GoGPT Best VPN GoSearch

ไอคอน Fav ของ OnWorks

hmm2build - ออนไลน์ใน Cloud

เรียกใช้ hmm2build ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง hmm2build ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


hmm2build - สร้างโปรไฟล์ HMM จากการจัดตำแหน่ง

เรื่องย่อ


อืม2บิลด์ [ตัวเลือก] อืมไฟล์ จัดไฟล์

DESCRIPTION


อืม2บิลด์ อ่านไฟล์การจัดตำแหน่งหลายลำดับ จัดไฟล์ , สร้างโปรไฟล์ใหม่ HMM,
และบันทึก HMM ใน hmmfile

จัดไฟล์ อาจอยู่ใน ClustalW, GCG MSF, SELEX, Stockholm หรือการจัดตำแหน่ง FASTA ที่จัดตำแหน่งไว้
รูปแบบ. ตรวจพบรูปแบบโดยอัตโนมัติ

โดยค่าเริ่มต้น โมเดลได้รับการกำหนดค่าให้ค้นหาการจัดตำแหน่งที่ไม่ทับซ้อนกันอย่างน้อยหนึ่งรายการไปยัง
โมเดลที่สมบูรณ์: การจัดตำแหน่งทั่วโลกหลายแบบตามแบบจำลองและแบบโลคัลด้วย
เคารพในลำดับ ซึ่งคล้ายกับพฤติกรรมของ อืมม โปรแกรม HMMER
1. ในการกำหนดค่าโมเดลสำหรับหลาย ๆ ในประเทศ การจัดตำแหน่งตามแบบจำลองและ
ท้องถิ่นเกี่ยวกับลำดับ a la the old program hmms, ใช้ -f (ส่วน)
ตัวเลือก. บ่อยครั้งกว่านี้ คุณอาจต้องการกำหนดค่าแบบจำลองสำหรับการจัดตำแหน่งส่วนกลางเดียว
(ทั่วโลกเกี่ยวกับทั้งรุ่นและลำดับ) โดยใช้ -g ตัวเลือก; หรือเพื่อกำหนดค่า
โมเดลสำหรับการจัดตำแหน่งท้องถิ่น/ท้องถิ่นเดียว (a la standard Smith/Waterman หรือ old หืม
โปรแกรม) ใช้ -s ตัวเลือก

OPTIONS


-f กำหนดค่าแบบจำลองสำหรับการค้นหาหลายโดเมนต่อลำดับ โดยที่แต่ละโดเมน
สามารถเป็นการจัดตำแหน่งท้องถิ่น (ที่ไม่เป็นชิ้นเป็นอัน) นี้คล้ายกับเก่า hmms โครงการ
ของ HMMER 1

-g กำหนดค่าแบบจำลองสำหรับการค้นหาการจัดตำแหน่งส่วนกลางเดียวไปยังลำดับเป้าหมาย
เปรียบเหมือนเก่า อืม โปรแกรม HMMER 1

-h พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ รวมหมายเลขเวอร์ชันและบทสรุปของตัวเลือกทั้งหมด รวมทั้ง
ตัวเลือกผู้เชี่ยวชาญ

-n ตั้งชื่อนี้ว่า HMM . สามารถเป็นสตริงของอักขระที่ไม่ใช่ช่องว่าง (เช่น one
"คำ"). ไม่มีการจำกัดความยาว (อย่างน้อยไม่ได้กำหนดโดย HMMER; เชลล์ของคุณ
จะบ่นเรื่องความยาวบรรทัดคำสั่งก่อน)

-o บันทึกการจัดตำแหน่งเริ่มต้นใหม่ไปที่ , ในรูปแบบสตอกโฮล์ม คอลัมน์ที่เป็น
กำหนดให้จับคู่สถานะจะถูกทำเครื่องหมายด้วย x ในบรรทัดคำอธิบายประกอบ #=RF ถ้า
อย่างใดอย่างหนึ่ง --มือ or --เร็ว เลือกตัวเลือกการก่อสร้างแล้ว การจัดตำแหน่งอาจ
ได้รับการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยเพื่อให้เข้ากันได้กับการเปลี่ยนแผน 7 ดังนั้นบันทึก
การจัดตำแหน่งสุดท้ายและเปรียบเทียบกับการจัดตำแหน่งเริ่มต้นจะช่วยให้คุณดูสิ่งเหล่านี้ได้
การเปลี่ยนแปลง ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับผลข้างเคียงที่ลึกลับนี้

-s กำหนดค่าโมเดลเพื่อค้นหาการจัดตำแหน่งภายในเครื่องเดียวต่อลำดับเป้าหมาย นี้
คล้ายกับอัลกอริทึม Smith/Waterman มาตรฐานหรือ the หืม โปรแกรม HMMER
1.

-A ต่อท้ายโมเดลนี้กับที่มีอยู่ อืมไฟล์ มากกว่าการสร้าง hmmfile มีประโยชน์สำหรับ
การสร้างห้องสมุด HMM (เช่น Pfam)

-F บังคับเขียนทับของที่มีอยู่ hmmfile มิฉะนั้น HMMER จะปฏิเสธที่จะปิดบัง
ไฟล์ HMM ที่มีอยู่ของคุณ เพื่อความปลอดภัย

EXPERT OPTIONS


--อะมิโน
บังคับให้ตีความการจัดตำแหน่งลำดับเป็นลำดับกรดอะมิโน โดยทั่วไป
HMMER จะตรวจจับอัตโนมัติว่าการจัดตำแหน่งเป็นโปรตีนหรือ DNA แต่บางครั้งก็มีการจัดเรียงตัว
มีขนาดเล็กมากจนการตรวจจับอัตโนมัติไม่ชัดเจน ดู --นิวคลีอิก

--อาร์คปรี
ตั้งค่า "สถาปัตยกรรมก่อนหน้า" ที่ใช้โดยการสร้างสถาปัตยกรรม MAP เป็น , ที่ไหน
คือความน่าจะเป็นระหว่าง 0 ถึง 1 พารามิเตอร์นี้ควบคุมค่าเรขาคณิตก่อน
การกระจายตามความยาวของแบบจำลอง เนื่องจาก เพิ่มขึ้น นิยมใช้รุ่นที่ยาวกว่า a
ลำดับความสำคัญ เนื่องจาก ลดลงจะใช้เวลาอนุรักษ์สารตกค้างมากขึ้นในคอลัมน์ที่จะทำให้
คอลัมน์ "ฉันทามติ" คอลัมน์จับคู่ในสถาปัตยกรรมแบบจำลอง ค่าเริ่มต้น 0.85 has
ถูกเลือกอย่างมีเหตุมีผล

--ไบนารี่
เขียน HMM ถึง อืมไฟล์ ในรูปแบบไบนารี HMMER แทนข้อความ ASCII ที่อ่านได้

--cfile
บันทึกการนับการปล่อยและการเปลี่ยนแปลงที่สังเกตได้ไปที่ หลังจากที่สถาปัตยกรรมมี
ถูกกำหนดแล้ว (เช่น หลังจากกำหนดสิ่งตกค้าง/ช่องว่างให้จับคู่ ลบ และ
แทรกสถานะ) ตัวเลือกนี้ใช้ในการพัฒนา HMMER สำหรับสร้างไฟล์ข้อมูล
มีประโยชน์สำหรับการฝึกอบรมนักบวช Dirichlet ใหม่ รูปแบบของไฟล์การนับได้รับการบันทึกไว้
ในคู่มือผู้ใช้

--เร็ว กำหนดสถาปัตยกรรมของแบบจำลองอย่างรวดเร็วและแบบศึกษาสำนึกโดยกำหนดทั้งหมด
คอลัมน์จะมากกว่าเศษส่วนของอักขระช่องว่างเพื่อแทรกสถานะ โดย
ค่าเริ่มต้นเศษส่วนนี้คือ 0.5 และสามารถเปลี่ยนได้โดยใช้ --gapmax ตัวเลือก
อัลกอริธึมการก่อสร้างเริ่มต้นคืออัลกอริธึมหลังสูงสุด (MAP) ซึ่งก็คือ
ช้าลง

--gapmax
ควบคุม --เร็ว อัลกอริทึมการสร้างแบบจำลอง แต่ถ้า --เร็ว ไม่ได้ใช้
ไม่มีผล ถ้าคอลัมน์มีมากกว่าเศษส่วน ของสัญลักษณ์ช่องว่างในนั้นมัน
ถูกกำหนดให้กับคอลัมน์แทรก เป็นความถี่ตั้งแต่ 0 ถึง 1 และโดยค่าเริ่มต้น
ถูกตั้งค่าเป็น 0.5 ค่าที่สูงขึ้นของ หมายความว่ามีการมอบหมายคอลัมน์เพิ่มเติมให้กับฉันทามติ
และโมเดลก็ยาวขึ้น ค่าที่น้อยกว่าของ หมายถึงจำนวนคอลัมน์ที่ได้รับมอบหมายให้
ฉันทามติและโมเดลมีขนาดเล็กลง

--มือ ระบุสถาปัตยกรรมของโมเดลด้วยมือ: ไฟล์การจัดตำแหน่งต้องอยู่ใน SELEX
หรือรูปแบบสตอกโฮล์ม และบรรทัดคำอธิบายประกอบอ้างอิง (#=RF ใน SELEX, #=GC RF ใน
สตอกโฮล์ม) ใช้เพื่อระบุสถาปัตยกรรม คอลัมน์ใดๆ ที่มีเครื่องหมาย non-gap
สัญลักษณ์ (เช่น 'x' เป็นต้น) ถูกกำหนดให้เป็นคอลัมน์ฉันทามติ (ตรงกัน) ใน
นางแบบ.

--idlevel
ควบคุมทั้งการกำหนดหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิผลและพฤติกรรมของ
--wblosum ตัวเลือกการชั่งน้ำหนัก การจัดตำแหน่งลำดับถูกจัดกลุ่มตามเปอร์เซ็นต์
เอกลักษณ์และจำนวนคลัสเตอร์ที่จุดตัดของ จะใช้ในการ
กำหนดหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพ ค่าที่สูงขึ้นของ ให้คลัสเตอร์มากขึ้น
และหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพสูงกว่า ค่าที่ต่ำกว่าของ ให้กลุ่มน้อยลงและ
หมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพต่ำกว่า เป็นเศษส่วนจาก 0 ถึง 1 และโดยค่าเริ่มต้น is
ตั้งค่าเป็น 0.62 (สอดคล้องกับระดับคลัสเตอร์ที่ใช้ในการสร้าง
เมทริกซ์การแทนที่ BLOSUM62)

--ข้อมูล
ยืนยันว่าอินพุต ไฟล์ seq อยู่ในรูปแบบ ; ห้ามเรียกใช้รูปแบบ Babelfish
การตรวจหาอัตโนมัติ สิ่งนี้จะเพิ่มความน่าเชื่อถือของโปรแกรมบ้างเพราะ
Babelfish สามารถทำผิดพลาดได้ แนะนำเป็นพิเศษสำหรับผู้ที่ไม่ต้องดูแล สูง-
ปริมาณงานของ HMMER สตริงรูปแบบที่ถูกต้อง ได้แก่ FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, สตอกโฮล์ม, SELEX, MSF, CLUSTAL และ PHYLIP ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับ a
รายการที่สมบูรณ์

--ไม่มี
ปิดการคำนวณหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิผล และใช้จำนวนจริงของ
ลำดับแทน ซึ่งมักจะลดความไวของแบบจำลองสุดท้าย (so
อย่าทำโดยไม่มีเหตุอันควร!)

--นิวคลีอิก
บังคับให้ตีความการจัดตำแหน่งเป็นลำดับกรดนิวคลีอิก ไม่ว่าจะเป็น RNA หรือ DNA
โดยปกติ HMMER จะตรวจจับอัตโนมัติว่าการจัดตำแหน่งเป็นโปรตีนหรือ DNA แต่บางครั้ง
การจัดตำแหน่งมีขนาดเล็กมากจนการตรวจจับอัตโนมัติไม่ชัดเจน ดู --อะมิโน

--โมฆะ
อ่านโมเดล null จาก . ค่าเริ่มต้นสำหรับโปรตีนคือการใช้กรดอะมิโนเฉลี่ย
ความถี่จาก Swissprot 34 และ p1 = 350/351; สำหรับกรดนิวคลีอิก ค่าเริ่มต้นคือto
ใช้ 0.25 สำหรับแต่ละฐานและ p1 = 1000/1001 สำหรับเอกสารเกี่ยวกับรูปแบบของ
ไฟล์โมเดล null และคำอธิบายเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีการใช้โมเดล null โปรดดูที่
คู่มือผู้ใช้.

--แพม
ใช้ heuristic PAM- (substitution matrix-) ตามการปล่อยการแข่งขันก่อน
ความน่าจะเป็นแทนส่วนผสมเริ่มต้น Dirichlet เมทริกซ์การแทนที่ is
อ่านจาก . ดู --pamwgt.

การเปลี่ยนสถานะ Dirichlet เริ่มต้นก่อนและแทรกการปล่อยก่อน are
ไม่ได้รับผลกระทบ ดังนั้นโดยหลักการแล้วคุณสามารถรวม --ก่อน สีสดสวย --แพม แต่นี่
ไม่แนะนำ เพราะยังไม่ได้ทดสอบ ( --แพม ตัวเองยังไม่ได้รับการทดสอบ
มาก!)

--pamwgt
ควบคุมน้ำหนักบน PAM-based มาก่อน มีผลก็ต่อเมื่อ --แพม ตัวเลือกก็คือ
ในการใช้งาน เป็นจำนวนจริงบวก 20.0 โดยค่าเริ่มต้น คือจำนวน
"pseudocounts" ที่มาจาก heuristic มาก่อน ค่าที่สูงมากของ สามารถ
บังคับระบบการให้คะแนนที่ขับเคลื่อนโดยเมทริกซ์การทดแทนทั้งหมดทำให้
HMMER โปรไฟล์ Gribskov ที่ค่อนข้างใกล้เคียง

--pbswitch
สำหรับการจัดตำแหน่งที่มีลำดับจำนวนมาก GSC, BLOSUM และ Voronoi
แผนการถ่วงน้ำหนักช้า พวกมันคือ O(N^2) สำหรับลำดับ N Henikoff ตามตำแหน่ง
น้ำหนัก (น้ำหนัก PB) มีประสิทธิภาพมากขึ้น ที่หรือสูงกว่าลำดับเกณฑ์ที่กำหนด
จำนวน อืม2บิลด์ จะเปลี่ยนจากน้ำหนัก GSC, BLOSUM หรือ Voronoi เป็น PB
น้ำหนัก หากต้องการปิดใช้งานลักษณะการสลับนี้ (ที่ค่าใช้จ่ายในการคำนวณ ให้ตั้งค่า
เป็นสิ่งที่มากกว่าจำนวนลำดับในการจัดตำแหน่งของคุณ คือ
จำนวนเต็มบวก; ค่าเริ่มต้นคือ 1000

--ก่อน
อ่าน Dirichlet ก่อนจาก , แทนที่ส่วนผสมเริ่มต้น Dirichlet NS
รูปแบบของไฟล์ก่อนหน้าได้รับการบันทึกไว้ในคู่มือผู้ใช้และตัวอย่างจะได้รับใน
ไดเร็กทอรีสาธิตของการแจกจ่าย HMMER

--สเวนทรี
ควบคุมความน่าจะเป็นทั้งหมดที่กระจายไปยังรายการท้องถิ่นในแบบจำลอง
เทียบกับการเริ่มต้นที่จุดเริ่มต้นของโมเดลเช่นเดียวกับการจัดตำแหน่งทั่วโลก คือ
ความน่าจะเป็นจาก 0 ถึง 1 และโดยค่าเริ่มต้นจะถูกตั้งค่าเป็น 0.5 ค่าที่สูงขึ้นของ หมายความ
ที่กระทบที่เป็นเศษด้านซ้าย (N หรือ 5'-terminal) จะเป็น
ถูกลงโทษน้อยลง แต่การประสานงานทั่วโลกโดยสมบูรณ์จะถูกลงโทษมากขึ้น ต่ำกว่า
ค่าของ หมายความว่าเศษด้านซ้ายจะถูกลงโทษมากขึ้นและทั่วโลก
การจัดตำแหน่งในด้านนี้จะได้รับการสนับสนุน ตัวเลือกนี้มีผลกับ .เท่านั้น
การกำหนดค่าที่อนุญาตให้มีการจัดตำแหน่งเฉพาะ เช่น -s และ -NS; เว้นแต่อย่างใดอย่างหนึ่ง
ตัวเลือกยังเปิดใช้งาน ตัวเลือกนี้ไม่มีผล คุณมีการควบคุมที่เป็นอิสระ
เหนือพฤติกรรมการจัดตำแหน่งในพื้นที่/ทั่วโลกสำหรับปลายทาง N/C (5'/3') ของเป้าหมายของคุณ
ลำดับโดยใช้ --สเวนทรี และ --swexit.

--swexit
ควบคุมความน่าจะเป็นทั้งหมดที่กระจายไปยังการออกในพื้นที่จากแบบจำลอง
เทียบกับการสิ้นสุดการจัดตำแหน่งที่ส่วนท้ายของแบบจำลองเช่นเดียวกับการจัดตำแหน่งส่วนกลาง
คือความน่าจะเป็นตั้งแต่ 0 ถึง 1 และโดยค่าเริ่มต้นจะถูกตั้งค่าเป็น 0.5 ค่าที่สูงขึ้นของ
หมายความว่าการตีที่เป็นชิ้นส่วนทางด้านขวา (C หรือ 3'-terminal) จะเป็น
ถูกลงโทษน้อยลง แต่การประสานงานทั่วโลกโดยสมบูรณ์จะถูกลงโทษมากขึ้น ต่ำกว่า
ค่าของ หมายความว่าเศษทางด้านขวาจะถูกลงโทษมากขึ้นและทั่วโลก
การจัดตำแหน่งในด้านนี้จะได้รับการสนับสนุน ตัวเลือกนี้มีผลกับ .เท่านั้น
การกำหนดค่าที่อนุญาตให้มีการจัดตำแหน่งเฉพาะ เช่น -s และ -NS; เว้นแต่อย่างใดอย่างหนึ่ง
ตัวเลือกยังเปิดใช้งาน ตัวเลือกนี้ไม่มีผล คุณมีการควบคุมที่เป็นอิสระ
เหนือพฤติกรรมการจัดตำแหน่งในพื้นที่/ทั่วโลกสำหรับปลายทาง N/C (5'/3') ของเป้าหมายของคุณ
ลำดับโดยใช้ --สเวนทรี และ --swexit.

--รายละเอียด
พิมพ์สิ่งที่อาจเป็นประโยชน์มากขึ้น เช่น คะแนนแต่ละรายการสำหรับแต่ละซีเควนซ์
ในการจัดตำแหน่ง

--wblosum
ใช้อัลกอริธึมการกรอง BLOSUM เพื่อถ่วงน้ำหนักลำดับ แทนที่จะเป็นค่าเริ่มต้น
จัดกลุ่มลำดับตามเปอร์เซ็นต์ที่กำหนด (ดู --idlevel); มอบหมายแต่ละคน
คลัสเตอร์น้ำหนักรวม 1.0 กระจายอย่างเท่าเทียมกันในหมู่สมาชิกของ that
กลุ่ม

--wgsc ใช้อัลกอริทึมการถ่วงน้ำหนักลำดับ Gerstein/Sonnhammer/Chothia นี่คือ
เป็นค่าเริ่มต้นอยู่แล้ว ดังนั้นตัวเลือกนี้จึงไม่มีผลใดๆ (เว้นแต่จะเป็นไปตามตัวเลือกอื่น
ในตระกูล -\-w ซึ่งในกรณีนี้จะแทนที่)

--wme ใช้อัลกอริทึมเอนโทรปีสูงสุดของ Krogh/Mitchison เพื่อ "กำหนดน้ำหนัก" ของลำดับ นี้
แทนที่อัลกอริทึมการเลือกปฏิบัติสูงสุดของ Eddy/Mitchison/Durbin ซึ่งให้
ตุ้มน้ำหนักเกือบเท่ากันแต่มีความแข็งแกร่งน้อยกว่า การถ่วงน้ำหนัก ME ดูเหมือนจะให้ส่วนเพิ่ม
เพิ่มความไวเหนือน้ำหนัก GSC เริ่มต้น แต่ใช้จำนวนที่เหมาะสม
เวลา

--wone
ปิดการถ่วงน้ำหนักลำดับทั้งหมด

--wpb ใช้รูปแบบการถ่วงน้ำหนักตามตำแหน่ง Henikoff

--วอโรนอย
ใช้อัลกอริทึมการถ่วงน้ำหนักลำดับ Sibbald/Argos Voronoi แทนค่าดีฟอลต์
การชั่งน้ำหนัก GSC

ใช้ hmm2build ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


เซิร์ฟเวอร์และเวิร์กสเตชันฟรี

ดาวน์โหลดแอพ Windows & Linux

คำสั่ง Linux

Ad




×
โฆษณา
❤️ช้อป จอง หรือซื้อที่นี่โดยไม่เสียค่าใช้จ่าย ช่วยให้บริการต่างๆ ฟรี