mauveAligner - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mauveAligner - สร้างการจัดตำแหน่งจีโนมหลายอันได้อย่างมีประสิทธิภาพ

เรื่องย่อ

สีม่วงAligner [ตัวเลือก] ...
ชื่อไฟล์>

DESCRIPTION

มีการใช้อัลกอริธึมการจัดตำแหน่ง mauveAligner และ ProgressiveMauve เป็น
โปรแกรมบรรทัดคำสั่งที่มาพร้อมกับซอฟต์แวร์ Mauve ที่ดาวน์โหลดได้ เมื่อวิ่งออกจาก
บรรทัดคำสั่ง โปรแกรมเหล่านี้มีตัวเลือกที่ยังไม่มีในอินเทอร์เฟซแบบกราฟิก

OPTIONS

--เอาท์พุท=ชื่อไฟล์เอาต์พุต
พิมพ์ไปที่หน้าจอโดยค่าเริ่มต้น

--คุณแม่ ค้นหา MUM เท่านั้น อย่าพยายามกำหนดบล็อกคอลลิเนียร์ในเครื่อง (LCB)

--ไม่มีการเรียกซ้ำ อย่าทำการระบุจุดยึดแบบเรียกซ้ำ (หมายถึง
--no-gapped-การจัดตำแหน่ง)

--no-lcb-นามสกุล หากกำหนด LCB อย่าพยายามขยาย LCB

--ขนาดเมล็ด=ขนาดการจับคู่เมล็ดพันธุ์เริ่มต้น ค่าเริ่มต้นคือ log_2( ความยาวลำดับเฉลี่ย )

--max-extension-วนซ้ำ=จำกัดการขยาย LCB เป็นจำนวนครั้งของความพยายามนี้
ค่าเริ่มต้นคือ4

--กำจัด-รวม กำจัดการรวมที่เชื่อมโยงในการแข่งขันชุดย่อย

--น้ำหนัก=น้ำหนัก LCB ขั้นต่ำในคู่ฐานต่อลำดับ

--match-input=ใช้ไฟล์การแข่งขันที่ระบุแทนการค้นหารายการที่ตรงกัน

--lcb-จับคู่อินพุต ระบุว่าไฟล์อินพุตที่ตรงกันมีรายการที่ตรงกันที่ได้รับ
จัดกลุ่มเป็น LCBs

--lcb-อินพุต=ใช้ไฟล์ lcb ที่ระบุแทนการสร้าง LCB (ข้าม LCB
รุ่น)

--scratch-เส้นทาง=สำหรับจีโนมขนาดใหญ่ ให้ใช้ไดเร็กทอรีสำหรับจัดเก็บข้อมูลชั่วคราว
ควรให้สองครั้งหรือมากกว่ากับเส้นทางที่แตกต่างกัน

--id-เมทริกซ์=สร้างสถิติ LCB และเขียนลงในไฟล์ที่ระบุ

--ขนาดเกาะ=หาเกาะที่ใหญ่กว่าจำนวนที่กำหนด

--island-เอาท์พุท=เอาต์พุตเกาะไฟล์ที่กำหนด (requires --ขนาดเกาะ)

--backbone-ขนาด=ค้นหากระดูกสันหลังที่ยาวกว่าจำนวน bp . ที่กำหนด

--max-backbone-gap=ปล่อยให้กระดูกสันหลังถูกขัดจังหวะด้วยช่องว่างถึงความยาวนี้ใน
bp

--backbone-เอาท์พุท=เอาต์พุตเกาะไฟล์ที่กำหนด (requires --ขนาดเกาะ)

--coverage-เอาท์พุท=ส่งออกรายการครอบคลุมไปยังไฟล์ที่ระบุ (- สำหรับ stdout)

--ซ้ำ สร้างแผนที่ซ้ำ สามารถระบุได้เพียงลำดับเดียวเท่านั้น

--output-guide-tree=เขียนแผนผังแนะนำไปยังไฟล์ที่กำหนด

--คอลลิเนียร์ สมมติว่าลำดับอินพุตเป็นแบบ collinear -- ไม่มีการจัดเรียงใหม่

ช่องว่าง การวางแนว การควบคุม:
--no-gapped-การจัดตำแหน่ง อย่าทำการจัดตำแหน่งช่องว่าง

--max-gapped-aligner-length=จำนวนคู่เบสสูงสุดที่จะพยายามปรับให้เข้ากับ
ตัวจัดฟันแบบช่องว่าง

--min-recursive-gap-length=ขนาดขั้นต่ำของช่องว่างที่ Mauve จะทำแบบเรียกซ้ำ
ยึด MUM (ค่าเริ่มต้นคือ 200)

ลงนาม การเปลี่ยนแปลง เมทริกซ์ ตัวเลือก:
--การเปลี่ยนแปลง-เมทริกซ์-เอาท์พุต=เขียน LCB เป็นเมทริกซ์การเรียงสับเปลี่ยนที่มีเครื่องหมายถึง
ไฟล์ที่ให้มา

--การเปลี่ยนแปลง-เมทริกซ์-นาที-น้ำหนัก=เมทริกซ์การเรียงสับเปลี่ยนจะถูกเขียนสำหรับทุกๆ
ชุด LCB ที่มีน้ำหนักระหว่างค่านี้กับค่าของ --น้ำหนัก

การวางแนว เอาท์พุต ตัวเลือก:
--การจัดตำแหน่งเอาท์พุท-dir=ส่งออกชุดของไฟล์การจัดตำแหน่ง (หนึ่งไฟล์ต่อ LCB) ไปยัง a
ไดเร็กทอรีที่กำหนด

--alignment-output-format=เลือกรูปแบบเอาต์พุตสำหรับ --การจัดตำแหน่งเอาท์พุท-dir

--output-การจัดตำแหน่ง=เขียนการจัดรูปแบบ XMFA ไปยังไฟล์ที่กำหนด

รูปแบบเอาต์พุตการจัดตำแหน่งที่รองรับ ได้แก่ phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

ใช้ mauveAligner ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net