gmx-covar - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-covar - คำนวณและแนวทแยงของเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ โควาร์ [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-ของ [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-แอสกี้ [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-คุณ ] [-xvg ] [-[ไม่]พอดี]
[-[ไม่]ref] [-[ไม่]มว] [-ล่าสุด ] [-[ไม่]pbc]

DESCRIPTION

GMX โควาร์ คำนวณและกำหนดเส้นทแยงมุมของเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม (ถ่วงน้ำหนัก) ทั้งหมด
โครงสร้างจะพอดีกับโครงสร้างในไฟล์โครงสร้าง เมื่อนี่ไม่ใช่การวิ่ง
ช่วงเวลาของไฟล์อินพุตจะไม่ถูกนำมาพิจารณา เมื่อพอดีและวิเคราะห์กลุ่ม
เหมือนกันและการวิเคราะห์ไม่มีการถ่วงน้ำหนัก ความพอดีก็จะไม่ใช่
ถ่วงน้ำหนัก

eigenvectors ถูกเขียนลงในไฟล์วิถี (-v). เมื่อใช้อะตอมเดียวกันสำหรับ
ความพอดีและการวิเคราะห์ความแปรปรวนร่วม โครงสร้างอ้างอิงสำหรับความพอดีเขียนไว้ก่อน
ด้วย t=-1 ค่าเฉลี่ย (หรืออ้างอิงเมื่อ -อ้างอิง ใช้) โครงสร้างเขียนด้วย t=0,
eigenvectors ถูกเขียนเป็นเฟรมที่มีหมายเลข eigenvector เป็นเวลา

สามารถวิเคราะห์เวกเตอร์ลักษณะเฉพาะได้ด้วย GMX อนาอิก.

ตัวเลือกเสริม (Option) -แอสกี้ เขียนเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมทั้งหมดลงในไฟล์ ASCII คำสั่งของ
องค์ประกอบคือ: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

ตัวเลือกเสริม (Option) -xpm เขียนเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมทั้งหมดไปที่ an .xpm ไฟล์

ตัวเลือกเสริม (Option) -xpma เขียนเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมของอะตอมไปที่ an .xpm ไฟล์คือสำหรับแต่ละคู่อะตอม
ผลรวมของความแปรปรวนร่วม xx, yy และ zz ถูกเขียน

โปรดทราบว่าเส้นทแยงมุมของเมทริกซ์ต้องใช้หน่วยความจำและเวลาจะเพิ่มขึ้นที่
อย่างน้อยก็เร็วกว่ากำลังสองของจำนวนอะตอมที่เกี่ยวข้อง หมดง่าย
หน่วยความจำ ซึ่งในกรณีนี้ เครื่องมือนี้อาจจะออกพร้อมกับ 'ข้อผิดพลาดในการแบ่งส่วน' คุณควร
พิจารณาอย่างรอบคอบว่าชุดอะตอมที่ลดลงจะตอบสนองความต้องการของคุณด้วยต้นทุนที่ต่ำลงหรือไม่

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
วิถีลูกที่แม่นยำเต็ม: TRR CPT ทง

-ของ [<.gro/.g96/...>] (เฉลี่ย.pdb)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ

-l [<.log>] (covar.log)
ล็อกไฟล์

-แอสกี้ [<.dat>] (covar.dat) (เลือกได้)
ไฟล์ข้อมูลทั่วไป

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-คุณ (ป.ล.)
หน่วยของค่าเวลา: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่]พอดี (ใช่)
พอดีกับโครงสร้างอ้างอิง

-[ไม่]ref (ไม่มี)
ใช้ค่าเบี่ยงเบนจากรูปแบบในไฟล์โครงสร้างแทนจาก
เฉลี่ย

-[ไม่]มว (ไม่มี)
การวิเคราะห์ความแปรปรวนร่วมถ่วงน้ำหนัก

-ล่าสุด (-1)
eigenvector สุดท้ายที่จะเขียนออกไป (-1 จนถึงสุดท้าย)

-[ไม่]pbc (ใช่)
ใช้การแก้ไขสำหรับเงื่อนไขขอบเขตเป็นระยะ

ใช้ gmx-covar ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net