mkdssp - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mkdssp - คำนวณโครงสร้างรองสำหรับโปรตีนในไฟล์ PDB

เรื่องย่อ

mkdssp [ตัวเลือก] pdbfile [dsspfile]

DESCRIPTION

พื้นที่ mkdssp โปรแกรมได้รับการออกแบบโดย Wolfgang Kabsch และ Chris Sander to
สร้างมาตรฐานการกำหนดโครงสร้างรอง DSSP เป็นฐานข้อมูลของโครงสร้างรอง
การกำหนด (และอื่น ๆ อีกมากมาย) สำหรับรายการโปรตีนทั้งหมดใน Protein Data Bank (PDB) และ
mkdssp เป็นแอปพลิเคชันที่คำนวณรายการ DSSP จากรายการ PDB โปรดทราบ
ที่ mkdssp ทำ ไม่ คาดการณ์ โครงสร้างรอง

OPTIONS

หากคุณเรียกใช้ mkdssp ด้วยพารามิเตอร์เพียงตัวเดียวก็จะถูกตีความว่าเป็นไฟล์ PDB ถึง
กระบวนการและผลลัพธ์จะถูกส่งไปยัง stdout หากระบุพารามิเตอร์ที่สองนี่คือ
ตีความว่าเป็นชื่อของไฟล์ DSSP ที่จะสร้าง ทั้งไฟล์อินพุตและเอาต์พุต
ชื่ออาจมีนามสกุล .gz หรือ .bz2 ส่งผลให้มีการบีบอัดที่เหมาะสม

-i, --ป้อนข้อมูล ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์ของ a PDB ไฟล์ที่จัดรูปแบบที่มีข้อมูลโครงสร้างโปรตีน นี้
ไฟล์อาจเป็นไฟล์บีบอัดโดย gzip หรือ bzip2

-o, --เอาท์พุท ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์ของ a DSSP ไฟล์ที่จะสร้าง. หากชื่อไฟล์ลงท้ายด้วย .gz หรือ .bz2 a
ไฟล์บีบอัดถูกสร้างขึ้น

-v, --รายละเอียด
เขียนข้อมูลการวินิจฉัย

--รุ่น
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันและออก

-h, --ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือและออก ไดเร็กทอรีที่มีสคริปต์ parser สำหรับ
นาง.

ทฤษฎี

โปรแกรม DSSP ทำงานโดยการคำนวณการกำหนดโครงสร้างรองที่เป็นไปได้มากที่สุดที่ให้ไว้
โครงสร้าง 3 มิติของโปรตีน โดยการอ่านตำแหน่งของอะตอมใน a
โปรตีน (บันทึก ATOM ในไฟล์ PDB) ตามด้วยการคำนวณพลังงานพันธะ H
ระหว่างอะตอมทั้งหมด จากนั้นใช้พันธะ H ที่ดีที่สุดสองตัวสำหรับแต่ละอะตอมเพื่อหาค่ามากที่สุด
ระดับที่เป็นไปได้ของโครงสร้างทุติยภูมิสำหรับสารตกค้างแต่ละตัวในโปรตีน

ซึ่งหมายความว่าคุณจำเป็นต้องมีโครงสร้าง 3 มิติที่สมบูรณ์และถูกต้องสำหรับโปรตีนจึงจะสามารถทำได้
คำนวณโครงสร้างรอง ไม่มีเวทย์มนตร์ใน DSSP เช่น ไม่สามารถเดา
โครงสร้างรองสำหรับโปรตีนกลายพันธุ์ที่คุณไม่มีโครงสร้าง 3 มิติ

DSSP ไฟล์ FORMAT

ส่วนหัวของไฟล์ DSSP แต่ละไฟล์อธิบายตนเองได้ โดยมีข้อมูลบางส่วน
คัดลอกมาจากไฟล์ PDB และมีการรวบรวมสถิติขณะคำนวณ
โครงสร้างรอง

ครึ่งหลังของไฟล์มีข้อมูลโครงสร้างรองที่คำนวณต่อ
สารตกค้าง ต่อไปนี้เป็นคำอธิบายสั้น ๆ สำหรับแต่ละคอลัมน์

คอลัมน์ Name รายละเอียด
─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
# จำนวนตกค้างที่นับโดย mkdssp
RESIDUE หมายเลขเรซิดิวตามที่ระบุในไฟล์ PDB
ตามด้วยตัวระบุลูกโซ่

AA รหัสตัวอักษรหนึ่งตัวสำหรับกรดอะมิโน ถ้านี้
ตัวอักษรเป็นตัวพิมพ์เล็กซึ่งหมายความว่านี่คือ
ซิสเทอีนที่สร้างสะพานกำมะถันด้วย
กรดอะมิโนอื่นๆ ในคอลัมน์นี้เหมือนกัน
ตัวอักษรพิมพ์เล็ก.
โครงสร้าง นี่คือคอลัมน์ที่ซับซ้อนที่มีหลาย sub
คอลัมน์ คอลัมน์แรกมีตัวอักษร
ระบุโครงสร้างรองที่ได้รับมอบหมายให้
สารตกค้างนี้ ค่าที่ถูกต้องคือ:
รหัส รายละเอียด
เอช อัลฟ่า เฮลิกส์
สะพานเบต้าบี
อี สแตรนด์
จี เฮลิกซ์-3
ฉันเฮลิกซ์-5
ที เทิร์น
เอส เบนด์
ต่อไปนี้เป็นสามคอลัมน์ที่ระบุถึง
เกลียวทั้งสามชนิด (3, 4 และ 5)
ไม่ว่าสารตกค้างนี้จะเป็นตัวกำหนดในการขึ้นรูปหรือไม่
เกลียวนี้ NS > ตัวอักษรบ่งชี้ว่ามันเริ่มต้นa
เกลียว ตัวเลขระบุว่าอยู่ภายใน a
เกลียวและ < ตัวอักษรหมายความว่ามันสิ้นสุดเกลียว
คอลัมน์ถัดไปมีอักขระ S ถ้า this
สารตกค้างสามารถโค้งงอได้
แล้วมีคอลัมน์แสดง chirality
และนี่อาจเป็นบวกหรือลบก็ได้
(กล่าวคือ แรงบิดอัลฟ่าเป็นบวกหรือ
เชิงลบ).
สองคอลัมน์สุดท้ายมีป้ายกำกับสะพานเบต้า
ตัวพิมพ์เล็กในที่นี้หมายถึงสะพานขนานและดังนั้น
ตัวพิมพ์ใหญ่หมายถึงการต่อต้านขนาน
BP1 และ BP2 ผู้สมัครคู่บริดจ์ที่หนึ่งและที่สอง นี่คือ
ตามด้วยตัวอักษรระบุแผ่น
ACC ความสามารถในการเข้าถึงของสารตกค้างนี้คือ
พื้นที่ผิวแสดงในตาราง Ångstrom that
สามารถเข้าถึงได้โดยโมเลกุลของน้ำ
NH-->O..O-->HN สี่คอลัมน์ ให้ค่า
พลังงานพันธะ H กับสารตกค้างอื่นที่
สารตกค้างในปัจจุบันคือตัวรับหรือผู้บริจาค
แต่ละคอลัมน์ประกอบด้วยตัวเลขสองตัว ตัวแรกคือ
ออฟเซ็ตจากส่วนที่เหลือในปัจจุบันไปยัง
พันธมิตรเรซิดิวในพันธะ H นี้ (ใน DSSP
การนับ) ตัวเลขที่สองคือการคำนวณ
พลังงานสำหรับพันธะ H นี้
TCO โคไซน์ของมุมระหว่าง C=O ของ
สารตกค้างปัจจุบันและ C=O ของสารตกค้างก่อนหน้า สำหรับ
alpha-helices, TCO ใกล้ +1 สำหรับ beta-sheets
TCO ใกล้ -1 ไม่ใช้สำหรับโครงสร้าง
คำนิยาม.
Kappa มุมพันธะเสมือน (มุมโค้ง) ที่กำหนดโดย
สามอะตอมของ C-alpha ของกระแสตกค้าง
- 2, ปัจจุบันและกระแส + 2 ใช้เพื่อกำหนด
โค้งงอ (รหัสโครงสร้าง 'S')
PHI และ PSI IUPAC เปปไทด์มุมบิดของกระดูกสันหลัง
X-CA, Y-CA และ Z-CA พิกัด C-alpha

ประวัติ

แอปพลิเคชัน DSSP ดั้งเดิมเขียนโดย Wolfgang Kabsch และ Chris Sander ใน Pascal
เวอร์ชันนี้เป็นการเขียนซ้ำแบบสมบูรณ์ใน C ++ ตามซอร์สโค้ดดั้งเดิม ข้อบกพร่องเล็กน้อย
ได้รับการแก้ไขตั้งแต่นั้นมาและมีการปรับแต่งอัลกอริทึมที่นี่และที่นั่น

ทั้งหมด

รหัสต้องการการอัปเดตอย่างยิ่ง สิ่งแรกที่ต้องดำเนินการคือ
ปรับปรุงการรับรู้ของ pi-helices การปรับปรุงประการที่สองคือการใช้มุมขึ้นอยู่กับ
การคำนวณพลังงานพันธะ H

ใช้ mkdssp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net