gmx-current - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-current - คำนวณค่าคงที่ไดอิเล็กตริกและฟังก์ชันสหสัมพันธ์อัตโนมัติในปัจจุบัน

เรื่องย่อ

gmx ปัจจุบัน [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-คาเฟ่ [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-MD [<.xvg>]] [-มจ [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ตอนนี้] [-xvg ]
[-NS ] [-[ไม่]โนจัมพ์] [-ตอน ] [-bfit ]
[-efit ] [-บีวิต ] [-evit ] [-ตร ]
[-อุณหภูมิ ]

DESCRIPTION

GMX ปัจจุบัน เป็นเครื่องมือสำหรับคำนวณฟังก์ชันความสัมพันธ์อัตโนมัติปัจจุบัน the
ความสัมพันธ์ของโมเมนต์ไดโพลแบบหมุนและเชิงการแปลของระบบ และ
ส่งผลให้ค่าคงที่ไดอิเล็กตริกคงที่ เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่สมเหตุสมผล กลุ่มดัชนีมี
ให้เป็นกลาง นอกจากนี้ รูทีนยังสามารถดึงค่าการนำไฟฟ้าสถิตย์
จากฟังก์ชัน autocorrelation ปัจจุบัน หากกำหนดความเร็วไว้ นอกจากนี้ an
สามารถใช้ความพอดีของ Einstein-Helfand เพื่อให้ได้ค่าการนำไฟฟ้าคงที่

ธง -คาเฟ่ ใช้สำหรับเอาต์พุตของฟังก์ชันสหสัมพันธ์อัตโนมัติปัจจุบันและ -mc เขียน
ความสัมพันธ์ของส่วนการหมุนและการแปลของโมเมนต์ไดโพลใน
ไฟล์ที่เกี่ยวข้อง อย่างไรก็ตาม ตัวเลือกนี้ใช้ได้เฉพาะกับวิถีที่มี
ความเร็ว ตัวเลือก -NS และ -ตร มีหน้าที่ในการหาค่าเฉลี่ยและบูรณาการของ
ฟังก์ชันความสัมพันธ์อัตโนมัติ เนื่องจากการหารายได้เฉลี่ยโดยเลื่อนจุดเริ่มต้นผ่าน
วิถีการเปลี่ยนกะสามารถแก้ไขได้ด้วย -NS เพื่อให้สามารถเลือกได้ไม่สัมพันธ์กัน
จุดเริ่มต้น ในตอนท้าย ความไม่ถูกต้องทางสถิติเพิ่มขึ้นและบูรณาการ
ฟังก์ชันสหสัมพันธ์ให้ค่าที่เชื่อถือได้จนถึงจุดหนึ่งเท่านั้น ขึ้นอยู่กับ
จำนวนเฟรม ทางเลือก -ตร ควบคุมขอบเขตของปริพันธ์ที่นำมาพิจารณา
สำหรับการคำนวณค่าคงที่ไดอิเล็กตริกแบบสถิต

ตัวเลือกเสริม (Option) -อุณหภูมิ ตั้งอุณหภูมิที่จำเป็นสำหรับการคำนวณไดอิเล็กตริกแบบสถิต
คงที่

ตัวเลือกเสริม (Option) -ตอน ควบคุมค่าคงที่ไดอิเล็กตริกของตัวกลางโดยรอบสำหรับการจำลอง
ใช้สนามปฏิกิริยาหรือการแก้ไขไดโพลของการรวม Ewald (-ตอน=0 สอดคล้องกับ
เงื่อนไขขอบเขตฟอยล์ดีบุก)

-[ไม่]โนจัมพ์ แฉพิกัดเพื่อให้เกิดการแพร่กระจายอย่างอิสระ นี้จะต้องได้รับ
โมเมนต์ไดโพลการแปลอย่างต่อเนื่อง ซึ่งจำเป็นสำหรับความพอดีของไอน์สไตน์-เฮลฟานด์ ผลลัพธ์
จากความพอดีทำให้สามารถกำหนดค่าคงที่ไดอิเล็กตริกสำหรับระบบประจุ
โมเลกุล อย่างไรก็ตาม ยังสามารถแยกค่าคงที่ไดอิเล็กตริกออกจาก
ความผันผวนของโมเมนต์ไดโพลทั้งหมดในพิกัดพับ แต่ตัวเลือกนี้ต้องเป็น
ใช้ด้วยความระมัดระวัง เนื่องจากมีช่วงเวลาสั้นมากเท่านั้นจึงเป็นไปตามค่าประมาณที่
ความหนาแน่นของโมเลกุลจะคงที่โดยประมาณและได้ค่าเฉลี่ยมาบรรจบกันแล้ว
เพื่อความปลอดภัย ค่าคงที่ไดอิเล็กตริกควรคำนวณโดยใช้
วิธี Einstein-Helfand สำหรับส่วนการแปลของค่าคงที่ไดอิเล็กตริก

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (ปัจจุบัน.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-คาเฟ่ [<.xvg>] (คาเฟ่.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-MD [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-มจ [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-NS (1000)
การเปลี่ยนแปลงของเฟรมสำหรับการหาค่าเฉลี่ยของฟังก์ชันสหสัมพันธ์และค่าเฉลี่ยสแควร์
การกระจัด

-[ไม่]โนจัมพ์ (ใช่)
ขจัดการกระโดดของอะตอมทั่วกล่อง

-ตอน (0)
ค่าคงที่ไดอิเล็กตริกของตัวกลางโดยรอบ ค่าศูนย์สอดคล้องกับ
อินฟินิตี้ (เงื่อนไขขอบเขตฟอยล์ดีบุก)

-bfit (100)
จุดเริ่มต้นของความพอดีของเส้นตรงกับ MSD ของเศษส่วนการแปลของ
โมเมนต์ไดโพล

-efit (400)
จุดสิ้นสุดของความพอดีของเส้นตรงกับ MSD ของเศษส่วนการแปลของ
โมเมนต์ไดโพล

-บีวิต (0.5)
จุดเริ่มต้นของความพอดีของฟังก์ชัน autocorrelation ปัจจุบันกับ a*t^b

-evit (5)
สิ้นสุดความพอดีของฟังก์ชัน autocorrelation ปัจจุบันกับ a*t^b

-ตร (0.25)
เศษส่วนของวิถีคำนึงถึงปริพันธ์

-อุณหภูมิ (300)
อุณหภูมิในการคำนวณเอปไซลอน

ใช้ gmx-current ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net