āļāļĩāđāļāļ·āļāļāļģāļŠāļąāđāļ mfa2xmfa āļāļĩāđāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāđāļāļāļđāđāđāļŦāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢāđāļŪāļŠāļāļīāđāļāļāļĢāļĩāļāļāļ OnWorks āđāļāļĒāđāļāđāļŦāļāļķāđāļāđāļāđāļ§āļīāļĢāđāļāļŠāđāļāļāļąāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļāđāļĢāļē āđāļāđāļ Ubuntu Online, Fedora Online, āđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ Windows āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ MAC OS
āđāļāļĢāļāļāļēāļĢ:
āļāļ·āđāļ
addUnalignedIntervals - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
AlignerProjector - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
backbone_global_to_local - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
bbAnalyze - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
createBackboneMFA - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
getAlignmentWindows - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
getOrthologList - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
makeBadgerMatrix - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
mauveToXMFA - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
mfa2xmfa - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
projectAndStrip - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
randomGeneSample - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
scoreAlignment - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
stripGapColumns - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
stripSubsetLCBs - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
toGrimmFormat - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
toMultiFastA - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
toRawSequence - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
uniqueMerCount - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
uniquifyTrees - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
xmfa2maf - āļŠāđāļ§āļāļŦāļāļķāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner
DESCRIPTION
āđāļāļĢāļ·āđāļāļāļĄāļ·āļāđāļŦāļĨāđāļēāļāļĩāđāđāļāđāļāļāļāļāđāļāđāļāđāļāļ mauveAligner āđāļĄāđāđāļāđāļĢāļ°āļāļļāđāļ§āđāļāļĒāđāļēāļāļāļąāļāđāļāļāđāļāđ
āļāļģāļĨāļąāļāļāļīāļĄāļāđāļāļĢāļĢāļāļąāļāđāļĢāļ·āđāļāļāļĒāđāļāļāļķāđāļāļāđāļģāļāļĩāđāļāļĩāđ
āđāļāļīāđāļĄUnalignedIntervals āļĢāļ°āļĒāļ°āļŦāđāļēāļ āđāļāļĨāđ> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āļĢāļ°āļĒāļ°āļŦāđāļēāļ āđāļāļĨāđ>
āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāđāļāļĢāđāļāļāđāļāļāļĢāđ xmfa> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ xmfa> <āļĄāļ āļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ āļāļīāļāļāļļāļ> <āļĄāļ āļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ āđāļāļēāļāđāļāļļāļ> <āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢ of
āļ§āļīāļāļēāļāļĩ āđāļāļĒāļąāļ āļĢāļ§āļĄ, āļāļĩāđāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļ at 0>
backbone_global_to_local <xmfa āđāļāļĨāđ> <āļāļĢāļ°āļāļđāļāļŠāļąāļāļŦāļĨāļąāļ āđāļāļĨāđ> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āđāļāļĨāđ>
bbāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđ <xmfa āđāļāļĨāđ> <āļāļģāđāļāļ°āļāļģ āļāđāļāđāļĄāđ> <āļāļĢāļ°āļāļđāļāļŠāļąāļāļŦāļĨāļąāļ āļ āļēāļāļāđāļ āđāļāļĨāđ> <āļāļĢāļ°āļāļđāļāļŠāļąāļāļŦāļĨāļąāļ Col āđāļāļĨāđ> <āļĄāļĩāļāļģāļāļāļīāļāļēāļĒāļāļĢāļ°āļāļāļ
āļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ āļāļąāļāļāļĩ> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āđāļāļĨāđ>
āļāļąāļāļāļĩ seq āļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāļāļīāļāļēāļĒāļāļĢāļ°āļāļāļāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļĩāđ 0
āļŠāļĢāđāļēāļBackboneMFA āļĢāļ°āļĒāļ°āļŦāđāļēāļ āđāļāļĨāđ> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āđāļāđāđāļ§āļĢāļāļ°āđāļĨ āļāļ·āđāļ>
getAlignmentWindows.getAlignment <XMFA āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļ> <āļŦāļāđāļēāļāđāļēāļ āļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§> <āļŦāļāđāļēāļāđāļēāļ āđāļāļĨāļĩāđāļĒāļ āļāļģāļāļ§āļ> <āļāļēāļ āđāļāļēāļāđāļāļļāļ
āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ>
getOrthologList.getOrthologList getOrthologList.getOrthologList xmfa> <āļāļĢāļ°āļāļđāļāļŠāļąāļāļŦāļĨāļąāļ āļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ āđāļāļĨāđ> <āļāđāļēāļāļāļīāļ āļāļĩāđāļāļĄ> <āļāļĩāļāļĩ
āļāļāļĢāđāđāļāđāļĨāļāļĩ āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ> <āļāļĩāļāļĩ āļāļēāļĢāļ§āļēāļāđāļāļ§ āļāļēāļ āļāļ·āđāļ>
āļāļģāđāļāļāđāļāļāļĢāđāđāļĄāļāļĢāļīāļāļāđ āļāļģāđāļāļāđāļāļāļĢāđāđāļĄāļāļĢāļīāļāļāđ xmfa> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āļĢāļāļāļ§āļ āđāļāļĨāđ> <āđāļāļĨāļāļĩāļāļĩ āļāļĢāļ°āļŠāļēāļāļāļēāļ āđāļāļĨāđ>
āļŠāļĩāļĄāđāļ§āļToXMFA āļŠāļĩāļĄāđāļ§āļToXMFA <āļŠāļĩāļĄāđāļ§āļ āļāļēāļĢāļ§āļēāļāđāļāļ§ āļāļīāļāļāļļāļ> <XMFA āđāļāļēāļāđāļāļļāļ>
mfa2xmfa <āļāļāļ āļāļēāļĢāļ§āļēāļāđāļāļ§ āļāļīāļāļāļļāļ> <XMFA āļāļēāļĢāļ§āļēāļāđāļāļ§ āđāļāļēāļāđāļāļļāļ> [āđāļĄāđāļŠāļāļāļāļĨāđāļāļ āļāļēāļŠāļāđāđāļ āđāļāļēāļāđāļāļļāļ]
āđāļāļĢāļāļāļēāļĢAndStrip xmfa> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ xmfa> ...
āļāļąāļ§āļĢāļ°āļāļļāļĨāļģāļāļąāļāļāļąāļ§āđāļĨāļāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļĩāđ 0
āļŠāļļāđāļĄāļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāļĒāļĩāļ xmfa> <āļāļĢāļ°āļāļđāļāļŠāļąāļāļŦāļĨāļąāļ āļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ āđāļāļĨāđ> <āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļ āļāļĩāđāļāļĄ> <āļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ of āļĒāļĩāļ>
<āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āļāļēāļ āļāļ·āđāļ> [āļŠāļļāđāļĄ āđāļĄāļĨāđāļāļāļąāļāļāļļāđ]
āļāļ°āđāļāļāļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļ <āļāļđāļāļāđāļāļ āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļ> <āļāļģāļāļ§āļāđāļĨāđāļ§ āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļ> [āļ§āļīāļ§āļąāļāļāļēāļāļēāļĢ āļĨāļģāļāļąāļ āđāļāļĨāđ] [āļŠāļĨāļēāđāļāļ]
āđāļāļāļāđāļāļāļ§āđāļēāļāļāļāļĨāļąāļĄāļāđ XMFA> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ XMFA>
āđāļāļāļāļąāļāđāļāđāļLCBs xmfa> bbcols> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ xmfa> [āļāļēāļāļĩ AML āļāļķāļāļāļļāļ] [āļāļēāļāļĩ āļāļĩāđāļāļĄ]
[āļŠāļļāđāļĄ āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāļĒāđāļāļĒ āđāļāļĒāļąāļ X āļāļīāđāļĨāđāļāļāđ]
āđāļāđāļ GrimmFormat <āļŠāļĩāļĄāđāļ§āļ āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļ> <āļāļĩāđāļāļĄ 1 chr āļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§>... N chr āļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§>
āđāļāļĒāļąāļMultiFastA āļĢāļ°āļĒāļ°āļŦāđāļēāļ āđāļāļĨāđ> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āļāļēāļ āļāļ·āđāļ>
āđāļāđāļ RawSequence āļĨāļģāļāļąāļ> <āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āđāļāļĨāđ>
MerCount āļāļĩāđāđāļĄāđāļāđāļģāđāļāļĢ <āđāļĢāļĩāļĒāļāļĨāļģāļāļąāļāđāļĨāđāļ§ Mer āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢ>
āļāđāļāđāļĄāđāļāļĩāđāđāļĄāđāļāđāļģāđāļāļĢ <āđāļāđāļāļāļąāļŠ āļāļīāļāļāļļāļ āđāļāļĨāđ> <āđāļāđāļāļāļąāļŠ āđāļāļēāļāđāļāļļāļ āđāļāļĨāđ>
āļāđāļāđāļĄāđāļāļąāđāļāļŦāļĄāļāđāļāđāļāļĨāđāļāļīāļāļāļļāļāļāđāļāļāļĄāļĩāļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļāļāļāļļāļāļĢāļĄāļ§āļīāļāļēāļāđāļĨāļ°āļāļāļļāļāļĢāļĄāļ§āļīāļāļēāļāđāļŦāļĄāļ·āļāļāļāļąāļ
āļāļĨāļēāļ
xmfa2maf <xmfa āļāļīāļāļāļļāļ> <āļĄāļēāļ āđāļāļēāļāđāļāļļāļ>
āđāļāđ mfa2xmfa āļāļāļāđāļĨāļāđāđāļāļĒāđāļāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢ onworks.net