EnglishFrenchSpanish

เรียกใช้เซิร์ฟเวอร์ | Ubuntu > | Fedora > |


ไอคอน Fav ของ OnWorks

locuspocus - ออนไลน์ในคลาวด์

เรียกใช้ locuspocus ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง locuspocus ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


locuspocus - คำนวณพิกัดโลคัสสำหรับคำอธิบายประกอบของยีนที่กำหนด

เรื่องย่อ


โลคัสโปคัส [ตัวเลือก] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ... ]

DESCRIPTION


ตัวเลือกพื้นฐาน:

-d|--debug
พิมพ์ข้อความการดีบักโดยละเอียดไปยังเทอร์มินัล (ข้อผิดพลาดมาตรฐาน)

-h|--ช่วยเหลือ
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้แล้วออก

-v|--รุ่น
พิมพ์หมายเลขรุ่นและออก

การแยกวิเคราะห์ iLocus:

-l|--เดลต้า: INT
เมื่อแยกวิเคราะห์ช่วงเวลา loci ให้ใช้ delta ต่อไปนี้เพื่อขยาย gene loci และรวม
ขอบเขตการกำกับดูแลที่อาจเกิดขึ้น ค่าเริ่มต้นคือ 500

-s|--ข้าม
เมื่อแจงนับ loci ช่วงเวลา ให้ไม่รวมที่ไม่มีคำอธิบายประกอบ (และน่าจะไม่สมบูรณ์)
iLoci ที่ปลายด้านใดด้านหนึ่งของซีเควนซ์

-e|--endsonly
รายงานเฉพาะชิ้นส่วน iLocus ที่ไม่สมบูรณ์ที่ส่วนท้ายของลำดับที่ไม่มีคำอธิบายประกอบ
(ส่วนเสริมของ --ข้าม)

-y|--skipiiloci
ไม่รายงาน iLoci . ระหว่างยีน

ตัวเลือกการปรับแต่ง:

-r|--ละเอียด
โดยค่าเริ่มต้นยีนจะถูกจัดกลุ่มใน iLocus เดียวกันหากมีการทับซ้อนกัน 'ปรับแต่ง'
โหมดช่วยให้จัดการยีนที่ทับซ้อนกันได้อย่างเหมาะสมยิ่งขึ้น

-c|--cds
ใช้ CDS แทน UTR เพื่อกำหนดยีนทับซ้อน หมายถึงโหมด 'ปรับแต่ง'

-m|--เหลื่อมซ้อน: INT
จำนวนขั้นต่ำของนิวคลีโอไทด์สองยีนต้องทับซ้อนกันเพื่อจัดกลุ่มในเดียวกัน
ไอโลคัส; ค่าเริ่มต้นคือ1

ตัวเลือกเอาต์พุต:

-n|--namefmt: STR
ระบุสตริงรูปแบบสไตล์ printf เพื่อแทนที่รูปแบบ ID เริ่มต้นสำหรับ new
สร้าง loci; ค่าเริ่มต้นคือ 'locus%lu' (locus1, locus2 เป็นต้น) สำหรับ loci และ 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2 ฯลฯ ) สำหรับช่วงเวลา loci; โปรดทราบว่าสตริงรูปแบบควรมี a
ตัวระบุ %lu ตัวเดียวที่จะเติมด้วยค่าจำนวนเต็มยาวที่ไม่ได้ลงนาม

-i|--ilens: FILE
สร้างไฟล์ที่มีความยาวของแต่ละ iLocus

-g|--genemap: FILE
พิมพ์การแมปจากคำอธิบายประกอบของยีนแต่ละอันไปยังตำแหน่งที่สอดคล้องกับที่ให้ไว้
ไฟล์

-o|--outfile: FILE
ชื่อไฟล์ที่จะเขียนผลลัพธ์; ค่าเริ่มต้นคือเทอร์มินัล (มาตรฐาน
เอาท์พุท)

-T|--retainids
เก็บรหัสคุณสมบัติดั้งเดิมจากไฟล์อินพุต ความขัดแย้งจะเกิดขึ้นหากใส่
มีค่า ID ที่ซ้ำกัน

-t|--transmap: FILE
พิมพ์แผนที่จากคำอธิบายประกอบการถอดเสียงแต่ละรายการไปยังตำแหน่งที่เกี่ยวข้องกับ
ให้ไฟล์

-V|--verbose
รวมคุณสมบัติย่อยของโลคัสทั้งหมด (ยีน RNA เป็นต้น) ในเอาต์พุต GFF3 ค่าเริ่มต้น
รวมเฉพาะคุณสมบัติโลคัส

ตัวเลือกอินพุต:

-f|--ตัวกรอง: TYPE
รายการประเภทคุณลักษณะที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคเพื่อใช้ในการสร้าง loci/iLoci ค่าเริ่มต้นคือ
'ยีน'

-p|--พาเรนต์: CT:PT
หากมีฟีเจอร์ประเภท $CT โดยไม่มีพาเรนต์ ให้สร้างพาเรนต์สำหรับฟีเจอร์นี้
ด้วยประเภท $PT; ตัวอย่างเช่น mRNA:gene จะสร้างคุณลักษณะของยีนในฐานะผู้ปกครองสำหรับ
ฟีเจอร์ mRNA ระดับบนสุดใดๆ ตัวเลือกนี้สามารถระบุได้หลายครั้ง

-u|--หลอก
แก้ไขฉลากปลอมที่ผิดพลาด

ใช้โลคัสโปคัสออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


Ad


Ad