GWAMA - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

GWAMA - การวิเคราะห์ Meta ของสมาคมทั้งจีโนม

เรื่องย่อ

กวามา [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

ซอฟต์แวร์ GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) ทำการวิเคราะห์เมตาของ
ผลการศึกษา GWA ของฟีโนไทป์ไบนารีหรือเชิงปริมาณ เอฟเฟกต์คงที่และสุ่ม
การวิเคราะห์เมตาจะดำเนินการสำหรับ SNP ทั้งที่มีจีโนไทป์โดยตรงและที่คาดการณ์ไว้โดยใช้ค่าประมาณ
ของอัตราส่วนอัลลีลิกออดส์และช่วงความเชื่อมั่น 95% สำหรับลักษณะไบนารีและการประมาณค่าของ
ขนาดผลอัลลีลและข้อผิดพลาดมาตรฐานสำหรับฟีโนไทป์เชิงปริมาณ ใช้ GWAMA ได้
เพื่อวิเคราะห์ผลลัพธ์ของแบบจำลองทางพันธุกรรมต่างๆ ทั้งหมด (แบบทวีคูณ, สารเติมแต่ง,
เด่น, ถอย). ซอฟต์แวร์รวมเอาสิ่งอำนวยความสะดวกในการดักจับข้อผิดพลาดเพื่อระบุ
ข้อผิดพลาดการจัดแนวเกลียวและการพลิกอัลลีลและทำการทดสอบความแตกต่างของ
ผลกระทบระหว่างการศึกษา

OPTIONS

-i, --รายการไฟล์=ชื่อไฟล์
ระบุไฟล์ผลการศึกษา ค่าเริ่มต้น = gwama.in

-o, --เอาท์พุท=ไฟล์รูท
ระบุรูทไฟล์สำหรับเอาต์พุตของการวิเคราะห์ ค่าเริ่มต้น = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --สุ่ม
ใช้การแก้ไขเอฟเฟกต์แบบสุ่ม ค่าเริ่มต้น = ปิดการใช้งาน

-gc, --จีโนม_คอนโทรล
ใช้การควบคุมจีโนมเพื่อปรับไฟล์ผลการศึกษา ค่าเริ่มต้น = ปิดการใช้งาน

-gco, --genomic_control_output
ใช้การควบคุมจีโนมในการสรุปการวิเคราะห์เมตา (เช่น ผลลัพธ์ของการวิเคราะห์เมตาคือ
แก้ไขสำหรับ gc) ค่าเริ่มต้น = ปิดการใช้งาน

-qt, --เชิงปริมาณ
เลือกเวอร์ชันของคุณลักษณะเชิงปริมาณ (คอลัมน์ BETA และ SE) ค่าเริ่มต้น = ลักษณะไบนารี

-m, --แผนที่=ชื่อไฟล์
เลือกชื่อไฟล์สำหรับแมปมาร์กเกอร์

-t, --เกณฑ์=0-1
เกณฑ์ค่า p สำหรับแสดงทิศทางในทิศทางผลสรุป ค่าเริ่มต้น =
1

--no_aleles
ไม่มีการให้ข้อมูลอัลลีล คาดหวัง EA เหมือนเดิมเสมอ

--indel_alleles
ฉลากอัลลีลอาจมีตัวอักษรมากกว่าหนึ่งตัว ไม่มีการตรวจสอบสาระ

--เพศ ดำเนินการวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างเพศและการวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างเพศ (วิธีการที่อธิบายไว้ใน
กระดาษ Magi, Lindgren & Morris 2010) ต้องระบุข้อมูลเพศในไฟล์รายการไฟล์
(คอลัมน์ที่สองหลังชื่อไฟล์คือ M หรือ F)

--name_marker
ส่วนหัวทางเลือกสำหรับชื่อเครื่องหมาย col

--name_strand
ส่วนหัวทางเลือกไปยังคอลัมน์สาระ

--name_n
ส่วนหัวทางเลือกสำหรับขนาดตัวอย่าง col

--name_ea
ส่วนหัวทางเลือกสำหรับผลคอลัมน์อัลลีล

--name_nea
ส่วนหัวทางเลือกไปยังคอลัมน์อัลลีลที่ไม่มีเอฟเฟกต์

--name_eaf
ส่วนหัวทางเลือกที่มีผลกับคอลัมน์ความถี่อัลลีล

--name_beta
ส่วนหัวทางเลือกไปยังคอลัมน์เบต้า

--name_se
ส่วนหัวทางเลือกไปยัง std ผิดพลาด พ.ต.

--name_or
ส่วนหัวทางเลือกไปยังคอลัมน์ OR

--name_or_95l
ส่วนหัวสำรองสำหรับคอลัมน์ OR 95L

--name_or_95u
ส่วนหัวสำรองสำหรับคอลัมน์ OR 95U

-h, --ช่วยด้วย
พิมพ์ความช่วยเหลือนี้

-v, --รุ่น
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชัน GWAMA หน้าคู่มือนี้ต้องไม่เพียงพอ โปรดใช้
ตัวเลือกความช่วยเหลือเพื่อเตือนความจำอย่างรวดเร็วของตัวเลือก gwama หรือเปิดไปที่หน้าแรก
พร้อมเอกสารออนไลน์หรือคู่มือดาวน์โหลด

ใช้ GWAMA ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net