mia-2dmyopgt-nonrigid - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mia-2dmyopgt-nonrigid - ดำเนินการลงทะเบียนชุดภาพ 2 มิติ

เรื่องย่อ

mia-2dmyopgt-ไม่แข็ง -i -o [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

mia-2dmyopgt-ไม่แข็ง โปรแกรมนี้ใช้การลงทะเบียนแบบไม่เชิงเส้นตาม Pseudo
Ground Thruth สำหรับการชดเชยการเคลื่อนที่ของชุดภาพกระจายของกล้ามเนื้อหัวใจตายที่ให้ไว้เป็น a
ชุดข้อมูลตามที่อธิบายไว้ใน Chao Li และ Ying Sun, 'Nonrigid Registration of Myocardial
Perfusion MRI โดยใช้ Pseudo Ground Truth' ใน Proc. คอมพิวเตอร์ภาพทางการแพทย์และคอมพิวเตอร์-
MICCAI 2009, 165-172, 2009. โปรดทราบว่าสำหรับการเคลื่อนที่แบบไม่เชิงเส้นนี้
มักจะต้องมีการแก้ไขขั้นตอนการลงทะเบียนเชิงเส้นก่อนหน้า

OPTIONS

ไฟล์-IO
-i --in-file=(อินพุต, จำเป็น); สตริง
ป้อนข้อมูลชุดข้อมูลการกระจาย

-o --out-file=(เอาต์พุต, จำเป็น); สตริง
ชุดข้อมูลการกระจายเอาต์พุต

-r --registered=reg
ฐานชื่อไฟล์สำหรับไฟล์ที่ลงทะเบียน ประเภทไฟล์ภาพจะเหมือนกับ
กำหนดไว้ในชุดข้อมูลเข้า

ชื่อเล่น พื้น ทรูธ การประเมิน
-A --อัลฟา=1
น้ำหนักโทษพื้นที่ใกล้เคียง น้ำหนักโทษพื้นที่ใกล้เคียงพิเศษ

-B --เบต้า=1
บทลงโทษอนุพันธ์อันดับสองชั่วคราว น้ำหนัก บทลงโทษอนุพันธ์อันดับสองชั่วคราว
น้ำหนัก

-R --rho-thresh=0.85
เกณฑ์สหสัมพันธ์สำหรับการวิเคราะห์ย่านใกล้เคียง เกณฑ์สหสัมพันธ์สำหรับ
การวิเคราะห์พื้นที่ใกล้เคียง

-k --ข้าม=0
ข้ามภาพที่ตอนต้นของซีรีส์ เช่น เพราะมันเป็นของคนอื่น
modalitiesข้ามภาพที่ตอนต้นของซีรีส์เช่นเพราะตามที่พวกเขา
เป็นแบบอย่างอื่นๆ

ลงทะเบียน
-O --optimizer=gsl:opt=gd,ขั้นตอน=0.1
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพที่ใช้สำหรับการย่อขนาดตัวเพิ่มประสิทธิภาพที่ใช้สำหรับการย่อขนาดสำหรับ
ปลั๊กอินที่รองรับ โปรดดู PLUGINS:minimizer/singlecost

-a --start-c-rate=32
เริ่มอัตรา coefficinet ในเงี่ยง หารด้วย --c-rate-divider with
ทุกอัตราสัมประสิทธิ์การเริ่มแรกในเงี่ยง จะถูกหารด้วย --c-rate-divider
ทุกรอบ

--c-อัตรา-ตัวแบ่ง=4
ตัวแบ่งอัตรา cofficient สำหรับแต่ละ passcofficient ตัวแบ่งสำหรับแต่ละ pass

-d --start-divcurl=20
เริ่มน้ำหนัก divcurl หารด้วย --divcurl-divider ทุก ๆ passstart
น้ำหนัก divcurl ถูกหารด้วย --divcurl-divider ทุกรอบ

--divcurl-ตัวแบ่ง=4
การปรับขนาดน้ำหนัก divcurl ด้วยการปรับขนาดน้ำหนัก passdivcurl ใหม่แต่ละรายการ
ผ่านใหม่

-w --imageweight=1
น้ำหนักต้นทุนภาพ น้ำหนักต้นทุนภาพ

-l --mg-ระดับ = 3
ระดับความละเอียดหลายระดับหลายระดับความละเอียด

-P --ผ่าน=4
ผ่านการลงทะเบียน ผ่านการลงทะเบียน

การช่วยเหลือ & ข้อมูล
-V --verbose=คำเตือน
ความละเอียดของผลลัพธ์ พิมพ์ข้อความในระดับที่กำหนดและลำดับความสำคัญที่สูงกว่า
ลำดับความสำคัญที่รองรับเริ่มต้นที่ระดับต่ำสุดคือ:
ข้อมูล - ข้อความระดับต่ำ
ติดตาม - การติดตามการเรียกใช้ฟังก์ชัน
ล้มเหลว - รายงานความล้มเหลวในการทดสอบ
คำเตือน - คำเตือน
ความผิดพลาด - รายงานข้อผิดพลาด
การแก้ปัญหา - ดีบักเอาท์พุต
ข่าวสาร - ข้อความปกติ
ร้ายแรง - รายงานเฉพาะข้อผิดพลาดร้ายแรง

--ลิขสิทธิ์
พิมพ์ข้อมูลลิขสิทธิ์

-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ความช่วยเหลือนี้

-? --การใช้งาน
พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ

--รุ่น
พิมพ์หมายเลขรุ่นและออก

การประมวลผล
--กระทู้=-1
จำนวนเธรดสูงสุดที่จะใช้สำหรับการประมวลผล จำนวนนี้ควรต่ำกว่า
หรือเท่ากับจำนวนคอร์ตัวประมวลผลเชิงตรรกะในเครื่อง (-1:
การประมาณค่าอัตโนมัติ) จำนวนเธรดสูงสุดที่จะใช้สำหรับการประมวลผลนี้
จำนวนควรต่ำกว่าหรือเท่ากับจำนวนคอร์ตัวประมวลผลเชิงตรรกะใน
เครื่องจักร. (-1: การประมาณค่าอัตโนมัติ)

ปลั๊กอิน: ตัวย่อ/ราคาเดียว

กดา การไล่ระดับสีแบบไล่ระดับพร้อมการแก้ไขขนาดขั้นตอนอัตโนมัติ พารามิเตอร์ที่รองรับคือ:

ฟุตอลร์ = 0; สองเท่าใน [0, inf)
หยุดถ้าการเปลี่ยนแปลงสัมพัทธ์ของเกณฑ์อยู่ด้านล่าง..

ขั้นตอนสูงสุด = 2; สองเท่าใน (0, inf)
ขนาดขั้นสัมบูรณ์สูงสุด

แม็กซิเตอร์ = 200; uint ใน [1, inf)
เกณฑ์การหยุด: จำนวนการวนซ้ำสูงสุด

นาทีขั้นตอน = 0.1; สองเท่าใน (0, inf)
ขนาดขั้นตอนที่แน่นอนน้อยที่สุด

เอ็กซ์โตลา = 0.01; สองเท่าใน [0, inf)
หยุดถ้า inf-norm ของการเปลี่ยนแปลงที่ใช้กับ x ต่ำกว่าค่านี้..

ตร.ม โคตรไล่ระดับด้วยการประมาณขั้นกำลังสอง พารามิเตอร์ที่รองรับคือ:

ฟุตอลร์ = 0; สองเท่าใน [0, inf)
หยุดถ้าการเปลี่ยนแปลงสัมพัทธ์ของเกณฑ์อยู่ด้านล่าง..

กโตล่า = 0; สองเท่าใน [0, inf)
หยุดถ้า inf-norm ของการไล่ระดับสีต่ำกว่าค่านี้..

แม็กซิเตอร์ = 100; uint ใน [1, inf)
เกณฑ์การหยุด: จำนวนการวนซ้ำสูงสุด

ขนาด = 2; สองเท่าใน (1, inf)
การปรับขนาดขั้นตอนทางเลือกสำรอง

ขั้นตอน = 0.1; สองเท่าใน (0, inf)
ขนาดขั้นเริ่มต้น

เอ็กซ์โตลา = 0; สองเท่าใน [0, inf)
หยุดถ้า inf-norm ของ x-update ต่ำกว่าค่านี้..

GSL ปลั๊กอินเพิ่มประสิทธิภาพตามตัวเพิ่มประสิทธิภาพมัลติมินของ GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/ พารามิเตอร์ที่รองรับคือ:

กำไรต่อหุ้น = 0.01; สองเท่าใน (0, inf)
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพตามการไล่ระดับสี: หยุดเมื่อ |grad| < eps, simplex: หยุดเมื่อ
ขนาดซิมเพล็กซ์ < eps..

เราเตอร์ = 100; uint ใน [1, inf)
จำนวนการทำซ้ำสูงสุด

เลือก = gd; คำสั่ง
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพเฉพาะที่จะใช้.. ค่าที่รองรับคือ:
bfg - บรอยเดน-เฟลตเชอร์-โกลด์ฟาร์บ-แชนน์
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (รุ่นที่มีประสิทธิภาพสูงสุด)
cg-fr Flecher-Reeves คอนจูเกตอัลกอริธึมการไล่ระดับสี
gd - การไล่ระดับสี
เริม - อัลกอริธึม Simplex ของ Nelder และ Mead
cg-pr - Polak-Ribiere คอนจูเกตอัลกอริทึมการไล่ระดับสี

ขั้นตอน = 0.001; สองเท่าใน (0, inf)
ขนาดขั้นตอนเริ่มต้น

ดัน = 0.1; สองเท่าใน (0, inf)
พารามิเตอร์ความอดทนบางอย่าง

ไม่มี อัลกอริทึม Minimizer โดยใช้ไลบรารี NLOPT สำหรับคำอธิบายของ
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพ โปรดดู 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NOpt_Algorithms' พารามิเตอร์ที่รองรับคือ:

ฟุตลา = 0; สองเท่าใน [0, inf)
เกณฑ์การหยุด: การเปลี่ยนแปลงที่แน่นอนของมูลค่าวัตถุประสงค์อยู่ด้านล่าง
ค่านี้

ฟุตอลร์ = 0; สองเท่าใน [0, inf)
เกณฑ์การหยุด: การเปลี่ยนแปลงสัมพัทธ์ของมูลค่าวัตถุประสงค์อยู่ด้านล่าง
ค่านี้

สูงกว่า = อินฟ; สองเท่า
ขอบเขตที่สูงขึ้น (เท่ากับพารามิเตอร์ทั้งหมด)

เลือกท้องถิ่น = ไม่มี; dict
อัลกอริธึมการลดขนาดท้องถิ่นที่อาจจำเป็นสำหรับ main
อัลกอริทึมการย่อขนาด.. ค่าที่รองรับคือ:
gn-orig-โดยตรง-l ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (การใช้งานดั้งเดิม,
ลำเอียงในท้องถิ่น)
gn-ตรง-l-noscal ‐ สี่เหลี่ยมผืนผ้าหาร
gn-isres - ปรับปรุงกลยุทธ์การวิวัฒนาการอันดับแบบสุ่ม
ld-tnewton - นิวตันที่ถูกตัดทอน
gn-ตรง-l-rand ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (ลำเอียงเฉพาะที่ สุ่ม)
ln-newuoa ‐ อนุพันธ์ฟรีไม่มีข้อจำกัดการเพิ่มประสิทธิภาพโดย Iteratively
สร้างการประมาณกำลังสอง
gn-ตรง-l-แรนด์-noscale ‐ แบ่งสี่เหลี่ยม (ไม่มีมาตราส่วน เฉพาะที่
ลำเอียงสุ่ม)
gn-ต้นกำเนิดโดยตรง ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (การใช้งานดั้งเดิม)
ld-tnewton-precond - นิวตันตัดปลายที่ปรับสภาพแล้ว
ld-tnewton-รีสตาร์ท ‐ ตัดทอนนิวตันด้วยการรีสตาร์ทที่ชันที่สุด
gn-ตรง - การแบ่งสี่เหลี่ยม
ln-neldermead - อัลกอริธึม Nelder-Mead simplex
ln-โคบีล่า ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพที่มีข้อจำกัด โดยการประมาณเชิงเส้น
gn-crs2-lm - ควบคุมการค้นหาแบบสุ่มด้วยการกลายพันธุ์ในพื้นที่
ld-var2 ‐ Shifted Limited-Memory Variable-Metric อันดับ 2
ld-var1 ‐ Shifted Limited-Memory Variable-Metric อันดับ 1
เอ่อ-mma ‐ วิธีการเคลื่อนย้ายเส้นกำกับ
ld-lbfgs-nocedal - ไม่มี
ld-lbfgs - BFGS ที่เก็บข้อมูลต่ำ
gn-โดยตรง-l ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (ลำเอียงเฉพาะที่)
ไม่มี - ไม่ระบุอัลกอรึทึม
ln-bobyqa ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพแบบจำกัดขอบเขตที่ปราศจากอนุพันธ์
ln-sbplx - ตัวแปรย่อยของ Nelder-Mead
ln-newuoa-ผูกพัน ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพแบบจำกัดขอบเขตที่ปราศจากอนุพันธ์โดย
การประมาณค่ากำลังสองที่สร้างซ้ำๆ
ln-แพรคซิส ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพในพื้นที่ที่ไม่มีการไล่ระดับสีผ่านแกนหลัก
วิธี
gn-โดยตรง noscal - แบ่งสี่เหลี่ยม (ไม่มีมาตราส่วน)
ld-tnewton-precond-รีสตาร์ท - นิวตันที่ตัดทอนล่วงหน้าด้วย
การเริ่มต้นใหม่แบบชันที่สุด

ลด = -inf; สองเท่า
ขอบเขตล่าง (เท่ากับพารามิเตอร์ทั้งหมด)

แม็กซิเตอร์ = 100; int ใน [1, inf)
เกณฑ์การหยุด: จำนวนการวนซ้ำสูงสุด

เลือก = ld-lbfgs; คำสั่ง
อัลกอริทึมการย่อขนาดหลัก ค่าที่รองรับคือ:
gn-orig-โดยตรง-l ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (การใช้งานดั้งเดิม,
ลำเอียงในท้องถิ่น)
g-mlsl-lds ‐ การเชื่อมโยงเดี่ยวหลายระดับ (ลำดับความคลาดเคลื่อนต่ำ
ต้องการการเพิ่มประสิทธิภาพและขอบเขตตามการไล่ระดับสีในท้องถิ่น)
gn-ตรง-l-noscal ‐ สี่เหลี่ยมผืนผ้าหาร
gn-isres - ปรับปรุงกลยุทธ์การวิวัฒนาการอันดับแบบสุ่ม
ld-tnewton - นิวตันที่ถูกตัดทอน
gn-ตรง-l-rand ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (ลำเอียงเฉพาะที่ สุ่ม)
ln-newuoa ‐ อนุพันธ์ฟรีไม่มีข้อจำกัดการเพิ่มประสิทธิภาพโดย Iteratively
สร้างการประมาณกำลังสอง
gn-ตรง-l-แรนด์-noscale ‐ แบ่งสี่เหลี่ยม (ไม่มีมาตราส่วน เฉพาะที่
ลำเอียงสุ่ม)
gn-ต้นกำเนิดโดยตรง ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (การใช้งานดั้งเดิม)
ld-tnewton-precond - นิวตันตัดปลายที่ปรับสภาพแล้ว
ld-tnewton-รีสตาร์ท ‐ ตัดทอนนิวตันด้วยการรีสตาร์ทที่ชันที่สุด
gn-ตรง - การแบ่งสี่เหลี่ยม
auglag-eq ‐ อัลกอริธึม Lagrangian ที่เสริมด้วยข้อจำกัดความเท่าเทียมกัน
เพียง
ln-neldermead - อัลกอริธึม Nelder-Mead simplex
ln-โคบีล่า ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพที่มีข้อจำกัด โดยการประมาณเชิงเส้น
gn-crs2-lm - ควบคุมการค้นหาแบบสุ่มด้วยการกลายพันธุ์ในพื้นที่
ld-var2 ‐ Shifted Limited-Memory Variable-Metric อันดับ 2
ld-var1 ‐ Shifted Limited-Memory Variable-Metric อันดับ 1
เอ่อ-mma ‐ วิธีการเคลื่อนย้ายเส้นกำกับ
ld-lbfgs-nocedal - ไม่มี
g-mlsl ‐ ลิงค์เดียวหลายระดับ (ต้องการการปรับให้เหมาะสมในพื้นที่และ
ขอบเขต)
ld-lbfgs - BFGS ที่เก็บข้อมูลต่ำ
gn-โดยตรง-l ‐ การแบ่งสี่เหลี่ยม (ลำเอียงเฉพาะที่)
ln-bobyqa ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพแบบจำกัดขอบเขตที่ปราศจากอนุพันธ์
ln-sbplx - ตัวแปรย่อยของ Nelder-Mead
ln-newuoa-ผูกพัน ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพแบบจำกัดขอบเขตที่ปราศจากอนุพันธ์โดย
การประมาณค่ากำลังสองที่สร้างซ้ำๆ
ส.ค.ส - อัลกอริธึม Lagrangian เสริม
ln-แพรคซิส ‐ การเพิ่มประสิทธิภาพในพื้นที่ที่ไม่มีการไล่ระดับสีผ่านแกนหลัก
วิธี
gn-โดยตรง noscal - แบ่งสี่เหลี่ยม (ไม่มีมาตราส่วน)
ld-tnewton-precond-รีสตาร์ท - นิวตันที่ตัดทอนล่วงหน้าด้วย
การเริ่มต้นใหม่แบบชันที่สุด
ld-slsqp - การเขียนโปรแกรมกำลังสองน้อยที่สุดตามลำดับ

ขั้นตอน = 0; สองเท่าใน [0, inf)
ขนาดขั้นตอนเริ่มต้นสำหรับวิธีการที่ไม่มีการไล่ระดับสี

หยุด = -inf; สองเท่า
เกณฑ์การหยุด: ค่าฟังก์ชันต่ำกว่าค่านี้

เอ็กซ์โตลา = 0; สองเท่าใน [0, inf)
เกณฑ์การหยุด: การเปลี่ยนแปลงแบบสัมบูรณ์ของค่า x ทั้งหมดอยู่ต่ำกว่านี้
มูลค่า

xtolr = 0; สองเท่าใน [0, inf)
เกณฑ์การหยุด: การเปลี่ยนแปลงสัมพัทธ์ของค่า x ทั้งหมดต่ำกว่านี้
มูลค่า

ตัวอย่าง

ลงทะเบียนชุดการไหลเวียนโลหิตที่ให้ไว้ใน 'segment.set' โดยใช้ Pseudo Ground Truth
ประมาณการ ข้ามสองภาพที่จุดเริ่มต้นและอย่างอื่นใช้พารามิเตอร์เริ่มต้น
เก็บผลลัพธ์ใน 'registered.set'

mia-2dmyopgt-nonrigid -i segment.set -o register.set -k 2

ผู้เขียน

เกิร์ท วอลนี่

ลิขสิทธิ์

ซอฟต์แวร์นี้เป็นลิขสิทธิ์ (c) 1999-2015 ไลป์ซิก เยอรมนี และมาดริด สเปน มันมา
โดยไม่มีการรับประกันใดๆ และคุณสามารถแจกจ่ายซ้ำได้ภายใต้เงื่อนไขของ GNU
ใบอนุญาตสาธารณะทั่วไป เวอร์ชัน 3 (หรือใหม่กว่า) สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม ให้รันโปรแกรมด้วยปุ่ม
ตัวเลือก '--ลิขสิทธิ์'

ใช้ mia-2dmyopgt-nonrigid ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net