gmx-make_ndx - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-make_ndx - สร้างไฟล์ดัชนี

เรื่องย่อ

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> -] [-o [<.ndx>]]
[- อะตอม ] [-[ไม่]แฝด]

DESCRIPTION

กลุ่มดัชนีมีความจำเป็นสำหรับโปรแกรม GROMACS เกือบทุกโปรแกรม โปรแกรมทั้งหมดเหล่านี้สามารถ
สร้างกลุ่มดัชนีเริ่มต้น ต้องใช้เท่านั้น GMX make_ndx เมื่อคุณต้องการ SPECIAL
กลุ่มดัชนี มีกลุ่มดัชนีเริ่มต้นสำหรับทั้งระบบ กลุ่มดัชนีเริ่มต้น 9 กลุ่ม
สำหรับโปรตีน และกลุ่มดัชนีดีฟอลต์จะถูกสร้างขึ้นสำหรับชื่อเรซิดิวอื่นๆ ทั้งหมด

เมื่อไม่มีไฟล์ดัชนีให้มาด้วย GMX make_ndx จะสร้างกลุ่มเริ่มต้น กับ
ตัวแก้ไขดัชนีคุณสามารถเลือกชื่ออะตอม เรซิดิว และเชน และหมายเลขได้ เมื่อวิ่ง
มีไฟล์อินพุตให้คุณสามารถเลือกประเภทอะตอมได้ คุณสามารถใช้ NOT, AND และ OR, you
สามารถแบ่งกลุ่มเป็นลูกโซ่ เศษซากหรืออะตอม คุณสามารถลบและเปลี่ยนชื่อกลุ่ม

การกำหนดหมายเลขอะตอมในตัวแก้ไขและไฟล์ดัชนีเริ่มต้นที่ 1

พื้นที่ - แฝด switch ทำซ้ำกลุ่มดัชนีทั้งหมดด้วยออฟเซ็ตของ - อะตอมซึ่งมีประโยชน์
สำหรับการตั้งค่าเมมเบรนสองชั้นทางไฟฟ้าด้วยคอมพิวเตอร์

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (เลือกได้)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ tpr

-n [<.ndx> - (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.ndx>] (index.ndx)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกอื่น:

- อะตอม (0)
กำหนดจำนวนอะตอม (ค่าเริ่มต้น: อ่านจากไฟล์พิกัดหรือดัชนี)

-[ไม่]แฝด (ไม่มี)
ทำซ้ำกลุ่มดัชนีทั้งหมดด้วยการชดเชย -natoms

ใช้ gmx-make_ndx ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net