นี่คือคำสั่ง hhfilter ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hhfilter - กรองการจัดตำแหน่งตามเอกลักษณ์ลำดับสูงสุดของสถานะการจับคู่และค่าต่ำสุด
ความคุ้มครอง
เรื่องย่อ
hhตัวกรอง -i แฟ้ม -o ออกจากไฟล์ [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
HHfilter เวอร์ชัน 2.0.16 (มกราคม 2013) กรองการจัดตำแหน่งตามเอกลักษณ์ของลำดับสูงสุดของ
สถานะการแข่งขันและความครอบคลุมขั้นต่ำ (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert
Andreas Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A และ Soding J. HHblits: เร็วราวกับสายฟ้า
การค้นหาลำดับโปรตีนแบบวนซ้ำโดยการจัดตำแหน่ง HMM-HMM แนท. วิธี 9:173-175 (2011)
-i
อ่านไฟล์อินพุตในรูปแบบ A3M/A2M หรือ FASTA
-o
เขียนไปยังไฟล์เอาต์พุตในรูปแบบ A3M
-a
ต่อท้ายไฟล์เอาต์พุตในรูปแบบ A3M
OPTIONS
-v
โหมด verbose: 0:ไม่มีเอาต์พุตหน้าจอ 1:เพียง warings 2: verbose
-NS [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับคู่สูงสุด (%) (def=90)
-ความแตกต่าง [0,อินเอฟ[
กรอง MSA โดยเลือกชุดลำดับที่หลากหลายที่สุด โดยคงไว้อย่างน้อยจำนวนนี้
seqs ในแต่ละบล็อก MSA ที่มีความยาว 50 (def=0)
-โคว [0,100] ความครอบคลุมขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)
-qid [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)
-qsc [0,100] คะแนนขั้นต่ำต่อคอลัมน์พร้อมแบบสอบถาม (def=-20.0)
-เนฟฟ์ [1,อินฟ]
เป้าหมายความหลากหลายของการจัดตำแหน่ง (ค่าเริ่มต้น=ปิด)
อินพุต การวางแนว รูปแบบ:
-M a2m ใช้ A2M/A3M (ค่าเริ่มต้น): ตัวพิมพ์ใหญ่ = ตรงกัน; ตัวพิมพ์เล็ก = แทรก; '-' = ลบ; '.' =
ช่องว่างที่ชิดกับเม็ดมีด (อาจละเว้น)
-M เป็นครั้งแรก
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีเรซิดิวในลำดับที่ 1 เป็นสถานะการจับคู่
-M [0,100]
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีช่องว่างน้อยกว่า X% เป็นสถานะการจับคู่
ตัวอย่าง: hhfilter -NS 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m
ใช้ hhfilter ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
