macs2_filterdup - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

macs2_filterdup - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP

DESCRIPTION

การใช้งาน: macs2 filterdup [-h] -i ไฟล์ [FILE ...]

[-f {อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [-p PVALUE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [-verbose VERBOSE]
[--outdir OUTDIR] [-o เอาต์พุต] [-d]

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

-i ไฟล์ [IFILE ...], --ifile ไฟล์ [FILE ...]
ไฟล์การจัดตำแหน่ง ChIP-seq หากระบุไฟล์หลายไฟล์เป็น '-t AB C' ไฟล์เหล่านั้นจะ
ทั้งหมดจะถูกอ่านและรวมกัน โปรดทราบว่าข้อมูลปลายคู่ไม่ควรทำงานกับสิ่งนี้
สั่งการ. ที่จำเป็น.

-f {อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}, --รูปแบบ
{อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}
รูปแบบของไฟล์แท็ก "AUTO" "BED" หรือ "ELAND" หรือ "ELANDMULTI" หรือ "ELANDEXPORT" หรือ
"แซม" หรือ "แบม" หรือ "โบว์ตี้" ตัวเลือก AUTO เริ่มต้นจะทำให้ 'macs2 filterdup'
ตัดสินใจว่าไฟล์จะเป็นรูปแบบใด โปรดตรวจสอบคำจำกัดความในไฟล์ README หากคุณ
เลือก ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE ค่าเริ่มต้น: "อัตโนมัติ"

-g จีไซส์ --gsize ขนาด
ขนาดจีโนมที่มีประสิทธิภาพ อาจเป็น 1.0e+9 หรือ 1000000000 หรือทางลัด:'hs' สำหรับมนุษย์
(2.7e9), 'mm' สำหรับเมาส์ (1.87e9), 'ce' สำหรับ C. elegans (9e7) และ 'dm' สำหรับ fruitfly
(1.2e8) ค่าเริ่มต้น:hs

-s ทีไซส์ --tsize ทส
ขนาดแท็ก การดำเนินการนี้จะแทนที่ขนาดแท็กที่ตรวจพบโดยอัตโนมัติ ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้ตั้งค่า

-p ป. --pvalue คุณค่า
ค่าตัด Pvalue สำหรับการทดสอบการแจกแจงทวินาม ค่าเริ่มต้น:1e-5

--เก็บ-dup เก็บซ้ำ
มันควบคุมพฤติกรรม 'macs2 filterdup' ที่มีต่อแท็ก / คู่ที่ซ้ำกันที่
ตำแหน่งเดียวกันแน่นอน -- การประสานงานเดียวกันและสาระเดียวกัน ตัวเลือก 'อัตโนมัติ'
ทำให้ 'macs2 filterdup' คำนวณแท็กสูงสุดที่ตำแหน่งเดียวกันโดยอิง
ในการแจกแจงทวินามโดยใช้ให้ -p เป็นการตัดค่า pvalue; และตัวเลือก 'ทั้งหมด' ยังคงอยู่
ทุกแท็ก (มีประโยชน์หากคุณต้องการแปลงรูปแบบเท่านั้น) หากระบุจำนวนเต็ม at
แท็กจำนวนนี้ส่วนใหญ่จะเก็บไว้ที่ตำแหน่งเดียวกัน หมายเหตุ MACS2 callpeak
ฟังก์ชันใช้ KEEPDUPLICATES=1 เป็นค่าเริ่มต้น หมายเหตุ หากคุณเคยใช้ samtools หรือ picard
เพื่อตั้งค่าสถานะรายการที่ซ้ำกันในบิต 1024 MACS2 จะละทิ้งไม่ว่าคุณจะตั้งค่าอย่างไร
KEEPDUPLICATES. ค่าเริ่มต้น: auto

--รายละเอียด เวอร์โบส
กำหนดระดับรายละเอียด 0: แสดงเฉพาะข้อความสำคัญ, 1: แสดงคำเตือนเพิ่มเติม
ข้อความ 2: แสดงข้อมูลกระบวนการ 3: แสดงข้อความแก้ไขข้อบกพร่อง ถ้าอยากรู้
การอ่านซ้ำอยู่ที่ไหนให้ใช้ 3 DEFAULT:2

--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน

-o ผลลัพธ์ --ofile ผลลัพธ์
เอาต์พุตชื่อไฟล์ BED หากไม่ระบุ จะเขียนไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน ค่าเริ่มต้น:
แย่

-d, --ดรายรัน
เมื่อตั้งค่าแล้ว filterdup จะส่งออกเฉพาะตัวเลขแทนที่จะเขียนไฟล์เอาต์พุต
รวมถึงจำนวนสำเนาสูงสุดที่อนุญาต จำนวนการอ่านทั้งหมดก่อนกรอง
จำนวนการอ่านทั้งหมดหลังจากการกรองและอัตราการซ้ำซ้อน ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้ตั้งค่า

ใช้ macs2_filterdup ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net