นี่คือคำสั่ง gmx-nmtraj ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-nmtraj - สร้างวิถีการสั่นเสมือนจาก eigenvector
เรื่องย่อ
จีเอ็มเอ็กซ์ เอ็นทราจ [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-เฟส ] [-อุณหภูมิ ] [-แอมพลิจูด ]
[-nframes ]
DESCRIPTION
GMX เอ็นทราจ สร้างวิถีเสมือนจากเวกเตอร์ลักษณะเฉพาะซึ่งสอดคล้องกับa
การแกว่งคาร์ทีเซียนฮาร์โมนิกรอบโครงสร้างเฉลี่ย eigenvectors ควร
โดยปกติจะมีการถ่วงน้ำหนักด้วยมวล แต่คุณสามารถใช้เวกเตอร์ลักษณะเฉพาะที่ไม่ถ่วงน้ำหนักเพื่อสร้าง
การเคลื่อนไหวมุมฉาก เฟรมเอาต์พุตถูกเขียนเป็นไฟล์วิถีที่ครอบคลุมทั้ง
ระยะเวลา และกรอบแรกเป็นโครงสร้างเฉลี่ย หากคุณเขียนวิถีใน (หรือ
แปลงเป็น) รูปแบบ PDB ที่คุณสามารถดูได้โดยตรงใน PyMol และยังทำให้ภาพเหมือนจริงอีกด้วย
ภาพยนตร์. แอมพลิจูดของการเคลื่อนที่คำนวณจากค่าลักษณะเฉพาะและอุณหภูมิที่ตั้งไว้
สมมติให้พลังงานเท่ากันทุกโหมด เพื่อให้การเคลื่อนไหวมองเห็นได้ชัดเจนใน
PyMol คุณอาจต้องการขยายมันด้วยการตั้งค่าอุณหภูมิที่สูงเกินจริง
อย่างไรก็ตาม โปรดทราบว่าทั้งการกระจัดคาร์ทีเซียนเชิงเส้นและการถ่วงน้ำหนักมวลจะ
นำไปสู่การเสียรูปโครงสร้างที่รุนแรงสำหรับแอมพลิจูดสูง - นี่เป็นเพียงข้อ จำกัด
ของโมเดลคาร์ทีเซียนโหมดปกติ โดยค่าเริ่มต้น eigenvector ที่เลือกถูกตั้งค่าเป็น 7 ตั้งแต่
โหมดปกติหกโหมดแรกคือระดับความเป็นอิสระของการแปลและการหมุน
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
วิถีลูกที่แม่นยำเต็ม: TRR CPT ทง
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง
ตัวเลือกอื่น:
-eignr (7)
สตริงของเวกเตอร์ลักษณะเฉพาะที่จะใช้ (อย่างแรกคือ 1)
-เฟส (0.0)
สตริงของเฟส (ค่าเริ่มต้นคือ 0.0)
-อุณหภูมิ (300)
อุณหภูมิ (K)
-แอมพลิจูด (0.25)
แอมพลิจูดสำหรับโหมดที่มีค่าลักษณะเฉพาะ<=0
-nframes (30)
จำนวนเฟรมที่จะสร้าง
ใช้ gmx-nmtraj ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
