EnglishFrenchGermanItalianPortugueseRussianSpanish

ไอคอน Fav ของ OnWorks

mauveAligner - ออนไลน์ในคลาวด์

เรียกใช้ mauveAligner ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง mauveAligner ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


mauveAligner - สร้างการจัดตำแหน่งจีโนมหลายอันได้อย่างมีประสิทธิภาพ

เรื่องย่อ


สีม่วงAligner [ตัวเลือก] ...
ชื่อไฟล์>

DESCRIPTION


มีการใช้อัลกอริธึมการจัดตำแหน่ง mauveAligner และ ProgressiveMauve เป็น
โปรแกรมบรรทัดคำสั่งที่มาพร้อมกับซอฟต์แวร์ Mauve ที่ดาวน์โหลดได้ เมื่อวิ่งออกจาก
บรรทัดคำสั่ง โปรแกรมเหล่านี้มีตัวเลือกที่ยังไม่มีในอินเทอร์เฟซแบบกราฟิก

OPTIONS


--output=ชื่อไฟล์เอาต์พุต
พิมพ์ไปที่หน้าจอโดยค่าเริ่มต้น

--คุณแม่ ค้นหา MUM เท่านั้น อย่าพยายามกำหนดบล็อกคอลลิเนียร์ในเครื่อง (LCB)

--ไม่มีการเรียกซ้ำ อย่าทำการระบุจุดยึดแบบเรียกซ้ำ (หมายถึง
--no-gapped-การจัดตำแหน่ง)

--no-lcb-นามสกุล หากกำหนด LCB อย่าพยายามขยาย LCB

--seed-size=ขนาดการจับคู่เมล็ดพันธุ์เริ่มต้น ค่าเริ่มต้นคือ log_2( ความยาวลำดับเฉลี่ย )

--max-extension-iterations=จำกัดการขยาย LCB เป็นจำนวนครั้งของความพยายามนี้
ค่าเริ่มต้นคือ4

--กำจัด-รวม กำจัดการรวมที่เชื่อมโยงในการแข่งขันชุดย่อย

--น้ำหนัก=น้ำหนัก LCB ขั้นต่ำในคู่ฐานต่อลำดับ

--match-input=ใช้ไฟล์การแข่งขันที่ระบุแทนการค้นหารายการที่ตรงกัน

--lcb-match-input ระบุว่าไฟล์อินพุตที่ตรงกันมีรายการที่ตรงกันที่ได้รับ
จัดกลุ่มเป็น LCBs

--lcb-input=ใช้ไฟล์ lcb ที่ระบุแทนการสร้าง LCB (ข้าม LCB
รุ่น)

--scratch-path=สำหรับจีโนมขนาดใหญ่ ให้ใช้ไดเร็กทอรีสำหรับจัดเก็บข้อมูลชั่วคราว
ควรให้สองครั้งหรือมากกว่ากับเส้นทางที่แตกต่างกัน

--id-เมทริกซ์=สร้างสถิติ LCB และเขียนลงในไฟล์ที่ระบุ

--ขนาดเกาะ=หาเกาะที่ใหญ่กว่าจำนวนที่กำหนด

--island-output=เอาต์พุตเกาะไฟล์ที่กำหนด (requires --ขนาดเกาะ)

--backbone-size=ค้นหากระดูกสันหลังที่ยาวกว่าจำนวน bp . ที่กำหนด

--max-backbone-gap=ปล่อยให้กระดูกสันหลังถูกขัดจังหวะด้วยช่องว่างถึงความยาวนี้ใน
bp

--backbone-output=เอาต์พุตเกาะไฟล์ที่กำหนด (requires --ขนาดเกาะ)

--coverage-output=ส่งออกรายการครอบคลุมไปยังไฟล์ที่ระบุ (- สำหรับ stdout)

--ซ้ำ สร้างแผนที่ซ้ำ สามารถระบุได้เพียงลำดับเดียวเท่านั้น

--output-guide-tree=เขียนแผนผังแนะนำไปยังไฟล์ที่กำหนด

--collinear สมมติว่าลำดับอินพุตเป็นแบบ collinear -- ไม่มีการจัดเรียงใหม่

ช่องว่าง การวางแนว การควบคุม:
--no-gapped-การจัดตำแหน่ง อย่าทำการจัดตำแหน่งช่องว่าง

--max-gapped-aligner-length=จำนวนคู่เบสสูงสุดที่จะพยายามปรับให้เข้ากับ
ตัวจัดฟันแบบช่องว่าง

--min-recursive-gap-length=ขนาดขั้นต่ำของช่องว่างที่ Mauve จะทำแบบเรียกซ้ำ
ยึด MUM (ค่าเริ่มต้นคือ 200)

ลงนาม การเปลี่ยนแปลง เมทริกซ์ ตัวเลือก:
--การเปลี่ยนแปลง-เมทริกซ์-เอาท์พุต=เขียน LCB เป็นเมทริกซ์การเรียงสับเปลี่ยนที่มีเครื่องหมายถึง
ไฟล์ที่ให้มา

--การเปลี่ยนแปลง-เมทริกซ์-นาที-น้ำหนัก=เมทริกซ์การเรียงสับเปลี่ยนจะถูกเขียนสำหรับทุกๆ
ชุด LCB ที่มีน้ำหนักระหว่างค่านี้กับค่าของ --น้ำหนัก

การวางแนว เอาท์พุต ตัวเลือก:
--alignment-output-dir=ส่งออกชุดของไฟล์การจัดตำแหน่ง (หนึ่งไฟล์ต่อ LCB) ไปยัง a
ไดเร็กทอรีที่กำหนด

--alignment-output-format=เลือกรูปแบบเอาต์พุตสำหรับ --alignment-output-dir

--output-การจัดตำแหน่ง=เขียนการจัดรูปแบบ XMFA ไปยังไฟล์ที่กำหนด

รูปแบบเอาต์พุตการจัดตำแหน่งที่รองรับ ได้แก่ phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

ใช้ mauveAligner ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


Ad


Ad

โปรแกรมออนไลน์ Linux และ Windows ล่าสุด