hmmemit - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

hmmemit - ลำดับตัวอย่างจากโปรไฟล์ HMM

เรื่องย่อ

อืมมม [ตัวเลือก] อืมไฟล์

DESCRIPTION

พื้นที่ อืมมม ตัวอย่างโปรแกรม (ปล่อย) ลำดับจากโปรไฟล์ HMM ใน อืมไฟล์และ
เขียนพวกเขาเพื่อส่งออก ลำดับการสุ่มตัวอย่างอาจมีประโยชน์สำหรับวัตถุประสงค์ที่หลากหลาย
รวมถึงการสร้างผลบวกที่แท้จริงสังเคราะห์สำหรับการวัดประสิทธิภาพหรือการทดสอบ

ค่าเริ่มต้นคือการสุ่มตัวอย่างลำดับที่ไม่สอดคล้องกันจากแบบจำลองความน่าจะเป็นหลัก ซึ่ง
หมายความว่าแต่ละลำดับประกอบด้วยโดเมนความยาวเต็มหนึ่งโดเมน อีกทางหนึ่งด้วย -c
ตัวเลือก คุณสามารถแสดงลำดับฉันทามติของกฎส่วนใหญ่อย่างง่าย หรือกับ -a ตัวเลือก คุณ
สามารถปล่อยการจัดตำแหน่งได้ (ในกรณีนี้ คุณอาจจะต้องการตั้งค่า -N สู่สิ่งอื่น
กว่าค่าเริ่มต้น 1 ลำดับต่อรุ่น)

เป็นอีกทางเลือกหนึ่งด้วย -p ตัวเลือกที่คุณสามารถสุ่มตัวอย่างลำดับจากการกำหนดค่าทั้งหมด
โปรไฟล์การค้นหา HMMER นี่หมายถึงการสุ่มตัวอย่าง `ลำดับที่คล้ายคลึงกัน' ตามคำจำกัดความของ HMMER
รวมถึงลำดับขนาบข้างที่ไม่เป็นเนื้อเดียวกัน การจัดตำแหน่งเฉพาะ และหลายโดเมนต่อ
ตามลำดับ ขึ้นอยู่กับรุ่นความยาวและโหมดการจัดตำแหน่งที่เลือกสำหรับโปรไฟล์

พื้นที่ อืมไฟล์ อาจมีห้องสมุดของ HMM ซึ่งในกรณีนี้แต่ละ HMM จะถูกใช้ในทางกลับกัน

อาจเป็น '-' (ขีด) ซึ่งหมายถึงการอ่านอินพุตนี้จาก สเตดิน แทนที่จะเป็นไฟล์.

ทั่วไป OPTIONS

-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มีทั้งหมด

-o กำหนดลำดับเอาต์พุตไปยังไฟล์ , มากกว่าที่จะ แย่.

-N ตัวอย่าง ลำดับต่อรุ่น ไม่ใช่แค่เพียงชุดเดียว

OPTIONS การควบคุม อะไร TO ปล่อย

ค่าเริ่มต้นคือการสุ่มตัวอย่าง N ลำดับจากโมเดลหลัก หรือคุณอาจเลือก
ทางเลือกหนึ่ง (และเพียงหนึ่งเดียว) ต่อไปนี้

-a ส่งการจัดตำแหน่งสำหรับ HMM แต่ละรายการใน อืมไฟล์ แทนที่จะสุ่มตัวอย่างไม่สอดคล้องกัน
ลำดับทีละครั้ง

-c ปล่อยลำดับฉันทามติตามกฎพหุนิยม แทนที่จะสุ่มตัวอย่างลำดับจาก
การกระจายความน่าจะเป็นของโปรไฟล์ HMM ลำดับฉันทามติเกิดขึ้นโดย
การเลือกค่าความน่าจะเป็นสูงสุดในแต่ละสถานะการแข่งขัน

-C ปล่อยลำดับฉันทามติกฎพหุนิยมมากกว่า the -c ตัวเลือก. ถ้าสูงสุด
ความน่าจะเป็นตกค้างมี p นาที แสดงเป็นตัวพิมพ์เล็ก 'ใดๆ' สารตกค้าง (n หรือ x); ถ้า
พี >= นาที และ นาที แสดงเป็นตัวพิมพ์เล็ก และถ้า p >= นาที แสดงเป็น
สารตกค้างตัวพิมพ์ใหญ่ การตั้งค่าเริ่มต้นของ นาที และ นาที เป็นทั้ง 0.0 ซึ่ง
วิธี -C ให้ผลลัพธ์เหมือนกับ -c เว้นแต่คุณจะตั้ง นาที และ นาที กับสิ่งที่คุณ
ต้องการ.

-p ตัวอย่างลำดับที่ไม่สอดคล้องกันจากโปรไฟล์การค้นหาโดยนัย ไม่ใช่จาก core
แบบอย่าง. โมเดลหลักประกอบด้วยสถานะที่คล้ายคลึงกันเท่านั้น (ระหว่างจุดเริ่มต้น
และสถานะสิ้นสุดของรุ่น HMMER Plan7) โปรไฟล์รวมถึง N ที่ไม่เป็นเนื้อเดียวกัน
สถานะ C และ J การกำหนดค่าอัลกอริธึมโลคัล/glocal และ uni/multihit และ
รุ่นความยาวเป้าหมาย ดังนั้น ลำดับที่สุ่มตัวอย่างจากโปรไฟล์อาจรวมถึง
nonhomologous เช่นเดียวกับลำดับที่คล้ายคลึงกันและอาจมีมากกว่าหนึ่ง
ส่วนลำดับที่คล้ายคลึงกัน โดยค่าเริ่มต้น โปรไฟล์จะอยู่ในโหมดท้องถิ่น multihit และ
ความยาวลำดับเป้าหมายถูกกำหนดค่าสำหรับ L=400

OPTIONS การควบคุม การปล่อยมลพิษ จาก ประวัติ

ตัวเลือกเหล่านี้ต้องการให้คุณตั้งค่า -p ตัวเลือก

-L กำหนดค่าโมเดลความยาวลำดับเป้าหมายของโปรไฟล์เพื่อสร้างความยาวเฉลี่ยของ
ประมาณ แทนที่จะเป็นค่าเริ่มต้น 400

--ท้องถิ่น
กำหนดค่าโปรไฟล์สำหรับการจัดตำแหน่งภายใน multihit

--ยูนิโลคอล
กำหนดค่าโปรไฟล์สำหรับการจัดตำแหน่งภายใน unihit (Smith/Waterman)

--glocal
กำหนดค่าโปรไฟล์สำหรับการจัดตำแหน่ง multihit glocal

--ยูนิโกลคอล
กำหนดค่าโปรไฟล์สำหรับการจัดตำแหน่ง unihit glocal

OPTIONS การควบคุม แฟนซี ฉันทามติ การปล่อยมลพิษ

ตัวเลือกเหล่านี้ต้องการให้คุณตั้งค่า -C ตัวเลือก.

--ขั้นต่ำ
ตั้งค่า นาที เกณฑ์สำหรับแสดงสารตกค้างที่อนุรักษ์ไว้เล็กน้อยเป็นตัวพิมพ์เล็ก (0 <=
x <= 1)

--ลบ
ตั้งค่า นาที เกณฑ์สำหรับแสดงสารตกค้างที่อนุรักษ์ไว้อย่างเข้มงวดเป็นตัวพิมพ์ใหญ่ (0
<= x <= 1)

อื่น ๆ OPTIONS

--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์เครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่มด้วย , จำนวนเต็ม >= 0. If ไม่เป็นศูนย์ ใดๆ
การจำลองสุ่มจะทำซ้ำได้ คำสั่งเดียวกันจะให้เหมือนกัน
ผลลัพธ์. ถ้า คือ 0 ตัวสร้างตัวเลขสุ่มจะถูกเพาะโดยพลการและ
การจำลองแบบสุ่มจะแตกต่างกันไปตามการเรียกใช้คำสั่งเดียวกัน ค่าเริ่มต้น
คือ 0: ใช้เมล็ดโดยพลการ แตกต่างกันมาก อืมมม การวิ่งจะสร้างความแตกต่าง
ตัวอย่าง

ใช้ hmmemit ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net