EnglishFrenchGermanItalianPortugueseRussianSpanish

ไอคอน Fav ของ OnWorks

masai_mapper - ออนไลน์ในคลาวด์

เรียกใช้ masai_mapper ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง masai_mapper ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


masai_mapper - มาไซ Mapper

เรื่องย่อ

masai_mapper [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

Masai เป็นเครื่องอ่านแผนที่ที่รวดเร็วและแม่นยำโดยอิงจากเมล็ดพืชโดยประมาณและหลายรายการ
ย้อนรอย

ดู http://www.seqan.de/projects/masai for more information.

(c) ลิขสิทธิ์ 2011-2012 โดย Enrico Siragusa

-h, --ช่วยด้วย

แสดงข้อความช่วยเหลือนี้

--รุ่น

แสดงข้อมูลเกี่ยวกับรุ่น

ตัวเลือกการทำแผนที่:

มม, --แผนที่โหมด STR

เลือกโหมดการทำแผนที่ อย่างใดอย่างหนึ่ง ดีที่สุด และดีที่สุด ค่าเริ่มต้น: ใด ๆ ที่ดีที่สุด

-mb, --การทำแผนที่-บล็อก NUM

จำนวนการอ่านสูงสุดที่จะทำแผนที่ในครั้งเดียว อยู่ในช่วง [10000..inf]. ค่าเริ่มต้น:
2147483647.

-e, --ข้อผิดพลาด NUM

จำนวนข้อผิดพลาดสูงสุดต่อการอ่าน อยู่ในช่วง [0..32] ค่าเริ่มต้น: 5.

-sl, --เมล็ดยาว NUM

ความยาวเมล็ดขั้นต่ำ อยู่ในช่วง [10..100] ค่าเริ่มต้น: 33

-ng, --ไม่มีช่องว่าง

อย่าจัดแนวการอ่านที่มีช่องว่าง

ตัวเลือกดัชนีจีโนม:

-x, --ดัชนี STR

เลือกประเภทดัชนีจีโนม หนึ่งใน esa, sa, qgram และ fm ค่าเริ่มต้น: sa.

-xp, --ดัชนี-คำนำหน้า STR

ระบุชื่อนำหน้าดัชนีจีโนม ค่าเริ่มต้น: ใช้คำนำหน้าชื่อไฟล์จีโนม

ตัวเลือกเอาต์พุต:

-o, --output-file ไฟล์

ระบุไฟล์เอาต์พุต ค่าเริ่มต้น: ใช้คำนำหน้าชื่อไฟล์ที่อ่าน ประเภทไฟล์ที่ถูกต้อง
คือ: ดิบและแซม

-nc, --ไม่มีซิการ์

ห้ามส่งออกสตริง CIGAR สิ่งนี้มีผลกับเอาต์พุต SAM เท่านั้น

ตัวเลือกการดีบัก:

-nv, --no-verify

อย่าตรวจสอบการตีเมล็ด

-NS, --no-dump

อย่าทิ้งผลลัพธ์

-nm, --no-หลาย

ปิดใช้งานการย้อนรอยหลายรายการ

VERSION

เวอร์ชัน masai_mapper: 0.7.1 [14053] อัปเดตล่าสุด 2013-05-16

ใช้ masai_mapper ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


Ad


Ad

โปรแกรมออนไลน์ Linux และ Windows ล่าสุด