นี่คือคำสั่ง make_das_confp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
make_das_conf.pl - สร้างไฟล์กำหนดค่า GBrowse จากแหล่ง DAS
เรื่องย่อ
% make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
DESCRIPTION
สคริปต์นี้สร้างไฟล์คอนฟิกูเรชันแบบร่างคร่าวๆ เหมาะสำหรับการเรียกดู DAS . ระยะไกล
เซิร์ฟเวอร์
หากต้องการใช้สคริปต์นี้ ให้ระบุ URL ของเซิร์ฟเวอร์ DAS หากคุณชี้ไปที่ URL พื้นฐานของ DAS
(ไม่มีชื่อแหล่งข้อมูล) เช่นเดียวกับใน "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das", มันจะ
พิมพ์รายการแหล่งข้อมูลที่ถูกต้องไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน หากคุณให้ DAS URL ที่สมบูรณ์
เช่นเดียวกับใน "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16" มันจะพิมพ์การกำหนดค่า gbrowse
ไฟล์ไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน
คุณอาจต้องการปรับแต่งไฟล์การกำหนดค่าหลังจากที่คุณสร้างมันขึ้นมา ใน
โดยเฉพาะอย่างยิ่ง คุณจะต้องปรับแต่งประเภทสัญลักษณ์ที่เกี่ยวข้องกับแต่ละแทร็กและ
ปรับรายการตัวอย่างที่ให้ไว้ในคำแนะนำ (โดยค่าเริ่มต้นสคริปต์นี้ใช้
รายการจุดเริ่มต้นทั้งหมด ซึ่งอาจค่อนข้างยาว)
พึงระวังด้วยว่าสคริปต์นี้สร้างชุดของตัวรวบรวมที่อาจจะใช่หรือไม่ใช่
ถูกต้อง. พิจารณากรณีของเซิร์ฟเวอร์ DAS ที่ใช้โครงสร้างบัญญัติสำหรับa
mRNA แบบประกบ:
วิธีการหลัก: mRNA
ส่วนย่อย: 5'-UTR, CDS, 3'-UTR
สคริปต์การแปลงนี้จะสร้างชุดรวบรวมต่อไปนี้:
mRNA{mRNA}
5'-UTR{5'-UTR}
ซีดี{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}
นอกจากนี้ยังจะสร้างแทร็กทั้งหมดสี่แทร็ก โดยแต่ละแทร็กสำหรับ mRNA และแต่ละส่วนของมัน
แน่นอนว่าสิ่งนี้ไม่ถูกต้อง คุณจะต้องรวมสิ่งเหล่านี้เป็นหนึ่งเดียว
ผู้รวบรวม:
mRNA{5'-UTR,3'-UTR,CDS/mRNA}
ใช้ make_das_confp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
