headPolishes - ออนไลน์ในคลาวด์

เรียกใช้ headPolishes ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง headPolishes ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

เรียกใช้ใน Ubuntu วิ่งใน Fedora เรียกใช้ใน Windows Sim เรียกใช้ใน MACOS Sim

โครงการ:

ชื่อ

sim4dbutils - ยูทิลิตี้สำหรับทำงานกับไฟล์การจัดตำแหน่งที่สร้างโดย sim4db

ConvertPolishes - แปลงระหว่างรูปแบบ sim4db และ GFF3
filterPolishes - การจัดตำแหน่งตัวกรองตามเอกลักษณ์ของลำดับ ความครอบคลุม และความยาว
mergePolishes - รวมการจัดตำแหน่งจากหลายไฟล์
sortPolishes - การจัดเรียงการจัดตำแหน่งตาม cDNA หรือดัชนีลำดับจีโนมหรือชื่อลำดับ
ConvertToExtent - แปลงจากรูปแบบ sim4db เป็นรูปแบบที่คั่นด้วยแท็บบรรทัดเดียว
fixPolishesIID - อัปเดตไฟล์ sim4db เพื่อใช้ดัชนีลำดับของไฟล์ fasta ที่ระบุ
สามารถใช้เพื่อแยกชุดย่อยของการจัดตำแหน่งออกจากไฟล์ sim4db
DepthOfPolishes - แสดงผลฮิสโตแกรมที่คั่นด้วยแท็บของความลึกของการขัดที่ต่างๆ
ขนาดหน้าต่าง.
headPolishes - พิมพ์การจัดตำแหน่ง N แรกในไฟล์คล้ายกับ หัว(1)
pickBestPolish - รายงานเฉพาะการจัดตำแหน่ง 'ดีที่สุด' สำหรับแต่ละ cDNA
pickUniquePolish - รายงานการจัดตำแหน่งที่มีการจัดตำแหน่งเดียวที่ดีที่สุดที่ชัดเจนสำหรับ
แต่ละ cDNA
plotCoverageVsIdentity - สร้าง (1) ฮิสโตแกรมของเอกลักษณ์เปอร์เซ็นต์ (2) a
ฮิสโตแกรมของความครอบคลุมเป็นเปอร์เซ็นต์ และ (3) รายการเอกลักษณ์และความครอบคลุมเป็นเปอร์เซ็นต์ (สำหรับ
ใช้ในแปลงกระจาย)
uniqPolishes - กรองการจัดตำแหน่งทั้งหมดสำหรับ cDNA ด้วยการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่ง (-uniq) หรือ
ด้วยการจัดตำแหน่งเดียว (-dupl) คล้ายกับ มีเอกลักษณ์(1)
realignPolishes - คำนวณการจัดตำแหน่งใหม่ในไฟล์ sim4db
reportAlignmentDifferences - สร้างฮิสโตแกรมของประเภทของข้อผิดพลาดในชุดของ
การจัดตำแหน่ง ได้รับการสนับสนุน และ เลิก
ComparePolishes - เชื่อมโยงการจัดตำแหน่งในสองไฟล์
ConvertToAtac - แปลงจากรูปแบบ sim4db เป็นรูปแบบ ATAC
detectChimera - ตรวจสอบการจัดตำแหน่งสำหรับลำดับที่อาจเป็นความเพ้อฝัน
mappedCoverage - รายงานจำนวนลำดับการสืบค้น (EST, cDNA) ที่ครอบคลุมโดย
การจัดตำแหน่ง
parseSNP - วิเคราะห์การจัดตำแหน่งสำหรับ SNP
removeDuplicate - ค้นหาอินพุตสำหรับการจัดตำแหน่งที่ซ้ำกัน
vennPolishes - สร้างไดอะแกรม Venn สำหรับไฟล์ sim4db หลายไฟล์ เคย ภายใน by
ESTMapper ทำความสะอาดโปแลนด์
สรุปโปแลนด์

DESCRIPTION

โปรแกรมเหล่านี้เป็นโปรแกรมอรรถประโยชน์ที่หลากหลายในการทำงานด้วย ซิม4db(1)-สร้างไฟล์การจัดตำแหน่ง

ใช้ headPolishes ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net