mincreashape - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mincreshape - ตัด hyperslab ออกจากไฟล์ minc (ด้วยการเรียงลำดับมิติใหม่)

เรื่องย่อ

รูปร่างเล็ก [ ] .mnc .mnc

DESCRIPTION

มินเครเชพส์ งานหลักคือการตัด hyperslab ออกจากไฟล์ minc และใส่ลงในไฟล์ใหม่
ไฟล์ minc "ไฮเปอร์สแล็บคืออะไร" คุณถาม มันเป็นเพียงกล่องหลายมิติที่ระบุ
ด้วยดัชนีเริ่มต้น (เวกเตอร์ที่ให้พิกัด voxel) และเวกเตอร์การนับ (จำนวน
voxels ตามแต่ละแกน) สไลซ์ชิ้นเดียวจากปริมาตรคือไฮเปอร์สแลป (โดยนับ 1
ในทิศทางสไลซ์) บล็อกขนาดเล็กที่ดึงออกมาจากปริมาตรขนาดใหญ่คือไฮเปอร์สแลป a
ระดับเสียงสะท้อนเดียวจากชุดข้อมูล MRI แบบหลายเสียงสะท้อนเป็นไฮเปอร์แล็บ หนึ่งครั้งชี้จากa
การได้มาซึ่งไดนามิกเป็นไฮเปอร์แล็บ - คุณคงเข้าใจแล้ว ตรวจสอบ - เริ่มต้น, -นับ และ
-ลดขนาด ตัวเลือกสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีการทำเช่นนี้ (และดูตัวอย่าง!) ถ้าคุณ
กำลังดึงออกมาเพียงจุดเดียวตามมิติ คุณมีตัวเลือกในการทำ
มิติหายไป ดังนั้น รูปร่างเล็ก ให้ความสามารถในการลดมิติของ
ไฟล์ minc เช่นกัน คุณไม่ได้ถูกจำกัดให้ระบุ hyperslab ที่อยู่ภายใน .เท่านั้น
ไฟล์อินพุต คุณสามารถขยายเกินขอบเขตของมิติในไฟล์อินพุต และ
นอกจากนี้คุณสามารถนับที่จะพลิกข้อมูลไปตามมิติ

ราวกับว่าทั้งหมดนั้นไม่เพียงพอ รูปร่างเล็ก มีความสามารถในการสั่งซื้อมิติข้อมูลใหม่ ที่สุด
กรณีที่เห็นได้ชัดคือการแปลงภาพตามขวางเป็นภาพโคโรนาล แต่คุณสามารถพิมพ์ a
รายการชื่อมิติเพื่อรับลำดับของมิติโดยพลการ

อยากได้อีก!?! ตกลงตกลง. รูปร่างเล็ก ทำให้การทำงานของ minc library ICV ทั้งหมด
ได้ในบรรทัดคำสั่ง สำหรับผู้ที่ชอบสิ่งต่าง ๆ ที่กำหนดไว้ ICV คือภาพ
ตัวแปรการแปลง (อย่าถามฉันว่าทำไมฉันถึงเรียกมันว่าอย่างนั้น) ซึ่งโดยทั่วไปจะให้คุณบอก
ข้อมูลว่ามันจะออกมาเป็นอย่างไร กล่าวอีกนัยหนึ่งก็คือ มี Conversion มากมายสำหรับคุณ
การแปลงเหล่านี้รวมถึงการเปลี่ยนประเภท ช่วง และการปรับค่า voxel ให้เป็นมาตรฐาน
การขยายหรือย่อภาพ (โดยการทำซ้ำ voxel หรือการหาค่าเฉลี่ย) เพื่อให้ระบุ
ขนาดภาพ และการแปลงภาพเวกเตอร์เป็นสเกลาร์

เพื่อไม่ให้สับสน ให้ฉันบอกคุณอย่างชัดเจนที่นี่: รูปร่างเล็ก ทำทั้งหมด
การแปลง ICV ก่อนแล้วจึงนำสิ่งที่จัดลำดับใหม่ของไฮเปอร์สแลปและมิติมาใช้กับ
ผลของสิ่งนั้น ดังนั้นหากต้องการผสมให้เข้ากัน (like -imgขนาด, - เริ่มต้น, -นับ),
ให้ชัดเจนในหัวของคุณก่อน

โอเค จับที่นั่งไว้ให้ดี นี่คือรายการตัวเลือก

OPTIONS

โปรดทราบว่าตัวเลือกสามารถระบุในรูปแบบย่อได้ (ตราบใดที่ไม่ซ้ำกัน) และ
สามารถให้ที่ใดก็ได้บนบรรทัดคำสั่ง

General ตัวเลือก

-2 สร้างไฟล์เอาต์พุตรูปแบบ MINC 2.0

-ทุบ
เขียนทับไฟล์ที่มีอยู่

-Noclobber
อย่าเขียนทับไฟล์ที่มีอยู่ (ค่าเริ่มต้น)

-รายละเอียด
พิมพ์ข้อมูลความคืบหน้าสำหรับแต่ละกลุ่มข้อมูลที่คัดลอก (ค่าเริ่มต้น) ก้อน
ขนาดแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับว่าคุณกำลังสั่งซื้อมิติข้อมูลใหม่หรือไม่และ
บัฟเฟอร์ภายในจะใหญ่แค่ไหน

-เงียบ อย่าพิมพ์ข้อมูลความคืบหน้า

-max_chunk_size_in_kb ขนาด
ระบุขนาดสูงสุดของบัฟเฟอร์การคัดลอก (เป็น kbytes) ค่าเริ่มต้นคือ 4096 kbytes
(4 เมก.)

ภาพ การแปลง ตัวเลือก (พิกเซล ชนิด และ พิสัย):

ค่าดีฟอลต์สำหรับประเภท เครื่องหมาย และช่วงที่ถูกต้องคือการใช้ค่าเหล่านั้นของไฟล์อินพุต ถ้าประเภทคือ
ที่ระบุ จากนั้นทั้งเครื่องหมายและช่วงที่ถูกต้องจะถูกตั้งค่าเป็นค่าเริ่มต้นสำหรับประเภทนั้น ถ้าเครื่องหมายคือ
ที่ระบุ จากนั้นช่วงที่ถูกต้องจะถูกตั้งค่าเป็นค่าเริ่มต้นสำหรับประเภทและเครื่องหมาย

-ประเภทไฟล์
อย่าทำการแปลงประเภทใด ๆ (ค่าเริ่มต้น)

-ไบต์ จัดเก็บ voxels เอาต์พุตในรูปแบบจำนวนเต็ม 8 บิต

-สั้น จัดเก็บ voxels เอาต์พุตในรูปแบบจำนวนเต็ม 16 บิต

-int จัดเก็บ voxels เอาต์พุตในรูปแบบจำนวนเต็ม 32 บิต

-ยาว แทนที่โดย -int.

-ลอย เก็บเอาต์พุต voxels ในรูปแบบทศนิยม 32 บิต

-Double
เก็บเอาต์พุต voxels ในรูปแบบทศนิยม 64 บิต

-ลงนาม
เขียนค่าเป็นจำนวนเต็มที่ลงนาม (ค่าเริ่มต้นสำหรับระยะสั้นและระยะยาว) ละเว้นสำหรับ
ประเภทจุดลอยตัว

-ไม่ได้ลงนาม
เขียนค่าเป็นจำนวนเต็มที่ไม่ได้ลงนาม (ค่าเริ่มต้นสำหรับไบต์) ละเว้นสำหรับลอย
ประเภทจุด

-valid_range นาที แม็กซ์
ระบุช่วงที่ถูกต้องของค่าเอาต์พุต voxel ในการแทนค่าจำนวนเต็ม
ค่าเริ่มต้นคือช่วงเต็มสำหรับประเภทและเครื่องหมาย ตัวเลือกนี้ถูกละเว้นสำหรับ
ค่าจุดลอยตัว

-image_range นาที แม็กซ์
ปรับรูปภาพให้เป็นค่าจริงต่ำสุดและสูงสุดที่กำหนด (ไม่ใช่ค่า voxel)

-ทำให้เป็นมาตรฐาน
ปรับรูปภาพให้เป็นค่าต่ำสุดและสูงสุดจริงสำหรับไฟล์อินพุตทั้งหมด

-ไม่ปกติ
ห้ามทำให้รูปภาพเป็นมาตรฐาน (ค่าเริ่มต้น)

-nopixfill
อย่าแปลงค่าที่อยู่นอกขอบเขตในไฟล์อินพุต เพียงคัดลอกผ่าน

-pixfill
แทนที่ค่าที่อยู่นอกช่วงในไฟล์อินพุตด้วยค่าที่น้อยที่สุดที่เป็นไปได้ (ค่าเริ่มต้น)

-pixfillvalue ความคุ้มค่า
ระบุค่าพิกเซลใหม่เพื่อแทนที่ค่าที่อยู่นอกช่วงในไฟล์อินพุต

ภาพ การแปลง ตัวเลือก (มิติ ทิศทาง และ ขนาด):

-สเกลาร์
แปลงภาพเวกเตอร์เป็นภาพสเกลาร์ (ภาพเวกเตอร์เป็นภาพเดียวกับ เวกเตอร์_มิติ
เป็นมิติที่แปรผันเร็วที่สุด) มิติเวกเตอร์จะถูกลบออกและค่าเป็น
เฉลี่ย

-โนสคาลาร์
อย่าแปลงภาพเวกเตอร์เป็นภาพสเกลาร์ (ค่าเริ่มต้น)

+ทิศทาง
พลิกภาพเพื่อให้ค่าสเต็ปเป็นบวกสำหรับแกนเชิงพื้นที่ สังเกตว่าการพลิก
ของแกนเชิงพื้นที่ใช้กับ "ขนาดภาพ" เท่านั้น นี่คือสองเร็วที่สุด
มิติข้อมูล (ไม่ใช่เวกเตอร์) ที่แตกต่างกันในไฟล์ หากคุณต้องการพลิกภาพที่ไม่ใช่ภาพ
มิติ คุณสามารถแปลงเป็นมิติภาพด้วย -ลดขนาด สลัว= -1 (
-1 หมายถึงไม่เปลี่ยนขนาดจริงๆ) ตรวจสอบตัวอย่าง

-ทิศทาง
พลิกรูปภาพเพื่อให้ค่าสเต็ปเป็นลบสำหรับแกนเชิงพื้นที่

- ทิศทางใดก็ได้
อย่าพลิกภาพตามแกนอวกาศ (ค่าเริ่มต้น)

+xทิศทาง
พลิกภาพเพื่อให้ค่า xspace:step เป็นบวก (ซ้ายไปขวา)

-xทิศทาง
พลิกรูปภาพเพื่อให้ค่าลบ xspace:step (จากขวาไปซ้าย)

-xanyทิศทาง
อย่าพลิกภาพตามแนวแกน x

+ทิศทาง
พลิกรูปภาพเพื่อให้ค่า yspace:step เป็นบวก (หลังไปหน้า)

-ทิศทาง
พลิกรูปภาพเพื่อให้ค่าลบ yspace:step (หน้าไปหลัง)

-yanyทิศทาง
อย่าพลิกภาพตามแนวแกน y

+zทิศทาง
พลิกรูปภาพเพื่อให้ค่า zspace:step เป็นบวก (ด้อยกว่าถึงดีกว่า)

-zทิศทาง
พลิกรูปภาพเพื่อให้ค่า zspace:step ติดลบ (super-to-inferior)

-zanyทิศทาง
อย่าพลิกภาพตามแนวแกน z

-รักษาศีล
รักษาอัตราส่วนภาพไว้เมื่อปรับขนาดภาพ ซึ่งหมายความว่า voxels ถูกจำลองแบบ
(หรือเฉลี่ย) จำนวนครั้งเท่ากันในแต่ละมิติของภาพ

-nokeepspect
อย่าบังคับให้คงอัตราส่วนภาพไว้เมื่อปรับขนาดภาพ (ค่าเริ่มต้น)

-imgขนาด ขนาด
ระบุขนาดภาพที่ต้องการ (ใช้ if - ขนาดแถว or -คอลไซส์ ไม่ให้).

- ขนาดแถว ขนาด
ระบุจำนวนแถวที่ต้องการในภาพ

-คอลไซส์ ขนาด
ระบุจำนวนคอลัมน์ที่ต้องการในภาพ

-ลดขนาด มิติ=ขนาด
ระบุขนาดของมิติที่มีชื่อ (มิติ=ขนาด). โปรดทราบว่าการปรับขนาดเท่านั้น
ใช้กับ "ขนาดภาพ" - โดยปกติแล้วจะต่างกันสองแบบที่เร็วที่สุด (ไม่ใช่เวกเตอร์)
มิติข้อมูล ในการปรับขนาด มิติข้อมูลทั้งหมดแปรผันเร็วที่สุดจนถึง
มิติที่ตั้งชื่อไว้จะกลายเป็นมิติของภาพ แล้วสิ่งเหล่านี้จะได้รับผลกระทบจาก
ตัวเลือกทิศทาง ชื่อมิติและขนาดต้องอยู่ในบรรทัดคำสั่งเดียว
อาร์กิวเมนต์ ดังนั้นหากคุณใช้ช่องว่าง (ซึ่งก็ไม่เป็นไร) อย่าลืมใช้เครื่องหมายคำพูดเพื่อซ่อน
จากเปลือก

การก่อร่างใหม่ ตัวเลือก:

-ขวาง
เขียนชิ้นตามขวาง

-ทัล
เขียนชิ้นทัล.

-Coronal
เขียนชิ้นโคโรนา

-ไดมอร์เดอร์ dim1,dim2,dim3...
ระบุลำดับมิติ โดยที่ สลัว? คือชื่อของมิติ คุณสามารถให้
ขนาดน้อยกว่าที่มีอยู่ในไฟล์: จะถือว่าแตกต่างกันเร็วที่สุด
ขนาดในไฟล์เอาต์พุต (so -ขวาง เทียบเท่ากับ -ไดมอร์เดอร์
zspace,yspace,xspace). อีกครั้งอนุญาตให้เว้นวรรคระหว่างชื่อได้ แต่อย่าลืม
ซ่อนพวกเขาจากเปลือกด้วยคำพูด

-ลดขนาด สลัว=เริ่มต้น[,นับ]
ระบุช่วงของตัวห้อยมิติสำหรับไดเมนชัน สลัว. ถ้า นับ หายไปหรือ
0 แล้วจึงนำไปหมายถึง 1 แต่เอามิติออกจากไฟล์เอาท์พุต (a
การนับ 1 จะรักษามิติของขนาด 1) เชิงลบ นับ หมายถึงพลิกข้อมูล
ตามมิตินั้น - ในกรณีนี้ เริ่มต้น ระบุพิกัดว็อกเซลสูงสุด
สำหรับมิติ (-ลดขนาด xspace=3,-3 ให้ .เวอร์ชั่นพลิก
-ลดขนาด xspace=1,3). ตัวเลือก - เริ่มต้น และ -นับ ให้เป็นทางเลือกในการ
ระบุข้อมูลเดียวกัน

- เริ่มต้น พิกัด0,พิกัด1,พิกัด2...

ระบุมุมเริ่มต้นของไฮเปอร์สแลป (พิกัดไปจากการแปรผันที่ช้าที่สุด
มิติให้เร็วที่สุด) หากให้พิกัดน้อยกว่ามิติที่มีอยู่ใน
ไฟล์ จากนั้นจะถือว่านำไปใช้กับมิติข้อมูลที่ต่างกันที่ช้าที่สุดและ
พิกัดที่เหลือตั้งไว้ที่ 0 See -ลดขนาด สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม ทั้งคู่ - เริ่มต้น และ
-นับ ให้เวกเตอร์ที่สอดคล้องกับขนาดไฟล์อินพุตหลังภาพ
ใช้ตัวเลือกการแปลง (ICV) แล้ว

-นับ size0,size1,size2...
ระบุความยาวขอบของ hyperslab ที่จะอ่าน (พิกัดไปจากการแปรผันที่ช้าที่สุด
มิติให้เร็วที่สุด) หากกำหนดขนาดน้อยกว่าขนาดที่มีอยู่ในไฟล์
จากนั้นจะถือว่านำไปใช้กับมิติที่แตกต่างกันที่ช้าที่สุดและส่วนที่เหลือ
ขนาดถูกกำหนดเป็นขนาดเต็มของมิติข้อมูล ดู -ลดขนาด .
ทั้งสอง - เริ่มต้น และ -นับ ให้เวกเตอร์ที่สอดคล้องกับขนาดไฟล์อินพุตหลัง
ใช้ตัวเลือกการแปลงรูปภาพ (ICV) แล้ว

หายไป ข้อมูล ตัวเลือก:

--nofill
ใช้ค่าศูนย์สำหรับจุดที่อยู่นอกโวลุ่มอินพุต (ค่าเริ่มต้น)

-เติม ใช้ค่าเติมสำหรับจุดที่อยู่นอกปริมาตรอินพุต (ค่าต่ำสุดที่เป็นไปได้)

-เติมค่า ความคุ้มค่า
ระบุค่าเติมสำหรับจุดนอกโวลุ่มอินพุต (นี่คือค่าจริง
ไม่ใช่ค่าพิกเซล)

ทั่วไป ตัวเลือก for ทั้งหมด คำสั่ง:

-ช่วยด้วย พิมพ์สรุปตัวเลือกบรรทัดคำสั่งและออก

-version
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันของโปรแกรมและออก

ตัวอย่าง:

สมมติว่าเรามีไดรฟ์ข้อมูลที่มีขนาด zspace, yspace, xspace (นั่นคือแนวขวาง)
และขนาด 128, 256, 256 ถ้าเราต้องการสไลซ์ 40 ออกมา (คงพิกัด
ข้อมูลสำหรับมิติ zspace) จากนั้นเราก็สามารถใช้

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

หรือใช้

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -นับ 1,256,256

หรือเพียงแค่

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -นับ 1

ถ้าเราต้องการกำจัดมิติ zspace เราสามารถใช้

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

ลองเอาบล็อกตรงกลางแล้วพลิกตาม xspace:

mincrape original.mnc new.mnc \
-เริ่มต้น 40,10,240 -นับ 1,200,-200

แต่​จะ​อด​กลั้น​ไว้​ทำไม? ไปนอกขอบเขตกันเถอะ:

mincrape original.mnc new.mnc \
-เริ่มต้น 40,-100,340 -นับ 1,200,-200

หากคุณต้องการปริมาตรทัล ให้ใช้สิ่งนี้:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

แล้วการหันหัวด้านข้างล่ะ - พลิก x และ y และแปลงเป็นไบต์เพื่อประหยัดพื้นที่ในขณะที่
เราอยู่ที่นั้น:

สร้างรูปร่างดั้งเดิม.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

คุณชอบที่จะจัดเก็บไดรฟ์ข้อมูลในลำดับ x,y,z (นั่นคือ z แปรผันเร็วที่สุด! ฉันรู้จักบางคนที่
ทำมัน!)? ตกลง.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace, zspace

แต่คุณเป็นคนเรียบง่าย (และไม่รังเกียจที่จะเสี่ยง) นี่ก็เหมือนกัน (แต่มัน
อาจแตกไฟล์อื่น):

mincreashape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

ตรวจสอบให้แน่ใจว่ามิติข้อมูลทั้งหมดมีแอตทริบิวต์ขั้นตอนเชิงลบ (ดูตัวเลือก +ทิศทาง
สำหรับรายละเอียดบางอย่าง):

mincreshape original.mnc new.mnc - ทิศทาง - ลดขนาด zspace = -1

ใช้ mincreshape ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net