นี่คือคำสั่ง gt-chseqids ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gt-chseqids - เปลี่ยนรหัสลำดับโดยการจับคู่ที่ให้ไว้ในไฟล์การแมป
เรื่องย่อ
gt chseqid [ตัวเลือก ...] mapping_file [GFF3_file]
DESCRIPTION
-เรียงลำดับ [ใช่|ไม่]
จัดเรียงคุณสมบัติ GFF3 หลังจากเปลี่ยนรหัสลำดับ (การใช้หน่วยความจำคือ
สัดส่วนกับขนาดไฟล์อินพุต) (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-v [ใช่|ไม่]
ละเอียด (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-o [ชื่อไฟล์]
เปลี่ยนเส้นทางเอาต์พุตไปยังไฟล์ที่ระบุ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-gzip [ใช่|ไม่]
เขียนไฟล์เอาต์พุตที่บีบอัด gzip (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-bzip2 [ใช่|ไม่]
เขียนไฟล์เอาต์พุตบีบอัด bzip2 (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-บังคับ [ใช่|ไม่]
บังคับให้เขียนไปยังไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-ช่วยด้วย
แสดงความช่วยเหลือและออก
-version
แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก
รูปแบบไฟล์สำหรับ mapping_file:
ไฟล์การแมปที่ให้มากำหนดตารางการแมปชื่อ “chseqids” มันแมป
รายการลำดับภูมิภาคที่กำหนดใน GFF3_file ให้กับชื่ออื่น สามารถกำหนดได้เป็น
ดังต่อไปนี้:
ชเซคิด = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
เมื่อใช้ตัวอย่างนี้ รหัสลำดับทั้งหมด "chr1" จะถูกเปลี่ยนเป็น "seq1" และ all
รหัสลำดับ "chr2" ถึง "seq2"
รายงาน ข้อบกพร่อง
รายงานจุดบกพร่องไปที่[ป้องกันอีเมล]>.
ใช้ gt-chseqids ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
