kmer-mask - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

kmer-mask - ชุดหน้ากากและตัวกรองของลำดับนิวคลีโอไทด์ตามเนื้อหา kmer

เรื่องย่อ

kmer-หน้ากาก {-นวนิยาย|-ยืนยัน--mdb mer-ฐานข้อมูล] [-นางสาว ขนาดเมอร์] [-edb ฐานข้อมูลที่มีอยู่] [-m
ขนาดต่ำสุด] [-e ขยายขนาด] [-เกณฑ์ขั้นต่ำ l] [-เกณฑ์สูง h] [-t หัวข้อ] [-v] [-h
histogram] [-ส่งเสริม|-ลดระดับ|-ทิ้ง] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o เอาต์พุตคำนำหน้า

DESCRIPTION

มาสก์และชุดตัวกรองของลำดับ (สันนิษฐานว่าสามารถอ่านได้) ตามเนื้อหา kmer มาส์กได้
ทำเพื่อรักษาลำดับนวนิยายที่ไม่ได้อยู่ในฐานข้อมูล หรือเพื่อรักษาลำดับที่ยืนยันแล้วในปัจจุบัน
ในฐานข้อมูล การกรองจะแยกลำดับทั้งหมด บางส่วน หรือไม่มีการปกปิด

OPTIONS

-mdb mer-ฐานข้อมูล
โหลด masking kmers จาก เมอรีล(1) mer-ฐานข้อมูล

-นางสาว ขนาดเมอร์

-edb ฐานข้อมูลที่มีอยู่
บันทึก masking kmers ไปที่ an มีอยู่DB(1) ไฟล์ ฐานข้อมูลที่มีอยู่ เพื่อการรีสตาร์ทที่เร็วขึ้น

-1 in.1.fastq

-2 in.2.fastq
อินพุตอ่านไฟล์ในรูปแบบ fastq, fastq.gz, fastq.bz2 หรือ fastq.xz ประการที่สองคือ
เป็นทางเลือก แต่จะทำให้การจัดประเภทเอาต์พุตยุ่งเหยิงหากไม่มีอยู่

-o ออก
คำนำหน้าสำหรับการอ่านเอาต์พุต

ออก.fullmasked.[12].fastq
อ่านโดยรักษาฐาน 'lowthreshold' ไว้ด้านล่าง

ออก.partiallymasked [12].fastq
อ่านในระหว่าง

ออก.retained.[12].fastq
อ่านที่มีมากกว่าฐาน 'hightreshold' ที่ยังคงอยู่

ออก.ทิ้ง.[12].fastq
อ่านด้วยสถานะที่ขัดแย้งกัน

-m ขนาดต่ำสุด
ละเว้นการฮิตของฐานข้อมูลต่ำกว่า kmers ต่อเนื่องกัน (0)

-e ขยายขนาด
ขยายการเข้าถึงฐานข้อมูลผ่าน kmers ที่หายไปจำนวนมาก (0)

-นวนิยาย RETAIN ลำดับนวนิยายไม่มีอยู่ในฐานข้อมูล

-ยืนยัน
RETAIN ยืนยันลำดับที่มีอยู่ในฐานข้อมูล

-ส่งเสริม
ส่งเสริม RETAINED ที่น้อยกว่าอ่านสถานะของ RETAINED อ่านมากขึ้น
read1=fullmasked และ read2=partiallymasked -> ทั้งคู่ถูกปิดบังบางส่วน

-ลดระดับ
ลดระดับ RETAINED อ่านให้มากขึ้นเป็นสถานะ RETAINED อ่านน้อยลง
read1=fullmasked และ read2=partiallymasked -> ทั้งคู่ถูกปิดอย่างเต็มที่

-ทิ้ง
ทิ้งคู่ที่มีสถานะขัดแย้งกัน (ค่าเริ่มต้น) read1=fullmasked และ
read2=partiallymasked -> ทิ้งทั้งคู่

สถิติ on สเตอร์เดอร์, จำนวน of ลำดับ กับ จำนวน ยังคงอยู่:
-เกณฑ์ขั้นต่ำ t
(0.3333)

-เกณฑ์สูง t
(0.6667)

-h histogram
เขียนฮิสโตแกรมของจำนวนลำดับ RETAINED

-t t ใช้ t คำนวณเธรด

-v แสดงความคืบหน้า

ใช้ kmer-mask ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net