gmx-do_dssp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-do_dssp - กำหนดโครงสร้างรองและคำนวณพื้นที่ผิวที่ตัวทำละลายเข้าถึงได้

เรื่องย่อ

gmx do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-แผนที่ [<.แผนที่>]] [-ssdump [<.dat>]] [-o [<.xpm>]]
[-sc [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [-ตะ [<.xvg>]]
[-อ๊า [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-คุณ ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-สสส ]
[- เวอร์ ]

DESCRIPTION

GMX do_dssp อ่านไฟล์วิถีและคำนวณโครงสร้างรองในแต่ละครั้ง
เฟรมเรียกโปรแกรม dssp หากคุณไม่มีโปรแกรม dssp รับจาก
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. GMX do_dssp ถือว่า dssp ปฏิบัติการอยู่
in /usr/local/bin/dssp. หากไม่เป็นเช่นนั้น คุณควรตั้งค่าสภาพแวดล้อม
ตัวแปร DSSP ชี้ไปที่ไฟล์ปฏิบัติการ dssp เช่น:

เซเตน DSSP /opt/dssp/bin/dssp

ตั้งแต่เวอร์ชัน 2.0.0 dssp จะถูกเรียกใช้ด้วยไวยากรณ์ที่แตกต่างจากเวอร์ชันก่อนหน้า ถ้า
คุณมี dssp เวอร์ชันเก่า ใช้ the - เวอร์ ตัวเลือกในการสั่ง do_dssp ให้ใช้ไฟล์ที่เก่ากว่า
ไวยากรณ์ โดยค่าเริ่มต้น do_dssp จะใช้ไวยากรณ์ที่นำมาใช้กับเวอร์ชัน 2.0.0 ใหม่กว่า
เวอร์ชัน (ซึ่งในขณะที่เขียนยังไม่เผยแพร่) ถือว่ามีเหมือนกัน
ไวยากรณ์เป็น 2.0.0

การกำหนดโครงสร้างสำหรับแต่ละส่วนที่เหลือและเวลาเขียนถึง an .xpm ไฟล์เมทริกซ์ นี้
ไฟล์สามารถเห็นภาพได้เช่น xv และสามารถแปลงเป็นคำลงท้ายได้ด้วย
xpm2ps. โซ่แต่ละเส้นคั่นด้วยเส้นสีเทาอ่อนใน .xpm และคำลงท้าย
ไฟล์. จำนวนสิ่งตกค้างที่มีโครงสร้างทุติยภูมิแต่ละประเภทและรองทั้งหมด
โครงสร้าง (-สสส) นับเป็นฟังก์ชันของเวลายังเขียนไปยังไฟล์ (-sc).

สามารถคำนวณพื้นผิวที่เข้าถึงได้ของตัวทำละลาย (SAS) ต่อสารตกค้าง ทั้งในค่าสัมบูรณ์
(A^2) และในเศษส่วนของพื้นผิวที่เข้าถึงได้สูงสุดของเรซิดิว สูงสุด
พื้นผิวที่เข้าถึงได้ถูกกำหนดให้เป็นพื้นผิวที่เข้าถึงได้ของสารตกค้างในสายโซ่ของ
ไกลซีน หมายเหตุ ว่าโปรแกรม [gmx-sas] สามารถคำนวณ SAS ได้เช่นกันและนั่นก็มากกว่า
ที่มีประสิทธิภาพ

สุดท้าย โปรแกรมนี้สามารถดัมพ์โครงสร้างรองในไฟล์พิเศษได้ ssdump.dat for
การใช้งานในโปรแกรม GMX ไค. สามารถใช้โปรแกรมทั้งสองนี้ร่วมกันเพื่อวิเคราะห์ไดฮีดรัล
คุณสมบัติเป็นหน้าที่ของประเภทโครงสร้างทุติยภูมิ

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-แผนที่ [<.แผนที่>] (ss.แผนที่) (ห้องสมุด)
ไฟล์ที่จับคู่ข้อมูลเมทริกซ์กับสี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-ssdump [<.dat>] (ssdump.dat) (เลือกได้)
ไฟล์ข้อมูลทั่วไป

-o [<.xpm>] (ss.xpm)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-sc [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-a [<.xpm>] (พื้นที่.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-ตะ [<.xvg>] (totarea.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-อ๊า [<.xvg>] (averarea.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-คุณ (ป.ล.)
หน่วยของค่าเวลา: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-สสส (พ.ศ.)
โครงสร้างรองสำหรับการนับโครงสร้าง

- เวอร์ (2)
DSSP เวอร์ชันหลัก ไวยากรณ์เปลี่ยนด้วยเวอร์ชัน2

ใช้ gmx-do_dssp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net