gmx-rotacf - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-rotacf - คำนวณฟังก์ชันสหสัมพันธ์การหมุนสำหรับโมเลกุล

เรื่องย่อ

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ตอนนี้] [-xvg ] [-[ไม่]ด] [-[ไม่]aver]
[-แอคเฟลน ] [-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน] [-P ]
[-fitfn ] [-เริ่มต้นฟิต ] [-จบพอดี ]

DESCRIPTION

GMX โรแทค คำนวณฟังก์ชันสหสัมพันธ์การหมุนของโมเลกุล อะตอมแฝด
(i,j,k) จะต้องระบุในไฟล์ดัชนี โดยกำหนดเวกเตอร์ ij และ jk สองตัว การหมุน
ACF คำนวณเป็นฟังก์ชันความสัมพันธ์อัตโนมัติของเวกเตอร์ n = ij x jk เช่น the
ผลคูณของเวกเตอร์สองตัว เนื่องจากอะตอมสามอะตอมแผ่กระจายไปทั่วระนาบ ลำดับของสาม
อะตอมไม่สำคัญ ทางเลือกโดยเรียกใช้ -d เปลี่ยนคุณสามารถคำนวณ
ฟังก์ชันสหสัมพันธ์แบบหมุนสำหรับโมเลกุลเชิงเส้นโดยการระบุคู่อะตอม (i,j) ใน
ไฟล์ดัชนี

ตัวอย่าง

GMX โรแทค -P 1 -นปาร์ม 2 -fft -n ดัชนี -o rotacf-x-P1 -ฟ้า expfit-x-P1 -เริ่มต้นฟิต 2.5
-จบพอดี 20.0

สิ่งนี้จะคำนวณฟังก์ชันสหสัมพันธ์แบบหมุนโดยใช้ลำดับแรก Legendre
พหุนามของมุมของเวกเตอร์ที่กำหนดโดยไฟล์ดัชนี ฟังก์ชันสหสัมพันธ์
จะถูกติดตั้งตั้งแต่ 2.5 ps ถึง 20.0 ps เป็นเลขชี้กำลังสองพารามิเตอร์

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่]ด (ไม่มี)
ใช้ดัชนี doublets (เวกเตอร์) สำหรับฟังก์ชันสหสัมพันธ์แทน triplets (ระนาบ)

-[ไม่]aver (ใช่)
ค่าเฉลี่ยมากกว่าโมเลกุล

-แอคเฟลน (-1)
ความยาวของ ACF ค่าเริ่มต้นคือครึ่งหนึ่งของจำนวนเฟรม

-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน (ใช่)
ทำให้ ACF เป็นปกติ

-P (0)
ลำดับพหุนาม Legendre สำหรับ ACF (0 หมายถึงไม่มี): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ไม่มี)
ฟังก์ชันพอดี: ไม่มี, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-เริ่มต้นฟิต (0)
เวลาที่จะเริ่มความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์

-จบพอดี (-1)
เวลาที่สิ้นสุดความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์ -1 คือจนถึง
ปลาย

ใช้ gmx-rotacf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net