นี่คือคำสั่ง masai_mapper ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
masai_mapper - มาไซ Mapper
เรื่องย่อ
masai_mapper [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
Masai เป็นเครื่องอ่านแผนที่ที่รวดเร็วและแม่นยำโดยอิงจากเมล็ดพืชโดยประมาณและหลายรายการ
ย้อนรอย
ดู http://www.seqan.de/projects/masai สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม
(c) ลิขสิทธิ์ 2011-2012 โดย Enrico Siragusa
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้
--รุ่น
แสดงข้อมูลเกี่ยวกับรุ่น
ตัวเลือกการทำแผนที่:
มม, --แผนที่โหมด STR
เลือกโหมดการทำแผนที่ อย่างใดอย่างหนึ่ง ดีที่สุด และดีที่สุด ค่าเริ่มต้น: ใด ๆ ที่ดีที่สุด
-mb, --การทำแผนที่-บล็อก NUM
จำนวนการอ่านสูงสุดที่จะทำแผนที่ในครั้งเดียว อยู่ในช่วง [10000..inf]. ค่าเริ่มต้น:
2147483647.
-e, --ข้อผิดพลาด NUM
จำนวนข้อผิดพลาดสูงสุดต่อการอ่าน อยู่ในช่วง [0..32] ค่าเริ่มต้น: 5.
-sl, --เมล็ดยาว NUM
ความยาวเมล็ดขั้นต่ำ อยู่ในช่วง [10..100] ค่าเริ่มต้น: 33
-ง, --ไม่มีช่องว่าง
อย่าจัดแนวการอ่านที่มีช่องว่าง
ตัวเลือกดัชนีจีโนม:
-x, --ดัชนี STR
เลือกประเภทดัชนีจีโนม หนึ่งใน esa, sa, qgram และ fm ค่าเริ่มต้น: sa.
-xp, --ดัชนี-คำนำหน้า STR
ระบุชื่อนำหน้าดัชนีจีโนม ค่าเริ่มต้น: ใช้คำนำหน้าชื่อไฟล์จีโนม
ตัวเลือกเอาต์พุต:
-o, --output-ไฟล์ ไฟล์
ระบุไฟล์เอาต์พุต ค่าเริ่มต้น: ใช้คำนำหน้าชื่อไฟล์ที่อ่าน ประเภทไฟล์ที่ถูกต้อง
คือ: ดิบและแซม
-nc, --ไม่มีซิการ์
ห้ามส่งออกสตริง CIGAR สิ่งนี้มีผลกับเอาต์พุต SAM เท่านั้น
ตัวเลือกการดีบัก:
-nv, --ไม่-ยืนยัน
อย่าตรวจสอบการตีเมล็ด
-NS, --ไม่มีการถ่ายโอนข้อมูล
อย่าทิ้งผลลัพธ์
-นาโนเมตร, --no-หลาย
ปิดใช้งานการย้อนรอยหลายรายการ
VERSION
เวอร์ชัน masai_mapper: 0.7.1 [14053] อัปเดตล่าสุด 2013-05-16
ใช้ masai_mapper ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
