gmx-confrms - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-confrms - ใส่สองโครงสร้างและคำนวณ RMSD

เรื่องย่อ

ข้อตกลง gmx [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-N1 [<.ndx>]] [-N2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[ไม่มี [<.ndx>]] [-[ตอนนี้] [-[ไม่มีใคร] [-[ไม่]mw] [-[ไม่]pbc]
[-[ไม่]พอดี] [-[ไม่มีชื่อ] [-[ไม่มีฉลาก] [-[ไม่]bfac]

DESCRIPTION

GMX ยืนยัน คำนวณค่าเบี่ยงเบนกำลังสองของค่าเฉลี่ยรูต (RMSD) ของสองโครงสร้างหลัง
สี่เหลี่ยมน้อยที่สุดเหมาะกับโครงสร้างที่สองในอันแรก โครงสร้างทั้งสองไม่
จะต้องมีจำนวนอะตอมเท่ากัน มีเพียง XNUMX กลุ่มดัชนีที่ใช้เพื่อความพอดีเท่านั้น
จะเหมือนกัน กับ -แยม จะใช้เฉพาะชื่ออะตอมที่ตรงกันจากกลุ่มที่เลือกเท่านั้น
สำหรับการคำนวณความพอดีและ RMSD สิ่งนี้มีประโยชน์ในการเปรียบเทียบการกลายพันธุ์ของโปรตีน

โครงสร้างซ้อนทับถูกเขียนลงในไฟล์ ใน .pdb ไฟล์ทั้งสองโครงสร้างจะเป็น
เขียนเป็นแบบจำลองแยกกัน (use ราสมอล -nmrpdb). นอกจากนี้ใน .pdb ไฟล์, คำนวณปัจจัย B
จากค่าอะตอมมิก MSD สามารถเขียนด้วย -bfac.

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ tpr

-N1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-N2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ

ไม่มี [<.ndx>] (match.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกอื่น:

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-[ไม่มีใคร (ไม่มี)
เขียนเฉพาะโครงสร้างที่ติดตั้งลงในไฟล์

-[ไม่]mw (ใช่)
ข้อต่อแบบถ่วงน้ำหนักและ RMSD

-[ไม่]pbc (ไม่มี)
พยายามทำให้โมเลกุลกลับมาสมบูรณ์อีกครั้ง

-[ไม่]พอดี (ใช่)
ทำการซ้อนทับอย่างน้อยกำลังสองของโครงสร้างเป้าหมายไปยังการอ้างอิง

-[ไม่มีชื่อ (ไม่มี)
เปรียบเทียบเฉพาะชื่ออะตอมที่ตรงกัน

-[ไม่มีฉลาก (ไม่มี)
เพิ่มป้ายลูกโซ่ A สำหรับโครงสร้างแรกและ B สำหรับโครงสร้างที่สอง

-[ไม่]bfac (ไม่มี)
เอาปัจจัย B จากค่า MSD ของอะตอม

ใช้ gmx-confrms ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net