libscane - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

libscan - การค้นหาการวินิจฉัยสำหรับครอบครัวโปรตีน

เรื่องย่อ

ลิบสแกน -โหมด รายการ -จับ บูล -เฮนิก บูล -อืม บูล - แซม บูล -pssm บูล
- ซิก บูล -อืม. เชือก -hmextn เชือก -hmoutpath เชือก -hmmoutextn เชือก
-สัมพัทธ์ เชือก - เหมือนกัน เชือก -samoutpath เชือก -samoutextn เชือก
-pssmpath เชือก -pssmextn เชือก - ไนเตอร์ จำนวนเต็ม -นวดข้าว ลอย -สูงสุด จำนวนเต็ม
-pssmoutpath เชือก -pssmoutextn เชือก -gbvpath เชือก -gbvextn เชือก
-gbvgapo ลอย -gbvgape ลอย -gbvoutpath เชือก -gbvouttextn เชือก
-hnfpath เชือก -hnfextn เชือก -hnfgapo ลอย -hnfgape ลอย -hnfoutpath เชือก
-hnfoutextn เชือก -ซิกพาธ เชือก -sigextn เชือก -ระยะ รายการ - ย่อย เมทริกซ์
-ซิกกาโป ลอย -ซิกกาเป้ ลอย -sigoutpath เชือก -sigouttextn เชือก -ฐานข้อมูล การตั้งค่า
-สคอฟ แฟ้ม

ลิบสแกน -ช่วยด้วย

DESCRIPTION

ลิบสแกน เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Protein:3D Structure"

OPTIONS

-โหมด รายการ
libscan ทำงานในหนึ่งในสองโหมด (i) โหมดค้นหาฐานข้อมูลหรือ (ii) ไลบรารี
โหมดหน้าจอ. ในโหมดค้นหาฐานข้อมูล libscan จะอ่านไดเร็กทอรีอย่างน้อยหนึ่งไดเร็กทอรีแต่ละไดเร็กทอรี
มีองค์ประกอบแบ่งแยกประเภทเดียว ประเภทที่อนุญาตมีน้อย
ลายเซ็นลำดับ โปรไฟล์ Gribskov โปรไฟล์ Henikoff หรือโมเดล Markov ที่ซ่อนอยู่ ใน
โหมดหน้าจอไลบรารี libscan อ่านชุดลำดับ คัดกรองแต่ละลำดับเทียบกับ
ไลบรารี (ไดเร็กทอรีขององค์ประกอบการแบ่งแยก) และเขียนไฟล์สแกนไลบรารี (ของ
ครอบครัวที่ได้คะแนนสูงสุด) สำหรับแต่ละคน ค่าเริ่มต้น: 2

-จับ บูล
ค่าเริ่มต้น: N

-เฮนิก บูล
ค่าเริ่มต้น: N

-อืม บูล
ค่าเริ่มต้น: N

- แซม บูล
ค่าเริ่มต้น: N

-pssm บูล
ค่าเริ่มต้น: Y

- ซิก บูล
ค่าเริ่มต้น: N

-อืม. เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./lib/

-hmextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .hmm

-hmoutpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-hmmoutextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .hmmout

-สัมพัทธ์ เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

- เหมือนกัน เชือก
ค่าเริ่มต้น: .mod

-samoutpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-samoutextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .samout

-pssmpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .chk

- ไนเตอร์ จำนวนเต็ม
ค่าเริ่มต้น: 1

-นวดข้าว ลอย
ค่าเริ่มต้น: 100

-สูงสุด จำนวนเต็ม
ค่าเริ่มต้น: 1000

-pssmoutpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-pssmoutextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .pssmout

-gbvpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-gbvextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .grib

-gbvgapo ลอย
ค่าเริ่มต้น: 10.0

-gbvgape ลอย
ค่าเริ่มต้น: 0.5

-gbvoutpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-gbvouttextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .gribout

-hnfpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-hnfextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .henik

-hnfgapo ลอย
ค่าเริ่มต้น: 10.0

-hnfgape ลอย
ค่าเริ่มต้น: 0.5

-hnfoutpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-hnfoutextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .henikout

-ซิกพาธ เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-sigextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .sig

-ระยะ รายการ
ค่าเริ่มต้น: 1

- ย่อย เมทริกซ์
ค่าเริ่มต้น: EBLOSUM62

-ซิกกาโป ลอย
ค่าเริ่มต้น: 10.0

-ซิกกาเป้ ลอย
ค่าเริ่มต้น: 0.5

-sigoutpath เชือก
ค่าเริ่มต้น: ./

-sigouttextn เชือก
ค่าเริ่มต้น: .sigout

-ฐานข้อมูล การตั้งค่า
ในโหมดค้นหาฐานข้อมูล libscan จะสแกนองค์ประกอบที่แยกแยะแต่ละองค์ประกอบเทียบกับลำดับ
ชุด. ในโหมดหน้าจอไลบรารี libscan จะอ่านชุดลำดับและคัดกรองแต่ละลำดับ
เทียบกับไลบรารี (ไดเรกทอรีขององค์ประกอบการแบ่งแยก) ค่าเริ่มต้น: 49142.vdhf

-สคอฟ แฟ้ม
ในโหมดใดโหมดหนึ่ง จำเป็นต้องมี 'ไฟล์การจัดหมวดหมู่ scop' เป็นแหล่งที่มาของ family
ข้อมูลการจัดหมวดหมู่ ไฟล์การจัดประเภทสกอปมีการจัดประเภทและข้อมูลอื่นๆ
สำหรับโดเมนจากฐานข้อมูล scop ไฟล์อยู่ในรูปแบบ embl-like และถูกสร้างขึ้น
โดย scopparse ข้อมูลลำดับโดเมนสามารถเพิ่มลงในไฟล์ได้โดยใช้ scopseqs
ค่าเริ่มต้น: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

ใช้ libscane ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net