gmx-rdf - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-rdf - คำนวณฟังก์ชันการกระจายแนวรัศมี

เรื่องย่อ

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-คุณ ] [-xvg ] [-[ไม่]rmpbc]
[-[ไม่]pbc] [-เอสเอฟ ] [-เซลโพส ] [-เซลไทป์ ]
[- ถัง ] [-[ไม่]ปกติ] [-[ไม่]xy] [-[ไม่]ไม่รวม] [-ตัด ]
[-rmax ] [-เซิร์ฟ ] [-อ้างอิง ]
[-เซล ]

DESCRIPTION

GMX RDF คำนวณฟังก์ชันการกระจายแนวรัศมีจากชุดตำแหน่งอ้างอิงหนึ่งชุด (set
กับ -อ้างอิง) ไปยังชุดตำแหน่งอย่างน้อยหนึ่งชุด (ตั้งค่าด้วย -เซล). ในการคำนวณ RDF ด้วย
เทียบกับตำแหน่งที่ใกล้ที่สุดในชุดใน -อ้างอิง ให้ใช้ .แทน -เซิร์ฟ: ถ้าตั้งไว้ก็ -อ้างอิง is
แบ่งเป็นชุดตามค่าของ -เซิร์ฟและตำแหน่งที่ใกล้ที่สุดในแต่ละชุดคือ
ใช้แล้ว. ในการคำนวณ RDF รอบแกนขนานกับ z-axis คือเฉพาะใน x-y เครื่องบิน,
ใช้ -xy.

ในการตั้งค่าความกว้างของถังขยะและระยะห่างสูงสุดที่จะใช้ใน RDF ให้ใช้ - ถัง และ -rmax,
ตามลำดับ หลังสามารถใช้เพื่อจำกัดต้นทุนการคำนวณหาก RDF ไม่ใช่ของ
ดอกเบี้ยสูงถึงค่าเริ่มต้น (ครึ่งหนึ่งของขนาดกล่องที่มี PBC สามเท่าของขนาดกล่อง
ไม่มี PBC)

เพื่อใช้ข้อยกเว้นจากโทโพโลยี (-s), ชุด -ไม่รวม และรับรองว่าทั้งสองอย่าง -อ้างอิง และ -เซล
เลือกอะตอมเท่านั้น ทางเลือกที่หยาบกว่าในการแยกพีคภายในโมเลกุลออกคือตั้งค่า -ตัด
เป็นค่าที่ไม่ใช่ศูนย์เพื่อล้าง RDF ในระยะทางเล็กน้อย

RDF ถูกทำให้เป็นมาตรฐานโดย 1) จำนวนตำแหน่งเฉลี่ยใน -อ้างอิง (จำนวนกลุ่ม
กับ -เซิร์ฟ), 2) ปริมาตรของถัง และ 3) ความหนาแน่นของอนุภาคเฉลี่ยของ -เซล ตำแหน่งสำหรับ
การเลือกนั้น หากต้องการใช้ปัจจัยแรกในการทำให้เป็นมาตรฐานเท่านั้น ให้ตั้งค่า -ไม่ปกติ. ในกรณีนี้,
RDF ถูกปรับขนาดด้วยความกว้างของช่องเก็บเท่านั้นเพื่อให้อินทิกรัลของเส้นโค้งเป็นตัวแทนของ
จำนวนคู่ภายในช่วง โปรดทราบว่าการยกเว้นไม่ส่งผลต่อการทำให้เป็นมาตรฐาน: แม้กระทั่ง
if -ไม่รวม ถูกตั้งค่าหรือ -อ้างอิง และ -เซล มีการเลือกเหมือนกัน ปัจจัยการทำให้เป็นมาตรฐานคือ
ยังคงเป็น N*M ไม่ใช่ N*(ไม่รวม M)

สำหรับ -เซิร์ฟ, คัดเลือกให้ -อ้างอิง ต้องเลือกอะตอม กล่าวคือ จุดศูนย์กลางมวลไม่ใช่
ได้รับการสนับสนุน. ไกลออกไป, -ไม่ปกติ เป็นนัยโดยนัย เนื่องจากถังขยะมีรูปร่างและปริมาตรไม่สม่ำเสมอ
ของถังขยะไม่สามารถคำนวณได้ง่าย

ตัวเลือกเสริม (Option) -cn สร้างจำนวนสะสม RDF นั่นคือจำนวนอนุภาคเฉลี่ยภายใน
ระยะทาง r

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (เลือกได้)
วิถีอินพุตหรือการกำหนดค่าเดี่ยว: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (เลือกได้)
โครงสร้างอินพุต: tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
กลุ่มดัชนีพิเศษ

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
RDF ที่คำนวณได้

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (เลือกได้)
RDF สะสม

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt == ครั้งแรก (ps)

-คุณ (ป.ล.)
หน่วยของค่าเวลา: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (เอ็กซ์มเกรซ)
การจัดรูปแบบพล็อต: none, xmgrace, xmgr

-[ไม่]rmpbc (ใช่)
ทำให้โมเลกุลสมบูรณ์สำหรับแต่ละเฟรม

-[ไม่]pbc (ใช่)
ใช้เงื่อนไขขอบเขตเป็นระยะสำหรับการคำนวณระยะทาง

-เอสเอฟ
ให้การเลือกจากไฟล์

-เซลโพส (อะตอม)
ตำแหน่งอ้างอิงการเลือก: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-เซลไทป์ (อะตอม)
ตำแหน่งเอาต์พุตการเลือกเริ่มต้น: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

- ถัง (0.002)
ความกว้างของถัง (นาโนเมตร)

-[ไม่]ปกติ (ใช่)
Normalize สำหรับปริมาตรถังและความหนาแน่น

-[ไม่]xy (ไม่มี)
ใช้เฉพาะองค์ประกอบ x และ y ของระยะทาง

-[ไม่]ไม่รวม (ไม่มี)
ใช้ข้อยกเว้นจากโทโพโลยี

-ตัด (0)
ระยะทางที่สั้นที่สุด (nm) ที่จะพิจารณา

-rmax (0)
ระยะทางที่ใหญ่ที่สุด (นาโนเมตร) ในการคำนวณ

-เซิร์ฟ (ไม่มี)
RDF เทียบกับพื้นผิวของการอ้างอิง: no, mol, res

-อ้างอิง
การเลือกอ้างอิงสำหรับการคำนวณ RDF

-เซล
การเลือกเพื่อคำนวณ RDF จากการอ้างอิง

ใช้ gmx-rdf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net