mia-3dmotioncompica-nonrigid - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mia-3dmotioncompica-nonrigid - การลงทะเบียนแบบไม่เชิงเส้นของชุดภาพ 3 มิติ

เรื่องย่อ

mia-3dmotioncompica-ไม่แข็ง -i -o [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

mia-3dmotioncompica-ไม่แข็ง โปรแกรมนี้ใช้การเคลื่อนไหวเวอร์ชัน 3 มิติ
อัลกอริธึมการชดเชยที่อธิบายไว้ใน Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"การชดเชยการเคลื่อนไหวอัตโนมัติของการหายใจอิสระที่ได้รับข้อมูลของกล้ามเนื้อหัวใจตายโดย
โดยใช้การวิเคราะห์ส่วนประกอบอิสระ", Medical Image Analysis, 2012,
ดอย:10.1016/j.media.2012.02.004.

OPTIONS

ไฟล์-IO
-i --in-file=(อินพุต, จำเป็น); io
อินพุตรูปภาพของหมายเลขเรียงต่อเนื่องกัน (nameXXXX.ext) สำหรับรองรับ
ประเภทไฟล์ โปรดดูที่ PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(เอาต์พุต, จำเป็น); io
ชื่อรูปภาพที่ส่งออก (เป็นสตริงรูปแบบ C รวมถึง %04d เพื่อกำหนด
หมายเลขไฟล์) สำหรับประเภทไฟล์ที่รองรับ โปรดดู PLUGINS:3dimage/io

--บันทึก-refs=
บันทึกภาพอ้างอิง สตริงที่กำหนดใช้เป็นฐานชื่อไฟล์ the
รูปแบบตัวเลขตามภาพอินพุต และรูปแบบเอาต์พุตจะเป็นเสมอ
'วิสต้า'

--บันทึก-regs=
บันทึกภาพที่ลงทะเบียนระดับกลาง สตริงที่กำหนดใช้เป็นชื่อไฟล์
ฐาน รูปแบบตัวเลขตามภาพอินพุต และรูปแบบผลลัพธ์คือ
'วิสต้า' เสมอ

--save-coeffs=
บันทึกการผสมเมทริกซ์ลงในไฟล์ข้อความ

--บันทึกคุณสมบัติ=
บันทึกภาพคุณสมบัติเป็น PNG

การช่วยเหลือ & ข้อมูล
-V --verbose=คำเตือน
ความละเอียดของผลลัพธ์ พิมพ์ข้อความในระดับที่กำหนดและลำดับความสำคัญที่สูงกว่า
ลำดับความสำคัญที่รองรับเริ่มต้นที่ระดับต่ำสุดคือ:
ข้อมูล - ข้อความระดับต่ำ
ติดตาม - การติดตามการเรียกใช้ฟังก์ชัน
ล้มเหลว - รายงานความล้มเหลวในการทดสอบ
คำเตือน - คำเตือน
ความผิดพลาด - รายงานข้อผิดพลาด
การแก้ปัญหา - ดีบักเอาท์พุต
ข่าวสาร - ข้อความปกติ
ร้ายแรง - รายงานเฉพาะข้อผิดพลาดร้ายแรง

--ลิขสิทธิ์
พิมพ์ข้อมูลลิขสิทธิ์

-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ความช่วยเหลือนี้

-? --การใช้งาน
พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ

--รุ่น
พิมพ์หมายเลขรุ่นและออก

ICA
-C --ส่วนประกอบ=0
ส่วนประกอบ ICA 0 = การประมาณค่าอัตโนมัติส่วนประกอบ ICA 0 = อัตโนมัติ
การประเมิน

--no-ปกติ
อย่าปรับไอซีให้เป็นมาตรฐาน

--no-meantrip
อย่าดึงค่าเฉลี่ยออกจากเส้นโค้งผสม

-k --ข้าม=0
ข้ามภาพที่ตอนต้นของซีรีส์ เช่น เพราะมันเป็นของคนอื่น
modalitiesข้ามภาพที่ตอนต้นของซีรีส์เช่นเพราะตามที่พวกเขา
เป็นแบบอย่างอื่นๆ

-m --max-ica-iter=400
จำนวนการวนซ้ำสูงสุดใน ICA จำนวนการวนซ้ำสูงสุดใน ICA

การประมวลผล
--กระทู้=-1
จำนวนเธรดสูงสุดที่จะใช้สำหรับการประมวลผล จำนวนนี้ควรต่ำกว่า
หรือเท่ากับจำนวนคอร์ตัวประมวลผลเชิงตรรกะในเครื่อง (-1:
การประมาณค่าอัตโนมัติ) จำนวนเธรดสูงสุดที่จะใช้สำหรับการประมวลผลนี้
จำนวนควรต่ำกว่าหรือเท่ากับจำนวนคอร์ตัวประมวลผลเชิงตรรกะใน
เครื่องจักร. (-1: การประมาณค่าอัตโนมัติ)

ลงทะเบียน
-O --optimizer=gsl:opt=gd,ขั้นตอน=0.1
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพที่ใช้สำหรับการย่อเล็กสุด

-a --start-c-rate=32
เริ่มอัตรา coefficinet ในเงี่ยง หารด้วย --c-rate-divider with
ทุกอัตราสัมประสิทธิ์การเริ่มแรกในเงี่ยง จะถูกหารด้วย --c-rate-divider
ทุกรอบ

--c-อัตรา-ตัวแบ่ง=4
ตัวแบ่งอัตรา cofficient สำหรับแต่ละ passcofficient ตัวแบ่งสำหรับแต่ละ pass

-d --start-divcurl=20
เริ่มน้ำหนัก divcurl หารด้วย --divcurl-divider ทุก ๆ passstart
น้ำหนัก divcurl ถูกหารด้วย --divcurl-divider ทุกรอบ

--divcurl-ตัวแบ่ง=4
การปรับขนาดน้ำหนัก divcurl ด้วยการปรับขนาดน้ำหนัก passdivcurl ใหม่แต่ละรายการ
ผ่านใหม่

-w --imagecost=image:weight=1,cost=ssd,
ค่าภาพ

-l --mg-ระดับ = 3
ระดับความละเอียดหลายระดับหลายระดับความละเอียด

-P --ผ่าน=3
ผ่านการลงทะเบียน ผ่านการลงทะเบียน

ปลั๊กอิน: ภาพ 3 มิติ/io

วิเคราะห์ วิเคราะห์ 7.5 ภาพ

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .HDR, .hdr

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
ไม่ได้ลงนาม 8 บิต, ลงนาม 16 บิต, ลงนาม 32 บิต, ทศนิยม 32 บิต,
จุดลอยตัว 64 บิต

ฐานข้อมูล Virtual IO เข้าและออกจากพูลข้อมูลภายใน

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .@

ไดคอม ชุดภาพ Dicom เป็น 3D

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .DCM, .dcm

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
เซ็นชื่อ 16 บิต ไม่ได้ลงนาม 16 บิต

hdf5 ภาพ HDF5 3D IO

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .H5, .h5

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
ข้อมูลไบนารี, เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต,
เซ็นชื่อ 32 บิต, ไม่ได้ลงนาม 32 บิต, เซ็นชื่อ 64 บิต, ไม่ได้ลงชื่อ 64 บิต, ลอย
จุด 32 บิต จุดลอยตัว 64 บิต

อินเรีย ภาพ INRIA

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .INR, .inr

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต, เซ็นชื่อ32
บิต, 32 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, จุดลอยตัว 32 บิต, จุดลอยตัว 64 บิต

mhd IO อิมเมจ MetaIO 3D โดยใช้การใช้งาน VTK (ทดลอง)

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต, เซ็นชื่อ32
บิต, 32 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, จุดลอยตัว 32 บิต, จุดลอยตัว 64 บิต

นิฟตี ภาพสามมิติ NIFTI-1 IO

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .NII, .nii

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต, เซ็นชื่อ32
บิต, ไม่ได้ลงนาม 32 บิต, ลงนาม 64 บิต, ไม่ได้ลงนาม 64 บิต, จุดลอยตัว 32
บิต, จุดลอยตัว 64 บิต

วีเอฟเอฟ VFF รูปแบบแรสเตอร์ดวงอาทิตย์

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .VFF, .vff

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
ไม่ได้ลงนาม 8 บิต ลงนาม 16 บิต

ทิวทัศน์ มุมมอง 3 มิติ

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .V, .VISTA, .v, .vista

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
ข้อมูลไบนารี, เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต,
เซ็นชื่อ 32 บิต, 32 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, ทศนิยม 32 บิต, ทศนิยม 64
บิต

vti ภาพ 3 มิติ VTK-XML เข้าและออก (ทดลอง)

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .VTI, .vti

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต, เซ็นชื่อ32
บิต, 32 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, จุดลอยตัว 32 บิต, จุดลอยตัว 64 บิต

vtk มรดกภาพ 3D VTK เข้าและออก (ทดลอง)

นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

ประเภทองค์ประกอบที่รองรับ:
ข้อมูลไบนารี, เซ็นชื่อ 8 บิต, 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, เซ็นชื่อ 16 บิต, ไม่ได้ลงนาม 16 บิต,
เซ็นชื่อ 32 บิต, 32 บิตที่ไม่ได้ลงนาม, ทศนิยม 32 บิต, ทศนิยม 64
บิต

ตัวอย่าง

ลงทะเบียนชุด perfusion ที่ให้ไว้ในภาพ imagesXXXX.v โดยใช้ 4-class ICA
ประมาณการ ข้ามสองภาพที่จุดเริ่มต้น ใช้ไม่เกิน 4 เธรดการลงทะเบียน nlopt
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพตามและอื่น ๆ ใช้พารามิเตอร์เริ่มต้น เก็บผลใน
ลงทะเบียนXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o จดทะเบียน%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,สูงสุด=300

ผู้เขียน

เกิร์ท วอลนี่

ลิขสิทธิ์

ซอฟต์แวร์นี้เป็นลิขสิทธิ์ (c) 1999-2015 ไลป์ซิก เยอรมนี และมาดริด สเปน มันมา
โดยไม่มีการรับประกันใดๆ และคุณสามารถแจกจ่ายซ้ำได้ภายใต้เงื่อนไขของ GNU
ใบอนุญาตสาธารณะทั่วไป เวอร์ชัน 3 (หรือใหม่กว่า) สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม ให้รันโปรแกรมด้วยปุ่ม
ตัวเลือก '--ลิขสิทธิ์'

ใช้ mia-3dmotioncompica-nonrigid ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net