LAdump - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

LAdump - แสดงการจัดตำแหน่งเฉพาะของ daligner ในรูปแบบที่เรียบง่าย

เรื่องย่อ

ลาดัม [-cdt] [-o] src1:db|เขื่อน [ src2:db|เขื่อน ] จัดตำแหน่ง:las [ อ่านว่า FILE | อ่านว่า:ช่วง -

DESCRIPTION

Like ลาโชว์(1) ลาดัม อนุญาตให้แสดงการจัดตำแหน่งท้องถิ่น (LAs) ของชุดย่อยของ
กองในไฟล์ .las และเลือกข้อมูลที่จะแสดงเกี่ยวกับพวกเขา ความแตกต่างคือ
ว่าข้อมูลถูกเขียนในรูปแบบ ASCII "1-code" ที่ง่ายมากที่ทำให้ง่าย
เพื่ออ่านและวิเคราะห์ข้อมูลเพื่อนำไปใช้ต่อไป สำหรับแต่ละ LA คู่ของ reads
เป็นเอาต์พุตบนบรรทัด -c ขอให้ส่งออกพิกัดของLA .เพิ่มเติม
ส่วนที่จะส่งออก NS -d ออปชั่นขอให้จำนวนส่วนต่างในแอลเอ be
ผลผลิตและ -t ร้องขอให้ส่งออกข้อมูลจุดติดตาม ในที่สุด, -o การร้องขอ
เฉพาะ LAs ที่มีการคาบเกี่ยวกันที่เหมาะสมเท่านั้นที่จะส่งออกได้

รูปแบบนั้นง่ายมาก ข้อมูลที่ร้องขอแต่ละรายการจะเกิดขึ้นในบรรทัด NS
อักขระตัวแรกของทุกบรรทัดคืออักขระ "1-code" ที่บอกคุณว่าข้อมูลอะไร
คาดหวังในสาย ส่วนที่เหลือของบรรทัดมีข้อมูลที่แต่ละรายการอยู่
คั่นด้วยช่องว่างเดียว เส้นจุดติดตามให้จำนวนจุดติดตาม
ช่วงเวลาในแอลเอและตามมาด้วยหลายบรรทัดที่มีคู่ของ
จำนวนเต็มที่ให้ # ของความแตกต่างและ b-displacement ในแต่ละจุดติดตามที่ต่อเนื่องกัน
ช่วงเวลา

P #a #b - (#a,#b) มี LA ระหว่างกัน
C #ab #ae #bb #be - [#ab,#ae] สอดคล้องกับ [#bb,#be]
D # - มี # ความแตกต่างในLA
T #n - มี #n ช่วงของจุดติดตามสำหรับ LA
(#d #y )^#n - มี #d ความแตกต่างในการจัดตำแหน่ง #y bp ของ B กับ
ช่วงขนาดคงที่ถัดไปของA
+ X # - จำนวน X (X = P หรือ T)
% X # - จำนวน X สูงสุดในกองใด ๆ (X = P หรือ T)
@ T # - จำนวนสูงสุดของจุดติดตามในการติดตามใด ๆ

บรรทัด 1 โค้ดที่ขึ้นต้นด้วย +, % หรือ @ จะเป็นบรรทัดแรกในเอาต์พุตเสมอ พวกเขา
ให้ข้อมูลขนาดเกี่ยวกับสิ่งที่อยู่ในผลลัพธ์ โดยเฉพาะ '+ X #' ให้
จำนวนทั้งหมดของ LAs (X=P) หรือจำนวนทั้งหมดของช่วงจุดติดตาม (X=T) ใน
ไฟล์ . '% X #' ให้จำนวนสูงสุดของ LAs (X=P) หรือจำนวนสูงสุดของจุดติดตาม
ช่วงเวลา (X=T) ในช่วงเวลาที่กำหนด กองพะเนินเทินทึก (รวบรวม LAs ทั้งหมดที่มี a-read เดียวกัน (ใช้เท่านั้น
เพื่อเรียงลำดับ ในที่สุด @ T # ให้ # สูงสุดของช่วงเวลาของจุดติดตามในการติดตามใด ๆ ภายใน
ไฟล์

ใช้ LAdump ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net