plastimatch - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

plastimatch - ลงทะเบียน แปลง บิดเบี้ยว หรือปรับแต่งรูปภาพ

เรื่องย่อ

พลาสติแมตช์ คำสั่ง [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

โปรแกรม plastimatch ใช้สำหรับการทำงานที่หลากหลายบนภาพ 2D หรือ 3D
รวมถึงการลงทะเบียนรูปภาพ การบิดเบี้ยว การสุ่มตัวอย่างซ้ำ และการแปลงรูปแบบไฟล์ แบบฟอร์ม
ของตัวเลือกขึ้นอยู่กับคำสั่งที่ให้ไว้ รายการคำสั่งที่เป็นไปได้สามารถดูได้
เพียงพิมพ์ "plastimatch" โดยไม่มีอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งเพิ่มเติม:

$ พลาสติแมตช์
พลาสติแมตช์ เวอร์ชัน 1.6.0-เบต้า (5023)
การใช้งาน: คำสั่ง plastimatch [ตัวเลือก]
คำสั่ง:
เพิ่ม ปรับ ครอบตัดขอบเฉลี่ย
เปรียบเทียบเขียน แปลงลูกเต๋า diff
dmap dvh เติมตัวกรอง gamma
ส่วนหัว jacobian mabs หน้ากาก โพรบ
ลงทะเบียน resample ขนาดมาตราส่วนสถิติ
synth synth-vf เกณฑ์ภาพขนาดย่อยูเนี่ยน
วิปริต xf-convert

สำหรับการใช้งานโดยละเอียดของคำสั่งเฉพาะ ให้พิมพ์:
คำสั่งพลาสติแมทช์

พลาสติมัต เพิ่ม

เค้ก เพิ่ม คำสั่งใช้เพื่อเพิ่มหนึ่งภาพขึ้นไปเข้าด้วยกันและสร้างภาพที่ส่งออก
การมีส่วนร่วมของภาพที่ป้อนสามารถให้น้ำหนักด้วยเวกเตอร์น้ำหนัก

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch เพิ่ม [ตัวเลือก] input_file [input_file ...]
ตัวเลือก:
--average สร้างไฟล์เอาต์พุตซึ่งเป็นค่าเฉลี่ยของ
ไฟล์อินพุต (หากไม่มีการระบุน้ำหนัก) หรือ
คูณน้ำหนักด้วย 1/n
--เอาท์พุท ภาพที่ส่งออก
--น้ำหนัก ระบุเวกเตอร์ของน้ำหนัก ภาพเป็น
คูณด้วยน้ำหนักก่อนบวก
ค่า

ตัวอย่าง
เพื่อรวมไฟล์ 01.mha, 02.mha และ 03.mha เข้าด้วยกัน และบันทึกผลลัพธ์ในไฟล์
output.mha คุณสามารถเรียกใช้คำสั่งต่อไปนี้:

เพิ่ม plastimatch --output output.mha 01.mha 02.mha 03.mha

หากคุณต้องการให้ output.mha เป็น 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha คุณควร
ทำเช่นนี้:

พลาสติแมทช์เพิ่ม \
--เอาท์พุท output.mha \
--น้ำหนัก "2 0.5 0.1" \
01.มา 02.มา 03.มา

พลาสติมัต ปรับ

เค้ก ปรับ คำสั่งใช้เพื่อปรับค่าความเข้มภายในภาพ การปรับตัว
การดำเนินงานที่มีอยู่คือการตัดทอนและการปรับขนาดเชิงเส้น

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ปรับ plastimatch [ตัวเลือก]
จำเป็นต้องใช้:
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์
--เอาท์พุท ภาพที่ส่งออก
ตัวเลือก:
--pw-เชิงเส้น สตริงที่เป็นเส้นตรงทีละชิ้น
แมปจากค่าอินพุตไปยังค่าเอาต์พุต
ในรูปแบบ "in1,out1,in2,out2,..."

คำสั่งปรับสามารถใช้เพื่อทำการปรับเชิงเส้นทีละชิ้นของภาพได้
ความเข้ม ตัวเลือก --pw-linear ใช้เพื่อสร้างการแมปจากความเข้มของอินพุต
เพื่อส่งออกความเข้ม ความเข้มอินพุตในเส้นโค้งต้องเพิ่มขึ้นจากซ้ายเป็น
ขวาในสตริง แต่ความเข้มของเอาต์พุตเป็นกฎเกณฑ์

ความเข้มของอินพุตต่ำกว่าคู่แรกหรือหลังจากคู่สุดท้ายแปลงโดย
การประมาณความโค้งออกไปเป็นอนันต์โดยมีความชัน +1 ความชันที่แตกต่างกันอาจเป็น
ระบุค่าอินฟินิตี้บวกหรือลบโดยระบุค่าอินพุตพิเศษของ
-inf และ +inf ในกรณีนี้ ตัวเลขที่สองในคู่คือความชันของเส้นโค้ง ไม่ใช่
ความเข้มของเอาต์พุต

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้จะเพิ่ม 100 ให้กับ voxels ทั้งหมดในรูปภาพ:

ปรับพลาสติก \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--pw-เชิงเส้น "0,100"

คำสั่งต่อไปนี้ทำสิ่งเดียวกัน แต่มีข้อกำหนดที่ชัดเจนของความชันใน
พื้นที่การคาดการณ์:

ปรับพลาสติก \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--pw-เชิงเส้น "-inf,1,0,100,inf,1"

คำสั่งต่อไปนี้จะตัดอินพุตให้อยู่ในช่วง [-1000,+1000]:

ปรับพลาสติก \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

พลาสติมัต เฉลี่ย

เค้ก เฉลี่ย คำสั่งใช้เพื่อคำนวณค่าเฉลี่ย (ถ่วงน้ำหนัก) ของภาพอินพุตหลายภาพ
เหมือนกับพลาสติแมตช์ เพิ่ม คำสั่งโดยระบุตัวเลือก --average
โปรดดูที่ พลาสติแมตช์ เพิ่ม สำหรับรายการอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่ง

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้จะคำนวณค่าเฉลี่ยของภาพอินพุตสามภาพ:

ค่าเฉลี่ยพลาสติแมทช์ \
--outputoutfile.nrrd \
01.มา 02.มา 0.3.มา

พลาสติมัต ออโต้ลาเบล

เค้ก ป้ายกำกับอัตโนมัติ คำสั่งเป็นโปรแกรมทดลองที่ใช้การเรียนรู้ของเครื่องเพื่อระบุ
กระดูกสันหลังส่วนทรวงอกในการสแกน CT

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ฉลากอัตโนมัติ plastimatch [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
-h, --help แสดงข้อความช่วยเหลือนี้
--ป้อนข้อมูล ใส่ชื่อไฟล์รูปภาพ (จำเป็น)
--เครือข่าย ป้อนชื่อไฟล์เครือข่ายที่ได้รับการฝึกอบรม (จำเป็น)
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์เอาต์พุต csv (จำเป็น)

พลาสติมัต เขตแดน

เค้ก เขตแดน คำสั่งรับอิมเมจป้ายกำกับไบนารีเป็นอินพุต และสร้างอิมเมจของ
ขอบเขตของภาพเป็นผลลัพธ์ ขอบเขตถูกกำหนดเป็น voxels ภายใน label
ซึ่งมีว็อกเซลข้างเคียงอยู่นอกฉลาก

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ขอบเขต plastimatch [ตัวเลือก] input_file
จำเป็นต้องใช้:
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์สำหรับภาพที่ส่งออก

พลาสติมัต การเพาะปลูก

เค้ก พืชผล คำสั่งครอบตัดส่วนสี่เหลี่ยมของไฟล์อินพุตและบันทึกส่วนนั้น
ไปยังไฟล์ที่ส่งออก การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: พืช plastimatch [ตัวเลือก]
จำเป็นต้องใช้:
--input=image_in
--output=image_out
--voxels="x-min x-max y-min y-max z-min z-max" (จำนวนเต็ม)

voxels ถูกสร้างดัชนีโดยเริ่มจากศูนย์ กล่าวอีกนัยหนึ่งถ้าขนาดของภาพคือ M
imes N imes P ค่า x ควรอยู่ในช่วงระหว่าง 0 ถึง M-1

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้เลือกขอบเขตขนาด 10 imes 10 imes 10 ด้วย voxel . ตัวแรก
ของภาพที่ส่งออกอยู่ที่ตำแหน่ง (5,8,12) ของภาพที่นำเข้า:

พืชพลาสติแมทช์ \
--inputin.mha \
--output out.mha \
--voxels "5 14 8 17 12 21"

พลาสติมัต เปรียบเทียบ

เค้ก เปรียบเทียบ คำสั่งเปรียบเทียบสองไฟล์โดยลบไฟล์หนึ่งออกจากอีกไฟล์หนึ่งและ
การรายงานสถิติภาพความแตกต่าง ไฟล์อินพุตทั้งสองต้องมีเหมือนกัน
เรขาคณิต (จุดเริ่มต้น ขนาด และระยะห่างของว็อกเซล) การใช้บรรทัดคำสั่งถูกกำหนดเป็น
ดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch เปรียบเทียบ image_in_1 image_in_2

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้ลบ synth_2 ออกจาก synth_1 และรายงานสถิติ:

$ plastimatch เปรียบเทียบ synth_1.mha synth_2.mha
ขั้นต่ำ -558.201904 AVE 7.769664 สูงสุด 558.680847
แม่ 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 น. 54872

สถิติที่รายงานถูกตีความดังนี้:

ค่าต่ำสุดของค่าความแตกต่างของภาพ
AVE ค่าเฉลี่ยของภาพที่แตกต่าง
MAX ค่าสูงสุดของภาพที่แตกต่าง
แม่ ค่าเฉลี่ยของภาพความแตกต่าง
MSE หมายถึงความแตกต่างกำลังสองระหว่างรูปภาพ
DIF จำนวนพิกเซลที่มีความเข้มต่างกัน
NUM จำนวน voxels ทั้งหมดในภาพที่ต่างกัน

พลาสติมัต แต่งเพลง

เค้ก แต่ง คำสั่งใช้สำหรับสร้างสองการแปลง การใช้บรรทัดคำสั่งถูกกำหนดเป็น
ดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch เขียน file_1 file_2 outfile

หมายเหตุ: ใช้ file_1 ก่อน จากนั้นจึงใช้ file_2
outfile = file_2 หรือ file_1
x -> x + file_2(x + file_1(x))

การแปลงสามารถเป็นประเภทใดก็ได้ รวมถึงการแปล เข้มงวด สัมพันธ์ itk B-spline
ฟิลด์ B-spline ดั้งเดิมหรือฟิลด์เวกเตอร์ ไฟล์เอาต์พุตจะเป็นฟิลด์เวกเตอร์เสมอ

มีข้อจำกัดเพิ่มเติมว่าไฟล์อินพุตอย่างน้อยหนึ่งไฟล์ต้องเป็น a
ฟิลด์ B-spline หรือเวกเตอร์ดั้งเดิม จำเป็นต้องมีข้อจำกัดนี้เพราะนั่นคือวิธีที่
เลือกความละเอียดและระยะห่าง voxel ของฟิลด์เวกเตอร์เอาต์พุต

ตัวอย่าง
สมมติว่าเราต้องการเขียนการแปลงแบบเข้มงวด (rigid.tfm) ด้วยฟิลด์เวกเตอร์ (vf.mha)
เพื่อให้การแปลงผลลัพธ์เทียบเท่ากับการใช้การแปลงแบบแข็งก่อนและ
สนามเวกเตอร์ที่สอง

plastimatch เขียน rigid.tfm vf.mha แต่ง_vf.mha

พลาสติมัต แปลง

เค้ก แปลง คำสั่งที่ใช้ในการแปลงไฟล์จากรูปแบบหนึ่งไปเป็นรูปแบบอื่น เป็นส่วนหนึ่ง
ของกระบวนการแปลงก็สามารถใช้การแปลงทางเรขาคณิต (เชิงเส้นหรือแบบเปลี่ยนรูปได้)
ไปยังภาพที่ป้อน ในความเป็นจริง, แปลง เป็นเพียงนามแฝงสำหรับ วิปริต คำสั่ง

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: แปลงพลาสติก [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--อัลกอริทึม อัลกอริธึมที่ใช้สำหรับการบิดเบี้ยวเช่นกัน
"itk" หรือ "native" ค่าเริ่มต้นคือ native
--ctatts ไฟล์แอตทริบิวต์ ct (ใช้โดย dij warper)
--default-value ค่าที่ตั้งไว้สำหรับพิกเซลที่ไม่ทราบค่า
ค่า ค่าเริ่มต้นคือ 0
--dicom-with-uid ตั้งค่าเป็นเท็จเพื่อลบ uid ออกจาก created
ชื่อไฟล์ dicom ค่าเริ่มต้นคือ true
--dif dif ไฟล์ (ใช้โดย dij warper)
--ติ่ม ขนาดของภาพที่ส่งออกเป็น voxels "x [yz]"
--direction-โคไซน์
การวางแนวของแกน x, y และ z; ระบุ
ทั้งค่าที่ตั้งไว้ล่วงหน้า
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} หรือ 9
สตริงเมทริกซ์หลัก "abcdefghi"
--ขนาดยา ปรับขนาดยาตามค่านี้
--แก้ไขแล้ว ภาพคงที่ (จับคู่ขนาดเอาต์พุตกับสิ่งนี้
ภาพ)
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์; สามารถเป็น
ภาพ, ไฟล์ชุดโครงสร้าง (cxt or
dicom-rt), ไฟล์โดส (dicom-rt,
monte-carlo หรือ xio), ไดเร็กทอรี dicom หรือ
ไดเร็กทอรี xio
--input-cxt ป้อนไฟล์ cxt
--input-dose-ast ป้อนปริมาณปริมาณแอสทรอยด์
--input-dose-img ใส่ปริมาณยา
--input-dose-mc ป้อนปริมาณมอนติคาร์โล
--input-dose-xio ป้อนปริมาณปริมาณ xio
--อินพุต-คำนำหน้า ป้อนไดเร็กทอรีของชุดโครงสร้าง
ภาพ (หนึ่งภาพต่อไฟล์)
--input-ss-img ใส่ไฟล์ภาพชุดโครงสร้าง
--input-ss-list ป้อนไฟล์รายการโครงสร้างชุด
มีชื่อและสี
--การแก้ไข การแก้ไขเพื่อใช้เมื่อสุ่มตัวอย่าง
ทั้ง "nn" สำหรับเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดหรือ
"เชิงเส้น" สำหรับไตรเชิงเส้น ค่าเริ่มต้นคือ
เชิงเส้น
--ข้อมูลเมตา ข้อมูลเมตาของผู้ป่วย (คุณอาจใช้สิ่งนี้
ตัวเลือกหลาย ๆ ครั้ง) ตัวเลือกที่เขียน
เป็น "XXXX,YYYY=string"
--modality ข้อมูลเมตาของกิริยา: เช่น {CT, MR, PT},
ค่าเริ่มต้นคือ CT
--ต้นทาง ตำแหน่งของ voxel ภาพแรกในหน่วย mm "xy
z"
--output-colormap สร้างไฟล์ colormap ที่สามารถใช้ได้
ด้วยตัวแบ่งส่วนข้อมูล 3 มิติ
--output-cxt ส่งออกไฟล์ชุดโครงสร้างรูปแบบ cxt
--output-dicom สร้างไดเร็กทอรีที่มี dicom และ
ไฟล์ dicom-rt
--output-dij สร้างไฟล์ dij matrix
--output-dose-img สร้างปริมาณภาพปริมาณ
--output-img ภาพที่ส่งออก; สามารถเป็น mha, mhd, nii,
nrrd หรือรูปแบบอื่นที่รองรับโดย ITK
--output-labelmap สร้างภาพชุดโครงสร้างด้วยแต่ละ
voxel ถูกระบุว่าเป็นโครงสร้างเดียว
--output-pointset สร้างไฟล์ pointset ที่สามารถใช้ได้
ด้วยตัวแบ่งส่วนข้อมูล 3 มิติ
--output-คำนำหน้า สร้างไดเร็กทอรีด้วยรูปภาพแยกต่างหาก
สำหรับแต่ละโครงสร้าง
--output-prefix-fcsv
สร้างไดเร็กทอรีด้วย fcsv . แยกต่างหาก
ไฟล์ pointset สำหรับแต่ละโครงสร้าง
--output-ss-img สร้างภาพชุดโครงสร้างซึ่ง
ช่วยให้โครงสร้างที่ทับซ้อนกัน
--output-ss-list สร้างไฟล์รายการชุดโครงสร้าง
มีชื่อและสี
--output-type ประเภทของภาพที่ส่งออก หนึ่งใน {uchar
สั้น ลอย ...}
--output-vf สร้างฟิลด์เวกเตอร์จากอินพุต xf
--output-xio สร้างไดเร็กทอรีที่มี xio-format
ไฟล์
--ผู้ป่วย-id ข้อมูลเมตา ID ผู้ป่วย: string
--ชื่อผู้ป่วย ข้อมูลเมตาชื่อผู้ป่วย: string
--ผู้ป่วย-pos ข้อมูลเมตาของตำแหน่งผู้ป่วย: หนึ่งใน
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--prefix-รูปแบบ รูปแบบไฟล์ของโครงสร้างแรสเตอร์
ไม่ว่าจะเป็น "mha" หรือ "nrrd"
--prune-empty ลบโครงสร้างว่างออกจากเอาต์พุต
--referenced-ct ไดเร็กทอรี dicom ที่ใช้ตั้งค่า UID และ
เมตาดาต้า
--series-description
ข้อมูลเมตาของคำอธิบายซีรีส์: string
--simplify-perc ลบ เปอร์เซ็นต์ของจุดยอด
จากเส้นผลลัพธ์ polylines
--ระยะห่าง ระยะห่าง voxel ในหน่วย mm "x [yz]"
--version แสดงเวอร์ชันของโปรแกรม
--xf การแปลงอินพุตใช้เพื่อบิดภาพ
--xor-contours เส้นขอบที่ทับซ้อนกันควรเป็น xor'd
แทน or'd

ตัวอย่าง
ตัวอย่างแรกสาธิตวิธีการแปลงโวลุ่ม DICOM เป็น NRRD DICOM ภาพ
ที่ประกอบด้วยไดรฟ์ข้อมูลจะต้องเก็บไว้ในไดเร็กทอรีเดียวซึ่งสำหรับตัวอย่างนี้คือ
เรียกว่า "ไดคอมอินดีร์" เนื่องจากไม่ได้ระบุตัวเลือก --output-type ดังนั้น output
จะถูกจับคู่กับชนิดของโวลุ่ม DICOM อินพุต รูปแบบของไฟล์ที่ส่งออก
(NRRD) กำหนดจากนามสกุลไฟล์

แปลงพลาสติก \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd

ตัวอย่างนี้แปลงประเภทของความเข้มของภาพเป็นลอย

แปลงพลาสติก \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
- โฟลตชนิดเอาท์พุต

ตัวอย่างต่อไปจะแสดงวิธีการสุ่มตัวอย่างภาพที่ส่งออกไปเป็นรูปทรงอื่น ดิ
--origin option กำหนดตำแหน่งของ (ศูนย์กลางของ) voxel แรกของภาพ the
--dim ตัวเลือกกำหนดจำนวนของ voxels และ --spacing ตัวเลือกกำหนดระยะห่างระหว่าง
ว็อกเซล หน่วยต้นทางและระยะห่างจะถือว่าหน่วยเป็นมิลลิเมตร

แปลงพลาสติก \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--กำเนิด "-200 -200 -165" \
--ติ่มซำ "250 250 110" \
--ระยะห่าง "2 2 2.5"

โดยทั่วไป การระบุเรขาคณิตของไฟล์เอาท์พุตด้วยตนเองเป็นเรื่องที่น่าเบื่อ ถ้า
คุณต้องการจับคู่รูปทรงเรขาคณิตของไฟล์เอาต์พุตกับไฟล์ที่มีอยู่ คุณสามารถทำได้
โดยใช้ตัวเลือก --fixed

แปลงพลาสติก \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--fixed Reference.nrrd

ตัวอย่างต่อไปนี้แสดงวิธีการแปลงไฟล์ชุดโครงสร้าง DICOM RT เป็นรูปภาพโดยใช้
ตัวเลือก --output-ss-img เนื่องจากโครงสร้างใน DICOM RT เป็นโพลีไลน์ จึงเป็น
แรสเตอร์เพื่อสร้างภาพ voxels ของภาพที่ส่งออกเป็นจำนวนเต็ม 32 บิตโดยที่
บิตที่ i^th ของจำนวนเต็มแต่ละตัวมีค่าหนึ่งถ้า voxel อยู่ในค่าที่สอดคล้องกัน
โครงสร้าง และค่าศูนย์ถ้า voxel อยู่นอกโครงสร้าง ชื่อโครงสร้าง
ถูกเก็บไว้ในไฟล์แยกต่างหากโดยใช้ตัวเลือก --output-ss-list

แปลงพลาสติก \
--input โครงสร้าง.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-รายการ outfile.txt

ในตัวอย่างก่อนหน้านี้ ไม่ได้ระบุรูปทรงของไฟล์เอาต์พุต เมื่อ
เรขาคณิตของชุดโครงสร้าง DICOM RT ไม่ได้ระบุไว้ แต่จะถือว่าตรงกับรูปทรงเรขาคณิต
ของภาพ DICOM CT ที่เชื่อมโยงกับเส้นขอบ หากอิมเมจ DICOM CT ที่เกี่ยวข้องคือ
ในไดเร็กทอรีเดียวกันกับไฟล์ชุดโครงสร้างจะพบโดยอัตโนมัติ
มิฉะนั้น เราต้องบอก plastimatch ว่ามันอยู่ที่ไหนด้วย --dicom-dir ตัวเลือก

แปลงพลาสติก \
--input โครงสร้าง.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-รายการ outfile.txt \
--dicom-dir ../ct-ไดเรกทอรี

พลาสติมัต ลูกเต๋า

พลาสติแมตช์ ลูกเต๋า เปรียบเทียบภาพฉลากไบนารีโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์ลูกเต๋า Hausdorff
ระยะทางหรือระยะทางเฉลี่ยของเส้นขอบ อิมเมจอินพุตถือเป็นบูลีน โดยที่
ค่าที่ไม่ใช่ศูนย์หมายความว่า voxel อยู่ภายในโครงสร้างและค่าศูนย์หมายความว่า
voxel อยู่นอกโครงสร้าง

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch dice [ตัวเลือก] การทดสอบรูปภาพอ้างอิง - image
ตัวเลือก:
--All Compute Dice, Hausdorff และ contour mean
ระยะทาง (เทียบเท่ากับ --dice --hausdorff
--contour-หมายถึง)
--contour-mean คำนวณระยะทางเฉลี่ยของเส้นขอบ
--dice คำนวณค่าสัมประสิทธิ์ลูกเต๋า (ค่าเริ่มต้น)
--hausdorff คำนวณระยะทาง Hausdorff และค่าเฉลี่ยHausdorff
ระยะทาง

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้คำนวณสถิติทั้งสามสำหรับ mask1.mha และ mask2.mha:

ลูกเต๋าพลาสติก --all mask1.mha mask2.mha

พลาสติมัต ความแตกต่าง

พลาสติแมตช์ diff คำสั่งลบภาพหนึ่งออกจากอีกภาพหนึ่งและบันทึกผลลัพธ์เป็นa
ภาพใหม่ ไฟล์อินพุตสองไฟล์ต้องมีรูปทรงเดียวกัน (จุดเริ่มต้น ขนาด และ voxel
ระยะห่าง)

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch diff image_in_1 image_in_2 image_out

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้คำนวณ file1.nrrd ลบ file2.nrrd และบันทึกผลลัพธ์เป็น
outfile.nrrd:

พลาสติแมตช์ diff file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd

พลาสติมัต ดีแม็ป

พลาสติแมตช์ ดีแมป คำสั่งใช้อิมเมจป้ายกำกับไบนารีเป็นอินพุต และสร้างระยะห่าง
ภาพแผนที่เป็นผลลัพธ์ ภาพที่ส่งออกมีรูปทรงของภาพเหมือนกัน (ที่มา
ขนาด, ระยะห่าง voxel) เป็นภาพอินพุต

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: dmap plastimatch [ตัวเลือก]
จำเป็นต้องใช้:
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์
--เอาท์พุท ภาพที่ส่งออก
ตัวเลือก:
--อัลกอริทึม สตริงที่ระบุอัลกอริทึมที่ใช้
สำหรับการคำนวณแผนที่ระยะทางด้วย
"เมาเร่อ" "แดเนียลสัน" หรือ "อิทเค-แดเนียลสัน"
(ค่าเริ่มต้นคือ "แดเนียลสัน")
--inside-positive voxels ภายในโครงสร้างควรเป็น
บวก (โดยค่าเริ่มต้นจะเป็นค่าลบ)
--maximum-ระยะทาง
voxels ที่มีระยะทางมากกว่านี้
ตัวเลขจะมีระยะตัดทอนเป็น
หมายเลขนี้
--squared-distance ส่งคืนระยะทางกำลังสองแทน
ระยะทาง

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้คำนวณไฟล์แผนที่ระยะทาง dmap.nrrd จากอิมเมจ labelmap ไบนารี
label.nrrd.:

plastimatch dmap -- อินพุต label.nrrd -- เอาต์พุต dmap.nrrd

พลาสติมัต DRR

คำสั่งนี้อยู่ระหว่างการก่อสร้าง

พลาสติมัต สวพ

เค้ก ดว คำสั่งสร้างฮิสโทแกรมค่าโดส (DVH) จากภาพขนาดยาและโครงสร้างที่กำหนด
ตั้งค่ารูปภาพ การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch dvh [ตัวเลือก]
--input-ss-img ไฟล์
--input-ss-ไฟล์รายการ
--input-dose ไฟล์
--output-csv ไฟล์
--input-หน่วย {gy,cgy}
--สะสม
--num-ถังขยะ
--bin-ความกว้าง

อินพุตที่จำเป็นคือ --input-dose, --input-ss-img, --input-ss-list และ --output-csv
หน่วยของปริมาณอินพุตต้องเป็น Gy หรือ cGy ค่าถัง DVH จะถูกสร้างขึ้น
สำหรับโครงสร้างทั้งหมดที่พบในไฟล์ชุดโครงสร้าง ผลลัพธ์จะถูกสร้างขึ้นเป็น
ไฟล์สเปรดชีตรูปแบบ ASCII csv ซึ่งอ่านได้จาก OpenOffice.org หรือ Microsoft Excel

ค่าเริ่มต้นคือฮิสโตแกรมที่แตกต่างกัน (มาตรฐาน) แทนที่จะเป็น DVH สะสมซึ่ง
พบได้บ่อยในการรักษาด้วยรังสี ในการสร้าง DVH สะสม ให้ใช้ตัวเลือก --cumulative

ค่าเริ่มต้นคือการสร้าง 256 ถังขยะ แต่ละถังมีความกว้าง 1 Gy คุณสามารถปรับค่าเหล่านี้ได้
โดยใช้ตัวเลือก --num-bins และ --bin-width

ตัวอย่าง
ในการสร้าง DVH สำหรับเศษส่วน 2 Gy เดียว เราอาจเลือก 250 ถังขยะแต่ละอันที่มีความกว้าง 1
ซีจี หากระบุปริมาณอินพุตใน cGy แล้ว คุณจะใช้คำสั่งต่อไปนี้:

พลาสติแมทช์ dvh \
--input-ss-img โครงสร้าง.mha \
--input-ss-list โครงสร้าง.txt \
--input-dose dose.mha \
--output-csv dvh.csv \
--input-หน่วย cgy \
--จำนวนถัง 250 \
--bin-กว้าง1

พลาสติมัต FILL

เค้ก ใส่ คำสั่งใช้เพื่อเติมขอบเขตภาพด้วยความเข้มคงที่ ศาสนา
เติมถูกกำหนดโดยไฟล์มาสก์โดยมี voxels ที่มีความเข้มไม่เป็นศูนย์ในอิมเมจมาสก์
กำลังถูกเติมเต็ม

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: เติมพลาสติก [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์; เป็นภาพได้
หรือไดคอมไดคอม
--หน้ากาก ใส่ชื่อไฟล์สำหรับภาพมาสก์
--mask-value ค่าที่ตั้งไว้สำหรับพิกเซลภายในมาสก์ (for
"เติม") หรือนอกหน้ากาก (สำหรับ "มาส์ก"
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์เอาต์พุต (สำหรับไฟล์รูปภาพ) หรือไดเร็กทอรี
(สำหรับไดคอม)
--output-รูปแบบ arg ควรเป็น "dicom" สำหรับเอาต์พุต dicom
--output-type ประเภทของภาพที่ส่งออก หนึ่งใน {uchar สั้น
ลอย, ...}

ตัวอย่าง
สมมติว่าเรามีไฟล์ prostate.nrrd ซึ่งเป็นศูนย์นอกต่อมลูกหมาก และไม่ใช่ศูนย์
ภายในต่อมลูกหมาก เราสามารถเติมต่อมลูกหมากได้ 1000 ขณะออก
บริเวณที่ไม่ใช่ต่อมลูกหมากที่มีความเข้มข้นเดิมโดยใช้คำสั่งต่อไปนี้

พลาสติแมช ฟิลล์ \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--mask-value 1000 \
--mask ต่อมลูกหมาก.nrrd

พลาสติมัต FILTER

เค้ก กรอง คำสั่งใช้ตัวกรองกับภาพอินพุต และสร้างภาพที่กรองเป็นของมัน
เอาท์พุท ตัวกรองสามารถเป็นแบบในตัวหรือแบบกำหนดเองก็ได้

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ตัวกรอง plastimatch [ตัวเลือก] input_image
ตัวเลือก:
--gabor-k-fib เลือกทิศทางกาบอร์ที่ดัชนี i ภายใน
เกลียวฟีโบนักชีความยาว n; ระบุเป็น
"ใน" โดยที่ i และ n เป็นจำนวนเต็ม และ i คือ
ระหว่าง 0 ถึง n-1
--gauss-ความกว้าง ความกว้าง (มม.) ของ Gaussian สม่ำเสมอ
ตัวกรองปรับให้เรียบ
--เคอร์เนล ชื่อไฟล์ภาพเคอร์เนล
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์ภาพที่ส่งออก
--output-เคอร์เนล ชื่อไฟล์เคอร์เนลเอาต์พุต
--ลวดลาย ประเภทตัวกรอง: {gabor, gauss, kernel},
ค่าเริ่มต้นคือเกาส์

ตัวกรองในตัวที่รองรับคือ "gabor" และ "gauss" สำหรับ Gaussian ความกว้างของ
สามารถควบคุม Gaussian ได้โดยใช้ตัวเลือก --gauss-width ตัวกรอง Gabor อยู่ในขณะนี้
จำกัดเฉพาะการเลือกทิศทางของตัวกรองโดยอัตโนมัติ ซึ่งเว้นระยะเท่าๆ กันบน
หน่วยทรงกลม ตัวกรองแบบกำหนดเองถูกระบุโดยการจัดหาไฟล์เคอร์เนล ซึ่งก็คือ
บิดเบี้ยวไปกับภาพ

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้จะสร้างภาพที่กรองแล้วจากตัวกรอง gabor ตัวแรกภายใน a
ธนาคาร 10 ตัวกรอง:

ตัวกรอง plastimatch --pattern gabor การทดสอบ/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --output g-05.mha

พลาสติมัต แกมมา

เค้ก แกมมา คำสั่งเปรียบเทียบภาพสองภาพโดยใช้เกณฑ์แกมมาที่เรียกว่า แกมมา
เกณฑ์ระบุว่ารูปภาพมีความคล้ายคลึงกันที่ตำแหน่ง Givel ภายในรูปภาพอ้างอิง
หากมีว็อกเซลที่มีความเข้มใกล้เคียงกันในภาพเปรียบเทียบ ทั้งท้องถิ่น
gamma และ global gamma สามารถทำได้โดยใช้คำสั่งนี้

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch gamma [ตัวเลือก] image_1 image_2
ตัวเลือก:
--วิเคราะห์-เกณฑ์
เกณฑ์การวิเคราะห์สำหรับปริมาณในลอย (for
ตัวอย่าง ป้อน 0.1 เพื่อใช้ 10% ของ
ปริมาณอ้างอิง) ปริมาณเกณฑ์สุดท้าย
(Gy) คำนวณโดยการคูณสิ่งนี้
ค่าและปริมาณอ้างอิงที่กำหนด (หรือ
ปริมาณสูงสุดถ้าไม่ได้รับ) (ค่าเริ่มต้นคือ
0.1)
--compute-full-region ด้วยตัวเลือกนี้ แผนที่แกมมาแบบเต็มจะเป็น
สร้างขึ้นทั่วทั้งพื้นที่ภาพ
(แม้ในพื้นที่ขนาดต่ำ) มันคือ
แนะนำว่าอย่าใช้ตัวเลือกนี้เพื่อ
เร่งการคำนวณ มันไม่มี
ผลกระทบต่ออัตราการผ่านของแกมมา
--dose-ความอดทน ค่าสัมประสิทธิ์สเกลสำหรับโดส
ความแตกต่าง. (เช่นใส่ 0.02 ถ้าคุณต้องการ
ใช้เกณฑ์ความแตกต่างของขนาดยา 2%)
(ค่าเริ่มต้นคือ 0.03)
--dta-ความอดทน มาตราส่วนระยะทางถึงข้อตกลง (DTA)
ค่าสัมประสิทธิ์ในหน่วย มม. (ค่าเริ่มต้นคือ 3)
--gamma-max ค่าสูงสุดของแกมมาที่จะคำนวณ
ค่าที่น้อยกว่าจะทำงานเร็วขึ้น (ค่าเริ่มต้นคือ
2.0)
--inherent-resample
ค่าระยะห่างใน [mm] การอ้างอิง
ภาพจะถูกสุ่มใหม่โดยสิ่งนี้
ค่า (หมายเหตุ: ทำการสุ่มตัวอย่างภาพเปรียบเทียบใหม่เป็น
ref-image มีอยู่แล้ว) ถ้า arg
0 ตัวเลือกนี้ถูกปิดใช้งาน (ค่าเริ่มต้นคือ
-1.0)
--interp-search ด้วยตัวเลือกนี้ การแก้ไขอัจฉริยะ
การค้นหาจะใช้ในจุดที่ใกล้กับ
จุดอ้างอิง. สิ่งนี้จะกำจัด
ความต้องการของการสุ่มตัวอย่างที่ดี อย่างไรก็ตาม มัน
จะใช้เวลาคำนวณนานขึ้น
--local-gamma ด้วยตัวเลือกนี้ ความแตกต่างของขนาดยาคือ
คำนวณตามปริมาณท้องถิ่น
ความแตกต่าง. มิฉะนั้นการอ้างอิงที่กำหนด
จะใช้ยาซึ่งเรียกว่า
โกลบอล-แกมมา
--เอาท์พุท ภาพที่ส่งออก
--output-failmap เส้นทางของไฟล์สำหรับการประเมินแกมมาไบนารี
ผล.
--output-ข้อความ เส้นทางไฟล์ข้อความสำหรับการประเมินแกมมา
ผล.
--reference-dose ปริมาณยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์ (Gy) ใช้เพื่อ
คำนวณความทนทานต่อปริมาณยา ถ้าไม่ระบุ
จากนั้นปริมาณสูงสุดในปริมาตรอ้างอิงคือ
มือสอง
--resample-nn ด้วยตัวเลือกนี้ Nearest Neighbor will
ใช้แทนการแก้ไขเชิงเส้น
ในการสุ่มตัวอย่างภาพเปรียบเทียบเป็น
ภาพอ้างอิง ไม่แนะนำสำหรับ
ผลลัพธ์ที่ดีขึ้น

ตัวอย่าง
ภาพแกมมาสร้างจากภาพที่ป้อนเข้าสองภาพโดยใช้พารามิเตอร์เริ่มต้น นี่จะ
เป็นแกมม่าสากล โดยใช้ความเข้มสูงสุดของภาพอ้างอิงเป็นแกมมา
ค่าการทำให้เป็นมาตรฐาน:

plastimatch แกมมา --output gamma.mha \
อ้างอิง-image.mha เปรียบเทียบ-image.mha

พลาสติมัต HEADER

เค้ก ส่วนหัว คำสั่งใช้เพื่อแสดงคุณสมบัติอย่างง่ายเกี่ยวกับโวลุ่ม เช่น the
ประเภทข้อมูลภาพและเรขาคณิตของภาพ

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ส่วนหัว plastimatch [ตัวเลือก] input_file [input_file ...]
ตัวเลือก:
-h, --help แสดงข้อความช่วยเหลือนี้
--version แสดงเวอร์ชันของโปรแกรม

ตัวอย่าง
เราสามารถแสดงรูปทรงของไฟล์ประเภทใดก็ได้ที่รองรับ เช่น mha, nrrd หรือ dicom เรา
สามารถรันคำสั่งได้ดังนี้

$ ส่วนหัว plastimatch input.mha
ประเภท = ลอย
เครื่องบิน = 1
ที่มา = -180 -180 -167.75
ขนาด = 512 512 120
ระยะห่าง = 0.7031 0.7031 2.5
ทิศทาง = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

จากข้อมูลส่วนหัวจะเห็นว่ารูปภาพมี 120 ชิ้นและแต่ละชิ้นมีขนาด 512 x
512 พิกเซล ระยะห่างของสไลซ์ 2.5 มม. และระยะห่างพิกเซลในระนาบคือ 0.7031 มม.

พลาสติมัต จาโคเบียน

เค้ก จาโคเบียน คำสั่งคำนวณดีเทอร์มีแนนต์จาโคเบียนของสนามเวกเตอร์ ไม่ว่าจะเป็น
สามารถคำนวณอิมเมจดีเทอร์มิแนนต์จาโคเบียนหรือสถิติสรุปได้

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch jacobian [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์ของภาพ
--output-img ภาพที่ส่งออก; สามารถเป็น mha, mhd, nii, nrrd,
หรือรูปแบบอื่นที่รองรับโดย ITK
--output-สถิติ ไฟล์สถิติการส่งออก; .txt รูปแบบ

ตัวอย่าง
ในการสร้างภาพดีเทอร์มิแนนต์จาโคเบียนจากไฟล์ฟิลด์เวกเตอร์ vf.mha ให้เรียกใช้สิ่งต่อไปนี้:

พลาสติแมช จาโคเบียน \
--input vf.mha --output-img vf_jac.mha

พลาสติมัต มบส

เค้ก โคลน คำสั่งดำเนินการแบ่งกลุ่มตามแผนที่หลายแผนที่ (MABS) คำสั่ง
สามารถทำงานในโหมดการฝึกแบบใดแบบหนึ่งจากหลายแบบ หรือในโหมดการแบ่งส่วน

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch mabs [ตัวเลือก] command_file
ตัวเลือก:
--atlas-selection ทำงานเพียง atlas selection
--แปลง Atlas ก่อนกระบวนการ
--เอาท์พุท ไดเร็กทอรีเอาต์พุต (ไม่ใช่ไดคอม) เมื่อทำ
การแบ่งส่วน
--output-dicom ไดเร็กทอรี dicom เอาต์พุตเมื่อทำ a
การแบ่งส่วน
--pre-align atlas ก่อนกระบวนการ
--segment ใช้ mabs เพื่อแบ่งภาพที่ระบุ
หรือไดเรกทอรี
--train ทำการฝึกอบรมเต็มรูปแบบเพื่อค้นหาสิ่งที่ดีที่สุด
พารามิเตอร์การลงทะเบียนและการแบ่งส่วน
--train-atlas-selection วิ่งเพียงฝึกการเลือกแผนที่
--train-registration ดำเนินการฝึกอบรม จำกัด เพื่อค้นหา
พารามิเตอร์การลงทะเบียนที่ดีที่สุดเท่านั้น

ก่อนรันคำสั่ง mabs คุณต้องสร้างไฟล์คอนฟิกูเรชัน และคุณต้อง
จัดเรียงข้อมูลการฝึกอบรมของคุณให้อยู่ในรูปแบบไดเร็กทอรีที่เหมาะสม สำหรับคำอธิบายที่สมบูรณ์
ของไวยากรณ์ไฟล์คำสั่งและตัวอย่างการใช้งาน โปรดดูที่ mabs_guidebook และ
Segmentation_command_file_reference.

พลาสติมัต หน้ากาก

เค้ก หน้ากาก คำสั่งใช้เพื่อเติมขอบเขตภาพด้วยความเข้มคงที่ ศาสนา
เติมถูกกำหนดโดยไฟล์มาสก์โดยมี voxels ที่มีความเข้มเป็นศูนย์ในภาพมาสก์เป็น
เติมเต็ม ดังนั้น มันจึงเป็นผกผันของ ใส่ คำสั่ง

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: หน้ากากพลาสติก [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์; สามารถเป็น
ไดเร็กทอรีรูปภาพหรือไดคอม
--หน้ากาก ใส่ชื่อไฟล์สำหรับภาพมาสก์
--mask-value ค่าที่ตั้งไว้สำหรับพิกเซลภายในมาสก์ (for
"เติม") หรือนอกหน้ากาก (สำหรับ "มาส์ก"
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์เอาต์พุต (สำหรับไฟล์รูปภาพ) หรือ
ไดเร็กทอรี (สำหรับไดคอม)
--output-รูปแบบ arg ควรเป็น "dicom" สำหรับเอาต์พุต dicom
--output-type ประเภทของภาพที่ส่งออก หนึ่งใน {uchar สั้น
ลอย, ...}

ตัวอย่าง
สมมติว่าเรามีไฟล์ชื่อ patient.nrrd ซึ่งเป็นศูนย์นอกตัวผู้ป่วยและ
ภายในตัวผู้ป่วยไม่เป็นศูนย์ หากเราต้องการเติมพื้นที่นอกตัวคนไข้ด้วย
ค่า -1000 เราใช้คำสั่งต่อไปนี้

หน้ากากพลาสติก \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--negate-หน้ากาก \
--ค่าหน้ากาก -1000 \
--mask Patient.nrrd

พลาสติมัต ML-แปลง

ที่จะเขียน.

พลาสติมัต PROBE

พลาสติแมตช์ การสอบสวน คำสั่งใช้ตรวจสอบความเข้มของภาพหรือสนามเวกเตอร์
การกระจัดที่หนึ่งตำแหน่งขึ้นไปภายในปริมาตร ตำแหน่งโพรบสามารถ
ระบุในพิกัดโลก (เป็นมม.) โดยใช้ตัวเลือก --location หรือเป็นดัชนีภาพ
โดยใช้ตัวเลือก --index ตำแหน่งหรือดัชนีจะสอดแทรกเป็นเส้นตรงหากอยู่ในความเท็จ
ระหว่างว็อกเซล

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: โพรบ plastimatch [ตัวเลือก] file
ตัวเลือก:
-i, --index รายการดัชนี voxel เช่น
"อิก;อิก;..."
-l, --location รายชื่อสถานที่เชิงพื้นที่ เช่น
"อิก;อิก;..."

คำสั่งจะส่งออกหนึ่งบรรทัดสำหรับแต่ละโพรบที่ร้องขอ แต่ละบรรทัดเอาต์พุตรวมถึง
ฟิลด์ต่อไปนี้.:

PROBE# หมายเลขโพรบ เริ่มต้นด้วยศูนย์
INDEX ตำแหน่ง (เศษส่วน) ของโพรบเป็นดัชนีว็อกเซล
LOC ตำแหน่งของโพรบในพิกัดโลก
VALUE ความเข้ม (สำหรับปริมาตร) หรือการกระจัด
(สำหรับฟิลด์เวกเตอร์)

ตัวอย่าง
เราใช้ตัวเลือกดัชนีเพื่อดูความเข้มของภาพที่พิกัด (2,3,4) และตำแหน่ง
ตัวเลือกเพื่อดูความเข้มของภาพที่ต่างกันสองตำแหน่ง:

โพรบพลาสติก \
--ดัชนี "2 3 4" \
--ตำแหน่ง "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
infile.nrrd

ผลลัพธ์จะรวมผลลัพธ์การสอบสวนสามรายการ โพรบแต่ละตัวแสดงดัชนีโพรบ voxel
ดัชนี ตำแหน่งของว็อกเซล และความเข้ม

0: 2.00, 3.00, 4.00; -22.37, -21.05, -19.74; -998.725891
1:19.00 น. 19.00 น. 19.00 น. 0.00, 0.00, 0.00; -0.000197
2:19.38 น. 19.38 น. 19.38 น. 0.50, 0.50, 0.50; -9.793450

พลาสติมัต ลงทะเบียน

พลาสติแมตช์ ทะเบียน คำสั่งใช้เพื่อสร้างการลงทะเบียนเชิงเส้นหรือที่ผิดรูปของ
สองภาพ การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch register command_file

ไฟล์คำสั่งเป็นไฟล์ข้อความธรรมดาซึ่งมีส่วนเดียวทั่วโลกและหนึ่ง
หรือส่วนขั้นตอนเพิ่มเติม ส่วนสากลเริ่มต้นด้วยบรรทัดที่มีเฉพาะ string
"[GLOBAL]" และแต่ละสเตจเริ่มต้นด้วยบรรทัดที่มีสตริง "[STAGE]"

ส่วนร่วมใช้เพื่อตั้งค่าไฟล์อินพุต ไฟล์เอาต์พุต และพารามิเตอร์ส่วนกลางในขณะที่
ส่วนแต่ละขั้นตอนกำหนดขั้นตอนตามลำดับของการประมวลผล เพื่อความสมบูรณ์
คำอธิบายของไวยากรณ์ไฟล์คำสั่ง โปรดดูที่
register_command_file_reference.

ตัวอย่าง
หากคุณต้องการลงทะเบียน image_2.mha เพื่อให้ตรงกับ image_1.mha โดยใช้การลงทะเบียน B-spline
สร้างไฟล์คำสั่งดังนี้:

#command_file.txt
[ทั่วโลก]
คงที่ = image_1.mha
ย้าย=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[เวที]
xform=bspline
impl = พลาสติแมตช์
เกลียว = openmp
สูงสุด_its=30
การทำให้เป็นมาตรฐาน_แลมบ์ดา=0.005
grid_spac=100 100 100
ความละเอียด=4 4 2

จากนั้นเรียกใช้การลงทะเบียนดังนี้:

ทะเบียนพลาสติแมทช์ command_file.txt

ตัวอย่างข้างต้นดำเนินการขั้นตอนการลงทะเบียนเดียวเท่านั้น ถ้าอยากทำ
การลงทะเบียนหลายขั้นตอน ใช้หลายส่วน [STAGE] แบบนี้:

#command_file.txt
[ทั่วโลก]
คงที่ = image_1.mha
ย้าย=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[เวที]
xform=bspline
impl = พลาสติแมตช์
เกลียว = openmp
สูงสุด_its=30
การทำให้เป็นมาตรฐาน_แลมบ์ดา=0.005
grid_spac=100 100 100
ความละเอียด=4 4 2

[เวที]
สูงสุด_its=30
grid_spac=80 80 80
ความละเอียด=2 2 1

[เวที]
สูงสุด_its=30
grid_spac=60 60 60
ความละเอียด=1 1 1

สำหรับตัวอย่างเพิ่มเติม โปรดดูที่ image_registration_guidebook.

พลาสติมัต สุ่มตัวอย่าง

เค้ก ตัวอย่าง คำสั่งสามารถใช้เพื่อเปลี่ยนรูปทรงของรูปภาพ

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ตัวอย่าง plastimatch [ตัวเลือก]
จำเป็น: --input=file
--output=ไฟล์
ทางเลือก: --subsample="xyz"
--fixed=ไฟล์
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,สั้น,ushort,float,vf}
--การแก้ไข={nn, เชิงเส้น}
--default_val=ค่า

ตัวอย่าง
เราสามารถใช้ --subsample ตัวเลือกเพื่อแยกจำนวนเต็มของ voxels เป็น voxel ตัวเดียว
ตัวอย่างเช่น หากเราต้องการแยก voxel ขนาด 3x3x1 เป็น voxel ตัวเดียว เราจะ
ทำดังต่อไปนี้

ตัวอย่างพลาสติแมตช์ \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--subsample "3 3 1"

พลาสติมัต SCALE

เค้ก ขนาด คำสั่งปรับขนาดภาพหรือฟิลด์เวกเตอร์โดยการคูณแต่ละ voxel ด้วยค่าคงที่
มูลค่า

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: มาตราส่วน plastimatch [ตัวเลือก] input_file
ตัวเลือก:
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์สำหรับภาพที่ส่งออกหรือฟิลด์เวกเตอร์
--น้ำหนัก ปรับขนาดภาพอินพุตหรือฟิลด์เวกเตอร์ด้วยสิ่งนี้
ค่า (ลอย)

ตัวอย่าง
คำสั่งนี้สร้างไฟล์เอาต์พุตที่มีความเข้มของภาพ (หรือความยาว voxel) ใหญ่เป็นสองเท่า
เป็นค่าอินพุต:

plastimatch ขนาด --output output.mha --weight 2.0 input.mha

พลาสติมัต ส่วนงาน

เค้ก ส่วน คำสั่งทำการแบ่งกลุ่มตามเกณฑ์อย่างง่าย การใช้บรรทัดคำสั่งคือ
ให้ดังนี้

การใช้งาน: ส่วน plastimatch [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
-h, --help แสดงข้อความช่วยเหลือนี้
--ป้อนข้อมูล ใส่ชื่อไฟล์รูปภาพ (จำเป็น)
--ต่ำกว่าเกณฑ์ เกณฑ์ที่ต่ำกว่า (รวม voxels
เหนือค่านี้)
--output-dicom ไดเร็กทอรี dicom เอาต์พุต (สำหรับ RTSTRUCT)
--output-img ชื่อไฟล์ภาพที่ส่งออก
--บนเกณฑ์ เกณฑ์บน (รวม voxels
ต่ำกว่าค่านี้)

ตัวอย่าง
สมมติว่าเรามีรูป CT ของถังเก็บน้ำ และเราต้องการที่จะสร้างภาพซึ่งมีอยู่ด้วย
ที่มีน้ำและศูนย์ที่มีอากาศ จากนั้นเราก็สามารถทำได้:

ส่วนพลาสติแมทช์ \
--อินพุตน้ำ.mha \
--output-img น้ำ-label.mha \
--ต่ำกว่าเกณฑ์ -500

หากเราต้องการสร้างชุดโครงสร้าง DICOM-RT แทน เราควรระบุอิมเมจ DICOM
เป็นอินพุต สิ่งนี้จะช่วยให้ plastimatch สร้าง DICOM-RT กับผู้ป่วยที่ถูกต้องได้
ชื่อ รหัสผู้ป่วย และ UID ไฟล์เอาต์พุตจะเรียกว่า "ss.dcm"

ส่วนพลาสติแมทช์ \
--อินพุต water_dicom \
--output-dicom water_dicom \
--ต่ำกว่าเกณฑ์ -500

พลาสติมัต สถิติ

คำสั่ง plastimatch stats แสดงสถิติพื้นฐานบางประการเกี่ยวกับรูปภาพบน
จอภาพ

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ไฟล์สถิติ plastimatch [ไฟล์ ... ]

ไฟล์อินพุตอาจเป็นภาพฉาย 2 มิติ โวลุ่ม 3 มิติ หรือฟิลด์เวกเตอร์ 3 มิติก็ได้

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้แสดงสถิติสำหรับ synth_3.mha โวลุ่ม 1 มิติ

$ สถิติ plastimatch synth_1.mha
ต่ำสุด -999.915161 AVE -878.686035 สูงสุด 0.000000 NUM 54872

สถิติที่รายงานถูกตีความดังนี้:

MIN ความเข้มขั้นต่ำในรูปภาพ
AVE ความเข้มเฉลี่ยในภาพ
MAX ความเข้มสูงสุดในภาพ
NUM จำนวน voxels ในภาพ

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้แสดงสถิติสำหรับฟิลด์เวกเตอร์ 3 มิติ vf.mha:

$ สถิติการแข่งขัน vf.mha
ต่ำสุด: 0.000 -0.119 -0.119
ค่าเฉลี่ย: 13.200 0.593 0.593
สูงสุด: 21.250 1.488 1.488
หน้าท้องเฉลี่ย: 13.200 0.594 0.594
พลังงาน: MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
การขยายขั้นต่ำที่: (29 19 19)
จาโคเบียน: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
Min abs jacobian ที่: (28 36 36)
อนุพันธ์อันดับสอง: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
อินเซคเดอร์ 1.524e+06
อนุพันธ์อันดับสองสูงสุด: (29 36 36)

แถวที่ตรงกับ "กล้ามท้องน้อย เฉลี่ย สูงสุด และเฉลี่ย" แต่ละแถวมีตัวเลขสามตัว ซึ่ง
สอดคล้องกับพิกัด x, y และ z ดังนั้นพวกเขาจึงคำนวณสถิติเหล่านี้สำหรับ
แต่ละทิศทางของเวกเตอร์แยกกัน

สถิติที่เหลืออธิบายไว้ดังนี้:

MINDIL การขยายขั้นต่ำ
MAXDIL การขยายสูงสุด
MAXSTRAIN ความเครียดสูงสุด
TOTSTRAIN ความเครียดทั้งหมด
MINJAC ขั้นต่ำจาโคเบียน
MAXJAC สูงสุด Jacobian
MINABSJAC จาโคเบียนขั้นต่ำแน่นอน
MINSECDER อนุพันธ์อันดับสองขั้นต่ำ
MAXSECDER อนุพันธ์อันดับสองสูงสุด
TOTSECDER อนุพันธ์อันดับสองทั้งหมด
INTSECDER อนุพันธ์อันดับสองของอินทิกรัล

พลาสติมัต ซิงค์

เค้ก synth คำสั่งสร้างภาพสังเคราะห์ รูปภาพประเภทต่อไปนี้สามารถเป็น
สร้างโดยระบุตัวเลือก --pattern ที่เหมาะสม แต่ละแบบมากับ
ชุดโครงสร้างสังเคราะห์และปริมาณสารสังเคราะห์ที่สามารถใช้ทดสอบได้

· โดนัท -- โครงสร้างรูปโดนัท

·เกาส์ -- เกาส์เบลอ

· ตาราง -- ตาราง 3 มิติ

· ปอด -- ปอดสังเคราะห์ที่มีเนื้องอก

· rect - สี่เหลี่ยมผืนผ้าสม่ำเสมอภายในพื้นหลังที่สม่ำเสมอ

· ทรงกลม -- ทรงกลมที่สม่ำเสมอภายในพื้นหลังที่เป็นเอกภาพ

· xramp -- ภาพที่ความเข้มแปรผันเชิงเส้นในทิศทาง x

· yramp -- ภาพที่ความเข้มแปรผันเชิงเส้นในทิศทาง y

· zramp -- ภาพที่ความเข้มแปรผันเชิงเส้นในทิศทาง z

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: สังเคราะห์ plastimatch [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--พื้นหลัง ความเข้มของพื้นที่พื้นหลัง
--cylinder-center ตำแหน่งของศูนย์กลางกระบอกสูบในหน่วย มม. "x [y
ซี]"
--กระบอกรัศมี ขนาดกระบอกสูบเป็นมม. "x [yz]"
--dicom-with-uid ตั้งค่าเป็นเท็จเพื่อลบ uid ออกจาก created
ชื่อไฟล์ dicom ค่าเริ่มต้นคือ true
--ติ่ม ขนาดของภาพที่ส่งออกเป็น voxels "x [yz]"
--direction-โคไซน์
การวางแนวของแกน x, y และ z; ระบุ
ทั้งค่าที่ตั้งไว้ล่วงหน้า
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} หรือ 9
สตริงเมทริกซ์หลัก "abcdefghi"
--donut-center ตำแหน่งของศูนย์โดนัทในหน่วย มม. "x [yz]"
--โดนัทรัศมี ขนาดของโดนัทในหน่วย มม. "x [yz]"
--โดนัท-ริงส์ จำนวนแหวนโดนัท (2 วง สำหรับ
โดนัทแบบดั้งเดิม)
--dose-center ตำแหน่งของศูนย์กระจายยาในหน่วย mm "xyz"
--dose-ขนาด ขนาดของรูรับแสงขนาด mm "x [y
z]" หรือตำแหน่งของมุมสี่เหลี่ยม
ในหน่วยมิลลิเมตร "x1 x2 y1 y2 z1 z2"
--แก้ไขแล้ว ภาพคงที่ (จับคู่ขนาดเอาต์พุตกับสิ่งนี้
ภาพ)
--เบื้องหน้า ความเข้มของพื้นที่เบื้องหน้า
--gabor-k-fib เลือกทิศทางกาบอร์ที่ดัชนี i ภายใน
เกลียวฟีโบนักชีความยาว n; ระบุ
เป็น "ใน" โดยที่ i และ n เป็นจำนวนเต็มและ
ฉันอยู่ระหว่าง 0 ถึง n-1
--gauss-center ตำแหน่งของศูนย์เกาส์เซียนในหน่วย มม. "x [y
ซี]"
--gauss-std ความกว้างของ Gaussian เป็น mm "x [yz]"
--grid-รูปแบบ ระยะห่างของรูปแบบกริดใน voxels "x [yz]"
--ป้อนข้อมูล รูปภาพอินพุต (เพิ่มรูปแบบสังเคราะห์ลงบน
ภาพที่มีอยู่)
--ปอด-เนื้องอก-pos ตำแหน่งของเนื้องอกในหน่วย mm "z" หรือ "xyz"
--ข้อมูลเมตา ข้อมูลเมตาของผู้ป่วย (คุณอาจใช้สิ่งนี้
ตัวเลือกหลายครั้ง)
--เสียง-หมายถึง ความเข้มเฉลี่ยของเสียงเกาส์เซียน
--noise-std ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานของเสียงเกาส์เซียน
--ต้นทาง ตำแหน่งของ voxel ภาพแรกในหน่วย mm "xy
z"
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์เอาต์พุต
--output-dicom ไดเร็กทอรี dicom เอาต์พุต
--output-dose-img ชื่อไฟล์สำหรับอิมเมจปริมาณเอาต์พุต
--output-ss-img ชื่อไฟล์สำหรับชุดโครงสร้างเอาต์พุต
--output-ss-list ชื่อไฟล์สำหรับไฟล์เอาต์พุตที่มี
ชื่อโครงสร้าง
--output-type ชนิดข้อมูลสำหรับภาพที่ส่งออก: {uchar,
สั้น, ushort, ulong, float} ค่าเริ่มต้นคือ
ลอย
--ผู้ป่วย-id ข้อมูลเมตา ID ผู้ป่วย: string
--ชื่อผู้ป่วย ข้อมูลเมตาชื่อผู้ป่วย: string
--ผู้ป่วย-pos ข้อมูลเมตาของตำแหน่งผู้ป่วย: หนึ่งใน
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--ลวดลาย รูปแบบสังเคราะห์เพื่อสร้าง: {กระบอก,
โดนัท, โดส, กาบอร์, เกาส์, กริด, ปอด,
เสียงรบกวน, rect, sphere, xramp, yramp,
zramp} ค่าเริ่มต้นคือ gauss
--เงามัว ความกว้างของขนาดยาเงามัวในหน่วย mm
--rect-size ความกว้างของสี่เหลี่ยมในหน่วย mm "x [yz]" หรือ
ตำแหน่งของมุมสี่เหลี่ยมผืนผ้าในหน่วย มม. "x1
x2 y1 y2 z1 z2"
--ระยะห่าง ระยะห่าง voxel ในหน่วย mm "x [yz]"
--ทรงกลม-ศูนย์ ตำแหน่งของจุดศูนย์กลางทรงกลมในหน่วย มม. "xyz"
--ทรงกลมรัศมี รัศมีของทรงกลมในหน่วย มม. "x [yz]"
--volume-ขนาด ขนาดของภาพที่ส่งออกในหน่วย มม. "x [yz]"

ตัวอย่าง
สร้างภาพลวงตาลูกบาศก์ขนาด 30 x 30 x 40 ซม. โดยมีตำแหน่งศูนย์อยู่ที่ศูนย์กลางของน้ำ
พื้นผิว:

พลาสติกสังเคราะห์ \
--รูปแบบ rect \
--เอาท์พุท water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--ต้นกำเนิด "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--ระยะห่าง "1 1 1" \
--ติ่มซำ "500 500 300"

สร้างภาพหลอนของปอดด้วยตำแหน่งเนื้องอกที่แตกต่างกันสองตำแหน่ง และส่งออกไปยังไดคอม:

พลาสติกสังเคราะห์ \
--รูปแบบปอด \
--output-dicom lung_inhale \
--ปอด-เนื้องอก-ตำแหน่ง "0 0 10"
พลาสติกสังเคราะห์ \
--รูปแบบปอด \
--output-dicom lung_exhale \
--ปอด-เนื้องอก-pos "0 0 -10"

พลาสติมัต ซินธ์-วีเอฟ

เค้ก ซินธ์-vf คำสั่งสร้างฟิลด์เวกเตอร์สังเคราะห์ เวกเตอร์ชนิดต่อไปนี้
สามารถสร้างฟิลด์ได้โดยการระบุตัวเลือกที่เหมาะสม

·เกาส์ -- เกาส์วาร์ป

· รัศมี -- การขยายตัวหรือการหดตัวในแนวรัศมี

·การแปล - การแปลแบบสม่ำเสมอ

· ศูนย์ -- สนามเวกเตอร์ที่เป็นศูนย์ทุกที่

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch synth-vf [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--ติ่ม ขนาดของภาพที่ส่งออกเป็น voxels "x [yz]"
--direction-โคไซน์
การวางแนวของแกน x, y และ z; ระบุ
ทั้งค่าที่ตั้งไว้ล่วงหน้า {identity,
หมุน-{1,2,3}, sheared} หรือ 9 หลัก
สตริงเมทริกซ์ "abcdefghi"
--แก้ไขแล้ว รูปภาพอินพุตที่ใช้กำหนดขนาดของ
เอาท์พุต
--gauss-center ตำแหน่งของจุดศูนย์กลางของเกาส์เซียนวาร์ป "x [y
ซี]"
--gauss-mag ขนาดการกระจัดของวาร์ปเกาส์เซียนใน
มม. "x [yz]"
--gauss-std ความกว้างของ gaussian std เป็น มม. "x [yz]"
--ต้นทาง ตำแหน่งของ voxel ภาพแรกในหน่วย mm "xy
z"
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์เอาต์พุต
--รัศมีศูนย์ ตำแหน่งของจุดศูนย์กลางของเส้นยืนรัศมี "x [y
ซี]"
--radial-mag ขนาดการกระจัดของเส้นยืนในแนวรัศมีใน
มม. "x [yz]"
--ระยะห่าง ระยะห่าง voxel ในหน่วย mm "x [yz]"
--volume-ขนาด ขนาดของภาพที่ส่งออกในหน่วย มม. "x [yz]"
--xf-gauss เกาส์เซียนวาร์ป
--xf-รัศมีการขยายตัว (หรือการหดตัว)
--xf-trans การแปลแบบสม่ำเสมอในหน่วย mm "xyz"
--xf-zero การแปลงค่าเป็นศูนย์

พลาสติมัต THRESHOLD

เค้ก ธรณีประตู คำสั่งสร้างภาพไบนารีเลเบลแมปจากอิมเมจความเข้มอินพุต

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: เกณฑ์ plastimatch [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--ข้างต้น ค่าที่สูงกว่าที่เอาท์พุตมีมูลค่าสูง
--ด้านล่าง ค่าที่ต่ำกว่าซึ่งเอาท์พุตมีมูลค่าสูง
--ป้อนข้อมูล ไดเร็กทอรีอินพุตหรือชื่อไฟล์
--เอาท์พุท ภาพที่ส่งออก
--พิสัย สตริงที่สร้างรายการของช่วงขีดจำกัด
ของรูปแบบ "r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,...",
ดังกล่าว voxels ที่มีความเข้มภายในใด ๆ
ของช่วง ([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) มีค่าเอาต์พุตสูง

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้สร้างอิมเมจป้ายกำกับไบนารีที่มีค่า 1 เมื่อความเข้มอินพุตเป็น
ระหว่าง 100 ถึง 200 และค่า 0 เป็นอย่างอื่น:

เกณฑ์ plastimatch \
--อินพุต input_image.nrrd \
--เอาต์พุต output_labe.nrrd \
-- ช่วง "100,200"

พลาสติมัต รูปขนาดย่อ

เค้ก ภาพขนาดย่อ คำสั่งสร้างภาพขนาดย่อสองมิติของชิ้นแกนของ
ปริมาณอินพุต อิมเมจเอาต์พุตไม่จำเป็นต้องตรงกับสไลซ์จำนวนเต็ม
ตัวเลข. ตำแหน่งของภาพที่ส่งออกภายในสไลซ์จะอยู่กึ่งกลางเสมอ

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: ภาพขนาดย่อ plastimatch [ตัวเลือก] input-file
ตัวเลือก:
--ไฟล์อินพุต
--ไฟล์เอาต์พุต
--ภาพย่อ-ขนาดสลัว
--ภาพขนาดย่อ-ระยะห่าง
--slice-loc ตำแหน่ง

ตัวอย่าง
เราสร้างภาพสองมิติที่มีความละเอียด 10 x 10 พิกเซล ที่ตำแหน่งแกน 0 และ
ขนาด 20 x 20 มม.:

ภาพขนาดย่อของพลาสติแมทช์ \
--input in.mha --output out.mha \
--ภาพย่อ-สลัว 10 \
--ภาพขนาดย่อ-ระยะห่าง 2 \
--slice-loc 0

พลาสติมัต ยูเนี่ยน

เค้ก สหภาพ คำสั่งสร้างไบนารีวอลุ่มซึ่งเป็นการรวมเชิงตรรกะของสองอิมเมจอินพุต
Voxels ในรูปเอาต์พุตมีค่าหนึ่งถ้า voxel ไม่ใช่ศูนย์ในภาพอินพุตใด ๆ
หรือค่าศูนย์ถ้า voxel เป็นศูนย์ในทั้งสองภาพที่ป้อน

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch union [ตัวเลือก] input_1 input_2
ตัวเลือก:
-h, --help แสดงข้อความช่วยเหลือนี้
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์สำหรับภาพที่ส่งออก
--version แสดงเวอร์ชันของโปรแกรม

ตัวอย่าง
คำสั่งต่อไปนี้จะสร้างโวลุ่มที่เป็นการรวมกันของสองอิมเมจอินพุต:

สหภาพพลาสติก \
--เอาท์พุท itv.mha \
เฟส_1.mha เฟส_2.mha

พลาสติมัต WARP

เค้ก วิปริต คำสั่งเป็นนามแฝงสำหรับ แปลง. โปรดดูที่ พลาสติแมตช์ แปลง สำหรับ
รายการพารามิเตอร์บรรทัดคำสั่ง

ตัวอย่าง
ในการบิดเบือนภาพโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์ B-spline ที่สร้างโดยการลงทะเบียน plastimatch
คำสั่ง (บันทึกไว้ในไฟล์ bspline.txt) ให้ทำดังต่อไปนี้:

พลาสติแมตช์วิปริต \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--xf bspline.txt

ในตัวอย่างก่อนหน้านี้ เรขาคณิตของไฟล์เอาต์พุตถูกกำหนดโดยเรขาคณิต
ข้อมูลในไฟล์ค่าสัมประสิทธิ์ bspline คุณสามารถสุ่มตัวอย่างเป็นเรขาคณิตอื่นได้
ใช้ --fixed หรือ --origin, --dim และ --spacing

พลาสติแมตช์วิปริต \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--fixed Reference.nrrd

เมื่อบิดเบือนภาพชุดโครงสร้าง โดยที่บิตจำนวนเต็มสอดคล้องกับโครงสร้าง
การเป็นสมาชิก คุณต้องใช้การแก้ไขเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดมากกว่าเชิงเส้น
การแก้ไข

พลาสติแมตช์วิปริต \
--input โครงสร้าง-in.nrrd \
--output โครงสร้าง-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
--การแก้ไข nn

บางครั้ง voxels ที่อยู่นอกเรขาคณิตของภาพที่ป้อนเข้าจะถูกบิดเป็น
เรขาคณิตของภาพที่ส่งออก โดยค่าเริ่มต้น พื้นที่เหล่านี้ "เติม" ด้วย an
ความเข้มของศูนย์ คุณสามารถเลือกค่าอื่นสำหรับพื้นที่เหล่านี้ได้โดยใช้ปุ่ม
--ค่าเริ่มต้น-ตัวเลือกค่า

พลาสติแมตช์วิปริต \
--inputinfile.nrrd \
--outputoutfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--ค่าเริ่มต้น -1000

นอกจากรูปภาพและโครงสร้างแล้ว จุดสังเกตที่ส่งออกจากตัวแบ่งส่วนข้อมูล 3 มิติยังสามารถเป็น
บิดเบี้ยว

พลาสติแมตช์วิปริต \
--input fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

บางครั้ง อาจเป็นการดีที่จะใช้การแปลงที่กำหนดไว้อย่างชัดเจนโดยสนามเวกเตอร์
แทนที่จะใช้สัมประสิทธิ์ B-spline ในการอนุญาตนี้ ตัวเลือก --xf ยังยอมรับ
ปริมาณสนามเวกเตอร์ ตัวอย่างเช่น ตัวอย่างก่อนหน้านี้จะกลายเป็น

พลาสติแมตช์วิปริต \
--input fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

พลาสติมัต XF-แปลง

เค้ก xf-แปลง คำสั่งแปลงระหว่างประเภทการแปลง การแปลงรูปสามารถเป็นได้ทั้ง a
การแปลง B-spline หรือสนามเวกเตอร์ B-spline มีอยู่สองประเภท
รูปแบบการแปลง: รูปแบบดั้งเดิมของ plastimatch และรูปแบบ ITK นอกจาก
การแปลงประเภทการแปลง the xf-แปลง คำสั่งยังสามารถเปลี่ยนระยะห่างกริดของ
การแปลง B-spline

การใช้บรรทัดคำสั่งมีดังต่อไปนี้:

การใช้งาน: plastimatch xf-convert [ตัวเลือก]
ตัวเลือก:
--ติ่ม ขนาดของภาพที่ส่งออกเป็น voxels "x [yz]"
--grid-ระยะห่าง ระยะห่างกริด B-spline ในหน่วย mm "x [yz]"
--ป้อนข้อมูล ป้อนชื่อไฟล์ xform (จำเป็น)
--nobulk ละเว้นการแปลงเป็นกลุ่มสำหรับ itk_bspline
--ต้นทาง ตำแหน่งของ voxel ภาพแรกในหน่วย mm "xyz"
--เอาท์พุท ชื่อไฟล์เอาต์พุต xform (จำเป็น)
--output-type ประเภทของ xform ที่จะสร้าง (จำเป็น) เลือก
จาก {bspline, itk_bspline, vf}
--ระยะห่าง ระยะห่าง Voxel ในหน่วย mm "x [yz]"

ตัวอย่าง
เราต้องการแปลงการแปลง B-spline เป็นฟิลด์เวกเตอร์ ถ้าการแปลง B-spline เป็น
ในรูปแบบดั้งเดิม เรขาคณิตสนามเวกเตอร์ถูกกำหนดโดยค่าที่พบใน
แปลงส่วนหัว:

plastimatch xf-แปลง \
--อินพุต bspline.txt \
--เอาท์พุท vf.mha \
--เอาต์พุตประเภท vf

ในทำนองเดียวกัน หากเราต้องการแปลงฟิลด์เวกเตอร์เป็นชุดของสัมประสิทธิ์ B-spline ด้วย a
ระยะห่างจุดควบคุม 30 มม. ในแต่ละทิศทาง

plastimatch xf-แปลง \
--อินพุต vf.mha \
--เอาต์พุต bspline.txt \
--เอาต์พุตประเภท bspline \
--grid-ระยะห่าง30

ใช้ plastimatch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net