gmx-rmsf - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-rmsf - คำนวณความผันผวนของอะตอม

เรื่องย่อ

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-วัว [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-โอค [<.xvg>]] [-ผบ [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-[ไม่]res]
[-[ไม่]อนิโซ] [-[ไม่]พอดี]

DESCRIPTION

GMX rmsf คำนวณความแปรปรวนกำลังสองของค่าเฉลี่ยรูต (RMSF คือค่าเบี่ยงเบนมาตรฐาน) ของ
ตำแหน่งอะตอมในวิถี (มาพร้อมกับ -f) หลังจาก (ทางเลือก) เหมาะสมกับ a
กรอบอ้างอิง (มาพร้อมกับ -s).

ด้วยตัวเลือก -oq ค่า RMSF จะถูกแปลงเป็นค่าปัจจัย B ซึ่งเขียนเป็น
.pdb ไฟล์ที่มีพิกัดของไฟล์โครงสร้างหรือของ .pdb ไฟล์เมื่อ -q is
ระบุไว้ ตัวเลือก -วัว เขียนปัจจัย B ไปยังไฟล์ที่มีพิกัดเฉลี่ย

ด้วยตัวเลือก -od ค่าเบี่ยงเบนกำลังสองของรูตเฉลี่ยเทียบกับโครงสร้างอ้างอิง
มีการคำนวณ

ด้วยตัวเลือก -อนิโซ, GMX rmsf จะคำนวณปัจจัยอุณหภูมิแอนไอโซทรอปิก แล้วจึง
จะออกพิกัดเฉลี่ยและ a .pdb ไฟล์ที่มีระเบียน ANISO (สอดคล้องกับ
-oq or -วัว ตัวเลือก). โปรดทราบว่าค่า U ขึ้นอยู่กับการวางแนว ดังนั้นก่อน
เปรียบเทียบกับข้อมูลการทดลอง คุณควรตรวจสอบว่าคุณเหมาะสมกับการทดลองหรือไม่
พิกัด.

เมื่อ .pdb ไฟล์อินพุตถูกส่งไปยังโปรแกรมและ -อนิโซ ธงถูกกำหนดความสัมพันธ์
พล็อตของ Uij จะถูกสร้างขึ้น หากมีปัจจัยอุณหภูมิแบบแอนไอโซทรอปิกอยู่ใน
.pdb ไฟล์

ด้วยตัวเลือก -ผบ เมทริกซ์ MSF (3x3) เฉลี่ยอยู่ในแนวทแยง นี้แสดงทิศทาง
ซึ่งอะตอมมีความผันผวนมากที่สุดและน้อยที่สุด

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (เลือกได้)
ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (เลือกได้)
ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน

-วัว [<.pdb>] (xaver.pdb) (เลือกได้)
ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-โอค [<.xvg>] (correl.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ผบ [<.log>] (rmsf.log) (เลือกได้)
ล็อกไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่]res (ไม่มี)
คำนวณค่าเฉลี่ยของสารตกค้างแต่ละชนิด

-[ไม่]อนิโซ (ไม่มี)
คำนวณปัจจัยอุณหภูมิแอนไอโซทรอปิก

-[ไม่]พอดี (ใช่)
ทำการทับซ้อนกำลังสองน้อยที่สุดก่อนคำนวณ RMSF ไม่มีสิ่งนี้คุณต้องทำให้
ตรวจสอบให้แน่ใจว่าโครงสร้างอ้างอิงและวิถีตรงกัน

ใช้ gmx-rmsf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net