macs2_callpeak - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

macs2_callpeak - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP

DESCRIPTION

การใช้งาน: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]

[-f {อัตโนมัติ,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--บัฟเฟอร์ขนาด BUFFER_SIZE] [--outdir
ภายนอก] [-n ชื่อ] [-B] [--คำกริยา VERBOSE] [--แทร็กไลน์] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--ขยายขนาด
ขยาย] [-q QVALUE | -p PVALUE] [--ขนาดใหญ่] [--อัตราส่วนอัตราส่วน] [--ตัวอย่างด้านล่าง]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--กว้าง]
[--วงกว้าง-cutoff BROADCUTOFF] [--cutoff-analysis] [--call-summits] [--fe-cutoff
เฟคคัทออฟ]

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

อินพุต ไฟล์ ข้อโต้แย้ง:
-t แฟ้มข้อมูล [TFILE ...], --การรักษา แฟ้มข้อมูล [TFILE ...]
ไฟล์การรักษา ChIP-seq หากระบุไฟล์หลายไฟล์เป็น '-t AB C' ไฟล์เหล่านั้นจะ
ทั้งหมดจะถูกอ่านและรวมเข้าด้วยกัน ที่จำเป็น.

-c [CFILE [ไฟล์ ...]], --ควบคุม [ไฟล์ไฟล์ [ไฟล์ไฟล์ ...]]
ไฟล์ควบคุม หากระบุไฟล์หลายไฟล์เป็น '-c AB C' ไฟล์เหล่านั้นจะถูกรวมเข้ากับ
ประมาณการเสียงพื้นหลังของ ChIP-seq

-f {อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}, --รูปแบบ
{อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}
รูปแบบของไฟล์แท็ก "AUTO" "BED" หรือ "ELAND" หรือ "ELANDMULTI" หรือ "ELANDEXPORT" หรือ
"แซม" หรือ "แบม" หรือ "โบว์ตี้" หรือ "แบมเป้" ตัวเลือก AUTO เริ่มต้นจะทำให้ MACS ตัดสินใจได้
ว่าไฟล์นั้นอยู่ในรูปแบบใด โปรดตรวจสอบคำจำกัดความในไฟล์ README หากคุณเลือก
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE ค่าเริ่มต้น: "อัตโนมัติ"

-g จีไซส์ --gsize ขนาด
ขนาดจีโนมที่มีประสิทธิภาพ อาจเป็น 1.0e+9 หรือ 1000000000 หรือทางลัด:'hs' สำหรับมนุษย์
(2.7e9), 'mm' สำหรับเมาส์ (1.87e9), 'ce' สำหรับ C. elegans (9e7) และ 'dm' สำหรับ fruitfly
(1.2e8) ค่าเริ่มต้น:hs

--เก็บ-dup เก็บซ้ำ
ควบคุมการทำงานของ MACS ต่อแท็กที่ซ้ำกันในตำแหน่งเดียวกัน --
การประสานงานเดียวกันและสาระเดียวกัน ตัวเลือก 'อัตโนมัติ' ทำให้ MACS คำนวณ
แท็กสูงสุดที่ตำแหน่งเดียวกันตามการแจกแจงแบบทวินามโดยใช้
1e-5 เป็นการตัดค่า pvalue; และตัวเลือก 'ทั้งหมด' จะเก็บทุกแท็ก ถ้าจำนวนเต็มคือ
ให้มากที่สุด จำนวนแท็กนี้จะถูกเก็บไว้ที่ตำแหน่งเดียวกัน ค่าเริ่มต้น
คือการเก็บหนึ่งแท็กไว้ที่ตำแหน่งเดียวกัน ค่าเริ่มต้น: 1

--บัฟเฟอร์-ขนาด บัฟเฟอร์_SIZE
ขนาดบัฟเฟอร์สำหรับเพิ่มขนาดอาร์เรย์ภายในที่เพิ่มขึ้นเพื่อจัดเก็บการอ่าน
ข้อมูลการจัดตำแหน่ง ในกรณีส่วนใหญ่ คุณไม่จำเป็นต้องเปลี่ยนพารามิเตอร์นี้
อย่างไรก็ตาม หากมีโครโมโซม/ส่วนต่อ/โครงในของคุณเป็นจำนวนมาก
การจัดตำแหน่งขอแนะนำให้ระบุขนาดบัฟเฟอร์ที่เล็กลงเพื่อลด
การใช้หน่วยความจำ (แต่จะใช้เวลานานในการอ่านไฟล์การจัดตำแหน่ง) หน่วยความจำขั้นต่ำ
ขออ่านไฟล์การจัดตำแหน่งประมาณ # ของ CHROMOSOME * BUFFER_SIZE * 2
ไบต์ ค่าเริ่มต้น: 100000

เอาท์พุต ข้อโต้แย้ง:
--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน

-n ชื่อ, --ชื่อ ชื่อ
ชื่อการทดสอบ ซึ่งจะใช้สร้างชื่อไฟล์ที่ส่งออก ค่าเริ่มต้น: "NA"

-B, --bdg
ไม่ว่าจะบันทึกการไพล์อัพของแฟรกเมนต์แบบขยาย และแทร็กแลมบ์ดาในเครื่องหรือไม่ (สอง
ไฟล์) ทุก bp ลงในไฟล์ bedGraph ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--รายละเอียด เวอร์โบส
กำหนดระดับของข้อความรันไทม์แบบละเอียด 0: แสดงเฉพาะข้อความสำคัญ, 1: แสดง
ข้อความเตือนเพิ่มเติม 2: แสดงข้อมูลกระบวนการ 3: แสดงข้อความแก้ไขข้อบกพร่อง
ค่าเริ่มต้น:2

--แทร็กไลน์
บอกให้ MACS รวมแทร็กไลน์กับไฟล์ bedGraph เพื่อรวมแทร็กไลน์นี้
ขณะแสดง bedGraph ที่เบราว์เซอร์จีโนม UCSC สามารถแสดงชื่อและคำอธิบายของ
ไฟล์นั้นด้วย อย่างไรก็ตาม คำแนะนำของฉันคือการแปลง bedGraph เป็น bigWig จากนั้นแสดง
ไฟล์ไบนารี bigWig ที่เล็กกว่าและเร็วกว่าที่เบราว์เซอร์จีโนม UCSC เช่นเดียวกับ
การวิเคราะห์ปลายน้ำ จำเป็นต้อง -B ที่จะตั้งค่า ค่าเริ่มต้น: ไม่รวมแทร็กไลน์

--SPMR หากเป็น True MACS จะบันทึกสัญญาณต่อการอ่านล้านครั้งสำหรับโปรไฟล์การแตกส่วนย่อย
ต้องการ -B ที่จะตั้งค่า ค่าเริ่มต้น: เท็จ

การขยับ แบบ ข้อโต้แย้ง:
-s ทีไซส์ --tsize ทส
ขนาดแท็ก การดำเนินการนี้จะแทนที่ขนาดแท็กที่ตรวจพบโดยอัตโนมัติ ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้ตั้งค่า

--ว BW
ความกว้างของแถบสำหรับการเลือกพื้นที่เพื่อคำนวณขนาดชิ้นส่วน ใช้ค่านี้เท่านั้น
ขณะสร้างแบบจำลองขยับ ค่าเริ่มต้น: 300

-m เอ็มโฟลด์ เอ็มโฟลด์ --mfold เอ็มโฟลด์ เอ็มโฟลด์
เลือกภูมิภาคภายในช่วง MFOLD ของอัตราส่วนการตกแต่งที่มีความมั่นใจสูงเทียบกับ
พื้นหลังเพื่อสร้างแบบจำลอง ความสมบูรณ์ของพับในภูมิภาคต้องต่ำกว่าบน
ขีด จำกัด และสูงกว่าขีด จำกัด ล่าง ใช้เป็น "-m 10 30" ค่าเริ่มต้น:5 50

--แก้ไข-bimodal
ไม่ว่าจะเปิดกระบวนการสร้างแบบจำลองคู่อัตโนมัติหรือไม่ หากตั้งค่าเมื่อ MACS ล้มเหลวในการสร้าง
รุ่นจับคู่ จะใช้การตั้งค่า nomodel, the --exsize พารามิเตอร์ที่จะขยาย
แต่ละแท็กไปทาง 3 'ทิศทาง การไม่ใช้การตรึงอัตโนมัตินี้เป็นค่าเริ่มต้น
พฤติกรรมตอนนี้ ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--ไม่มีรุ่น
ไม่ว่าจะสร้างโมเดลขยับหรือไม่ หากเป็น True MACS จะไม่สร้างแบบจำลอง โดย
ค่าเริ่มต้นหมายถึงขนาดขยับ = 100 ลองตั้งค่า extsize เพื่อเปลี่ยน ค่าเริ่มต้น:
เท็จ

--กะ SHIFT
(ไม่ใช่มรดก --กะขนาด ตัวเลือก!) การเปลี่ยนแปลงโดยพลการใน bp ใช้วิจารณญาณ
ในขณะที่ตั้งค่าอื่นที่ไม่ใช่ค่าเริ่มต้น เมื่อตั้งค่า NOMODEL แล้ว MACS จะใช้สิ่งนี้
ค่าที่จะย้ายปลายตัด (5') ไปในทิศทาง 5'->3' จากนั้นใช้ EXTSIZE ถึง
ขยายออกเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อย เมื่อค่านี้เป็นค่าลบ ปลายจะถูกย้ายไปที่
ทิศทาง 3'->5' แนะนำให้เก็บไว้เป็นค่าเริ่มต้น 0 สำหรับชุดข้อมูล ChIP-Seq หรือ -1
* ครึ่งหนึ่งของ EXTSIZE พร้อมตัวเลือก EXTSIZE สำหรับการตรวจจับตำแหน่งการตัดที่เสริมสมรรถนะ
เช่น ชุดข้อมูล DNAseI-Seq บางชุด หมายเหตุ คุณไม่สามารถตั้งค่าอื่นที่ไม่ใช่ 0 if
รูปแบบคือ BAMPE สำหรับข้อมูลปลายคู่ ค่าเริ่มต้น: 0

--ขยายขนาด ขยายขนาด
ขนาดส่วนขยายตามอำเภอใจในหน่วย bp เมื่อ nomodel เป็นจริง MACS จะใช้ค่านี้
เป็นขนาดแฟรกเมนต์เพื่อขยายการอ่านแต่ละครั้งไปถึงปลาย 3' จากนั้นจึงกองขึ้น มันคือ
สองเท่าของจำนวน SHIFTSIZE ที่ล้าสมัย ในภาษาก่อนหน้า การอ่านแต่ละครั้งคือ
เลื่อนทิศทาง 5'->3' ไปที่กึ่งกลางของแฟรกเมนต์ 1/2 d จากนั้นขยายไปยังทั้งสอง
ทิศทางด้วย 1/2 d. นี่เทียบเท่ากับการบอกว่าการอ่านแต่ละครั้งขยายไปสู่
5'->3' เป็นส่วนขนาดโฆษณา ค่าเริ่มต้น: 200 EXTSIZE และ SHIFT สามารถรวมกันได้เมื่อ
จำเป็น. ตรวจสอบตัวเลือก SHIFT

จุดสูงสุด โทร ข้อโต้แย้ง:
-q คิวแวลู --qvalue QVALUE
คัทออฟ FDR ขั้นต่ำ (ค่า q) สำหรับการตรวจจับสูงสุด ค่าเริ่มต้น: 0.05 -qและ -p เป็น
แยกออกจากกัน

-p ป. --pvalue คุณค่า
ค่าตัด Pvalue สำหรับการตรวจจับสูงสุด ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้ตั้งค่า -qและ -p เป็นของกันและกัน
พิเศษ. หากมีการตั้งค่าจุดตัด pvalue จะไม่คำนวณและรายงาน qvalue เป็น
-1 ในไฟล์ .xls สุดท้าย

--to-ขนาดใหญ่
เมื่อตั้งค่าแล้ว ให้ปรับขนาดตัวอย่างขนาดเล็กจนถึงตัวอย่างที่ใหญ่กว่า โดยค่าเริ่มต้น ยิ่งใหญ่
ชุดข้อมูลจะถูกลดขนาดลงไปยังชุดข้อมูลที่มีขนาดเล็กลง ซึ่งจะทำให้มีขนาดเล็กลง
p/qvalues ​​และผลลัพธ์ที่เฉพาะเจาะจงมากขึ้น จำไว้ว่าการย่อขนาดจะทำให้ลดลง
เสียงพื้นหลังมากขึ้น ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--อัตราส่วน อัตราส่วน
เมื่อตั้งค่าแล้ว ให้ใช้อัตราส่วนการปรับขนาดที่กำหนดเองของชิป/ตัวควบคุม (เช่น คำนวณโดยใช้ NCIS)
สำหรับการปรับขนาดเชิงเส้น ค่าเริ่มต้น: ingore

--ลงตัวอย่าง
เมื่อตั้งค่าแล้ว วิธีการสุ่มตัวอย่างจะลดขนาดตัวอย่างที่ใหญ่กว่า โดยค่าเริ่มต้น,
MACS ใช้การปรับขนาดเชิงเส้น คำเตือน: ตัวเลือกนี้จะทำให้ผลลัพธ์ของคุณไม่เสถียรและ
ไม่สามารถทำซ้ำได้ตั้งแต่แต่ละครั้ง การอ่านแบบสุ่มจะถูกเลือก พิจารณาใช้
สคริปต์ 'randsample' แทน หากใช้ร่วมกับ --SPMR, 1
การอ่านที่ไม่ซ้ำกันนับล้านจะถูกสุ่มเลือก ข้อควรระวัง: เนื่องจาก
การใช้งาน จำนวนการอ่านที่เลือกสุดท้ายอาจไม่เป็นไปตามที่คุณคาดไว้!
ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--เมล็ด SEED
ตั้งค่าเมล็ดสุ่มในขณะที่ลงข้อมูลการสุ่มตัวอย่าง ต้องเป็นจำนวนเต็มไม่เป็นลบใน
เพื่อให้มีประสิทธิภาพ ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้ตั้งค่า

--โนแลมบ์ดา
หากเป็น True MACS จะใช้แลมบ์ดาพื้นหลังคงที่เป็นแลมบ์ดาในเครื่องสำหรับทุกพีค
ภาค. โดยปกติ MACS จะคำนวณแลมบ์ดาในพื้นที่แบบไดนามิกเพื่อสะท้อนอคติในพื้นที่
เนื่องจากอาจมีโครงสร้างโครมาติน

--slocal ตัวเล็ก
พื้นที่ใกล้เคียงขนาดเล็กในคู่เบสเพื่อคำนวณแลมบ์ดาไดนามิก ใช้เพื่อ
จับอคติใกล้บริเวณยอดยอด ไม่ถูกต้องหากไม่มีข้อมูลการควบคุม
หากคุณตั้งค่านี้เป็น 0 MACS จะข้ามการคำนวณแลมบ์ดาสโลคัล *หมายเหตุ* ว่า MACS
จะทำการคำนวณแลมบ์ดาในพื้นที่ขนาด d เสมอ อคติในท้องถิ่นขั้นสุดท้ายควร
เป็นค่าสูงสุดของค่าแลมบ์ดาจากหน้าต่างขนาด d, สโลคัล และ llocal
ค่าเริ่มต้น: 1000

--local ขนาดใหญ่ในพื้นที่
พื้นที่ใกล้เคียงขนาดใหญ่ในคู่เบสเพื่อคำนวณแลมบ์ดาไดนามิก ใช้เพื่อ
จับอคติรอบทิศทาง หากคุณตั้งค่านี้เป็น 0 MACS จะข้าม llocal lambda
การคำนวณ *หมายเหตุ* ว่า MACS จะดำเนินการแลมบ์ดาในพื้นที่ขนาด d เสมอ
การคำนวณ อคติท้องถิ่นสุดท้ายควรเป็นค่าสูงสุดของแลมบ์ดาจาก d
หน้าต่างขนาดสโลคัลและโลคอล ค่าเริ่มต้น: 10000

--กว้าง
หากตั้งค่าไว้ MACS จะพยายามเรียกจุดสูงสุดแบบกว้างโดยเชื่อมโยงที่มีความอุดมสมบูรณ์สูงในบริเวณใกล้เคียง
ภูมิภาค ภูมิภาคที่เชื่อมโยงถูกควบคุมโดยจุดตัดอื่นผ่าน
--การเชื่อมโยง-ตัด. ความยาวขอบเขตการเชื่อมโยงสูงสุดคือ 4 เท่าของ d จาก MACS
ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--ตัดกว้าง บรอดคัทออฟ
ทางลัดสำหรับภูมิภาคกว้าง ตัวเลือกนี้ใช้ไม่ได้เว้นแต่ --กว้าง ถูกตั้งค่า ถ้า -p
ถูกตั้งค่า นี่คือคัทออฟ pvalue มิฉะนั้น จะเป็นคัทออฟ qvalue ค่าเริ่มต้น: 0.1

--ตัด-วิเคราะห์
ขณะตั้งค่า MACS2 จะวิเคราะห์จำนวนหรือความยาวรวมของยอดที่เรียกได้โดย
ค่า p-value ที่ต่างกันแล้วส่งออกตารางสรุปเพื่อช่วยให้ผู้ใช้ตัดสินใจได้ดีขึ้น
ทางลัด ตารางจะถูกบันทึกไว้ในไฟล์ NAME_cutoff_analysis.txt หมายเหตุ minlen และ
maxgap อาจส่งผลต่อผลลัพธ์ คำเตือน: อาจใช้เวลานานกว่าจะเสร็จ ~ 30 เท่า
ค่าเริ่มต้น: เท็จ

การโพสต์ ตัวเลือก:
--โทร-ประชุมสุดยอด
หากตั้งค่าไว้ MACS จะใช้แนวทางการประมวลผลสัญญาณที่ซับซ้อนมากขึ้นในการค้นหา
ยอดเขาซับพีคในแต่ละภูมิภาคพีคที่อุดมสมบูรณ์ ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--fe-ทางลัด เฟคทูออฟ
เมื่อตั้งค่าแล้ว ค่าจะถูกใช้เพื่อกรองจุดพีคที่มีการเติมแต่งที่ต่ำ
หมายเหตุ MACS2 ใช้ 1.0 เป็น pseudocount ขณะคำนวณการเติมเต็มส่วนพับ ค่าเริ่มต้น: 1.0

ใช้ macs2_callpeak ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net