ลบไม่ออก - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ลบไม่ออก - เครื่องจำลองวิวัฒนาการทางชีววิทยาที่ทรงพลังและยืดหยุ่น

เรื่องย่อ

ลบไม่ออก

ไม่สามารถส่งตัวเลือกผ่าน commandline

DESCRIPTION

ลบไม่ออก สามารถจำลองวิวัฒนาการของนิวคลีโอไทด์แบบหลายพาร์ติชัน กรดอะมิโน หรือโคดอน
ชุดข้อมูลผ่านกระบวนการแทรก ลบ และแทนที่อย่างต่อเนื่อง
เวลา. รองรับโมเดลวิวัฒนาการทั่วไปทั้งหมด

เอกสารฉบับเต็มสำหรับ ลบไม่ออก สามารถใช้ได้ภายใต้
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

การกำหนดค่า

ลบไม่ออก อ่านการตั้งค่าสำหรับการจำลองที่รันจากไฟล์ชื่อ ควบคุม.txt ใน
ไดเรกทอรีปัจจุบัน ไฟล์ถูกแบ่งออกเป็นบล็อค โดยแต่ละบล็อคควบคุมหนึ่งบล็อค
ลักษณะเฉพาะของการจำลอง บล็อกอาจมีบล็อกย่อยเพิ่มเติม ความคิดเห็นสามารถ
กำหนดไว้ในรูปแบบ C หรือ C++ ถ้า ลบไม่ออก ถูกดำเนินการโดยไม่มีไฟล์ควบคุมอยู่และ
ไฟล์ตัวอย่างถูกสร้างขึ้น

[พิมพ์] ชนิด
ไฟล์ควบคุมทุกไฟล์ต้องขึ้นต้นด้วย a ประเภท บล็อก. ประเภทที่เป็นไปได้คือ นิวคลีโอไทด์,
กรดอะมิโนและ โคดอน.

[การตั้งค่า]
บล็อกนี้ระบุการตั้งค่าผู้ใช้ที่ไม่จำเป็น เช่น ประเภทไฟล์เอาต์พุตและ
รูปแบบ เมล็ดพันธุ์สำหรับเครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่ม และไม่ว่าจะแสดงรายละเอียดหรือไม่
รายงาน

[แบบอย่าง] ชื่อรุ่น
บล็อกนี้เริ่มต้นแบบจำลองวิวัฒนาการใหม่เพื่อใช้สำหรับการจำลอง NS
พารามิเตอร์เฉพาะรวมถึงแบบจำลองการแทนที่ อัตราอินเดล และ codon-site
โมเดลถูกควบคุมผ่านโมเดลย่อย ชื่อรุ่น สามารถเป็นชื่อที่คุณเลือกได้

[ต้นไม้] ชื่อต้นไม้ newick
บล็อกนี้ใช้เพื่อระบุแผนผังด้วยชื่อที่กำหนด ชื่อต้นไม้.
ระยะทางวิวัฒนาการแสดงเป็นความยาวกิ่งของต้นไม้ใน ใหม่
จัดรูปแบบ

[สาขา]
บล็อกเหล่านี้ใช้เพื่อจำลองกระบวนการที่ไม่คงที่และไม่เป็นเนื้อเดียวกัน
สามารถระบุแบบจำลองที่แตกต่างกันได้บนกิ่งก้านของต้นไม้นำทางที่อนุญาต
สาขาให้มีรูปแบบการทดแทนที่แตกต่างกัน การกระจายความยาวอินเดล อัตรา
ความแตกต่างขององค์ประกอบพื้นฐาน ฯลฯ

[พาร์ทิชั่น] ชื่อพาร์ติชั่น
ในระหว่างการรันแต่ละครั้ง สามารถจำลองพาร์ติชั่นลำดับได้หลายพาร์ติชั่น สำหรับแต่ละพาร์ติชั่น
ต้องระบุผังต้นไม้ แบบจำลองวิวัฒนาการ และความยาวของลำดับ

[วิวัฒนาการ]
ภายในบล็อกนี้ อาจมีการสร้างแบบจำลองหลายพาร์ติชัน

ลิขสิทธิ์

ลิขสิทธิ์ © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL เวอร์ชัน 3 หรือใหม่กว่า
นี่เป็นซอฟต์แวร์ฟรี: คุณสามารถเปลี่ยนแปลงและแจกจ่ายต่อได้ ไม่มีการรับประกัน
ตามขอบเขตที่กฎหมายอนุญาต ข้อความใบอนุญาตฉบับเต็มสามารถดูได้ที่
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

กิตติกรรมประกาศ

วิลเลียม เฟล็ทเชอร์ และ จื่อเหิง หยาง (2009) INDELible: เครื่องจำลองชีวภาพที่ยืดหยุ่นได้
ลำดับวิวัฒนาการ โมเลกุล ชีววิทยา และ วิวัฒนาการ 26(8): 1879 1888-

ใช้ลบไม่ออกออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net