iqtree-omp - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

iqtree-omp - ซอฟต์แวร์สายวิวัฒนาการที่มีประสิทธิภาพโดยโอกาสสูงสุด (ตัวประมวลผลหลายตัว
รุ่น)

เรื่องย่อ

iqtree-omp -s [OPTIONS]

DESCRIPTION

IQ-TREE multicore เวอร์ชัน 1.3.11.1 สำหรับ Linux 64-bit ที่สร้างขึ้น 1 กุมภาพันธ์ 2016 ลิขสิทธิ์©
2011-2015 เหงียนลัมตุง, Olga Chernomor, Arndt von Haeseler และ Bui Quang Minh

ทั่วไป ตัวเลือก:
-? หรือ -h
การพิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้

-s
การจัดตำแหน่งอินพุตในรูปแบบ PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF

-เซนต์
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (ค่าเริ่มต้น: ตรวจหาอัตโนมัติ)

-q
รุ่นพาร์ติชั่นที่เชื่อมโยงกับขอบ (ไฟล์ในรูปแบบ NEXUS/RAxML)

-เอสพีพี ชอบ -q ตัวเลือกแต่อนุญาตอัตราเฉพาะพาร์ติชั่น

-sp โมเดลพาร์ติชั่นไร้ขอบ (เช่น -M ตัวเลือก RAxML)

-t | BIONJ | สุ่ม
ต้นไม้เริ่มต้น (ค่าเริ่มต้น: 100 ต้น parsimony และ BIONJ)

-ชา ชอบ -t แต่กำลังแก้ไขแผนผังผู้ใช้ (ไม่ได้ดำเนินการค้นหาทรี)

-o
Outgroup ชื่อ taxon สำหรับเขียน .treefile

-ก่อน
โดยใช้ สำหรับไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น: aln/partition)

-nt </cpu_cores>
จำนวนคอร์/เธรดที่จะใช้ (จำเป็น)

- เมล็ด
สุ่มจำนวนเมล็ด ปกติใช้สำหรับวัตถุประสงค์ในการดีบัก

-v, -vv, -vvv
โหมด Verbose พิมพ์ข้อความบนหน้าจอมากขึ้น

NEW สโตแคสติก TREE SEARCH อัลกอริธึม:
-pl ใช้ไลบรารีโอกาสในการวิวัฒนาการ (PLL) (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-ตัวเลข
จำนวนต้น parsimony เริ่มต้น (ค่าเริ่มต้น: 100)

-ท็อปพาร์ส
จำนวนต้นพาร์ซิโมนีที่ดีที่สุด (ค่าเริ่มต้น: 20)

-sprad
รัศมีสำหรับการค้นหา Parsimony SPR (ค่าเริ่มต้น: 6)

-ตัวเลข
ขนาดของชุดต้นไม้ตัวเลือก (ค่าเริ่มต้น: 5)

-ต่อ
ความแรงของการรบกวนสำหรับ NNI แบบสุ่ม (ค่าเริ่มต้น: 0.5)

-allnni
ทำการค้นหา NNI อย่างละเอียดยิ่งขึ้น (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

- หยุด
จำนวนการวนซ้ำที่ไม่สำเร็จเพื่อหยุด (ค่าเริ่มต้น: 100)

-n </iterations>
แก้ไขจำนวนการวนซ้ำเป็น <#iterations> (ค่าเริ่มต้น: อัตโนมัติ)

-iqp ใช้การรบกวนต้นไม้ IQP (ค่าเริ่มต้น: สุ่ม NNI)

-iqpnni
เปลี่ยนกลับไปใช้อัลกอริธึมการค้นหาต้นไม้ IQPNNI แบบเก่า

อัลตร้าฟาสต์ บูตสแตรป:
-BB <<ทำซ้ำ>
บูตสแตรปเร็วมาก (>=1000)

-wbt เขียนแผนผังบูตไปยังไฟล์ .ufboot (ค่าเริ่มต้น: none)

-wbtl Like -wbt แต่ยังเขียนความยาวของกิ่งอีกด้วย

-นาโนเมตร </iterations>
จำนวนการทำซ้ำสูงสุด (ค่าเริ่มต้น: 1000)

-nขั้นตอน <#iterations> #Iterations สำหรับกฎการหยุด UFBoot (ค่าเริ่มต้น: 100)

-bcor
ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ขั้นต่ำ (ค่าเริ่มต้น: 0.99)

- บีปส์
RELL epsilon เพื่อทำลายการเสมอ (ค่าเริ่มต้น: 0.5)

มาตรฐาน ไม่ใช่พารามิเตอร์ บูตสแตรป:
-b <<ทำซ้ำ>
Bootstrap + แผนผัง ML + แผนผังฉันทามติ (>=100)

- คริสตศักราช <<ทำซ้ำ>
Bootstrap + ต้นไม้ฉันทามติ

-โบ <<ทำซ้ำ>
Bootstrap เท่านั้น

SINGLE สาขา ทดสอบ:
-alrt <<ทำซ้ำ>
การทดสอบอัตราส่วนความน่าจะเป็นโดยประมาณแบบ SH (SH-aLRT)

-alrt 0
การทดสอบ Parametric aLRT (Anisimova และ Gascuel 2006)

- เบย์
การทดสอบ Bayes โดยประมาณ (Anisimova et al. 2011)

- ปอนด์ <<ทำซ้ำ>
ความน่าจะเป็นในการบูตเครื่องที่รวดเร็ว

การตัดสินใจ MODEL การคัดเลือก:
-m ทดสอบ
การเลือกรุ่นมาตรฐาน (เช่น jModelTest, ProtTest)

-m ทดสอบ
Like -m TESTONLY แต่ตามด้วยการสร้างต้นไม้ขึ้นใหม่

-m ทดสอบใหม่เท่านั้น
การเลือกรูปแบบใหม่รวมถึง FreeRate (+R) heterogeneity

-m ทดสอบใหม่
Like -m ทดสอบเท่านั้น แต่ตามด้วยการสร้างต้นไม้ขึ้นใหม่

-m ทดสอบเฉพาะ
เลือกรูปแบบพาร์ติชั่นที่เหมาะสมที่สุด (เช่น PartitionFinder)

-m ทดสอบ
Like -m TESTMERGEONLY แต่ตามด้วยการสร้างต้นไม้ขึ้นใหม่

-m ทดสอบใหม่MERGEONLY
Like -m TESTMERGEONLY แต่รวมถึง FreeRate heterogeneity

-m ทดสอบNEWMERGE
Like -m TESTNEWMERGEONLY ตามด้วยการสร้างต้นไม้ขึ้นใหม่

-คลัสเตอร์
เปอร์เซ็นต์ของคู่พาร์ติชั่น (alg การทำคลัสเตอร์ที่ผ่อนคลาย)

-mset โครงการ
จำกัดการค้นหาเฉพาะรุ่นที่รองรับโดยโปรแกรมอื่น (เช่น raxml, phyml หรือ
นายเบย์)

-mset ม.1,...,ม.ค
จำกัดการค้นหาเฉพาะรุ่นในรายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค (เช่น -mset WAG, LG, JTT)

-msub แหล่ง
จำกัดการค้นหาเฉพาะรุ่น AA ที่ออกแบบมาสำหรับแหล่งที่มาเฉพาะ (เช่น นิวเคลียร์
ไมโทคอนเดรีย คลอโรพลาสต์ หรือไวรัส)

-mfreq f1,...,เอฟเค
จำกัดการค้นหาเฉพาะการใช้รายการความถี่ของรัฐ (โปรตีนเริ่มต้น: -mfreq ฟู, เอฟ;
โคดอน: -mfreq ,F1x4,F3x4,F)

-mrate r1,...,ร
จำกัดการค้นหาโดยใช้รายการแบบจำลองอัตราข้ามไซต์ (เช่น -mrate
อี ฉัน จี ฉัน + จี ร)

-ซม
#หมวดหมู่ขั้นต่ำสำหรับรุ่น FreeRate [+R] (ค่าเริ่มต้น: 2)

-ซีแม็กซ์
สูงสุด # หมวดหมู่สำหรับรุ่น FreeRate [+R] (ค่าเริ่มต้น: 10)

??? บุญ AIC|AICc|BIC
เกณฑ์ความเหมาะสมในการใช้งาน (ค่าเริ่มต้น: ทั้งหมด)

-mtree ดำเนินการค้นหาแบบเต็มรูปแบบสำหรับแต่ละรุ่นที่พิจารณา

-mredo ละเว้นผลลัพธ์ของแบบจำลองที่คำนวณไว้ก่อนหน้านี้ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ใช่)

-แมด mx1,...,mxk
รายชื่อรุ่นผสมที่ต้องพิจารณาด้วย

-mdef
ไฟล์ NEXUS คำจำกัดความของรุ่น (ดูคู่มือ)

การแทน MODEL:
-m

DNA: HKY (ค่าเริ่มต้น), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN/TrN, TNef,
ข้อกำหนดรุ่น TIM, TIMef, TVM, TVMef, SYM, GTR หรือรุ่น 6 หลัก (เช่น 010010 =
ฮ่องกง)

โปรตีน: WAG (ค่าเริ่มต้น), ปัวซอง, cpREV, mtREV, Dayhoff, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, ไข้หวัด, Blosum62

ส่วนผสมของโปรตีน: C10,...,C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
เจทีทีซีเอฟ4จี

ไบนารี: JC2 (ค่าเริ่มต้น), GTR2

โคดอนเชิงประจักษ์: KOSI07, SCHN05

codon กลไก: GY (ค่าเริ่มต้น), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

codon กึ่งประจักษ์: XX_YY โดยที่ XX เป็นเชิงประจักษ์และ YY เป็นแบบจำลองทางกล

สัณฐานวิทยา/SNP: MK (ค่าเริ่มต้น), ORDERED

มิฉะนั้น: ชื่อไฟล์ที่มีพารามิเตอร์รุ่นผู้ใช้
(พารามิเตอร์อัตราและความถี่ของรัฐ)

-m +F หรือ +FO หรือ +FU หรือ +FQ (ค่าเริ่มต้น: อัตโนมัติ)
นับ เพิ่มประสิทธิภาพ กำหนดโดยผู้ใช้ ความถี่ของรัฐเท่ากัน

-m +F1x4 หรือ +F3x4
ความถี่โคดอน

-m +ASC
การแก้ไขอคติการตรวจสอบสำหรับข้อมูลทางสัณฐานวิทยา/SNP

-m "มิกซ์{m1,...mK}"
แบบจำลองส่วนผสมที่มีส่วนประกอบ K

-m "FMIX{f1,...fK}"
แบบจำลองความถี่ผสมที่มีส่วนประกอบ K

-mwopt เปิดการปรับน้ำหนักส่วนผสมให้เหมาะสม (ค่าเริ่มต้น: ไม่มี)

อัตรา ความหลากหลาย:
-m +I หรือ +G[n] หรือ +I+G[n] หรือ +R[n]
โมเดล Invar, Gamma, Invar+Gamma หรือ FreeRate โดยที่ 'n' คือจำนวนหมวดหมู่
(ค่าเริ่มต้น: n=4)

-a
พารามิเตอร์รูปร่างแกมมาสำหรับอัตราไซต์ (ค่าเริ่มต้น: ค่าประมาณ)

-gmedian
ค่าเฉลี่ยการคำนวณสำหรับหมวดหมู่อัตราแกมมา (ค่าเริ่มต้น: ค่าเฉลี่ย)

--test-อัลฟ่า
การประมาณค่าพารามิเตอร์โมเดล +I+G อย่างละเอียดยิ่งขึ้น

-i
สัดส่วนของไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลง (ค่าเริ่มต้น: ค่าประมาณ)

-ม คำนวณอัตราเฉพาะไซต์เป็นไฟล์ .mhrate โดยใช้ Meyer & von Haeseler (2003)
วิธี

ทดสอบ OF MODEL ความเป็นเนื้อเดียวกัน:
-m มากที่สุด
แบบจำลองการทดสอบ (GTR+G) สมมติฐานความเป็นเนื้อเดียวกันโดยใช้ Weiss & von Haeseler (2003)
วิธี

-NS </simulations>
#Simulations เพื่อรับ null-distribution (ค่าเริ่มต้น: 1000)

ฉันทามติ การก่อสร้างใหม่:
-t
ชุดของต้นไม้อินพุตสำหรับการสร้างฉันทามติขึ้นใหม่

-มินซัพ
รองรับการแบ่งขั้นต่ำในช่วง [0,1]; 0.5 สำหรับฉันทามติตามกฎส่วนใหญ่ (ค่าเริ่มต้น: 0, ie
ขยายฉันทามติ)

-ไบ
ทิ้ง ต้นไม้ต้น

-คอน การคำนวณต้นไม้ฉันทามติเป็น .contree file

-สุทธิ การคำนวณเครือข่ายฉันทามติเป็น .nex file

-จีบ
การกำหนดค่าการสนับสนุนสำหรับ ถึง .suptree

- แท็ก
ชื่อโหนด (หรือ ALL) เพื่อกำหนดรหัสต้นไม้ที่โหนดเกิดขึ้น

โรบินสัน-ฟาวล์ ระยะทาง:
-rf_all
การคำนวณระยะทาง RF ของต้นไม้ใน

-rf
คำนวณระยะทาง RF ทั้งหมดระหว่างต้นไม้สองชุดที่เก็บไว้ใน และ


-rf_adj
การคำนวณระยะทาง RF ของต้นไม้ที่อยู่ติดกันใน

TREE โทโพโลยี ทดสอบ:
-z
การประเมินชุดทรีผู้ใช้

-zb <<ทำซ้ำ>
ทำการทดสอบ BP,KH,SH,ELW สำหรับต้นไม้ที่ผ่าน -z

-zw ทำการทดสอบ Weighted-KH และ Weighted-SH ด้วย

กำลังสร้าง RANDOM ต้นไม้:
-r
สร้างต้นไม้แบบสุ่มภายใต้โมเดล Yule-Harding

-en
สร้างแผนผังแบบสุ่มภายใต้โมเดลยูนิฟอร์ม

-rcat
สร้างต้นไม้หนอนผีเสื้อแบบสุ่ม

-rbal
สร้างต้นไม้ที่สมดุลแบบสุ่ม

-rcsg
สร้างเครือข่ายแยกวงกลมแบบสุ่ม

-rlen
ขั้นต่ำ ค่าเฉลี่ย และความยาวกิ่งสูงสุดของต้นไม้สุ่ม

เบ็ดเตล็ด:
-น้ำหนัก เขียนต้นไม้ที่เหมาะสมในเครื่องลงใน .treels file

-blfix แก้ไขความยาวสาขาของแผนผังผู้ใช้ที่ส่งผ่าน -ชา

-บลิน ความยาวสาขาขั้นต่ำสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพ (ค่าเริ่มต้น 0.000001)

-blmax ความยาวสาขาสูงสุดสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพ (ค่าเริ่มต้น 100)

-wsl เขียนบันทึกความเป็นไปได้ของเว็บไซต์เป็น .sitelh file

-wslr เขียนบันทึกความเป็นไปได้ต่อหมวดหมู่อัตรา

-wslm เขียนบันทึกความเป็นไปได้ของไซต์ต่อคลาสผสม

-wslmr เขียนบันทึกความเป็นไปได้ของไซต์ต่อส่วนผสม+คลาสอัตรา

-fconst f1,...,เอฟเอ็น
เพิ่มรูปแบบคงที่ในการจัดตำแหน่ง (N=#nstates)

ใช้ iqtree-omp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net