nhmmer - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

nhmmer - ค้นหาแบบสอบถาม DNA / RNA กับฐานข้อมูลลำดับ DNA / RNA

เรื่องย่อ

หืม [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

หืม ใช้เพื่อค้นหาข้อความค้นหานิวคลีโอไทด์หนึ่งรายการขึ้นไปเทียบกับลำดับนิวคลีโอไทด์
ฐานข้อมูล สำหรับแต่ละแบบสอบถามใน , ใช้แบบสอบถามนั้นเพื่อค้นหาฐานข้อมูลเป้าหมายของ
ลำดับใน และแสดงรายการอันดับของเพลงฮิตที่มีนัยสำคัญมากที่สุด
ตรงกับแบบสอบถาม แบบสอบถามอาจเป็นแบบจำลองโปรไฟล์ที่สร้างขึ้นโดยใช้ อืมสร้าง,
การจัดตำแหน่งลำดับหรือลำดับเดียว แบบสอบถามตามลำดับสามารถอยู่ในจำนวน
รูปแบบ (ดู --qรูปแบบ) และโดยทั่วไปจะตรวจจับได้อัตโนมัติ สังเกตว่าเท่านั้น สตอกโฮล์ม
รูปแบบรองรับการสืบค้นที่ประกอบด้วยการจัดตำแหน่งลำดับมากกว่าหนึ่งรายการ

ไม่ว่าจะเป็นแบบสอบถาม หรือเป้าหมาย อาจเป็น '-' (เครื่องหมายขีด) ซึ่ง
กรณีไฟล์แบบสอบถามหรือฐานข้อมูลเป้าหมายจะถูกอ่านจาก ท่อแทน
จากไฟล์. แหล่งสัญญาณเข้าเพียงแหล่งเดียวเท่านั้นที่สามารถผ่านเข้ามาได้ ไม่ใช่ทั้งสองอย่าง หากคำถามคือ
ตามลำดับและผ่านผ่าน , NS --qรูปแบบ ต้องใช้ธง ถ้า
มีมากกว่าหนึ่งข้อความค้นหา จากนั้น ไม่ได้มาจาก , เพราะ
เราไม่สามารถกรอกลับฐานข้อมูลเป้าหมายการสตรีมเพื่อค้นหาด้วยโปรไฟล์อื่น

หากแบบสอบถามเป็นแบบตามลำดับและไม่ใช่จาก ไฟล์ใหม่ที่มี HMM
สร้างขึ้นจากอินพุตใน สามารถเลือกสร้างได้ด้วยชื่อไฟล์ set
โดยใช้โปรแกรม --อืม. ธง.

รูปแบบเอาต์พุตได้รับการออกแบบมาให้มนุษย์อ่านได้ แต่มักมีมากมายจน
อ่านแล้วมันทำไม่ได้จริงและการแยกวิเคราะห์มันเป็นความเจ็บปวด NS --tblout ตัวเลือกบันทึกเอาต์พุตใน a
รูปแบบตารางอย่างง่ายที่กระชับและแยกวิเคราะห์ได้ง่ายขึ้น NS -o ตัวเลือกช่วยให้
เปลี่ยนเส้นทางเอาต์พุตหลักรวมถึงการทิ้งใน /dev/null

OPTIONS

-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มีทั้งหมด

OPTIONS สำหรับ การควบคุม เอาท์พุท

-o กำหนดเอาต์พุตหลักที่มนุษย์อ่านได้ไปยังไฟล์ แทนที่จะเป็น stdout เริ่มต้น

-A บันทึกการจัดตำแหน่งหลายรายการของ Hit ที่สำคัญทั้งหมด (เหล่านั้นที่น่าพอใจ รวม
เกณฑ์) ไปยังไฟล์ .

--tblout
บันทึกไฟล์ตารางอย่างง่าย (คั่นด้วยช่องว่าง) เพื่อสรุปผลลัพธ์ต่อเป้าหมาย
โดยพบหนึ่งบรรทัดข้อมูลต่อลำดับเป้าหมายที่คล้ายคลึงกัน

--dfamtblout
บันทึกไฟล์ตาราง (คั่นด้วยช่องว่าง) ที่สรุปผลลัพธ์ต่อ Hit คล้ายกับ
--tblout แต่กระชับกว่า

--aliscoresout
บันทึกเพื่อยื่นรายการคะแนนต่อตำแหน่งสำหรับการตีแต่ละครั้ง สิ่งนี้มีประโยชน์สำหรับ
ตัวอย่าง ในการระบุบริเวณที่มีความหนาแน่นของคะแนนสูงเพื่อใช้ในการแก้ไข
ฮิตทับซ้อนจากรุ่นต่างๆ

--อืม.
ถ้า เป็นลำดับตาม เขียน HMM(s) ที่คำนวณภายในถึง .

--ตาม ใช้การภาคยานุวัติแทนชื่อในเอาต์พุตหลัก หากมีให้สำหรับโปรไฟล์
และ/หรือลำดับ

--โนอาลี
ละเว้นส่วนการจัดตำแหน่งจากเอาต์พุตหลัก สิ่งนี้สามารถลดเอาต์พุตได้อย่างมาก
ปริมาณ

--notew
ไม่จำกัดความยาวของแต่ละบรรทัดในเอาต์พุตหลัก ค่าเริ่มต้นคือขีดจำกัด 120
อักขระต่อบรรทัด ซึ่งช่วยในการแสดงผลบนเทอร์มินัลและ
ในเอดิเตอร์ แต่สามารถตัดบรรทัดรายละเอียดโปรไฟล์เป้าหมายได้

--textw
ตั้งค่าขีดจำกัดความยาวบรรทัดของเอาต์พุตหลักเป็น ตัวอักษรต่อบรรทัด ค่าเริ่มต้นคือ
120.

OPTIONS การควบคุม รายงาน เกณฑ์

เกณฑ์การรายงานจะควบคุมว่าจะรายงาน Hit ใดในไฟล์เอาต์พุต (เอาต์พุตหลัก
--tbloutและ --dfamtblout). Hit จะจัดอันดับตามนัยสำคัญทางสถิติ (E-value)

-E รายงานลำดับเป้าหมายด้วยค่า E เป็น <= . ค่าเริ่มต้นคือ 10.0 หมายถึง
โดยเฉลี่ยแล้วจะมีการรายงานผลบวกปลอมประมาณ 10 รายการต่อหนึ่งข้อความค้นหา ดังนั้นคุณจึงสามารถ
ดูด้านบนของเสียงและตัดสินใจด้วยตัวเองว่าเสียงจริงหรือไม่

-T แทนที่จะกำหนดเอาต์พุตตามค่า E ให้รายงานลำดับเป้าหมายด้วย a . แทน
คะแนนบิตของ >= .

OPTIONS สำหรับ รวม เกณฑ์

เกณฑ์การรวมเข้มงวดกว่าเกณฑ์การรายงาน การควบคุมเกณฑ์การรวม
ซึ่งการตีนั้นถือว่ามีความน่าเชื่อถือเพียงพอที่จะรวมอยู่ในการจัดตำแหน่งเอาต์พุตหรือa
รอบการค้นหาที่ตามมา หรือทำเครื่องหมายว่ามีความสำคัญ ("!") ตรงข้ามกับที่น่าสงสัย ("?")
ในการตีออก

--incE
ใช้ค่า E ของ <= เป็นเกณฑ์การรวม ค่าเริ่มต้นคือ 0.01 หมายถึง
โดยเฉลี่ยแล้ว คาดว่าจะมีการตรวจพบเท็จประมาณ 1 ครั้งในทุกๆ 100 การค้นหา
ด้วยลำดับการสืบค้นที่แตกต่างกัน

--incT
แทนที่จะใช้ค่า E ในการตั้งค่าเกณฑ์การรวม ให้ใช้คะแนนบิตของ
>= เป็นเกณฑ์การรวม โดยค่าเริ่มต้น ตัวเลือกนี้จะไม่ได้ตั้งค่า

OPTIONS สำหรับ รุ่นเฉพาะ คะแนน เกณฑ์

ฐานข้อมูลโปรไฟล์ที่ดูแลอาจกำหนดเกณฑ์คะแนนบิตเฉพาะสำหรับแต่ละโปรไฟล์
แทนที่การจำกัดขอบเขตตามนัยสำคัญทางสถิติเพียงอย่างเดียว

หากต้องการใช้ตัวเลือกเหล่านี้ โปรไฟล์ต้องมีข้อมูลที่เหมาะสม (GA, TC และ/หรือ NC)
คำอธิบายประกอบเกณฑ์คะแนนทางเลือก; นี้หยิบขึ้นมาโดย อืมสร้าง จากรูปแบบสตอกโฮล์ม
ไฟล์การจัดตำแหน่ง สำหรับแบบจำลองนิวคลีโอไทด์ แต่ละตัวเลือกขีดจำกัดจะมีค่าต่อครั้ง
เกณฑ์ สิ่งนี้ทำราวกับว่า -T --incT ถูกนำไปใช้โดยเฉพาะโดยใช้แต่ละ
เกณฑ์การดูแลของโมเดล

--cut_ga
ใช้เกณฑ์คะแนนบิต GA (การรวบรวม) ในโมเดลเพื่อตั้งค่าการรายงานต่อ Hit
และเกณฑ์การรวม เกณฑ์ GA โดยทั่วไปถือว่าเชื่อถือได้
เกณฑ์การดูแลที่กำหนดสมาชิกภาพครอบครัว ตัวอย่างเช่น ใน Dfam สิ่งเหล่านี้
เกณฑ์ถูกนำมาใช้เมื่อทำหมายเหตุประกอบจีโนมด้วยแบบจำลองของครอบครัวที่รู้จัก
จะพบได้ในสิ่งมีชีวิตนั้น พวกเขาอาจอนุญาตให้มีการค้นพบเท็จที่คาดไว้น้อยที่สุด
อัตรา

--cut_nc
ใช้เกณฑ์คะแนนบิต NC (จุดตัดเสียงรบกวน) ในโมเดลเพื่อตั้งค่าการรายงานต่อครั้ง
และเกณฑ์การรวม เกณฑ์ NC นั้นเข้มงวดน้อยกว่า GA; ในบริบท
ของ Pfam โดยทั่วไปจะใช้เก็บคะแนนของคะแนนสูงสุดที่รู้จัก
บวกเท็จ

--cut_tc
ใช้เกณฑ์คะแนนบิต NC (ตัดที่เชื่อถือได้) ในโมเดลเพื่อตั้งค่า per-hit
เกณฑ์การรายงานและการรวม เกณฑ์ TC นั้นเข้มงวดกว่า GA และ
โดยทั่วไปถือว่าเป็นคะแนนของผลบวกที่แท้จริงที่ทราบคะแนนต่ำสุด
ซึ่งเหนือสิ่งอื่นใดที่ทราบผลบวกลวง; ตัวอย่างเช่น ใน Dfam เกณฑ์เหล่านี้คือ
ใช้เมื่อใส่คำอธิบายประกอบของจีโนมด้วยแบบจำลองของครอบครัวที่ไม่พบใน
สิ่งมีชีวิตนั้น

OPTIONS การควบคุม DIE เร่ง ไปป์ไลน์

การค้นหา HMMER3 ถูกเร่งในไปป์ไลน์ตัวกรองสามขั้นตอน: ตัวกรองการสแกน-SSV
ตัวกรอง Viterbi และตัวกรองไปข้างหน้า ตัวกรองแรกนั้นเร็วและมากที่สุด
โดยประมาณ; สุดท้ายคืออัลกอริธึมการให้คะแนนไปข้างหน้าแบบเต็ม นอกจากนี้ยังมีตัวกรองอคติ
ขั้นตอนระหว่าง SSV และ Viterbi เป้าหมายที่ผ่านขั้นตอนทั้งหมดในท่อเร่งความเร็ว
จากนั้นจะถูกประมวลผลภายหลัง -- การระบุโดเมนและการให้คะแนนโดยใช้
อัลกอริทึมไปข้างหน้า/ย้อนกลับ

การเปลี่ยนเกณฑ์การกรองจะลบหรือรวมเป้าหมายออกจากการพิจารณาเท่านั้น การเปลี่ยนแปลง
เกณฑ์การกรองไม่เปลี่ยนแปลงคะแนนบิต ค่า E หรือการจัดตำแหน่ง ซึ่งทั้งหมดคือ
กำหนดไว้เฉพาะในการประมวลผลภายหลัง

--สูงสุด ปิด (เกือบ) ตัวกรองทั้งหมด รวมทั้งตัวกรองอคติ และเรียกใช้เต็ม
ไปข้างหน้า/หลังการประมวลผลภายหลังในลำดับเป้าหมายส่วนใหญ่ ตรงกันข้ามกับ
พรอม และ อืมค้นหาโดยที่แฟล็กนี้ปิดตัวกรองโดยสิ้นเชิง
--สูงสุด ตั้งค่าสถานะใน หืม ตั้งค่าเกณฑ์ตัวกรองการสแกน-SSV เป็น 0.4 ไม่ใช่ 1.0
การใช้แฟล็กนี้เพิ่มความอ่อนไหวบ้างโดยใช้ความเร็วมาก

--F1
ตั้งค่าขีดจำกัดค่า P สำหรับขั้นตอนตัวกรอง SSV ค่าเริ่มต้นคือ 0.02 หมายถึง
ที่คาดว่าจะผ่านประมาณ 2% ของเป้าหมายที่ไม่คล้ายคลึงกันที่มีคะแนนสูงสุด
ตัวกรอง

--F2
ตั้งค่าเกณฑ์ P-value สำหรับขั้นตอนตัวกรอง Viterbi ค่าเริ่มต้นคือ 0.001

--F3
ตั้งค่าขีดจำกัดค่า P สำหรับขั้นตอนตัวกรองไปข้างหน้า ค่าเริ่มต้นคือ 1e-5

--โนเบีย
ปิดตัวกรองอคติ สิ่งนี้จะเพิ่มความไวเล็กน้อย แต่สามารถมาที่a
ความเร็วสูงโดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้าแบบสอบถามมีองค์ประกอบตกค้างลำเอียง (เช่น
บริเวณที่มีลำดับซ้ำๆ หรือถ้าเป็นโปรตีนเมมเบรนที่มีบริเวณขนาดใหญ่ของ
ไม่ชอบน้ำ) หากไม่มีตัวกรองอคติ ลำดับมากเกินไปอาจผ่านตัวกรอง
ด้วยข้อความค้นหาที่ลำเอียง ส่งผลให้ประสิทธิภาพการทำงานช้ากว่าที่คาดไว้เนื่องจาก
อัลกอริธึม Forward/Backward แบบเข้มข้นเชิงคำนวณรองรับการทำงานหนักอย่างผิดปกติ
ภาระ

OPTIONS สำหรับ การระบุ DIE ALPHABET

ประเภทตัวอักษรของฐานข้อมูลเป้าหมาย (DNA หรือ RNA) จะถูกตรวจจับอัตโนมัติโดยค่าเริ่มต้น โดย
ดูจากองค์ประกอบของ . โดยปกติแล้วการตรวจจับอัตโนมัติจะค่อนข้างเชื่อถือได้ แต่
บางครั้งประเภทตัวอักษรอาจคลุมเครือและการตรวจจับอัตโนมัติอาจล้มเหลว (เช่น เมื่อ
ลำดับแรกเริ่มต้นด้วยอักขระคลุมเครือ) เพื่อหลีกเลี่ยงสิ่งนี้หรือเพื่อ
เพิ่มความแข็งแกร่งในไปป์ไลน์การวิเคราะห์อัตโนมัติ คุณสามารถระบุประเภทตัวอักษรของ
ด้วยตัวเลือกเหล่านี้

--ดีเอ็นเอ ระบุว่าลำดับทั้งหมดใน คือดีเอ็นเอ

--อาร์น่า ระบุว่าลำดับทั้งหมดใน คือ RNA

OPTIONS การควบคุม SEED SEARCH ฮิวริสติค

เมื่อค้นหาด้วย หืมอาจมีทางเลือกในการคำนวณล่วงหน้ารุ่นไบนารีของเป้าหมาย
ฐานข้อมูลโดยใช้ ทำแฮมเมอร์dbจากนั้นค้นหาจากฐานข้อมูลนั้น โดยใช้การตั้งค่าเริ่มต้น
สิ่งนี้ให้อัตราเร่งประมาณ 10 เท่าโดยสูญเสียความไวเล็กน้อยในการวัดประสิทธิภาพ
ทำได้โดยใช้วิธีการฮิวริสติกเพื่อค้นหาเมล็ดพันธุ์
รอบซึ่งการประมวลผลเต็มรูปแบบเสร็จสิ้น นี่เป็นการแทนที่ระยะ SSV โดยพื้นฐานแล้ว
(วิธีนี้ได้รับการทดสอบอย่างกว้างขวาง แต่ก็ยังควรได้รับการปฏิบัติบ้าง
ทดลอง) ตัวเลือกต่อไปนี้ส่งผลกระทบเท่านั้น หืม ถ้าค่าของ --รูปแบบ is
hmmerdb.

การเปลี่ยนแปลงพารามิเตอร์สำหรับขั้นตอนการค้นหาเมล็ดพันธุ์นี้จะส่งผลต่อทั้งความเร็วและความไว -
โดยทั่วไปการค้นหาที่เร็วขึ้นจะทำให้ความไวลดลง

--seed_max_deep
ขั้นตอนที่เมล็ดต้องการให้เมล็ดถึงคะแนนบิตที่กำหนดในความยาวไม่อีกต่อไป
กว่า . โดยค่าเริ่มต้น ค่านี้คือ 15 เมล็ดที่ยาวขึ้นช่วยให้มีโอกาสมากขึ้นของ
ตรงตามเกณฑ์คะแนนบิต นำไปสู่การกรองที่ลดลง (มากกว่า
ความไว เวลาทำงานช้าลง)

--seed_sc_thresh
เมล็ดพันธุ์ต้องถึงสกอร์ (เป็นบิต). ค่าเริ่มต้นคือ 15.0 บิต ที่สูงขึ้น
เกณฑ์เพิ่มความเข้มงวดในการกรอง ส่งผลให้รันไทม์เร็วขึ้นและลดลง
ความไว

--seed_sc_density
คำนำหน้าทั้งหมดหรือส่วนต่อท้ายทั้งหมดของเมล็ดต้องมีความหนาแน่นบิต (บิตต่อ
จัดตำแหน่ง) อย่างน้อย . ค่าเริ่มต้นคือ 0.8 บิต/ตำแหน่ง เพิ่มขึ้น
ในข้อกำหนดความหนาแน่นนำไปสู่ความเข้มงวดในการกรองที่เพิ่มขึ้น จึงทำงานได้เร็วขึ้น
ครั้งและความไวต่ำ

--seed_drop_max_len
เมล็ดอาจมีความยาวไม่มากนัก ที่คะแนนลดลง --seed_drop_lim
หรือมากกว่า. โดยพื้นฐานแล้วเมล็ดนี้จะตัดเมล็ดที่ผ่านเมล็ดที่มีเมล็ดเชิงลบเล็กน้อย
ส่วนขยาย ค่าดีฟอลต์คือ 4 การเพิ่มขีดจำกัดทำให้ (เล็กน้อย) ลดลง
ประสิทธิภาพการกรอง ทำให้เวลาทำงานช้าลงและมีความไวสูง (การปรับจูนเล็กน้อย
ตัวเลือก)

--seed_drop_lim
ในเมล็ดพืชอาจมีความยาวไม่มากนัก --seed_drop_max_len ซึ่งคะแนน
ลดลงโดย --seed_drop_lim. ค่าเริ่มต้นคือ 0.3 บิต ตัวเลขที่มากขึ้นหมายถึงน้อยลง
การกรอง (ตัวเลือกการปรับแต่งเล็กน้อย)

--seed_req_pos
เมล็ดพันธุ์ต้องมีอย่างน้อย แมตช์คะแนนบวก ค่าเริ่มต้นคือ
5. ค่าที่มากขึ้นหมายถึงการกรองที่เพิ่มขึ้น (ตัวเลือกการปรับแต่งเล็กน้อย)

--seed_ssv_length
หลังจากพบเมล็ดสั้นแล้ว การวางแนวที่ไม่มีการตัดจะขยายออกไปทั้งสองทิศทางใน
ความพยายามที่จะพบกับ --F1 เกณฑ์คะแนน บานหน้าต่างนี้ซึ่งไม่ได้ปิดไว้
การจัดตำแหน่งขยายคือความยาว . ค่าเริ่มต้นคือ 70 กำลังลดค่านี้
ลดเวลาการทำงานลงเล็กน้อย โดยมีความเสี่ยงเล็กน้อยที่ความไวจะลดลง (การปรับจูนเล็กน้อย
ตัวเลือก)

อื่น ๆ OPTIONS

--รูปแบบ
ยืนยันว่าไฟล์ฐานข้อมูลลำดับเป้าหมายอยู่ในรูปแบบ . รูปแบบที่ยอมรับ
ประกอบด้วย อดอาหาร, สัญลักษณ์, เกนแบงค์, dbj, ยูนิโปร, สตอกโฮล์ม, แพม, a2m, คุณปู่และ
ฮึมเมอร์เอฟเอ็ม. ค่าเริ่มต้นคือการตรวจหารูปแบบของไฟล์โดยอัตโนมัติ รูปแบบ ฮึมเมอร์เอฟเอ็ม
แสดงว่าไฟล์ฐานข้อมูลเป็นไฟล์ไบนารีที่สร้างโดยใช้ ทำแฮมเมอร์db (นี้
รูปแบบไม่ถูกตรวจจับอัตโนมัติในขณะนี้)

--qรูปแบบ
ประกาศว่าอินพุต อยู่ในรูปแบบ . ใช้เมื่อแบบสอบถาม
เป็นแบบตามลำดับ แทนที่จะประกอบด้วยโมเดลโปรไฟล์ ปัจจุบันได้รับการยอมรับ
รูปแบบไฟล์ลำดับการจัดตำแหน่งหลายรูปแบบ ได้แก่ Stockholm, Aligned FASTA, Clustal,
NCBI PSI-BLAST, PHYLIP, Selex และ UCSC SAM A2M ค่าเริ่มต้นคือการตรวจหาอัตโนมัติ
รูปแบบของไฟล์.

--ไม่มีค่าว่าง2
ปิดการแก้ไขคะแนน null2 สำหรับองค์ประกอบที่ลำเอียง

-Z สำหรับวัตถุประสงค์ในการคำนวณค่า E ต่อ Hit ให้ยืนยันว่าขนาดรวมของ
ฐานข้อมูลเป้าหมายคือ ล้านนิวคลีโอไทด์ มากกว่าจำนวนจริงของ
เป้าหมายที่เห็น

--เมล็ด
ตั้งค่าเมล็ดสุ่มเลขเป็น . บางขั้นตอนในการประมวลผลภายหลังต้องใช้ Monte
การจำลองคาร์โล ค่าเริ่มต้นคือการใช้เมล็ดพันธุ์คงที่ (42) เพื่อให้ผลลัพธ์เป็น
ทำซ้ำได้อย่างแน่นอน จำนวนเต็มบวกอื่น ๆ จะให้ความแตกต่าง (แต่ยัง
ทำซ้ำได้) ผลลัพธ์ ตัวเลือก 0 ใช้เมล็ดพันธุ์ที่เลือกแบบสุ่ม

--w_beta
มวลหางความยาวหน้าต่าง ขอบเขตบน, W, ในความยาวที่ nhmmer คาดหวัง
เพื่อหาตัวอย่างของแบบจำลองที่กำหนดให้เศษส่วนของลำดับทั้งหมด
สร้างโดยโมเดลที่มีความยาว >= W น้อยกว่า . ค่าเริ่มต้นคือ 1e-7
แฟล็กนี้อาจใช้เพื่อแทนที่ค่าของ W จัดตั้งขึ้นสำหรับโมเดลโดย
อืมสร้างหรือเมื่อแบบสอบถามเป็นแบบตามลำดับ

--w_length
แทนที่ขอบเขตบนของความยาวอินสแตนซ์ของโมเดล Wซึ่งถูกควบคุมโดย
--w_beta. ควรใหญ่กว่าความยาวของรุ่น คุณค่าของ W ใช้อย่างล้ำลึก
ในท่อเร่งและการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยจะไม่ส่งผลกระทบต่อผลลัพธ์
(แม้ว่าค่า W ทำให้เวลาทำงานนานขึ้น) แฟล็กนี้อาจใช้เพื่อ
แทนที่ค่าของ W จัดตั้งขึ้นสำหรับโมเดลโดย อืมสร้างหรือเมื่อแบบสอบถามคือ
ตามลำดับ

--toponly
ค้นหาเฉพาะสาระด้านบน โดยค่าเริ่มต้นทั้งลำดับการสืบค้นและการย้อนกลับ
มีการค้นหาส่วนเติมเต็ม

--ด้านล่างเท่านั้น
ค้นหาเฉพาะเกลียวด้านล่าง (ส่วนเสริมย้อนกลับ) โดยค่าเริ่มต้นทั้งแบบสอบถาม
ลำดับและองค์ประกอบย้อนกลับจะถูกค้นหา

--ซีพียู
ตั้งค่าจำนวนเธรดของผู้ปฏิบัติงานแบบขนานเป็น . ตามค่าเริ่มต้น HMMER จะตั้งค่านี้เป็น
จำนวนคอร์ CPU ที่ตรวจพบในเครื่องของคุณ นั่นคือพยายามขยายให้ใหญ่สุด
การใช้คอร์โปรเซสเซอร์ที่มีอยู่ของคุณ การตั้งค่า สูงกว่าจำนวน
คอร์ที่มีอยู่นั้นมีค่าเพียงเล็กน้อย แต่คุณอาจต้องการตั้งค่าเป็นบางอย่าง
น้อย. คุณยังสามารถควบคุมตัวเลขนี้ได้โดยการตั้งค่าตัวแปรสภาพแวดล้อม
HMMER_NCPU.

ตัวเลือกนี้จะใช้ได้ก็ต่อเมื่อ HMMER ถูกคอมไพล์ด้วยการสนับสนุนเธรด POSIX
นี่เป็นค่าเริ่มต้น แต่อาจถูกปิดในขณะรวบรวมสำหรับไซต์ของคุณ
หรือเครื่องด้วยเหตุผลบางอย่าง

--แผงลอย
สำหรับการดีบักเวอร์ชันต้นแบบ/ผู้ปฏิบัติงานของ MPI: หยุดชั่วคราวหลังจากเริ่มต้น เพื่อเปิดใช้งาน
นักพัฒนาเพื่อแนบดีบักเกอร์กับมาสเตอร์และกระบวนการของผู้ปฏิบัติงาน ส่ง
SIGCONT สัญญาณเพื่อปล่อยการหยุดชั่วคราว (ภายใต้ gdb: (gdb) สัญญาณ ซิกคอน) (เท่านั้น
ใช้ได้หากเปิดใช้งานการรองรับ MPI เสริมในเวลาคอมไพล์)

--mpi เรียกใช้ในโหมดต้นแบบ/ผู้ปฏิบัติงานของ MPI โดยใช้ มปีรัน. (ใช้ได้เฉพาะในกรณีที่ MPI . เป็นทางเลือก
เปิดใช้งานการสนับสนุนในเวลาคอมไพล์)

ใช้ nhmmer ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net