นี่คือคำสั่ง NAST-iEr ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
nast-ier - เครื่องมือจัดตำแหน่ง DNA ที่ใช้ NAST
DESCRIPTION
ยูทิลิตีการจัดตำแหน่ง NAST-iEr จะจัดแนวลำดับนิวคลีโอไทด์ดิบเดี่ยวกับหนึ่งรายการหรือมากกว่า
ลำดับการจัดรูปแบบ NAST
อัลกอริธึมการจัดตำแหน่งเกี่ยวข้องกับการจัดตำแหน่งโปรไฟล์การเขียนโปรแกรมแบบไดนามิกทั่วโลกให้เป็นแบบคงที่
(รูปแบบ NAST) คูณลำดับเทมเพลตที่จัดแนวโดยไม่มีการปรับ end-gap
NAST-iEr เป็นส่วนหนึ่งของชุดไมโครไบโอมิวทิล
OPTIONS
จำเป็นต้องใช้:
--query_FASTA
ฐานข้อมูลแบบสอบถามในรูปแบบ FASTA (ลำดับไปยัง NAST-align)
ตัวเลือก: (เว้นแต่ ค่าเริ่มต้น เป็น ไม่ ชุด!)
--db_NAST
ฐานข้อมูลอ้างอิงในรูปแบบ NAST (ค่าเริ่มต้น:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
ฐานข้อมูลอ้างอิงในรูปแบบ FASTA (ค่าเริ่มต้น:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
--num_top_hits
จำนวนครั้งสูงสุดที่จะใช้สำหรับการจัดแนวโปรไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: 10)
--ประเมิน
ค่าตัดคะแนนสำหรับการโจมตีสูงสุด (ค่าเริ่มต้น: 1e-50)
ใช้ NAST-iEr ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
