gmx-energy - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gmx-energy - เขียนพลังงานไปยังไฟล์ xvg และแสดงค่าเฉลี่ย

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ เอนเนอร์จี [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[- ฝ่าฝืน [<.xvg>]] [-คู่ [<.xvg>]] [-ออร่า [<.xvg>]]
[-ออร์ต [<.xvg>]] [- ดะ [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[- แปลก [<.xvg>]] [-โอเท็น [<.xvg>]] [- คอร์ [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [- รั [<.xvg>]] [- ออด [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-[ไม่มี]ค่าธรรมเนียม]
[-fetemp ] [-ศูนย์ ] [-[ไม่]ซัม] [-[ไม่]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[ไม่]มูตโต] [-ข้าม ]
[-[ไม่]aver] [-nmol ] [-[ไม่]fluct_props]
[-[ไม่]ดริฟคอร์] [-[ไม่]ฟลุค] [-[ไม่]orinst] [-[ไม่]ovec]
[-แอคเฟลน ] [-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน] [-P ]
[-fitfn ] [-เริ่มต้นฟิต ] [-จบพอดี ]

DESCRIPTION

GMX พลังงาน แยกส่วนประกอบพลังงานหรือข้อมูลการควบคุมระยะทางจากไฟล์พลังงาน NS
ผู้ใช้จะได้รับแจ้งให้เลือกเงื่อนไขพลังงานที่ต้องการแบบโต้ตอบ

ค่าเฉลี่ย RMSD และดริฟท์คำนวณด้วยความแม่นยำสูงสุดจากการจำลอง (ดู
พิมพ์คู่มือ) ดริฟท์คำนวณโดยทำข้อมูลให้พอดีกำลังสองน้อยที่สุดกับ a
เส้นตรง. การดริฟท์รวมที่รายงานคือความแตกต่างของความพอดีในครั้งแรกและครั้งสุดท้าย
จุด. ค่าประมาณความผิดพลาดของค่าเฉลี่ยนั้นมาจากค่าเฉลี่ยของบล็อกที่มากกว่า 5 ช่วงตึก
โดยใช้ค่าเฉลี่ยความแม่นยํา การประเมินข้อผิดพลาดสามารถทำได้ในหลายบล็อก
ความยาวที่มีตัวเลือก -nbmin และ -nbmax. หมายเหตุ ซึ่งโดยส่วนใหญ่แล้วไฟล์พลังงาน
มีค่าเฉลี่ยของขั้นตอน MD ทั้งหมด หรือคะแนนมากกว่าจำนวนเฟรมใน
ไฟล์พลังงาน สิ่งนี้ทำให้ GMX พลังงาน สถิติแสดงผลได้แม่นยำกว่า .xvg
เอาท์พุท เมื่อไม่มีค่าเฉลี่ยที่แน่นอนในไฟล์พลังงาน สถิติที่กล่าวถึง
ข้างต้นเป็นเพียงค่าพลังงานต่อเฟรมเดียว

ระยะผันผวนทำให้ RMSD รอบกำลังสองน้อยที่สุดพอดี

คุณสมบัติที่ขึ้นกับความผันผวนบางอย่างสามารถคำนวณได้หากเงื่อนไขพลังงานที่ถูกต้อง
ถูกเลือกและตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง -fluct_props จะได้รับ ต่อไปนี้
คุณสมบัติจะถูกคำนวณ:

┌──────────────────────────────────────────────────── ──────┐
│คุณสมบัติ │ ข้อกำหนดด้านพลังงานที่จำเป็น │
├──────────────────────────────────────────────────── ──────┤
│ความจุความร้อน C_p (ซิม NPT): │ Enthalpy, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ──────┤
│ความจุความร้อน C_v (ซิม NVT): │ Etot, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ──────┤
│สัมประสิทธิ์การขยายตัวทางความร้อน (NPT): │ Enthalpy, Vol, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ──────┤
│การอัดด้วยความร้อนแบบไอโซเทอร์มอล: │ Vol, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ──────┤
│โมดูลัสมวลรวมอะเดียแบติก: │ Vol, Temp │
└──────────────────────────────────────────────────── ──────┘

คุณต้องกำหนดจำนวนโมเลกุลเสมอ -nmol. การคำนวณ C_p/C_v ทำ ไม่
รวมถึงการแก้ไขใดๆ สำหรับเอฟเฟกต์ควอนตัม ใช้ GMX DOS โปรแกรมถ้าคุณต้องการ (และ
คุณทำ).

เมื่อราคาของ - ฝ่าฝืน ตั้งค่าตัวเลือกแล้ว วางแผนการละเมิดเวลาเฉลี่ยและการวิ่ง
ผลรวมของการละเมิดตามเวลาเฉลี่ยและในทันทีจะถูกคำนวณใหม่ ยังวิ่งอยู่
ระยะทางเฉลี่ยตามเวลาและระยะทางในทันทีระหว่างคู่ที่เลือกสามารถพล็อตด้วย
-คู่ ตัวเลือก

Options -ออร่า, -ออร์ต, - ดะ, -odr และ - แปลก ใช้สำหรับวิเคราะห์ข้อมูลการยับยั้งการวางแนว
สองตัวเลือกแรกพล็อตการวางแนว สามส่วนเบี่ยงเบนของ
ทิศทางจากค่าการทดลอง ตัวเลือกที่ลงท้ายด้วย 'a' พล็อต the
เฉลี่ยเมื่อเวลาผ่านไปเป็นหน้าที่ของความยับยั้งชั่งใจ ตัวเลือกที่ลงท้ายด้วย 't' จะแจ้ง
ผู้ใช้สำหรับหมายเลขฉลากยับยั้งชั่งใจและพล็อตข้อมูลเป็นฟังก์ชันของเวลา ตัวเลือก -odr
แปลงค่าเบี่ยงเบน RMS เป็นฟังก์ชันของการยับยั้งชั่งใจ เมื่อการวิ่งใช้เวลาหรือวงดนตรี
พันธนาการปฐมนิเทศตัวเลือก -หรือ สามารถใช้วิเคราะห์ได้ทันที
ไม่ใช่ทิศทางและการเบี่ยงเบนเฉลี่ยทั้งมวลแทนเวลาและทั้งมวล
ค่าเฉลี่ย

ตัวเลือกเสริม (Option) -โอเท็น แปลงค่าลักษณะเฉพาะของเมตริกซ์ลำดับโมเลกุลสำหรับการปฐมนิเทศแต่ละครั้ง
การทดลองยับยั้งชั่งใจ พร้อมออฟชั่น -โอเวค นอกจากนี้ยังมีการพล็อต eigenvectors

ตัวเลือกเสริม (Option) - ออด แยกและแปลงข้อมูลพลังงานอิสระ (ความแตกต่างแบบฮามิลโตและ/หรือ
Hamiltonian อนุพันธ์ dhdl) จาก ener.edr ไฟล์

กับ -ค่าธรรมเนียม ค่าประมาณจะคำนวณสำหรับผลต่างของพลังงานฟรีกับก๊าซในอุดมคติ
สถานะ:

เดลต้า A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
เดลต้า G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

โดยที่ k คือค่าคงที่ของ Boltzmann, T ถูกกำหนดโดย -fetemp และค่าเฉลี่ยอยู่เหนือทั้งมวล
(หรือเวลาในวิถี). โปรดทราบว่าโดยหลักการแล้วสิ่งนี้ถูกต้องเมื่อหาค่าเฉลี่ยเท่านั้น
โดยรวม (Boltzmann) ทั้งมวลและใช้พลังงานศักย์ นอกจากนี้ยังช่วยให้
การประมาณค่าเอนโทรปีโดยใช้:

เดลต้า S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - เดลต้า A)/T
เดลต้า S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - เดลต้า G)/T

เมื่อระบุไฟล์พลังงานที่สอง (-f2) คำนวณความแตกต่างของพลังงานอิสระ:

dF = -kT ln( _NS) ,

โดยที่ E_A และ E_B เป็นพลังงานจากไฟล์พลังงานที่หนึ่งและที่สอง และค่าเฉลี่ย
อยู่เหนือทั้งมวล A. ค่าเฉลี่ยวิ่งของผลต่างพลังงานอิสระถูกพิมพ์เป็น a
ไฟล์ที่ระบุโดย - รั. หมายเหตุ ว่าพลังงานทั้งสองจะต้องคำนวณจากที่เท่ากัน
วิถี.

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.edr>] (ener.edr)
ไฟล์พลังงาน

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (เลือกได้)
ไฟล์พลังงาน

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (เลือกได้)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (พลังงาน.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

- ฝ่าฝืน [<.xvg>] (violover.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-คู่ [<.xvg>] (คู่.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ออร่า [<.xvg>] (orienta.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ออร์ต [<.xvg>] (orientt.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

- ดะ [<.xvg>] (orideva.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

- แปลก [<.xvg>] (ordevt.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-โอเท็น [<.xvg>] (orten.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

- คอร์ [<.xvg>] (enecorr.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

- รั [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

- ออด [<.xvg>] (dhdl.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่มี]ค่าธรรมเนียม (ไม่มี)
ประเมินค่าพลังงานฟรี

-fetemp (300)
อุณหภูมิอ้างอิงสำหรับการคำนวณพลังงานฟรี

-ศูนย์ (0)
ลบพลังงานจุดศูนย์

-[ไม่]ซัม (ไม่มี)
รวมเงื่อนไขพลังงานที่เลือกแทนที่จะแสดงทั้งหมด

-[ไม่]dp (ไม่มี)
พิมพ์พลังงานด้วยความแม่นยำสูง

-nbmin (5)
จำนวนบล็อกขั้นต่ำสำหรับการประมาณข้อผิดพลาด

-nbmax (5)
จำนวนบล็อกสูงสุดสำหรับการประมาณข้อผิดพลาด

-[ไม่]มูตโต (ไม่มี)
คำนวณโมเมนต์ไดโพลทั้งหมดจากส่วนประกอบ

-ข้าม (0)
ข้ามจำนวนเฟรมระหว่างจุดข้อมูล

-[ไม่]aver (ไม่มี)
พิมพ์ค่าเฉลี่ยที่แน่นอนและ rmsd ที่เก็บไว้ในเฟรมพลังงานด้วย (เฉพาะเมื่อ 1 เทอม
ถูกร้องขอ)

-nmol (1)
จำนวนโมเลกุลในตัวอย่างของคุณ: พลังงานหารด้วยตัวเลขนี้

-[ไม่]fluct_props (ไม่มี)
คำนวณคุณสมบัติตามความผันผวนของพลังงาน เช่น ความจุความร้อน

-[ไม่]ดริฟคอร์ (ไม่มี)
มีประโยชน์สำหรับการคำนวณคุณสมบัติความผันผวนเท่านั้น การล่องลอยใน
สิ่งที่สังเกตได้จะถูกลบออกก่อนคำนวณคุณสมบัติการผันผวน

-[ไม่]ฟลุค (ไม่มี)
คำนวณความสัมพันธ์อัตโนมัติของความผันผวนของพลังงานมากกว่าตัวพลังงานเอง

-[ไม่]orinst (ไม่มี)
วิเคราะห์ข้อมูลการวางแนวทันที

-[ไม่]ovec (ไม่มี)
ยังพล็อต eigenvectors ด้วย -โอเท็น

-แอคเฟลน (-1)
ความยาวของ ACF ค่าเริ่มต้นคือครึ่งหนึ่งของจำนวนเฟรม

-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน (ใช่)
ทำให้ ACF เป็นปกติ

-P (0)
ลำดับพหุนาม Legendre สำหรับ ACF (0 หมายถึงไม่มี): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ไม่มี)
ฟังก์ชันพอดี: ไม่มี, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-เริ่มต้นฟิต (0)
เวลาที่จะเริ่มความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์

-จบพอดี (-1)
เวลาที่สิ้นสุดความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์ -1 คือจนถึง
ปลาย

ใช้ gmx-energy ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net