นี่คือพล็อตโคนคำสั่งที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
plotcon - การอนุรักษ์พล็อตของการจัดตำแหน่งลำดับ
เรื่องย่อ
พล็อตคอน -ลำดับ การตั้งค่า [-ไฟล์คะแนน เมทริกซ์] -วินไซส์ จำนวนเต็ม -กราฟ ไซกราฟ
พล็อตคอน -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
พล็อตคอน เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Alignment:Multiple"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ การตั้งค่า
ไฟล์ที่มีการจัดตำแหน่งลำดับ
-ไฟล์คะแนน เมทริกซ์
นี่คือไฟล์เมทริกซ์การให้คะแนนที่ใช้ในการเปรียบเทียบลำดับ โดยค่าเริ่มต้น มันคือ
ไฟล์ 'EBLOSUM62' (สำหรับโปรตีน) หรือไฟล์ 'EDNAFULL' (สำหรับลำดับนิวคลีอิก) เหล่านี้
พบไฟล์ในไดเร็กทอรี 'data' ของการติดตั้ง EMBOSS
ต้อง ส่วน
-วินไซส์ จำนวนเต็ม
จำนวนคอลัมน์เพื่อคุณภาพการจัดตำแหน่งโดยเฉลี่ยมากกว่า ยิ่งค่านี้มีค่ามากเท่าใด
เนื้อเรื่องจะราบรื่นขึ้น ค่าเริ่มต้น: 4
เอาท์พุต ส่วน
-กราฟ ไซกราฟ
ใช้ plotcone ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
