพัทธ์สำหรับการเปรียบเทียบค่าจริงที่กำหนดเป็น 2*(ab)/(|a|+|b|)

-แอบสทอล (0.001)
ค่าเผื่อสัมบูรณ์ มีประโยชน์เมื่อผลรวมใกล้ศูนย์

-[ไม่]อับ (ไม่มี)
เปรียบเทียบโทโพโลยี A และ B จากไฟล์เดียว

- พลาสเตอร์
ระยะพลังงานสุดท้ายเพื่อเปรียบเทียบ (หากไม่ได้รับการทดสอบทั้งหมด) มันสมเหตุสมผลที่จะขึ้นไป
จนเกิดความกดดัน

ใช้ gmx-check ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net