สุดท้าย - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

สุดท้าย - การเปรียบเทียบระดับจีโนมของลำดับทางชีวภาพ

เรื่องย่อ

สุดท้าย [ตัวเลือก] นามสกุล ไฟล์ลำดับ fasta

DESCRIPTION

ค้นหาการจัดตำแหน่งลำดับท้องถิ่น

ตัวเลือกคะแนน (การตั้งค่าเริ่มต้น): -r: คะแนนการแข่งขัน (DNA: 1, 0 -q: ค่าใช้จ่ายไม่ตรงกัน
(DNA: 1, 0 -p: เมทริกซ์คะแนนการจับคู่/ไม่ตรงกัน (โปรตีน-โปรตีน: BL62, DNA-โปรตีน:
บีแอล80) -a: ต้นทุนการดำรงอยู่ของช่องว่าง (DNA: 7, โปรตีน: 11, 0 -b: ค่าขยายช่องว่าง (DNA:
1, โปรตีน: 2, 0 -A: ต้นทุนการมีอยู่ของการแทรก (ก) -B: ค่าต่อส่วนขยายการแทรก
(ข) -c: ต้นทุนคู่เรซิดิวที่ไม่เท่ากัน (ปิด) -F: ค่าเปลี่ยนเฟรม (ปิด) -x: คะแนนสูงสุดลดลง
สำหรับการจัดตำแหน่งช่องว่าง (สูงสุด[y, e-1]) -y: คะแนนสูงสุดสำหรับการจัดตำแหน่งแบบไม่มีช่องว่าง (t*10)
-z: คะแนนสูงสุดลดลงสำหรับการจัดตำแหน่งช่องว่างสุดท้าย (x) -d: คะแนนขั้นต่ำสำหรับ gapless
การจัดตำแหน่ง (นาที[e, t*ln(1000*refSize/n)]) -e: คะแนนขั้นต่ำสำหรับการจัดตำแหน่งที่มีช่องว่าง

ตัวเลือก E-value (การตั้งค่าเริ่มต้น): -D: ข้อความค้นหาต่อการจัดตำแหน่งแบบสุ่ม (1e+06) -E:
การจัดตำแหน่งที่คาดหวังสูงสุดต่อตารางกิกะ (1e+18/D/refSize/numOfStrands)

ตัวเลือกเครื่องสำอาง (การตั้งค่าเริ่มต้น): -h, --ช่วยด้วย: แสดงตัวเลือกทั้งหมดและค่าเริ่มต้น
การตั้งค่าและออก -V, --รุ่น: แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก -v: be verbose: เขียน
ข้อความเกี่ยวกับสิ่งที่ Lastal กำลังทำ -f: รูปแบบเอาต์พุต: TAB, MAF, BlastTab (MAF)

ตัวเลือกเบ็ดเตล็ด (การตั้งค่าเริ่มต้น): -s: เกลียว: 0=ย้อนกลับ 1=ไปข้างหน้า 2=ทั้งสอง (2 สำหรับ
ดีเอ็นเอ 1 สำหรับโปรตีน) -S: เมทริกซ์คะแนนใช้กับเส้นด้านหน้าของ: 0=การอ้างอิง, 1=แบบสอบถาม
(0) -T: ประเภทของการจัดตำแหน่ง: 0=local, 1=overlap (0) -m: การจับคู่เริ่มต้นสูงสุดต่อข้อความค้นหา
ตำแหน่ง (10) -l: ความยาวขั้นต่ำสำหรับการแข่งขันเริ่มต้น (1) -L: ความยาวสูงสุดสำหรับค่าเริ่มต้น
การแข่งขัน (อินฟินิตี้) -n: การจัดตำแหน่งแบบไม่มีช่องว่างสูงสุดต่อตำแหน่งการสืบค้น (อินฟินิตี้ถ้า m=0,
อื่น ม.) -C: ละเว้นการจัดตำแหน่งแบบไม่มีช่องว่างใน >= C อื่นๆ ด้วย > คะแนนต่อความยาว (ปิด) -K: ละเว้น
การจัดตำแหน่งที่มีช่วงการสืบค้นอยู่ใน >= K อื่นๆ ด้วย > คะแนน (ปิด) -k: ก้าวขนาดตาม
ลำดับการสืบค้น (1) -i: ขนาดแบทช์สืบค้น (8 KiB ยกเว้นว่ามี > 1 เธรดหรือ lastdb
ปริมาณ) -P: จำนวนเธรดคู่ขนาน (1) -R: ตัวเลือกการทำเครื่องหมายซ้ำ (เหมือนกับ was
ใช้สำหรับlastdb) -u: ปิดบังตัวพิมพ์เล็กระหว่างการขยาย: 0=ไม่เคย, 1=ไม่มีช่องว่าง,

2=ไม่มีช่องว่าง+ช่องว่างแต่ไม่สิ้นสุด, 3=เสมอ (2 ถ้า lastdb -c และ Q<5 อย่างอื่น 0)

-w: ระงับการทำซ้ำภายในการแข่งขันที่แน่นอน ชดเชย <= ระยะนี้ (1000) -G: พันธุกรรม
ไฟล์โค้ด -t: 'อุณหภูมิ' สำหรับการคำนวณความน่าจะเป็น (1/แลมบ์ดา) -g: พารามิเตอร์ 'gamma'
สำหรับแกมมาเซนทรอยด์และลามะ (1) -j: ประเภทเอาต์พุต: 0=จำนวนการจับคู่, 1=ไม่มีช่องว่าง, 2=ซ้ำซ้อน
ช่องว่าง 3 = ช่องว่าง

4=ค่าประมาณความคลุมเครือของคอลัมน์, 5=แกมมา-เซนทรอยด์, 6=ลามา, 7=จำนวนที่คาดไว้ (3)

-Q: รูปแบบอินพุต: 0=fasta, 1=fastq-sanger, 2=fastq-solexa, 3=fastq-illumina,

4=prb, 5=PSSM (0)

รายงาน ข้อบกพร่อง

รายงานจุดบกพร่องไปที่: Last-align (ATmark) googlegroups (dot) com
หน้าแรกล่าสุด: http://last.cbrc.jp/

ใช้ Lastal ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net