locuspocus - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

locuspocus - คำนวณพิกัดโลคัสสำหรับคำอธิบายประกอบของยีนที่กำหนด

เรื่องย่อ

โลคัสโปคัส [ตัวเลือก] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ... ]

DESCRIPTION

ตัวเลือกพื้นฐาน:

-d|--ดีบัก
พิมพ์ข้อความการดีบักโดยละเอียดไปยังเทอร์มินัล (ข้อผิดพลาดมาตรฐาน)

-h|--ช่วยเหลือ
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้แล้วออก

-v|--รุ่น
พิมพ์หมายเลขรุ่นและออก

การแยกวิเคราะห์ iLocus:

-l|--เดลต้า: INT
เมื่อแยกวิเคราะห์ช่วงเวลา loci ให้ใช้ delta ต่อไปนี้เพื่อขยาย gene loci และรวม
ขอบเขตการกำกับดูแลที่อาจเกิดขึ้น ค่าเริ่มต้นคือ 500

-s|--ข้าม
เมื่อแจงนับ loci ช่วงเวลา ให้ไม่รวมที่ไม่มีคำอธิบายประกอบ (และน่าจะไม่สมบูรณ์)
iLoci ที่ปลายด้านใดด้านหนึ่งของซีเควนซ์

-e|--สิ้นสุดเท่านั้น
รายงานเฉพาะชิ้นส่วน iLocus ที่ไม่สมบูรณ์ที่ส่วนท้ายของลำดับที่ไม่มีคำอธิบายประกอบ
(ส่วนเสริมของ --ข้าม)

-y|--สกิปิอิโลซี
ไม่รายงาน iLoci . ระหว่างยีน

ตัวเลือกการปรับแต่ง:

-r|--ละเอียด
โดยค่าเริ่มต้นยีนจะถูกจัดกลุ่มใน iLocus เดียวกันหากมีการทับซ้อนกัน 'ปรับแต่ง'
โหมดช่วยให้จัดการยีนที่ทับซ้อนกันได้อย่างเหมาะสมยิ่งขึ้น

-c|--ซีดี
ใช้ CDS แทน UTR เพื่อกำหนดยีนทับซ้อน หมายถึงโหมด 'ปรับแต่ง'

-m|--เหลื่อมซ้อน: INT
จำนวนขั้นต่ำของนิวคลีโอไทด์สองยีนต้องทับซ้อนกันเพื่อจัดกลุ่มในเดียวกัน
ไอโลคัส; ค่าเริ่มต้นคือ1

ตัวเลือกเอาต์พุต:

-n|--namefmt: STR
ระบุสตริงรูปแบบสไตล์ printf เพื่อแทนที่รูปแบบ ID เริ่มต้นสำหรับ new
สร้าง loci; ค่าเริ่มต้นคือ 'locus%lu' (locus1, locus2 เป็นต้น) สำหรับ loci และ 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2 ฯลฯ ) สำหรับช่วงเวลา loci; โปรดทราบว่าสตริงรูปแบบควรมี a
ตัวระบุ %lu ตัวเดียวที่จะเติมด้วยค่าจำนวนเต็มยาวที่ไม่ได้ลงนาม

-i|--ilens: ไฟล์
สร้างไฟล์ที่มีความยาวของแต่ละ iLocus

-g|--แผนที่จีน: FILE
พิมพ์การแมปจากคำอธิบายประกอบของยีนแต่ละอันไปยังตำแหน่งที่สอดคล้องกับที่ให้ไว้
ไฟล์

-o|--outfile: ไฟล์
ชื่อไฟล์ที่จะเขียนผลลัพธ์; ค่าเริ่มต้นคือเทอร์มินัล (มาตรฐาน
เอาท์พุท)

-T|--สารตกค้าง
เก็บรหัสคุณสมบัติดั้งเดิมจากไฟล์อินพุต ความขัดแย้งจะเกิดขึ้นหากใส่
มีค่า ID ที่ซ้ำกัน

-t|--ทรานส์แมป: FILE
พิมพ์แผนที่จากคำอธิบายประกอบการถอดเสียงแต่ละรายการไปยังตำแหน่งที่เกี่ยวข้องกับ
ให้ไฟล์

-V|--ละเอียด
รวมคุณสมบัติย่อยของโลคัสทั้งหมด (ยีน RNA เป็นต้น) ในเอาต์พุต GFF3 ค่าเริ่มต้น
รวมเฉพาะคุณสมบัติโลคัส

ตัวเลือกอินพุต:

-f|--ตัวกรอง: TYPE
รายการประเภทคุณลักษณะที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคเพื่อใช้ในการสร้าง loci/iLoci ค่าเริ่มต้นคือ
'ยีน'

-p|--พาเรนต์: CT:PT
หากมีฟีเจอร์ประเภท $CT โดยไม่มีพาเรนต์ ให้สร้างพาเรนต์สำหรับฟีเจอร์นี้
ด้วยประเภท $PT; ตัวอย่างเช่น mRNA:gene จะสร้างคุณลักษณะของยีนในฐานะผู้ปกครองสำหรับ
ฟีเจอร์ mRNA ระดับบนสุดใดๆ ตัวเลือกนี้สามารถระบุได้หลายครั้ง

-u|--หลอก
แก้ไขฉลากปลอมที่ผิดพลาด

ใช้โลคัสโปคัสออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net